stringtranslate.com

Фосфатаза

Шаростержневая модель фосфатного аниона.

В биохимии фосфатаза это фермент , который использует воду для расщепления моноэфира фосфорной кислоты на фосфат-ион и спирт. Поскольку фермент фосфатаза катализирует гидролиз своего субстрата , он является подкатегорией гидролаз . [ 1 ] Ферменты фосфатазы необходимы для многих биологических функций, поскольку фосфорилирование (например, протеинкиназами ) и дефосфорилирование (фосфатазами) выполняют различные функции в клеточной регуляции и сигнализации . [2] В то время как фосфатазы удаляют фосфатные группы из молекул, киназы катализируют перенос фосфатных групп на молекулы из АТФ . Вместе киназы и фосфатазы направляют форму посттрансляционной модификации , которая необходима для регуляторной сети клетки. [3]

Ферменты фосфатазы не следует путать с ферментами фосфорилазы , которые катализируют перенос фосфатной группы от фосфата водорода к акцептору. Благодаря своей распространенности в клеточной регуляции, фосфатазы представляют интерес для фармацевтических исследований. [4] [5]

Биохимия

Общая реакция, катализируемая ферментом фосфатазой

Фосфатазы катализируют гидролиз фосфомоноэфира , удаляя фосфатную часть из субстрата. Вода расщепляется в реакции, при этом группа -ОН присоединяется к фосфатному иону, а H+ протонирует гидроксильную группу другого продукта. Конечным результатом реакции является разрушение фосфомоноэфира и создание как фосфатного иона, так и молекулы со свободной гидроксильной группой. [4]

Фосфатазы способны дефосфорилировать, казалось бы, разные сайты на своих субстратах с большой специфичностью. Определение «кода фосфатазы», ​​то есть механизмов и правил, которые управляют распознаванием субстрата для фосфатаз, все еще находится в процессе разработки, но первый сравнительный анализ всех белковых фосфатаз, закодированных в девяти эукариотических геномах «фосфатома», уже доступен. [6] Исследования показывают, что так называемые «стыковочные взаимодействия» играют важную роль в связывании субстрата. [3] Фосфатаза распознает и взаимодействует с различными мотивами (элементами вторичной структуры) на своем субстрате; эти мотивы связываются с низким сродством с сайтами стыковки на фосфатазе, которые не содержатся в ее активном сайте . Хотя каждое отдельное стыковочное взаимодействие слабое, многие взаимодействия происходят одновременно, оказывая кумулятивный эффект на специфичность связывания. [7] Стыковочные взаимодействия также могут аллостерически регулировать фосфатазы и, таким образом, влиять на их каталитическую активность. [8]

Функции

В отличие от киназ, ферменты фосфатазы распознают и катализируют более широкий спектр субстратов и реакций. Например, у людей Ser/Thr-киназы превосходят Ser/Thr-фосфатазы в десять раз. [4] В некоторой степени это несоответствие является результатом неполного знания человеческого фосфатома , то есть полного набора фосфатаз, экспрессируемых в клетке, ткани или организме. [3] Многие фосфатазы еще не открыты, и для многочисленных известных фосфатаз субстрат еще не идентифицирован. Однако среди хорошо изученных пар фосфатаза/киназа фосфатазы демонстрируют большее разнообразие, чем их аналоги киназы, как по форме, так и по функции; это может быть результатом меньшей степени консервативности среди фосфатаз. [4]

Кальциневрин (PP2B) — фермент протеинфосфатаза, участвующий в работе иммунной системы.

Отличия

Фосфатазы не следует путать с фосфорилазами , которые добавляют фосфатные группы.

Протеиновые фосфатазы

Протеинфосфатаза — это фермент, который дефосфорилирует аминокислотный остаток своего белкового субстрата. В то время как протеинкиназы действуют как сигнальные молекулы, фосфорилируя белки, фосфатазы удаляют фосфатную группу, что необходимо, если система внутриклеточной сигнализации должна иметь возможность перезапуска для будущего использования. Тандемная работа киназ и фосфатаз составляет важный элемент регуляторной сети клетки. [ 9] Фосфорилирование (и дефосфорилирование) является одним из наиболее распространенных способов посттрансляционной модификации белков, и, по оценкам, в любой момент времени фосфорилируется до 30% всех белков. [10] [11] Две известные протеинфосфатазы — PP2A и PP2B. PP2A участвует во множестве регуляторных процессов, таких как репликация ДНК, метаболизм, транскрипция и развитие. PP2B, также называемый кальциневрином , участвует в пролиферации Т-клеток ; Из-за этого он является мишенью некоторых лекарств, направленных на подавление иммунной системы. [9]

Нуклеозиды и нуклеотиды отличаются одним фосфатом, который отщепляется от нуклеотидов нуклеотидазами.

Нуклеотидазы

Нуклеотидаза — это фермент, катализирующий гидролиз нуклеотида , образуя нуклеозид и фосфатный ион. [12] Нуклеотидазы необходимы для клеточного гомеостаза , поскольку они частично отвечают за поддержание сбалансированного соотношения нуклеотидов и нуклеозидов. [13] Некоторые нуклеотидазы функционируют вне клетки, создавая нуклеозиды, которые могут транспортироваться в клетку и использоваться для регенерации нуклеотидов через пути спасения . [14] Внутри клетки нуклеотидазы могут помогать поддерживать уровень энергии в условиях стресса. Клетка, лишенная кислорода и питательных веществ, может катаболизировать больше нуклеотидов, чтобы повысить уровень нуклеозидтрифосфатов, таких как АТФ , основной энергетической валюты клетки. [15]

В глюконеогенезе

Фосфатазы также могут действовать на углеводы , такие как промежуточные продукты глюконеогенеза . Глюконеогенез — это биосинтетический путь, в котором глюкоза создается из неуглеводных предшественников; этот путь необходим, поскольку многие ткани могут получать энергию только из глюкозы. [9] Две фосфатазы, глюкозо-6-фосфатаза и фруктозо-1,6-бисфосфатаза, катализируют необратимые этапы глюконеогенеза. [16] [17] Каждая из них отщепляет фосфатную группу от шестиуглеродного промежуточного сахарофосфата .

Классификация

В рамках более крупного класса фосфатаз Комиссия по ферментам выделяет 104 различных семейства ферментов. Фосфатазы классифицируются по субстратной специфичности и гомологии последовательностей в каталитических доменах. [3] Несмотря на их классификацию в более чем сто семейств, все фосфатазы по-прежнему катализируют одну и ту же общую реакцию гидролиза. [1]

В экспериментах in vitro ферменты фосфатазы, по-видимому, распознают множество различных субстратов, и один субстрат может распознаваться многими различными фосфатазами. Однако, когда эксперименты проводились in vivo, было показано, что ферменты фосфатазы невероятно специфичны. [3] В некоторых случаях протеинфосфатаза (т. е. та, которая определяется по ее распознаванию белковых субстратов) может катализировать дефосфорилирование небелковых субстратов. [4] Аналогично, тирозинфосфатазы с двойной специфичностью могут дефосфорилировать не только остатки тирозина , но и остатки серина . Таким образом, одна фосфатаза может проявлять качества нескольких семейств фосфатаз. [9]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ ab "ENZYME: 3.1.3.-". genetic.expasy.org . Получено 2017-02-21 .
  2. ^ Либерти, Сюзанна; Сакко, Франческа; Кальдероне, Альберто; Перфетто, Ливия; Яннучелли, Марта; Панни, Симона; Сантонико, Елена; Пальма, Анита; Нардоцца, Аурелио П. (1 января 2013 г.). «HuPho: портал фосфатазы человека» (PDF) . Журнал ФЭБС . 280 (2): 379–387. дои : 10.1111/j.1742-4658.2012.08712.x . ПМИД  22804825.
  3. ^ abcde Сакко, Франческа; Перфетто, Ливия; Кастаньоли, Луиза; Чезарени, Джанни (14 августа 2012 г.). «Интерактом фосфатазы человека: сложный семейный портрет». Письма ФЭБС . 586 (17): 2732–2739. doi :10.1016/j.febslet.2012.05.008. ПМЦ 3437441 . ПМИД  22626554. 
  4. ^ abcde Ли, Сюнь; Вильманнс, Маттиас; Торнтон, Джанет; Кён, Майя (2013-05-14). "Выяснение сетей субстрата фосфатазы человека". Science Signaling . 6 (275): rs10. doi :10.1126/scisignal.2003203. PMID  23674824. S2CID  19282957.
  5. ^ Боденмиллер, Бернд; Ванка, Стефани; Крафт, Клодин; Урбан, Йорг; Кэмпбелл, Дэвид; Педриоли, Патрик Г.; Герритс, Бертран; Пикотти, Паола ; Лам, Генри (2010-12-21). «Фосфопротеомный анализ выявляет взаимосвязанные системные реакции на возмущения киназ и фосфатаз в дрожжах». Science Signaling . 3 (153): rs4. doi :10.1126/scisignal.2001182. PMC 3072779. PMID  21177495 . 
  6. ^ Чен, Марк Дж.; Диксон, Джек Э.; Мэннинг, Джерард (2017-04-11). «Геномика и эволюция протеинфосфатаз». Sci. Signal . 10 (474): eaag1796. doi :10.1126/scisignal.aag1796. ISSN  1945-0877. PMID  28400531. S2CID  41041971.
  7. ^ Рой, Джагори; Сайерт, Марта С. (2009-12-08). «Взлом кода фосфатазы: стыковочные взаимодействия определяют специфичность субстрата». Science Signaling . 2 (100): re9. doi :10.1126/scisignal.2100re9. PMID  19996458. S2CID  20590354.
  8. ^ Reményi, Attila; Good, Matthew C; Lim, Wendell A (2006-12-01). «Взаимодействия стыковки в сетях протеинкиназы и фосфатазы». Current Opinion in Structural Biology . Catalysis and regulation / Proteins. 16 (6): 676–685. doi :10.1016/j.sbi.2006.10.008. PMID  17079133.
  9. ^ abcd G., Voet, Judith; W., Pratt, Charlotte (2013-01-01). Основы биохимии: жизнь на молекулярном уровне . Wiley. ISBN 9781118129180. OCLC  892195795.{{cite book}}: CS1 maint: multiple names: authors list (link)
  10. ^ Коэн, Филипп (2002-05-01). «Истоки фосфорилирования белков». Nature Cell Biology . 4 (5): E127–130. doi :10.1038/ncb0502-e127. ISSN  1465-7392. PMID  11988757. S2CID  29601670.
  11. ^ Тонкс, Николас К. (2006). «Протеиновые тирозиновые фосфатазы: от генов к функции и болезни». Nature Reviews Molecular Cell Biology . 7 (11): 833–846. doi :10.1038/nrm2039. PMID  17057753. S2CID  1302726.
  12. ^ "ENZYME entry 3.1.3.31". genetic.expasy.org . Получено 2017-03-21 .
  13. ^ Bianchi, V; Pontis, E; Reichard, P (1986). «Взаимоотношения между циклами субстратов и синтезом de novo пиримидиндезоксирибонуклеозидтрифосфатов в клетках 3T6». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 83 (4): 986–990. Bibcode : 1986PNAS...83..986B. doi : 10.1073 /pnas.83.4.986 . PMC 322995. PMID  3456577. 
  14. ^ Циммерман, Герберт; Цебиш, Маттиас; Штратер, Норберт (2012-09-01). «Клеточная функция и молекулярная структура эктонуклеотидаз». Purinergic Signalling . 8 (3): 437–502. doi :10.1007/s11302-012-9309-4. ISSN  1573-9538. PMC 3360096. PMID  22555564 . 
  15. ^ Хансакер, Салли Энн; Митчелл, Беверли С.; Спихала, Йозеф (2005-07-01). «5'-нуклеотидазы как регуляторы метаболизма нуклеотидов и лекарств». Фармакология и терапия . 107 (1): 1–30. doi :10.1016/j.pharmthera.2005.01.003. ISSN  0163-7258. PMID  15963349.
  16. ^ "ENZYME entry 3.1.3.9". genetic.expasy.org . Получено 2017-03-21 .
  17. ^ "ENZYME entry 3.1.3.11". genetic.expasy.org . Получено 2017-03-21 .

Внешние ссылки