stringtranslate.com

Флуоресцентная гибридизация in situ

Мультиплексная визуализация РНК в клетках с использованием анализов ViewRNA FISH
Метафазная клетка, положительная на перегруппировку bcr/abl (связанная с хроническим миелогенным лейкозом ) с использованием FISH. Хромосомы можно увидеть синим цветом. Хромосома, отмеченная зелеными и красными пятнами (вверху слева), является той, в которой присутствует перестройка.

Флуоресцентная гибридизация in situ ( FISH ) представляет собой метод молекулярной цитогенетики , в котором используются флуоресцентные зонды , которые связываются только с определенными частями последовательности нуклеиновой кислоты с высокой степенью комплементарности последовательностей . Он был разработан биомедицинскими исследователями в начале 1980-х годов [1] для обнаружения и локализации присутствия или отсутствия определенных последовательностей ДНК на хромосомах . Флуоресцентную микроскопию можно использовать, чтобы выяснить, где флуоресцентный зонд связан с хромосомами. FISH часто используется для обнаружения специфических особенностей ДНК для использования в генетическом консультировании , медицине и идентификации видов. [2] FISH также можно использовать для обнаружения и локализации конкретных мишеней РНК ( мРНК , днРНК и микроРНК ) [ нужна ссылка ] в клетках, циркулирующих опухолевых клетках и образцах тканей. В этом контексте это может помочь определить пространственно-временные закономерности экспрессии генов в клетках и тканях.

Зонды – РНК и ДНК

Обнаружение ViewRNA мРНК миР-133 (зеленый) и миогенина (красный) в дифференцирующихся клетках C2C12

В биологии зонд представляет собой одну цепь ДНК или РНК, комплементарную интересующей нуклеотидной последовательности.

РНК-зонды могут быть разработаны для любого гена или любой последовательности внутри гена для визуализации мРНК , [3] [4] [5] днРНК [6] [7] [8] и микроРНК в тканях и клетках. FISH используется для изучения клеточного цикла воспроизводства, в частности, интерфазы ядер на предмет любых хромосомных аномалий. [9] FISH позволяет при анализе большой серии архивных случаев значительно упростить идентификацию точной хромосомы за счет создания зонда с искусственной хромосомной основой, который будет привлекать похожие хромосомы. [9] Сигналы гибридизации для каждого зонда при обнаружении нуклеиновой аномалии. [9] Каждый зонд для обнаружения мРНК и днРНК состоит из ~20–50 пар олигонуклеотидов, каждая пара занимает пространство размером 40–50 п.о. Специфика зависит от конкретного используемого метода FISH. Для обнаружения микроРНК зонды используют запатентованный химический состав для специфического обнаружения микроРНК и охватывают всю последовательность микроРНК.

Уротелиальные клетки, отмеченные четырьмя разными зондами

Зонды часто получают из фрагментов ДНК, которые были выделены, очищены и амплифицированы для использования в проекте «Геном человека» . Размер человеческого генома настолько велик по сравнению с длиной, которую можно было секвенировать напрямую, что пришлось разделить геном на фрагменты. (В конечном итоге эти фрагменты были приведены в порядок путем расщепления копии каждого фрагмента на еще более мелкие фрагменты с помощью эндонуклеаз, специфичных для последовательности, измерения размера каждого небольшого фрагмента с помощью эксклюзионной хроматографии и использования этой информации для определения того, где находится большие фрагменты перекрывали друг друга.) Чтобы сохранить фрагменты с их индивидуальными последовательностями ДНК, фрагменты были добавлены в систему постоянно реплицирующихся популяций бактерий. Клональные популяции бактерий, каждая из которых содержит одну искусственную хромосому, хранятся в различных лабораториях по всему миру. Искусственные хромосомы ( BAC ) можно вырастить, извлечь и пометить в любой лаборатории, где есть библиотека. Геномные библиотеки часто называют в честь учреждения, в котором они были разработаны. Примером может служить библиотека RPCI-11, названная в честь Комплексного онкологического центра Розуэлл-Парк (ранее известного как Раковый институт Розуэлл-Парк) в Буффало, штат Нью-Йорк . Эти фрагменты имеют длину порядка 100 тысяч пар оснований и являются основой большинства зондов FISH.

Процесс подготовки и гибридизации – РНК

Целью использования RNA FISH является обнаружение целевых транскриптов мРНК в клетках, срезах тканей или даже целых препаратах. [10] Этот процесс состоит из 3 основных процедур: подготовка ткани (предварительная гибридизация), гибридизация и промывка (постгибридизация).

Подготовка тканей начинается со сбора соответствующих срезов тканей для проведения RNA FISH. Сначала фиксируются клетки, циркулирующие опухолевые клетки (ЦОК), фиксированные формалином и залитые парафином (FFPE) или замороженные срезы тканей. Некоторые часто используемые фиксаторы представляют собой 4% формальдегид или параформальдегид (PFA) в фосфатно-солевом буфере (PBS). [10] FISH также был успешно проведен на незафиксированных клетках. [11] После фиксации образцы проницаемы для обеспечения проникновения реагентов гибридизации. Для повышения тканевой проницаемости обычно применяют детергенты в концентрации 0,1%, такие как Твин-20 или Тритон Х-100. [12]

Для процесса гибридизации крайне важно иметь все оптимальные условия для достижения успешного результата in situ, включая температуру, pH, концентрацию соли и время реакции гибридизации. После проверки всех необходимых условий можно начать этапы гибридизации, сначала добавив целевой специфичный зонд, состоящий из 20 пар олигонуклеотидов, который гибридизуется с целевой РНК. Отдельные, но совместимые системы усиления сигнала позволяют проводить мультиплексный анализ (до двух мишеней на анализ). Усиление сигнала достигается посредством серии последовательных этапов гибридизации. [13]

После этапов гибридизации выполняются этапы промывания. Эти шаги направлены на удаление неспецифических гибридов и избавление от несвязанных молекул-зондов из образцов, чтобы уменьшить любую фоновую передачу сигналов. На этом этапе обычно используется промывка этанолом для уменьшения автофлуоресценции в тканях или клетках. [14] В конце анализа образцы тканей визуализируются под флуоресцентным микроскопом, таким как конфокальный флуоресцентный микроскоп и микроскоп Кейенса. [12]

Процесс подготовки и гибридизации – ДНК

Схема принципа эксперимента FISH по локализации гена в ядре.

Сначала изготавливается зонд. Зонд должен быть достаточно большим, чтобы обеспечить специфическую гибридизацию со своей мишенью, но не настолько большим, чтобы препятствовать процессу гибридизации. Зонд метится непосредственно флуорофорами , мишенями для антител или биотином . Маркирование может осуществляться различными способами, такими как трансляция ника или полимеразная цепная реакция с использованием меченых нуклеотидов .

Затем готовят интерфазный или метафазный препарат хромосом. Хромосомы прочно прикреплены к подложке , обычно стеклу. Повторяющиеся последовательности ДНК необходимо блокировать путем добавления в образец коротких фрагментов ДНК. Затем зонд наносят на хромосомную ДНК и инкубируют в течение примерно 12 часов при гибридизации. Несколько этапов промывки удаляют все негибридизированные или частично гибридизованные зонды. Затем результаты визуализируются и количественно оцениваются с помощью микроскопа, способного возбуждать краситель и записывать изображения.

Если флуоресцентный сигнал слабый, может потребоваться усиление сигнала, чтобы превысить порог обнаружения микроскопа . Сила флуоресцентного сигнала зависит от многих факторов, таких как эффективность маркировки зонда, тип зонда и тип красителя. Флуоресцентно меченные антитела или стрептавидин связываются с молекулой красителя. Эти вторичные компоненты выбираются так, чтобы они давали сильный сигнал.

Вариации зондов и анализа

РЫБА – очень общий метод. Различия между различными методами FISH обычно обусловлены различиями в последовательности и маркировке зондов; и как они используются в сочетании. Зонды делятся на две общие категории: клеточные и бесклеточные. Во флуоресцентной гибридизации «in situ» подразумевается размещение зонда в клетке.

Размер зонда важен, поскольку более короткие зонды гибридизуются менее специфично, чем более длинные, поэтому для обнаружения мишени часто используются достаточно длинные цепи ДНК или РНК (часто 10–25 нуклеотидов), которые комплементарны данной целевой последовательности. Перекрытие определяет разрешение обнаруживаемых объектов. Например, если целью эксперимента является обнаружение точки останова транслокации , то перекрытие зондов — степень, в которой одна последовательность ДНК содержится в соседних зондах — определяет минимальное окно, в котором может быть обнаружена точка останова. .

Комбинация последовательностей зондов определяет тип признака, который может обнаружить зонд. Зонды, гибридизующиеся по всей хромосоме, используются для подсчета количества определенной хромосомы, выявления транслокаций или выявления внехромосомных фрагментов хроматина . Это часто называют «целохромосомной живописью». Если использовать все возможные зонды, каждая хромосома (весь геном) будет флуоресцентно помечена, что не будет особенно полезно для определения особенностей отдельных последовательностей. Однако можно создать смесь зондов меньшего размера, специфичных для определенной области (локуса) ДНК; эти смеси используются для обнаружения делеционных мутаций . В сочетании с определенным цветом смесь локус-специфичных зондов используется для обнаружения очень специфических транслокаций. Для подсчета хромосом часто используются специальные смеси локус-специфичных зондов путем связывания с центромерными областями хромосом, которые достаточно различимы для идентификации каждой хромосомы (за исключением хромосом 13 , 14 , 21 , 22 ).

Во многих других методах используются смеси зондов разного цвета. Можно обнаружить диапазон цветов в смесях флуоресцентных красителей, поэтому каждую хромосому человека можно идентифицировать по характерному цвету с использованием смесей полнохромосомных зондов и различных соотношений цветов. Хотя хромосом больше, чем легко различимых цветов флуоресцентных красителей, соотношения смесей зондов можно использовать для создания вторичных цветов. Подобно сравнительной геномной гибридизации , смесь зондов для вторичных цветов создается путем смешивания в правильном соотношении двух наборов зондов разного цвета для одной и той же хромосомы. Эту технику иногда называют M-FISH.

Та же самая физика, которая делает возможным использование различных цветов для M-FISH, может быть использована для обнаружения транслокаций. То есть соседние цвета кажутся перекрывающимися; наблюдается вторичный цвет. Некоторые анализы разработаны таким образом, что в интересующих случаях вторичный цвет будет присутствовать или отсутствовать. Примером может служить обнаружение транслокаций BCR/ABL , где вторичный цвет указывает на заболевание. Этот вариант часто называют FISH двойного слияния или D-FISH. Противоположная ситуация, когда отсутствие вторичного цвета является патологией, иллюстрируется анализом, используемым для исследования транслокаций, где только одна из точек останова известна или постоянна. Локус-специфические зонды изготавливаются для одной стороны точки разрыва и другой неповрежденной хромосомы. В нормальных клетках наблюдается вторичный цвет, но при транслокации наблюдаются только первичные цвета. Эту технику иногда называют «РЫБОЙ-разрывом».

Одномолекулярная РНК FISH

Одномолекулярная РНК FISH, также известная как Stellaris® RNA FISH [15] или smFISH, [16] представляет собой метод обнаружения и количественного определения мРНК и других длинных молекул РНК в тонком слое образца ткани. Цели можно надежно визуализировать путем применения нескольких коротких однократно меченных олигонуклеотидных зондов . [17] Связывание до 48 флуоресцентно-меченых олигонуклеотидов с одной молекулой мРНК обеспечивает достаточную флуоресценцию для точного обнаружения и локализации каждой целевой мРНК на изображении широкопольной флуоресцентной микроскопии . Зонды, не связывающиеся с намеченной последовательностью, не достигают достаточной локализованной флуоресценции, чтобы можно было отличить их от фона . [18]

Анализы одномолекулярной РНК FISH можно проводить в симплексном или мультиплексном режиме и использовать в качестве последующего эксперимента после количественной ПЦР или визуализировать одновременно с анализом флуоресцентных антител . Технология имеет потенциальное применение в диагностике рака , [19] нейробиологии , анализе экспрессии генов [20] и сопутствующей диагностике .

Клетчатка РЫБА

В методе, альтернативном интерфазным или метафазным препаратам, волоконной FISH, интерфазные хромосомы прикрепляются к предметному стеклу таким образом, что они вытянуты по прямой линии, а не плотно свернуты, как при обычном FISH, или занимают территорию хромосомы . конформация, как в интерфазе FISH. Это достигается путем применения механического сдвига по длине предметного стекла либо к клеткам, которые были зафиксированы на предметном стекле и затем лизированы , либо к раствору очищенной ДНК. Для этой цели все чаще используется метод, известный как расчесывание хромосом . Расширенная конформация хромосом обеспечивает значительно более высокое разрешение – даже до нескольких тысяч оснований . Приготовление образцов волокон FISH, хотя концептуально и просто, является довольно квалифицированным искусством, и только специализированные лаборатории используют этот метод на регулярной основе. [21]

Q-ФИШ

Q-FISH сочетает в себе FISH с PNA и компьютерным программным обеспечением для количественной оценки интенсивности флуоресценции. Этот метод обычно используется при исследовании длины теломер .

Флоу-ФИШ

Flow-FISH использует проточную цитометрию для автоматического выполнения FISH с использованием поклеточных измерений флуоресценции.

МА-ФИШ

В методе FISH с использованием микрофлюидики (MA-FISH) используется микрофлюидный поток для повышения эффективности гибридизации ДНК, снижения расхода дорогостоящих зондов FISH и сокращения времени гибридизации. MA-FISH применяется для обнаружения гена HER2 в тканях рака молочной железы. [22]

МАР-ФИШ

Микроавторадиография FISH — это метод объединения радиоактивно меченных субстратов с обычным FISH для одновременного обнаружения филогенетических групп и метаболической активности. [23]

Гибридный синтез-FISH

Hybrid Fusion FISH (HF-FISH) использует комбинацию первичного аддитивного возбуждения/излучения флуорофоров для генерации дополнительных спектров посредством процесса маркировки, известного как динамическая оптическая передача (DOT). Три первичных флуорофора способны генерировать в общей сложности 7 легко обнаруживаемых спектров излучения в результате комбинаторного мечения с использованием DOT. Hybrid Fusion FISH позволяет использовать высокомультиплексированные приложения FISH, предназначенные для групп клинической онкологии. Эта технология обеспечивает более быструю оценку с помощью эффективных наборов датчиков, которые можно легко обнаружить с помощью традиционных флуоресцентных микроскопов.

МЕРФИШ

Мультиплексная устойчивая к ошибкам флуоресцентная гибридизация in situ [24] представляет собой высокомультиплексированную версию smFISH. Он использует комбинаторное мечение с последующей визуализацией, а затем устойчивое к ошибкам кодирование [25] для захвата большого количества молекул РНК и пространственной локализации внутри клетки. Захват большого количества молекул РНК позволяет выяснить регуляторные сети генов, предсказать функции неаннотированных генов и идентифицировать закономерности распределения молекул РНК, которые коррелируют со связанными с ними белками.

МОРСКАЯ МОРСКАЯ ЗВЕЗДА

Starfish — это набор программных инструментов, разработанных в 2019 году консорциумом ученых для анализа данных девяти различных вариантов FISH, поскольку все варианты создают один и тот же набор данных — значения экспрессии генов, сопоставленные с координатами x и y в клетке. Программное обеспечение, созданное для всех ученых, а не только для биоинформатиков, считывает набор изображений, удаляет шум и идентифицирует молекулы РНК. Целью этого подхода было определение стандартной схемы анализа наборов данных FISH аналогично анализу транскриптомики отдельных клеток . [26]

Медицинские приложения

Часто родители детей с отклонениями в развитии хотят узнать больше о состоянии своего ребенка, прежде чем принять решение завести еще одного ребенка. Эти проблемы можно решить путем анализа ДНК родителей и ребенка. В тех случаях, когда нарушение развития ребенка не выяснено, его причину потенциально можно определить с помощью FISH и цитогенетических методов. Примеры заболеваний, которые диагностируются с помощью FISH, включают синдром Прадера-Вилли , синдром Ангельмана , синдром делеции 22q13 , хронический миелогенный лейкоз , острый лимфобластный лейкоз , кри-дю-чат , велокардиофациальный синдром и синдром Дауна . FISH на сперматозоидах показан мужчинам с аномальным соматическим или мейотическим кариотипом , а также мужчинам с олигозооспермией , поскольку примерно 50% мужчин с олигозооспермией имеют повышенный уровень хромосомных аномалий сперматозоидов. [27] Анализа хромосом 21, X и Y достаточно для выявления лиц с олигозооспермией, находящихся в группе риска. [27]

В медицине FISH можно использовать для постановки диагноза , оценки прогноза или оценки ремиссии заболевания, например рака . Тогда лечение может быть специально адаптировано. Традиционное обследование, включающее анализ метафазных хромосом, часто не может выявить признаки, отличающие одно заболевание от другого, из-за тонких хромосомных особенностей; FISH может объяснить эти различия. FISH также можно использовать для более легкого обнаружения больных клеток, чем стандартные цитогенетические методы, которые требуют деления клеток и требуют трудоемкой и трудоемкой ручной подготовки и анализа препаратов технологом. FISH, с другой стороны, не требует живых клеток и может быть определен автоматически, компьютер подсчитывает присутствующие флуоресцентные точки. Однако опытный технолог должен различать тонкие различия в характере полос на изогнутых и скрученных метафазных хромосомах. FISH может быть встроен в микрофлюидное устройство «Лаборатория на чипе» . Эта технология все еще находится на стадии разработки, но, как и другие лабораторные методы на чипе, она может привести к созданию более портативных диагностических методов. [28] [29]

На этом рисунке показан процесс флуоресцентной гибридизации in situ (FISH), используемый для идентификации патогенов. Сначала у пациента берут образец инфицированной ткани. Затем синтезируется олигонуклеотид, комплементарный генетическому коду предполагаемого патогена, и химически помечается флуоресцентным зондом. Собранный образец ткани затем необходимо подвергнуть химической обработке, чтобы сделать клеточные мембраны проницаемыми для флуоресцентно меченого олигонуклеотида. После обработки образца ткани добавляют меченый комплементарный олигонуклеотид. Флуоресцентно меченный олигонуклеотид будет связываться только с комплементарной ДНК подозреваемого патогена. Если возбудитель присутствует в образце ткани, то клетки возбудителя будут светиться/флуоресцировать после обработки меченым олигонуклеотидом. Все остальные клетки не будут светиться после обработки.
Общий процесс флуоресцентной гибридизации in situ (FISH), используемый для идентификации бактериальных патогенов. Сначала у пациента берут образец инфицированной ткани. Затем олигонуклеотид, комплементарный генетическому коду предполагаемого патогена, химически помечается флуоресцентным зондом. Образец ткани подвергается химической обработке, чтобы сделать клеточные мембраны проницаемыми для флуоресцентно-меченого олигонуклеотида. Затем добавляется флуоресцентная метка, которая связывается только с комплементарной ДНК подозреваемого патогена. Если возбудитель присутствует в образце ткани, то клетки возбудителя будут флуоресцировать после обработки меченым олигонуклеотидом. Никакие другие клетки не будут светиться.

Идентификация видов

FISH широко изучается как диагностический метод идентификации патогенов в области медицинской микробиологии. [30] Хотя было доказано, что этот метод полезен и применим, он до сих пор не получил широкого применения в диагностических лабораториях. Короткое время постановки диагноза (менее 2 часов) было основным преимуществом по сравнению с биохимической дифференциацией, но это преимущество подвергается сомнению с помощью MALDI-TOF-MS, которая позволяет идентифицировать более широкий спектр патогенов по сравнению с методами биохимической дифференциации. Использование FISH в диагностических целях нашло свое применение, когда необходима немедленная идентификация видов, в частности, для исследования культур крови, для которых FISH является дешевым и простым методом предварительной быстрой диагностики. [30]

FISH также можно использовать для сравнения геномов двух биологических видов , чтобы установить эволюционные связи. Подобный метод гибридизации называется зооблотом . Бактериальные зонды FISH часто являются праймерами для участка 16s рРНК .

FISH широко используется в области микробной экологии для идентификации микроорганизмов . Биопленки , например, состоят из сложных (часто) многовидовых бактериальных организаций. Подготовка зондов ДНК для одного вида и проведение FISH с этим зондом позволяет визуализировать распределение этого конкретного вида внутри биопленки. Подготовка зондов (двух разных цветов) для двух видов позволяет исследователям визуализировать/изучить совместную локализацию этих двух видов в биопленке и может быть полезна при определении тонкой архитектуры биопленки.

Сравнительная геномная гибридизация

Сравнительную геномную гибридизацию можно описать как метод, который использует FISH параллельно со сравнением силы гибридизации, чтобы вспомнить любые серьезные нарушения в процессе дупликации последовательностей ДНК в ядре генома. [31]

Виртуальный кариотип

Виртуальное кариотипирование — еще одна экономически эффективная, клинически доступная альтернатива панелям FISH, в которых используются тысячи и миллионы зондов на одном массиве для обнаружения изменений числа копий по всему геному с беспрецедентным разрешением. В настоящее время этот тип анализа позволяет обнаружить только прирост и потерю хромосомного материала и не выявляет сбалансированные перестройки, такие как транслокации и инверсии, которые являются характерными аберрациями, наблюдаемыми при многих типах лейкемии и лимфомы.

Спектральный кариотип

Спектральное кариотипирование – это изображение цветных хромосом. Спектральное кариотипирование включает FISH с использованием нескольких форм многих типов зондов, в результате чего можно увидеть каждую хромосому, помеченную на стадии метафазы. Этот тип кариотипирования используется специально при поиске расположения хромосом.

Хромосомная эволюция

Человеческие хромосомы, окрашенные ДНК из 11 хромосомы мыши, демонстрирующие сигналы гибридизации на хромосомах 17, 5, 2, 7 и 22 человека и некоторых других хромосомах. То есть предковая хромосома распалась на множество фрагментов, которые до сих пор можно найти во многих хромосомах человека. [32]

FISH можно использовать для изучения эволюции хромосом . Родственные виды имеют схожие хромосомы. Эту гомологию можно обнаружить с помощью секвенирования гена или генома , а также с помощью FISH. Например, хромосомы человека и шимпанзе очень похожи, и FISH может продемонстрировать, что две хромосомы шимпанзе сливаются, образуя одну человеческую хромосому. Точно так же виды, которые более отдаленно связаны, имеют схожие хромосомы, но с увеличением расстояния хромосомы имеют тенденцию разрываться и сливаться, что приводит к образованию мозаичных хромосом. Это можно наглядно продемонстрировать с помощью FISH (см. рисунок). [32]

Смотрите также

Галерея

Рекомендации

  1. ^ Langer-Safer PR, Левин М., Уорд, округ Колумбия (июль 1982 г.). «Иммунологический метод картирования генов политенных хромосом дрозофилы». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 79 (14): 4381–4385. Бибкод : 1982PNAS...79.4381L. дои : 10.1073/pnas.79.14.4381 . ПМК  346675 . ПМИД  6812046.
  2. ^ Аманн Р., Фукс Б.М. (май 2008 г.). «Идентификация одиночных клеток в микробных сообществах с помощью улучшенных методов флуоресцентной гибридизации in situ». Обзоры природы. Микробиология . 6 (5): 339–348. doi : 10.1038/nrmicro1888. PMID  18414500. S2CID  22498325.
  3. ^ Энтони С.Дж., Сент-Леже Дж.А., Пуглиарес К., Ип Х.С., Чан Дж.М., Карпентер З.В. и др. (2012). «Появление смертельного птичьего гриппа у тюленей Новой Англии». мБио . 3 (4): e00166–e00112. doi : 10.1128/mBio.00166-12. ПМК 3419516 . ПМИД  22851656. 
  4. ^ Эверитт А.Р., Клэр С., Пертель Т., Джон С.П., Уош Р.С., Смит С.Е. и др. (март 2012 г.). «IFITM3 ограничивает заболеваемость и смертность, связанную с гриппом». Природа . 484 (7395): 519–523. Бибкод : 2012Natur.484..519.. doi :10.1038/nature10921. ПМЦ 3648786 . ПМИД  22446628. 
  5. ^ Лузада С., Адега Ф., Чавес Р. (2012). «Определение линий клеток опухоли молочной железы сестринских крыс HH-16 cl.2/1 и HH-16.cl.4 в качестве модели клеток in vitro для Erbb2». ПЛОС ОДИН . 7 (1): e29923. Бибкод : 2012PLoSO...729923L. дои : 10.1371/journal.pone.0029923 . ПМЦ 3254647 . ПМИД  22253826. 
  6. ^ Тинг Д.Т., Липсон Д., Пол С., Брэнниган Б.В., Акхаванфард С., Коффман Э.Дж. и др. (февраль 2011 г.). «Аберрантная сверхэкспрессия сателлитных повторов при раке поджелудочной железы и других эпителиальных раках». Наука . 331 (6017): 593–596. Бибкод : 2011Sci...331..593T. дои : 10.1126/science.1200801. ПМК 3701432 . ПМИД  21233348. 
  7. ^ Чжан Б., Арун Г., Мао Ю.С., Лазар З., Хунг Г., Бхаттачарджи Г. и др. (июль 2012 г.). «ДнРНК Malat1 необходима для развития мышей, но ее транскрипция играет цис-регуляторную роль у взрослых». Отчеты по ячейкам . 2 (1): 111–123. doi :10.1016/j.celrep.2012.06.003. ПМЦ 3408587 . ПМИД  22840402. 
  8. ^ Ли К., Кункио Н., Чон Ш., Ли И., Джонсон Б.Х., Кан Г.И. и др. (июнь 2011 г.). «Предшественник миР-886, новая некодирующая РНК, репрессируемая при раке, связывается с PKR и модулирует ее активность». РНК . 17 (6): 1076–1089. дои : 10.1261/rna.2701111. ПМК 3096040 . ПМИД  21518807. 
  9. ^ abc Бернаскони Б, Карамитопулу-Диамантис Е, Карамитополу-Диамантис Е, Торнилло Л, Лугли А, Ди Визио Д и др. (апрель 2008 г.). «Хромосомная нестабильность в лимфомах лимфоидной ткани, связанных со слизистой оболочкой желудка: исследование флуоресцентной гибридизации in situ с использованием подхода тканевого микрочипа». Патология человека . 39 (4): 536–542. дои : 10.1016/j.humpath.2007.08.009. ПМИД  18234275.
  10. ^ ab Young AP, Jackson DJ, Wyeth RC (19 марта 2020 г.). «Технический обзор и руководство по флуоресценции РНК in situ гибридизации». ПерДж . 8 : е8806. дои : 10.7717/peerj.8806 . ПМЦ 7085896 . ПМИД  32219032. 
  11. ^ Харун М.Ф., Скеннертон КТ, Стин Дж.А., Лакнер Н., Хугенхольц П., Тайсон Г.В. (2013). «Флуоресценция в растворе, гибридизация in situ и сортировка клеток, активируемая флуоресценцией, для восстановления генома отдельных клеток и популяций». Микробная метагеномика, метатранскриптомика и метапротеомика . Методы энзимологии. Том. 531. стр. 3–19. дои : 10.1016/B978-0-12-407863-5.00001-0. ISBN 9780124078635. ПМИД  24060113.
  12. ^ аб Цуй С, Шу В, Ли П (2016). «Флуоресцентная гибридизация in situ: применение клеточной генетической диагностики и исследований». Границы клеточной биологии и биологии развития . 4 : 89. дои : 10.3389/fcell.2016.00089 . ПМК 5011256 . ПМИД  27656642. 
  13. ^ Се Ф, Тимме К.А., Вуд-младший (май 2018 г.). «Использование флуоресцентной гибридизации мРНК одиночной молекулы in situ (RNA-FISH) для количественного определения мРНК в отдельных мышиных ооцитах и ​​эмбрионах». Научные отчеты . 8 (1): 7930. Бибкод : 2018NatSR...8.7930X. дои : 10.1038/s41598-018-26345-0. ПМК 5962540 . ПМИД  29785002. 
  14. ^ Оливейра В.К., Каррара Р.К., Симоэс Д.Л., Саджоро Ф.П., Карлотти К.Г., Ковас Д.Т., Недер Л. (август 2010 г.). «Обработка Sudan Black B снижает аутофлуоресценцию и улучшает разрешение специфических флуоресцентных сигналов гибридизации in situ в секциях мозга». Гистология и гистопатология . 25 (8): 1017–1024. дои : 10.14670/HH-25.1017. ПМИД  20552552.
  15. ^ Орьяло А.В., Йоханссон Х.Э. (1 января 2016 г.). «Флуоресценция РНК Stellaris® гибридизация in situ для одновременного обнаружения незрелых и зрелых длинных некодирующих РНК в прикрепленных клетках». В Фэн Ю, Чжан Л. (ред.). Длинные некодирующие РНК . Методы молекулярной биологии. Том. 1402. Спрингер Нью-Йорк. стр. 119–134. дои : 10.1007/978-1-4939-3378-5_10. ISBN 9781493933761. ПМИД  26721487.
  16. ↑ Чен Дж., МакСвигген Д., Юнал Э. (май 2018 г.). «Анализ одномолекулярной флуоресценции in situ гибридизации (smFISH) при вегетативном росте почкующихся дрожжей и мейозе». Журнал визуализированных экспериментов (135). дои : 10.3791/57774. ПМК 6101419 . ПМИД  29889208. 
  17. ^ Радж А., ван ден Богаард П., Рифкин С.А., ван Ауденаарден А., Тьяги С. (октябрь 2008 г.). «Визуализация отдельных молекул мРНК с использованием нескольких одиночно меченных зондов». Природные методы . 5 (10): 877–879. дои : 10.1038/nmeth.1253. ПМК 3126653 . ПМИД  18806792. 
  18. ^ Biosearch Technologies подписывает эксклюзивную лицензию на одномолекулярные технологии FISH от UMDNJ. biosearchtech.com
  19. ^ Кагир Б., Гельманн А., Парк Дж., Фава Т., Танкелевич А., Биттнер Э.В. и др. (декабрь 1999 г.). «Информационная РНК гуанилилциклазы C является биомаркером рецидивирующего колоректального рака II стадии». Анналы внутренней медицины . 131 (11): 805–812. дои : 10.7326/0003-4819-131-11-199912070-00024. ПМИД  10610624.
  20. ^ Косман Д., Мизутани С.М., Лемонс Д., Кокс В.Г., Макгиннис В., Бир Э. (август 2004 г.). «Мультиплексное обнаружение экспрессии РНК в эмбрионах дрозофилы». Наука . 305 (5685): 846. doi :10.1126/science.1099247. PMID  15297669. S2CID  26313219.
  21. ^ Хейсканен М., Каллиониеми О., Палотие А. (март 1996 г.). «Fiber-FISH: опыт и усовершенствованный протокол». Генетический анализ . 12 (5–6): 179–184. дои : 10.1016/S1050-3862(96)80004-0. ПМИД  8740834.
  22. ^ Нгуен Х.Т., Труйон Р., Мацуока С., Фиш М., де Леваль Л., Бисиг Б., Гийс М.А. (январь 2017 г.). «Микрофлюидная флуоресцентная гибридизация in situ для эффективной оценки рецептора 2 эпидермального фактора роста человека при раке молочной железы». Лабораторные исследования; Журнал технических методов и патологии . 97 (1): 93–103. дои : 10.1038/labinvest.2016.121 . ПМИД  27892928.
  23. ^ Окабе С., Киндаичи Т., Ито Т. (2004). «MAR-FISH — экофизиологический подход к связыванию филогенетической принадлежности и метаболической активности микроорганизмов in situ в одноклеточном разрешении». Микробы и окружающая среда . 19 (2): 83–98. дои : 10.1264/jsme2.19.83 .
  24. ^ Чен К.Х., Беттигер А.Н., Моффитт-младший, Ван С., Чжуан X (апрель 2015 г.). «Визуализация РНК. Пространственно разрешенное, высокомультиплексированное профилирование РНК в отдельных клетках». Наука . 348 (6233): ааа6090. doi : 10.1126/science.aaa6090. ПМЦ 4662681 . ПМИД  25858977. 
  25. ^ Чен К.Х., Беттигер А.Н., Моффитт-младший, Ван С., Чжуан X (апрель 2015 г.). «Визуализация РНК. Пространственно разрешенное, высокомультиплексированное профилирование РНК в отдельных клетках». Наука . 348 (6233): ааа6090. doi : 10.1126/science.aaa6090. ПМЦ 4662681 . ПМИД  25858977. 
  26. ^ Перкель Дж. М. (август 2019 г.). «Морское предприятие: поиск закономерностей РНК в отдельных клетках». Природа . 572 (7770): 549–551. Бибкод : 2019Natur.572..549P. дои : 10.1038/d41586-019-02477-9. PMID  31427807. S2CID  201064966.
  27. ^ ab Саррате З., Видаль Ф., Бланко Дж. (апрель 2010 г.). «Роль исследований флуоресцентной гибридизации спермы in situ у бесплодных пациентов: показания, подход к исследованию и клиническая значимость». Фертильность и бесплодие . 93 (6): 1892–1902. doi : 10.1016/j.fertnstert.2008.12.139 . ПМИД  19254793.
  28. ^ Курц CM, Моосдейк С.В., Тилеке Х, Фельтен Т (2011). «На пути к платформе клеточного многопараметрического анализа: флуоресцентная гибридизация in situ (FISH) на чипах с микроотверстиями». 2011 Ежегодная международная конференция Общества инженерии в медицине и биологии IEEE . Том. 2011. С. 8408–8411. doi :10.1109/IEMBS.2011.6092074. ISBN 978-1-4577-1589-1. PMID  22256298. S2CID  4955677.
  29. ^ Дилл К., Лю Р., Гродзинский П., ред. (2008). Микрочипы: подготовка, микрофлюидика, методы обнаружения и биологические применения . Спрингер. п. 323. ИСБН 978-0387727165.
  30. ^ ab Фрикманн Х., Заутнер А.Е., Мотер А., Кихни Дж., Хаген Р.М., Стендер Х., Попперт С. (май 2017 г.). «Флуоресцентная гибридизация in situ (FISH) в рутинной микробиологической диагностической лаборатории: обзор». Критические обзоры по микробиологии . 43 (3): 263–293. дои : 10.3109/1040841X.2016.1169990. PMID  28129707. S2CID  25252460.
  31. ^ «Сравнительная геномная гибридизация». Словарь научно-технических терминов Макгроу-Хилла . Проверено 19 сентября 2013 г.
  32. ^ аб Фергюсон-Смит М.А., Перейра Х.К., Борхес А., Касаи Ф. (октябрь 2022 г.). «Наблюдения за хромосомно-специфичным секвенированием для построения карт межвидовой гомологии хромосом и разрешение гомологий человека: альпаки». Молекулярная цитогенетика . 15 (1): 44. дои : 10.1186/s13039-022-00622-0 . ПМЦ 9547437 . ПМИД  36207754. 

дальнейшее чтение

Внешние ссылки

Викискладе есть медиафайлы, связанные с флуоресцентной гибридизацией in situ .