Анализ числа копий

Процесс анализа данных, полученных в результате теста на вариацию числа копий ДНК

Схематическая кариограмма типичной человеческой клетки во время фазы G 0 по отношению к клеточному циклу , которая является наиболее распространенной фазой среди человеческих клеток, и в которой будет две пары каждой хромосомы (обозначаемой 2n), каждая с одной копией каждого локуса (всего 2c). Напротив, в центре вверху она также показывает пару хромосом 3 в метафазе , которая является одной из фаз, происходящих после синтеза ДНК , но перед делением клетки , где каждая хромосома будет иметь две копии каждого локуса, соединенные в центромере , всего 2n и 4c.

Анализ числа копий — это процесс анализа данных, полученных в результате теста на вариацию числа копий ДНК в образце организма. Одним из применений такого анализа является обнаружение вариации числа копий хромосом , которая может вызывать или увеличивать риски различных критических расстройств. ^{[1] [2]} Изменчивость числа копий можно обнаружить с помощью различных типов тестов, таких как флуоресцентная гибридизация in situ , сравнительная геномная гибридизация и с помощью тестов на основе массивов высокого разрешения, основанных на сравнительной геномной гибридизации массивов (или aCGH), технологий массивов SNP и микроматриц высокого разрешения, которые включают зонды числа копий, а также SNP. Методы на основе массивов были признаны наиболее эффективными с точки зрения их разрешения, высокой пропускной способности и самого высокого покрытия (выберите массив с более чем 2 миллионами зондов) ^[3] , и их также называют виртуальным кариотипом . Анализ данных для теста числа копий ДНК на основе массивов может быть очень сложным из-за очень большого объема данных, которые выходят с платформы массива.

Массивы BAC ( бактериальная искусственная хромосома ) исторически были первой платформой микрочипов , которая использовалась для анализа числа копий ДНК . Эта платформа используется для выявления крупных делеций или амплификации в ДНК. Такие аномалии, например, распространены при раке и могут использоваться для диагностики многих нарушений развития. Данные, полученные с помощью таких платформ, обычно имеют низкое или среднее разрешение с точки зрения покрытия генома. Обычно измерения логарифмического отношения производятся с помощью этой технологии для представления отклонения состояния числа копий пациента от нормы. Затем такие измерения изучаются, и те, которые значительно отличаются от нулевого значения, объявляются представляющими часть хромосомы с аномалией (ненормальное состояние числа копий). Положительные значения логарифмического отношения указывают на область увеличения числа копий ДНК, а отрицательные значения логарифмического отношения отмечают область потери числа копий ДНК. Даже одна точка данных может быть объявлена ​​указанием на увеличение числа копий или потерю числа копий в массивах BAC.

Смотрите также

• Биоинформатика
• ДНК-микрочип

Ссылки

1. Sebat, J.; et al. (2007). "Сильная связь мутаций числа копий de novo с аутизмом". Science . 316 (5823): 445–9. Bibcode :2007Sci...316..445S. doi :10.1126/science.1138659. PMC 2993504 . PMID  17363630. 
2. St Clair D (2008). «Изменчивость числа копий и шизофрения». Schizophr Bull . 35 (1): 9–12. doi :10.1093/schbul/sbn147. PMC 2643970. PMID  18990708 . 
3. Бассем А. Бейджани и Лиза Г. Шаффер (2006). «Применение сравнительной геномной гибридизации на основе массивов в клинической диагностике». J Mol Diagn . 8 (5): 528–33. doi :10.2353/jmoldx.2006.060029. PMC 1876176. PMID 17065418  .