Центрифугирование с плавучей плотностью (также изопикническое центрифугирование или центрифугирование с равновесным градиентом плотности ) использует концепцию плавучести для разделения молекул в растворе по разнице их плотности.
Исторически часто использовался раствор хлорида цезия (CsCl), но более распространенными градиентами плотности являются сахароза или Percoll . Для этого применения требуется раствор с высокой плотностью и относительно низкой вязкостью, и CsCl подходит для этого из-за его высокой растворимости в воде, высокой плотности из-за большой массы Cs, а также низкой вязкости и высокой стабильности растворов CsCl. [1]
Образец помещается на поверхность раствора, а затем трубка вращается на очень высокой скорости в течение длительного времени, иногда длящегося несколько дней. Молекулы CsCl становятся плотно упакованными по направлению к дну, так что образуется непрерывный градиент слоев различной плотности (и концентрации CsCl). Поскольку исходный раствор имел примерно одинаковую плотность, они достигают уровня, где их плотность и плотность CsCl одинаковы, на котором они образуют резкую, отличительную полосу.
Этот метод очень четко разделяет молекулы, и он настолько четкий, что может даже разделять различные молекулярные изотопы друг от друга. [2] Он использовался в эксперименте Мезельсона-Шталя .
Плавучая плотность большинства ДНК составляет 1,7 г/см3 [ 3] , что равно плотности 6М раствора CsCl. [ требуется ссылка ] Плавучая плотность ДНК изменяется в зависимости от содержания в ней ГЦ . Термин « сателлитная ДНК » относится к небольшим полосам повторяющихся последовательностей ДНК с различным составом оснований, плавающим выше (богатые A+T) или ниже (богатые G+C) основного компонента ДНК.