Экзом состоит из всех экзонов генома , последовательностей, которые при транскрипции остаются в зрелой РНК после удаления интронов в результате сплайсинга РНК . Сюда входят нетранслируемые области информационной РНК (мРНК) и кодирующие области . Секвенирование экзома оказалось эффективным методом определения генетической основы более чем двух десятков менделевских или единичных генных нарушений . [1]
Экзом человека состоит примерно из 233 785 экзонов , около 80% из которых имеют длину менее 200 пар оснований , что составляет в общей сложности около 1,1% от общего генома , или около 30 мегабаз ДНК . [2] [3] [4] Хотя мутации в экзоме составляют очень небольшую часть генома , считается , что они содержат 85% мутаций , которые оказывают большое влияние на заболевание. [5]
Важно отметить, что экзом отличается от транскриптома , который представляет собой всю транскрибируемую РНК внутри типа клеток. Хотя экзом постоянен от типа клеток к типу клеток, транскриптом меняется в зависимости от структуры и функции клеток. В результате весь экзом не транслируется в белок в каждой клетке. Различные типы клеток транскрибируют только части экзома, и только кодирующие области экзонов в конечном итоге транслируются в белки.
Секвенирование нового поколения (NGS) позволяет быстро секвенировать большие объемы ДНК, значительно продвигая изучение генетики и заменяя старые методы, такие как секвенирование по Сэнгеру . Эта технология начинает становиться все более распространенной в здравоохранении и научных исследованиях не только потому, что это надежный метод определения генетических вариаций, но и потому, что она экономически эффективна и позволяет исследователям секвенировать целые геномы за время от нескольких дней до недель. Это по сравнению с прежними методами, которые могли занять месяцы. Секвенирование следующего поколения включает в себя как секвенирование всего экзома , так и полногеномное секвенирование . [6]
Секвенирование экзома человека вместо всего его генома было предложено как более экономичный и эффективный способ диагностики редких генетических нарушений. [7] [8] Также было обнаружено, что он более эффективен, чем другие методы, такие как кариотипирование и микрочипы . [9] Это различие во многом связано с тем, что фенотипы генетических нарушений являются результатом мутированных экзонов. Кроме того, поскольку экзом составляет всего 1,5% от общего генома, этот процесс более экономичен и быстр, поскольку включает секвенирование около 40 миллионов оснований, а не 3 миллиардов пар оснований, составляющих геном. [10]
С другой стороны, было обнаружено, что полногеномное секвенирование дает более полное представление о вариантах ДНК по сравнению с полноэкзомным секвенированием . Полногеномное секвенирование является более мощным и чувствительным, чем полноэкзомное секвенирование, особенно для однонуклеотидных вариантов , при обнаружении потенциально болезнетворных мутаций внутри экзома. [11] Следует также иметь в виду, что некодирующие области могут быть вовлечены в регуляцию экзонов, составляющих экзом, и поэтому секвенирование всего экзома может быть неполным, чтобы показать все последовательности, участвующие в формировании экзома. .
Некоторые утверждают, что при любой форме секвенирования , секвенировании всего экзома или полногеномном секвенировании, такие методы следует применять с учетом медицинской этики. В то время как врачи стремятся сохранить автономию пациента, секвенирование намеренно требует от лабораторий изучить генетические варианты , которые могут быть совершенно не связаны с состоянием пациента и потенциально могут выявить результаты, которые не искались намеренно. Кроме того, было высказано предположение, что такое тестирование подразумевает формы дискриминации определенных групп из-за наличия определенных генов, что в результате создает потенциал для стигм или негативного отношения к этой группе. [12]
Редкие мутации, влияющие на функцию незаменимых белков, составляют большинство менделевских заболеваний . Кроме того, подавляющее большинство болезнетворных мутаций в менделевских локусах можно обнаружить внутри кодирующей области. [5] С целью найти методы, позволяющие лучше всего обнаруживать вредные мутации и успешно диагностировать пациентов, исследователи ищут в экзоме подсказки, которые помогут в этом процессе.
Секвенирование всего экзома — это новейшая технология, которая привела к открытию различных генетических нарушений и увеличила частоту диагностики пациентов с редкими генетическими нарушениями. В целом секвенирование всего экзома позволило медицинским работникам диагностировать 30–50% пациентов, у которых считались редкие менделевские расстройства. [ нужна цитация ] Было высказано предположение, что секвенирование всего экзома в клинических условиях имеет множество неизученных преимуществ. Экзом не только может улучшить наше понимание генетических закономерностей, но и в клинических условиях может изменить методы лечения пациентов с редкими и ранее неизвестными заболеваниями, что позволит врачам разрабатывать более целевые и персонализированные вмешательства. [13]
Например, синдром Бартера , также известный как нефропатия с потерей солей, представляет собой наследственное заболевание почек, характеризующееся гипотонией (низким кровяным давлением), гипокалиемией (низким содержанием калия) и алкалозом (высоким уровнем pH крови), приводящим к мышечной усталости и различным уровням фатальности. [14] Это пример редкого заболевания, поражающего менее одного человека на миллион, на пациентов которого положительно повлияло секвенирование всего экзома. Благодаря этому методу у пациентов, у которых раньше не было классических мутаций, связанных с синдромом Бартера, после открытия того, что заболевание имеет мутации за пределами представляющих интерес локусов, был официально диагностирован этот синдром. [5] Таким образом, они смогли получить более целенаправленное и продуктивное лечение этой болезни.
Основное внимание при секвенировании экзома в контексте диагностики заболеваний уделялось белкам, кодирующим аллели «потери функции». Однако исследования показали, что будущие достижения, которые позволят изучать некодирующие области внутри экзома и за его пределами, могут привести к дополнительным возможностям в диагностике редких менделевских расстройств. [15] Экзом — это часть генома , состоящая из экзонов , последовательностей, которые при транскрипции остаются в зрелой РНК после удаления интронов в результате сплайсинга РНК и способствуют образованию конечного белкового продукта, кодируемого этим геном. Он состоит из всей ДНК, которая транскрибируется в зрелую РНК в клетках любого типа, в отличие от транскриптома , который представляет собой РНК, транскрибируемую только в определенной популяции клеток. Экзом генома человека состоит примерно из 180 000 экзонов , составляющих около 1% всего генома , или около 30 мегабаз ДНК . [16] Хотя мутации в экзоме составляют очень небольшую часть генома , считается , что они содержат 85% мутаций , которые оказывают большое влияние на заболевание. [17] [18] Секвенирование экзома оказалось эффективной стратегией для определения генетической основы более чем двух десятков менделевских или одиночных генных нарушений . [19]