Хлорофлексота

Тип бактерий

Chloroflexota — это тип бактерий , содержащий изоляты с разнообразными фенотипами, включая представителей, которые являются аэробными термофилами , которые используют кислород и хорошо растут при высоких температурах; аноксигенные фототрофы , использующие свет для фотосинтеза ( зеленые несерные бактерии ); и анаэробные галореспиреры, которые используют галогенированные органические вещества (такие как токсичные хлорированные этины и полихлорированные дифенилы ) в качестве акцепторов электронов.

Представители филума Chloroflexota являются монодермами (то есть имеют одну клеточную мембрану без внешней оболочки), но окрашиваются преимущественно грамотрицательно. ^[2] Многие хорошо изученные типы бактерий являются дидермами и окрашивают грамотрицательные бактерии , тогда как хорошо известные монодермы, окрашивающие грамположительные бактерии, включают Firmicutes (или Bacillota ) ( грамположительные люди с низким G+C ), Actinomycetota (грамположительные с высоким G+ С грамположительные) и Deinococta (грамположительные дидермы с толстым слоем пептидогликана).

История

Название таксона было создано в издании 2001 года первого тома « Руководства Берджи по систематической бактериологии» и представляет собой латинское множественное число от названия Chloroflexus , названия типового рода этого типа, общепринятой практики . ^[3]

В 1987 году Карл Вёзе , считающийся одним из предшественников революции в молекулярной филогении, разделил эубактерии на 11 подразделений на основе последовательностей 16S рибосомальной РНК (SSU) и сгруппировал роды Chloroflexus , Herpetosiphon и Thermomicrobium в «зеленые несерные бактерии и родственники», ^{[4] [5]} , который был временно переименован в «Chloroflexi» в первом томе «Руководства по систематической бактериологии» Берджи. ^[6]

Хлорофлексота, являющаяся глубоко разветвленным типом (см. Типы бактерий ), в первом томе Руководства по систематической бактериологии Берги считала, что она включает один класс с тем же названием. ^[6] Однако с 2001 года благодаря вновь открытым видам были созданы новые классы, и тип Chloroflexi теперь разделен на несколько классов.

« Dehalococcoidetes » — это название-заполнитель, данное Hugenholtz & Stackebrandt, 2004, ^[7] после « Dehalococcoides ethenogenes », вида, частично описанного в 1997 году. ^[8] Первым полностью описанным видом был Dehalogenimonas lykanthroporepellens , Moe et al. 2009, ^[9] , но в описании этого вида класс не был официально оформлен, а также не были указаны семейства или отряды, поскольку эти два вида имеют только 90% идентичности 16S рибосомальной РНК , а это означает, что они могут относиться к разным семействам или даже отрядам. ^[9]

Недавний филогенетический анализ Chloroflexota обнаружил очень слабую поддержку группировки различных классов, которые в настоящее время являются частью этого типа. ^[10] Шесть классов, составляющих тип, не образуют последовательно хорошо поддерживаемую кладу в филогенетических деревьях, основанных на конкатенированных последовательностях для больших наборов данных белков, и не было идентифицировано никаких консервативных сигнатурных инделей , которые были бы уникально общими для всего типа. ^[10] Однако было обнаружено, что классы Chloroflexi и Thermomicrobia последовательно группируются как обычными филогенетическими методами, так и с помощью идентификации общих консервативных сигнатурных инделей в 50S рибосомальном белке L19 и ферменте UDP-глюкозо-4-эпимераза. ^[10] Было высказано предположение, что тип Chloroflexi sensu stricto должен включать только классы Chloroflexi и Thermomicrobia, а остальные четыре класса («Dehalococcoidetes», Anaerolineae, Caldilineae и Ktedonobacteria) могут представлять собой один или несколько независимых типов, разветвляющихся в окрестности Хлорофлекси. ^[10]

Филогения

Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) ^[11] и Национальном центре биотехнологической информации (NCBI). ^[12]

Таксономия

Род « Candidatus Caldibacter» корриг. Шпик и др. 2020
Род Candidatus Chlorotrichoides корриг. Орен и др. 2020 [" Candidatus Chlorothrix" Klappenbach & Pierson 2004 не Dyar 1921 не Berger-Perrot 1982 ^[22] ]
Род " Candidatus Nitrocaldera" Spieck et al. 2020
Род « Candidatus Nitrotheca» Spieck et al. 2020
Род Candidatus Poriflexus Когава и др. 2022 г.
Класс «Лимноцилиндррии» Мехршад и др. 2018 год

• Порядок «Limnocylindrales» Mehrshad et al. 2018 год
  • Семейство «Limnocylindraceae» Mehrshad et al. 2018 (СЛ56)
    • Род Candidatus Aquidulcis исправ. Родригес-Р и др. 2020 год
    • Род « Candidatus Limnocylindrus» Mehrshad et al. 2018 год

Класс Ktedonobacteria Cavaletti et al. 2007 г., поправки. Ябе и др. 2010 год

• Отряд Thermogemmatisporales Yabe et al. 2011 год
  • Семейство Thermogemmatisporaceae Yabe et al. 2011 г.
    • Род Thermogemmatispora Yabe et al. 2011 ^[23]
• Отряд Ktedonobacterales Cavaletti et al. 2007 год
  • Семейство Dictyobacteraceae Wang et al. 2019 год
    • Род Dictyobacter Yabe et al. 2017 год
    • Род Tengunoibacter Wang et al. 2019 год
  • Семейство Ktedonobacteriaceae Cavaletti et al. 2007 год
    • Род Ktedonobacter corrig. Кавалетти и др. 2007 год
    • Род Ktedonospora Yabe et al. 2021 год
  • Семейство Ktedonosporobacteraceae Yan et al. 2020 год
    • Род Ktedonosporobacter Yan et al. 2020 год
  • Семейство Reticulibacteraceae Yabe et al. 2021 год
    • Род Reticulibacter Yabe et al. 2021 год
  • Семейство Thermosporotrichaceae Yabe et al. 2010 год
    • Род Thermosporothrix Yabe et al. 2010 ^[24]

Класс «Умбрициклопия» Mehrshad et al. 2018 год

• Отряд «Umbricyclpales» Mehrshad et al. 2018 год
  • Семейство Umbricyclopaceae. Mehrshad et al. 2018 год
    • Род « Candidatus Umbricyclops» Mehrshad et al. 2018 (ТК10)

Класс «Bathosphaeria» Mehrshad et al. 2018 год

• Орден «Bathosphaerales» Mehrshad et al. 2018 год
  • Семейство «Bathosphaeraceae» Mehrshad et al. 2018 год
    • Род « Candidatus Bathosphaera» Mehrshad et al. 2018 (ДЖГ30-КФ-СМ66)

Класс Tepidiformia Кочеткова и др. 2020 год

• Отряд Tepidiformales Кочеткова и др. 2020 год
  • Семейство Tepidiformaceae Кочеткова и др. 2020 год
    • Род « Тепидиформа Кочеткова и др. 2020».

Класс Dehalococcoidia Löffler et al. 2013

• Отряд Dehalococcoidales Löffler et al. 2013
  • Семейство Dehalococcoidaceae Löffler et al. 2013
    • Род Dehalococcoides Löffler et al. 2013
    • Род Dehalogenimonas Moe et al. 2009 год

Класс «Термофонтия» корриг. Уорд и др. 2018 год

• Отряд «Phototropicales» Чжэн и др. 2022 год
  • Семейство «Фототрофные» Чжэн и др. 2022 год
    • Род « Phototropicus » Zheng et al. 2022 год

Класс Ardenticatenia Kawaichi et al. 2013

• Отряд Ardenticatenales Kawaichi et al. 2013
  • Семейство Ardenticatenaceae Kawaichi et al. 2013
    • Род Ardenticatena Kawaichi et al. 2013

Класс "Caldilineia" Орен, Парте и Гаррити 2016 г. от Cavalier-Smith 2020 г.

• Отряд Caldilineales Yamada et al. 2006 г.
  • Род « Candidatus Defluviifilum» Nierychlo et al. 2019 год
  • Семейство «Amarolineaceae» Andersen et al. 2019 год
    • Род « Candidatus Amarolinea» Andersen et al. 2019 год
  • Семейство Caldilineaceae Yamada et al. 2006 г.
    • Род Caldilinea Sekiguchi et al. 2003 г.
    • Род Litorilinea Kale et al. 2013

Класс Thermoflexia Dodsworth et al. 2014 год

• Заказ Thermoflexales Dodsworth et al. 2014 год
  • Семейство Thermoflexaceae Dodsworth et al. 2014 год
    • Род « Candidatus Roseilinea» Thiel et al. 2016 год
    • Род Thermoflexus Dodsworth et al. 2014 год

Класс «Анаэролиния» Орен, Парте и Гаррити 2016 г.

• Семейство «Profundisolitariaceae» Mehrshad et al. 2018 год
  • Род « Candidatus Profundisolitarius» Mehrshad et al. 2018 (CL500-11)
• Заказ "Проминифилалес"
  • Семейство Проминифиловые.
    • Род Candidatus Promineifilum исправлен. Макилрой и др. 2016 год
• Порядок Aggregatilineales Nakahara et al. 2019 год
  • Семейство Aggregatilineaceae Nakahara et al. 2019 год
    • Род Aggregatilinea Nakahara et al. 2019 год
• Отряд Anaerolineales Yamada et al. 2006 г.
  • Семейство Anaerolineaceae Yamada et al. 2006 г.
    • Род Anaerolinea Sekiguchi et al. 2003 г., поправки. Ямада и др. 2006 г.
    • Род Bellilinea Yamada et al. 2007 ^[21]
    • Род « Brevefilum » McIlroy et al. 2017 год
    • Род « Candidatus Denitrolinea» Okubo et al. 2021 год
    • Род « Desulfolinea » Van Vliet et al. 2020 год
    • Род Flexilinea Sun et al. 2015 год
    • Род Levilinea Yamada et al. 2006 ^[19]
    • Род Leptolinea Yamada et al. 2006 ^[19]
    • Род Longilinea Yamada et al. 2007 ^[21]
    • Род Ornatilinea Podosokorsky et al. 2013
    • Род Pelolinea Imachi et al. 2014 год
    • Род Thermomarinilinea Nunoura et al. 2013
    • Род « Thermanaerothrix » Gregoire et al. 2011 ^[25]
    • Род Candidatus Villigracilis Nierychlo et al. 2019 год

Класс Thermomicrobiia Oren, Parte & Garrity 2016

• Порядок Sphaerobacterales Стакебрандт, Рейни и Уорд-Рейни, 1997 г.
  • Семейство Sphaerobacteraceae Стакебрандт, Рейни и Уорд-Рейни, 1997 г.
    • Род Nitrolancea Сорокин и др. 2014 [ « Нитроланцетус » Сорокин и др. 2012 ]
    • Род Sphaerobacter Demharter et al. 1989 год
• Заказать Thermomicrobiales Garrity & Holt 2002 г.
  • Семейство Thermomicrobiaceae Гаррити и Холт, 2002 г.
    • Род Thermalbibacter Zhao et al. 2023 год
    • Род Thermomicrobium Jackson, Ramaley & Meinschein 1973.
    • Род Thermorudis King & King 2014 г.

Класс Chloroflexia Gupta et al. 2013

• Род « Dehalobium » Wu et al. 2002 ^[26]
• Род « Candidatus Lithoflexus» Saghai et al. 2020 год
• Род « Candidatus Sarcinithrix» Nierychlo et al. 2019 год
• Заказать «Термобакулы».
  • Семейство «Термобакуловые».
    • Род « Thermobaculum » Botero et al. 2004 г.
• Отряд Kallotenuales Cole et al. 2013
  • Семейство Kallotenuaceae Cole et al. 2013
    • Род Kallotenue Cole et al. 2013
• Отряд Herpetosiphonales Gupta et al. 2013
  • Семейство Herpetosiphonaceae Gupta et al. 2013
    • Род Candidatus Anthektikosiphon Уорд, Фишер и МакГлинн, 2020 г.
    • Род Herpetosiphon Holt & Lewin 1968 [ Flavilitoribacter García-López et al. 2020 ]
• Отряд Chloroflexales Gupta et al. 2013
  • Подотряд Roseiflexineae Gupta et al. 2013
    • Семейство Roseiflexaceae Gupta et al. 2013 ["Kouleotrichaceae" Mehrshad et al. 2018 ]
      • Род « Kuleothrix » Kohno et al. 2002 г.
      • Род Heliothrix Pierson et al. 1986 год
      • Род Roseiflexus Hanada et al. 2002 г.
  • Подотряд Chloroflexineae Gupta et al. 2013
    • Семейство Chloroflexaceae Gupta et al. 2013
      • Род Candidatus Chloranaerofilum Thiel et al. 2016 год
      • Род Chloroflexus Pierson & Castenholz 1974 [" Chlorocrinis "]
    • Семейство Oscilloloridaceae Gupta et al. 2013
      • Род Candidatus Chloroploca Горленко и др. 2014 год
      • Род Chloronema ♪ Дубинина и Горленко 1975.
      • Род Oscilloloris Горленко и Пивоварова 1989.
      • Род Candidatus Viridilinea Grouzdev et al. 2018 год

Этимология

Название Chloroflexi представляет собой неолатинский именительный падеж мужского рода множественного числа от Chloroflexus , названия первого описанного рода. Существительное представляет собой комбинацию греческого прилагательного chromos, -a, on (χλωρός, -ά, -όν) , ^[27] означающего «зеленовато-желтый», и латинского пассивного совершенного причастия мужского рода flexus ( flecto ), ^{[28 ]} означает «согнутый». ^[6] Этимология не связана с хлором , элементом, который был открыт в 1810 году сэром Хамфри Дэви и назван в честь его бледно-зеленого цвета. Другой тип с тем же корнем — Chlorobiota , тогда как « цианобактерии » имеют корень cyanos ( κύανος ), что означает «сине-зеленый». ^[29]

В отличие от некоторых других типов, в названии родов Chloroflexota нет тематического корня, и фактически многие роды, начинающиеся с « Chloro- » или заканчивающиеся на «-хлорис» , являются либо цианобактериями, либо хлороби.

Смотрите также

• Список родов бактерий
• Список отрядов бактерий

Рекомендации

1. Орен А., генеральный директор Гаррити (2021). «Действительная публикация названий сорока двух типов прокариот». Int J Syst Evol Microbiol . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . PMID  34694987. S2CID  239887308.
2. Сатклифф, IC (2010). «Взгляд на архитектуру оболочки бактериальных клеток на уровне типа». Тенденции в микробиологии . 18 (10): 464–470. дои : 10.1016/j.tim.2010.06.005. ПМИД  20637628.
3. Дон Дж. Бреннер; Ноэль Р. Криг; Джеймс Т. Стейли (26 июля 2005 г.) [1984 (Williams & Wilkins)]. Джордж М. Гаррити (ред.). Вводные эссе. Руководство Берджи по систематической бактериологии. Том. 2А (2-е изд.). Нью-Йорк: Спрингер. п. 304. ИСБН 978-0-387-24143-2. Британская библиотека №. GBA561951.
4. Холланд Л. (22 мая 1990 г.). «Возе, Карл в авангарде революции в области бактериальной эволюции». Ученый . 4 (10).
5. Вёзе, CR (1987). «Бактериальная эволюция». Микробиологические обзоры . 51 (2): 221–271. doi :10.1128/MMBR.51.2.221-271.1987. ПМК 373105 . ПМИД  2439888. 
6. Дон Дж. Бреннер; Ноэль Р. Криг; Джеймс Т. Стейли (26 июля 2005 г.) [1984 (Williams & Wilkins)]. Джордж М. Гаррити (ред.). Вводные эссе. Руководство Берджи по систематической бактериологии. Том. 2А (2-е изд.). Нью-Йорк: Спрингер. п. 304. ИСБН 978-0-387-24143-2. Британская библиотека №. GBA561951.
7. Гугенгольц, П.; Стакебрандт, Э. (2004). «Реклассификация Sphaerobacter thermophilus из подкласса Sphaerobacteridae типа Actinobacteria в класс Thermomicrobia (исправленное описание) в типе Chloroflexi (исправленное описание)». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 54 (6): 2049–2051. дои : 10.1099/ijs.0.03028-0 . ПМИД  15545432.
8. Мэймо-Гателл, X.; Чиен, Ю.; Госсетт, Дж. М.; Зиндер, С.Х. (1997). «Выделение бактерии, которая восстановительно дехлорирует тетрахлорэтен до этилена». Наука . 276 (5318): 1568–1571. дои : 10.1126/science.276.5318.1568. ПМИД  9171062.
9. Мо, WM; Ян, Дж.; Нобре, МФ; Да Коста, MS; Рейни, ФА (2009). «Dehalogenimonas lykanthroporepellens gen. Nov., sp. Nov., восстановительно дегалогенирующая бактерия, выделенная из грунтовых вод, загрязненных хлорированными растворителями». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 59 (11): 2692–2697. дои : 10.1099/ijs.0.011502-0 . ПМИД  19625421.
10. Гупта, RS; Чандер, П.; Джордж, С. (2012). «Филогенетическая основа и молекулярные признаки класса Chloroflexi и его различных клад; предложение о разделении класса Chloroflexi class. nov. на подотряд Chloroflexineae subord. nov., состоящий из исправленного семейства Oscillochromidaceae и семейства Chloroflexaceae семейства nov., и подотряд Roseiflexineae subord. nov., содержащий семейство Roseiflexaceae fam. nov.". Антони ван Левенгук . 103 (1): 99–119. дои : 10.1007/s10482-012-9790-3. PMID  22903492. S2CID  17656551.
11. JP Эзеби. «Хлорофлекси». Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 20 июля 2018 г.
12. Сэйерс; и другие. «Хлорофлекси». База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 20 марта 2014 г.
13. "ЛТП" . Проверено 20 ноября 2023 г.
14. "Дерево LTP_all в формате Ньюика" . Проверено 20 ноября 2023 г.
15. «Примечания к выпуску LTP_08_2023» (PDF) . Проверено 20 ноября 2023 г.
16. "Выпуск GTDB 08-RS214" . База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
17. "bac120_r214.sp_label". База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
18. «История таксона». База данных геномной таксономии . Проверено 10 мая 2023 г.
19. Ямада, Т.; Секигути, Ю.; Ханада, С.; Имачи, Х.; Охаси, А.; Харада, Х.; Камагата, Ю. (2006). «Anaerolinea thermolimosa sp. nov., Levilinea saccharolytica gen. nov., sp. nov. и Leptolinea tardivitalis gen. nov., sp. nov., новые нитчатые анаэробы и описание новых классов Anaerolineae classis nov. и Caldilineae classis nov. ... в бактериальном типе Chloroflexi». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 56 (6): 1331–1340. дои : 10.1099/ijs.0.64169-0 . ПМИД  16738111.
20. Секигути, Ю.; Ямада, Т.; Ханада, С.; Охаси, А.; Харада, Х.; Камагата, Ю. (2003). «Anaerolinea thermophila gen. nov., sp. nov. и Caldilinea aerophila gen. nov., sp. nov., новые нитчатые термофилы, которые представляют ранее некультивируемую линию доменных бактерий на уровне подтипа». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 53 (6): 1843–1851. дои : 10.1099/ijs.0.02699-0 . ПМИД  14657113.
21. Ямада, Т.; Имачи, Х.; Охаси, А.; Харада, Х.; Ханада, С.; Камагата, Ю.; Секигути, Ю. (2007). «Bellilinea Caldifistulae gen. nov., sp. nov. и Longilinea arvoryzae gen. nov., sp. nov., строго анаэробные нитчатые бактерии типа Chloroflexi, выделенные из метаногенных консорциумов, разлагающих пропионат». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 57 (10): 2299–2306. дои : 10.1099/ijs.0.65098-0 . ПМИД  17911301.
22. Клаппенбах, JA; Пирсон, БК (2004). «Филогенетическая и физиологическая характеристика нитчатой ​​аноксигенной фотоавтотрофной бактерии Candidatus Chlorothrix halophila Gen. Nov., sp. Nov., выделенной из гиперсоленых микробных матов». Архив микробиологии . 181 (1): 17–25. дои : 10.1007/s00203-003-0615-7. PMID  14655000. S2CID  23854988.
23. Ябе, С.; Айба, Ю.; Сакаи, Ю.; Хазака, М.; Ёкота, А. (2010). «Thermogemmatispora onikobensis gen. nov., sp. nov. и Thermogemmatispora foliorum sp. nov., выделенных из опавших листьев на геотермальных почвах, и описание Thermogemmatisporaceae семейства Nov. и Thermogemmatisporales ord. Nov. В классе Ktedonobacteria». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 61 (4): 903–910. дои : 10.1099/ijs.0.024877-0 . ПМИД  20495028.
24. Ябе, С.; Айба, Ю.; Сакаи, Ю.; Хазака, М.; Ёкота, А. (2009). «Thermosporothrix hazakensis gen. nov., sp. nov., выделенный из компоста, описание семейства Thermosporotrichaceae. Nov. В классе Ktedonobacteria Cavaletti et al. 2007 и исправленное описание класса Ktedonobacteria». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 60 (8): 1794–1801. дои : 10.1099/ijs.0.018069-0 . ПМИД  19767365.
25. Грегуар, П.; Фардо, ML; Джозеф, М.; Гуаско, С.; Хамаиде, Ф.; Биасутти, С.; Мичоти, ВР; Бонин, П.; Оливье, Б. (2011). «Выделение и характеристика Thermanaerothrix daxensis gen. nov., sp. nov., термофильной анаэробной бактерии, относящейся к типу «Chloroflexi», выделенной из глубокого горячего водоносного горизонта в бассейне Аквитании». Систематическая и прикладная микробиология . 34 (7): 494–497. дои : 10.1016/j.syapm.2011.02.004. ПМИД  21621938.
26. Ву, К.; Уоттс, ДЖЕМ; Сауэрс, КР; Мэй, HD (2002). «Идентификация бактерии, которая специфически катализирует восстановительное дехлорирование полихлорированных дифенилов двусторонними хлорами». Прикладная и экологическая микробиология . 68 (2): 807–812. Бибкод : 2002ApEnM..68..807W. doi :10.1128/AEM.68.2.807-812.2002. ПМК 126686 . ПМИД  11823222. 
27. χλωρός. Лидделл, Генри Джордж ; Скотт, Роберт ; Греко-английский лексикон в проекте «Персей»
28. Льюис и Шорт...
29. κύανος. Лидделл, Генри Джордж ; Скотт, Роберт ; Греко-английский лексикон в проекте «Персей»