Фикоэритрин ( ПЭ ) — красный белково- пигментный комплекс из семейства светособирающих фикобилипротеинов , присутствующий в цианобактериях , [1] красных водорослях [2] и криптофитах , [3] аксессуар к основным пигментам хлорофилла , ответственным за фотосинтез . Красный пигмент Это связано с простетической группой фикоэритробилином, которая придает фикоэритрину красный цвет. [4]
Как и все фикобилипротеины, он состоит из белковой части, ковалентно связывающей хромофоры, называемые фикобилинами . В семействе фикоэритринов наиболее известными фикобилинами являются: фикоэритробилин , типичный хромофор-акцептор фикоэритрина. Фикоэритробилин представляет собой линейную молекулу тетрапиррола, обнаруженную в цианобактериях, красных водорослях и криптомонадах. Вместе с другими билинами, такими как фикоцианобилин, он служит светособирающим пигментом в фотосинтетических светособирающих структурах цианобактерий, называемых фикобилисомами. [5] Фикоэритрины состоят из (αβ) мономеров, обычно организованных в дискообразный тример (αβ) 3 или гексамер (αβ) 6 (второй — функциональная единица антенных стержней ). Эти типичные комплексы также содержат субъединицы третьего типа — γ-цепь. [2]
Фикобилипротеины являются частью огромных белковых комплексов собирающих свет антенн, называемых фикобилисомами . У красных водорослей они прикреплены к стромальной стороне тилакоидных мембран хлоропластов , тогда как у криптофитов фикобилисомы редуцированы и (здесь молекулы фикобилипротеина 545 PE545) плотно упакованы внутри просвета тилакоидов. [3] [7]
Фикобилипротеины имеют множество практических применений, включая такие важные свойства, как гепатозащитная, антиоксидантная, противовоспалительная и антивозрастная активность PBP, что позволяет использовать их в пищевой, косметической, фармацевтической и биомедицинской промышленности. Также было отмечено, что PBP демонстрируют положительный эффект при лечении некоторых заболеваний, таких как болезнь Альцгеймера и рак. [8]
Фикоэритрин — вспомогательный пигмент к основным пигментам хлорофилла , ответственным за фотосинтез . Световая энергия улавливается фикоэритрином и затем передается хлорофилловой паре реакционного центра, большую часть времени через фикобилипротеины фикоцианин и аллофикоцианин .
Фикоэритрины, за исключением фикоэритрина 545 (PE545), состоят из (αβ) мономеров, собранных в дискообразные (αβ) 6 гексамеры или (αβ) 3 тримеры с симметрией 32 или 3 и заключающие центральный канал. В фикобилисомах (PBS) каждый тример или гексамер содержит по крайней мере один линкерный белок, расположенный в центральном канале. B-фикоэритрин (B-PE) и R-фикоэритрин (R-PE) из красных водорослей в дополнение к α- и β-цепям имеют третью субъединицу γ, выполняющую как линкерную, так и светособирающую функции, поскольку он несет хромофоры. [2]
R-фикоэритрин вырабатывается преимущественно красными водорослями. Белок состоит как минимум из трех различных субъединиц и варьируется в зависимости от вида водорослей, которые его производят. Субъединичная структура наиболее распространенного R-PE представляет собой (αβ) 6 γ. Субъединица α содержит два фикоэритробилина (PEB), субъединица β имеет 2 или 3 PEB и один фикоуробилин (PUB), в то время как различные гамма-субъединицы, как сообщается, содержат 3 PEB и 2 PUB (γ 1 ) или 1 или 2 PEB и 1 ПАБ (γ 2 ). Молекулярная масса R-PE составляет 250 000 дальтон.
Кристаллические структуры, доступные в Белковом банке данных [12] , содержат в одном (αβ) 2 или (αβγ) 2 асимметричном звене разные фикоэритрины:
Предполагаемая биологическая молекула фикоэритрина 545 (PE545) представляет собой (αβ) 2 или, скорее, (α 3 β)(α 2 β) . Числа 2 и 3 после букв α во второй формуле здесь являются частью названий цепей, а не их количеством. Синоним криптофитанового названия α3 - цепи – α1 - цепь.
Самой крупной сборкой B-фикоэритрина (B-PE) является (αβ) 3- тример [9] [10] . Однако препараты из красных водорослей дают также (αβ) 6- гексамер [2] . В случае R-фикоэритрина (R-PE) самой крупной предполагаемой биологической молекулой здесь является (αβγ) 6 , (αβγ) 3 (αβ) 3 или (αβ) 6 в зависимости от публикации, для других типов фикоэритрина (αβ) 6 . Эти γ-цепи из Банка данных белков очень малы и состоят всего из трех или шести распознаваемых аминокислот [15] [16] , тогда как описанная в начале этого раздела линкерная γ-цепь имеет большие размеры (например, 277 аминокислот длиной 33 кДа) . в случае γ 33 из красных водорослей Aglaothamnion ignoreum ) [17] [2] . Это связано с тем, что электронная плотность гамма-полипептида в основном усредняется его тройной кристаллографической симметрией, и только несколько аминокислот можно смоделировать [15] [16] [18] [19] .
Для (αβγ) 6 , (αβ) 6 или (αβγ) 3 (αβ) 3 значения из таблицы следует просто умножить на 3, (αβ) 3 содержат промежуточные количества небелковых молекул. (это нелогичное утверждение необходимо исправить)
В фикоэритрине PE545, приведенном выше, одна α-цепь (-2 или -3) связывает одну молекулу биллина, в других примерах она связывает две молекулы. β-цепь всегда связывается с тремя молекулами. Маленькая γ-цепь ни с чем не связывается.
Две молекулы N -метиласпарагина связаны с β-цепью, одна 5-гидроксилизина с α (-3 или -2), одна Mg 2+ с α-3 и β, одна Cl − с β, 1–2 молекулы ТАК2−
4к α или β.
Ниже приведен образец кристаллической структуры R-фикоэритрина из банка данных белков :
Пики поглощения в видимом спектре света измерены при 495 и 545/566 нм в зависимости от связываемых хромофоров и рассматриваемого организма. Сильный пик эмиссии существует при 575 ± 10 нм. (Фикоэритрин слегка поглощает сине-зеленый/желтоватый свет и излучает слегка оранжево-желтый свет.)
Билины PEB и DBV в PE545 также поглощают в зеленой области спектра с максимумами при 545 и 569 нм соответственно. Максимум эмиссии флуоресценции находится при 580 нм. [3]
Как упоминалось выше, фикоэритрин можно найти в различных видах водорослей. Таким образом, может быть различная эффективность поглощения и излучения света, необходимая для облегчения фотосинтеза. Это может быть результатом глубины толщи воды, на которой обычно обитает конкретная водоросль, и, как следствие, необходимости большей или меньшей эффективности дополнительных пигментов.
Благодаря достижениям в области технологий визуализации и обнаружения, которые позволяют избежать быстрого фотообесцвечивания, белковые флуорофоры стали жизнеспособным и мощным инструментом для исследователей в таких областях, как микроскопия, микроматричный анализ и вестерн-блоттинг. В свете этого исследователям может быть полезно провести скрининг этих переменных R-фикоэритринов, чтобы определить, какой из них наиболее подходит для их конкретного применения. Даже небольшое увеличение эффективности флуоресценции может снизить фоновый шум и снизить частоту ложноотрицательных результатов.
R-Фикоэритрин (также известный как PE или R-PE) полезен в лаборатории в качестве флуоресцентного индикатора присутствия цианобактерий и для маркировки антител , чаще всего для проточной цитометрии . Его также используют в микрочиповых анализах, ИФА и других приложениях, требующих высокой чувствительности, но не фотостабильности. [20] Его использование в иммунофлуоресцентной микроскопии ограничено из-за его быстрого фотообесцвечивания . Существуют также другие типы фикоэритринов, такие как B-фикоэритрин, которые имеют несколько другие спектральные свойства. B-Фикоэритрин сильно поглощает при длине волны около 545 нм (слегка желтовато-зеленый) и вместо этого сильно излучает при 572 нм (желтый) и может лучше подходить для некоторых инструментов. B-фикоэритрин также может быть менее «липким», чем R-фикоэритрин, и вносить меньший вклад в фоновый сигнал из-за неспецифического связывания в некоторых приложениях. [ нужна цитация ] Однако R-PE гораздо чаще доступен в виде конъюгата антител. Фикоэритрин (ПЭ, λA max = 540–570 нм; λF max = 575–590 нм) [8]
R-фикоэритрин и B-фикоэритрин являются одними из самых ярких флуоресцентных красителей, когда-либо известных.
{{cite journal}}
: Требуется цитировать журнал |journal=
( помощь ){{cite journal}}
: Требуется цитировать журнал |journal=
( помощь ){{cite journal}}
: Требуется цитировать журнал |journal=
( помощь ){{cite journal}}
: Требуется цитировать журнал |journal=
( помощь )