Системы химической классификации пытаются классифицировать элементы или соединения в соответствии с определенными химическими функциональными или структурными свойствами. В то время как структурные свойства в значительной степени являются внутренними , функциональные свойства и производные классификации в определенной степени зависят от типа партнеров по химическому взаимодействию , на которых эта функция оказывается. Иногда другие критерии, такие как чисто физические (например, молекулярный вес ) или, с другой стороны, функциональные свойства выше химического уровня, также используются для построения химических таксономий .
Некоторые системы смешивают различные уровни, что приводит к иерархиям, где домены слегка перепутаны, например, структурные и функциональные аспекты оказываются на одном уровне. В то время как химическая функция тесно зависит от химической структуры, ситуация становится более сложной, когда, например, интегрируется фармакологическая функция, поскольку QSAR обычно не может быть напрямую вычислен из структурных качеств.