stringtranslate.com

ДНК окружающей среды

Жук -усач , Leptura quadrifasciata , является примером насекомого, посещающего цветы, обнаруженного в исследовании, которое показало, что ДНК из окружающей среды (eDNA) членистоногих откладывается на диких цветах после взаимодействия  [1]


Экологическая ДНК или eDNA — это ДНК , которая собирается из различных образцов окружающей среды, таких как почва , морская вода , снег или воздух , а не напрямую из отдельного организма . Поскольку различные организмы взаимодействуют с окружающей средой, ДНК выбрасывается и накапливается в их окружении из различных источников. [2] Такая eDNA может быть секвенирована с помощью экологической омики, чтобы раскрыть факты о видах, которые присутствуют в экосистеме — даже микроскопические, которые иначе не видны или не обнаруживаются.

В последние годы eDNA использовалась как инструмент для обнаружения находящихся под угрозой исчезновения диких животных, которые в противном случае были бы невидимы. В 2020 году исследователи в области здоровья человека начали повторно использовать методы eDNA для отслеживания пандемии COVID-19. [3]

Примеры источников eDNA включают, помимо прочего, фекалии , слизь , гаметы , сброшенную кожу , туши и волосы . [2] [4] Образцы можно анализировать с помощью методов высокопроизводительного секвенирования ДНК , известных как метагеномика , метабаркодирование и обнаружение отдельных видов, для быстрого мониторинга и измерения биоразнообразия . Для того чтобы лучше различать организмы в образце, используется метабаркодирование ДНК , при котором образец анализируется и использует ранее изученные библиотеки ДНК, такие как BLAST , для определения присутствующих организмов. [5]

Метабаркодирование eDNA — это новый метод оценки биоразнообразия , при котором образцы берутся из окружающей среды через воду, осадок или воздух, из которых извлекается ДНК, а затем амплифицируются с использованием общих или универсальных праймеров в полимеразной цепной реакции и секвенируются с использованием секвенирования следующего поколения для получения тысяч или миллионов прочтений. Из этих данных можно определить присутствие видов и оценить общее биоразнообразие. Это междисциплинарный метод, который объединяет традиционную полевую экологию с углубленными молекулярными методами и передовыми вычислительными инструментами. [6]

Анализ eDNA имеет большой потенциал не только для мониторинга распространенных видов, но и для генетического обнаружения и идентификации других существующих видов, которые могут повлиять на усилия по сохранению. [7] Этот метод позволяет проводить биомониторинг без необходимости сбора живых организмов, создавая возможность изучать организмы, которые являются инвазивными, неуловимыми или находятся под угрозой исчезновения, не создавая антропогенного стресса для организма. Доступ к этой генетической информации вносит критический вклад в понимание размера популяции, распределения видов и динамики популяции для видов, которые недостаточно хорошо документированы. Важно, что eDNA часто более экономически эффективен по сравнению с традиционными методами отбора проб. [8] Целостность образцов eDNA зависит от их сохранности в окружающей среде.

Почва, вечная мерзлота , пресная и морская вода являются хорошо изученными макросредами, из которых были извлечены образцы eDNA, каждая из которых включает в себя множество других обусловленных субсред . [9] Благодаря своей универсальности eDNA применяется во многих субсредах , таких как отбор проб пресной воды, отбор проб морской воды, отбор проб наземной почвы (вечная мерзлота тундры), отбор проб водной почвы (река, озеро, пруд и морские отложения) [10] или других средах, где обычные процедуры отбора проб могут стать проблематичными. [9]

7 декабря 2022 года в исследовании, опубликованном в журнале Nature, сообщалось об обнаружении в отложениях Гренландии двухмиллионной ДНК, которая в настоящее время считается старейшей секвенированной ДНК на сегодняшний день. [11] [12]

Обзор

Экологическая ДНК или eDNA описывает генетический материал, присутствующий в образцах окружающей среды, таких как осадок, вода и воздух, включая целые клетки, внеклеточную ДНК и потенциально целые организмы. [13] [14] Анализ eDNA начинается с захвата интересующего образца окружающей среды. Затем ДНК из образца извлекается и очищается . Очищенная ДНК затем амплифицируется для определенного гена-мишени, чтобы ее можно было секвенировать и классифицировать на основе ее последовательности. [15] На основе этой информации возможно обнаружение и классификация видов. [6]

eDNA может быть получена из кожи, слизистых оболочек, слюны, спермы, выделений, яиц, фекалий, мочи, крови, корней, листьев, фруктов, пыльцы и гниющих тел более крупных организмов, в то время как микроорганизмы могут быть получены целиком. [16] [7] [14] Производство eDNA зависит от биомассы, возраста и пищевой активности организма, а также от физиологии, жизненного цикла и использования пространства. [2] [17] [14] [18] [19] [6]

Несмотря на то, что eDNA является относительно новым методом обследования, она уже доказала свой огромный потенциал в биологическом мониторинге . Традиционные методы обследования богатства и численности ограничены таксономической идентификацией , могут вызывать нарушение или разрушение среды обитания и могут полагаться на методы, в которых трудно обнаружить мелкие или неуловимые виды, что делает невозможными оценки для целых сообществ. eDNA может дополнять эти методы, нацеливаясь на различные виды, отбирая большее разнообразие и увеличивая таксономическое разрешение . [20] Кроме того, eDNA способна обнаруживать редкие виды , [21] [17] но не определять информацию о качестве популяции, такую ​​как соотношение полов и состояние тела, поэтому она идеально подходит для дополнения традиционных исследований. [18] [20] Независимо от этого, она имеет полезные применения для обнаружения первых появлений инвазивных видов, продолжающегося присутствия местных видов, которые считаются вымершими или иным образом находящихся под угрозой исчезновения, и других неуловимых видов, встречающихся в низкой плотности, которые было бы трудно обнаружить традиционными способами. [6]

Деградация eDNA в окружающей среде ограничивает область исследований eDNA, поскольку часто остаются только небольшие сегменты генетического материала, особенно в теплых тропических регионах. Кроме того, различные промежутки времени до деградации в зависимости от условий окружающей среды и способность ДНК перемещаться по таким средам, как вода, могут повлиять на выводы о мелкомасштабных пространственно-временных тенденциях видов и сообществ. [17] [22] [16] [23] [18] [20] [19] Несмотря на эти недостатки, eDNA по-прежнему имеет потенциал для определения относительного или рангового обилия, поскольку некоторые исследования обнаружили, что оно соответствует биомассе, хотя изменчивость, присущая образцам окружающей среды, затрудняет его количественную оценку. [7] [14] Хотя eDNA имеет многочисленные применения в области сохранения, мониторинга и оценки экосистем, а также в других, которые еще предстоит описать, сильно изменчивые концентрации eDNA и потенциальная гетерогенность в водоеме делают необходимым оптимизировать процедуру, в идеале с пилотным исследованием для каждого нового применения, чтобы гарантировать, что дизайн выборки подходит для обнаружения цели. [24] [18] [20] [6]

ДНК сообщества

Хотя определение eDNA кажется простым, границы между различными формами ДНК становятся размытыми, особенно по сравнению с ДНК сообщества , которая описывается как массовые организменные образцы. [20] Возникает вопрос относительно целых микроорганизмов, захваченных в образцах eDNA: изменяют ли эти организмы классификацию образца на образец ДНК сообщества? Кроме того, классификация генетического материала из фекалий является проблематичной и часто упоминается как eDNA. [20] Дифференциация между ними важна, поскольку ДНК сообщества указывает на присутствие организма в определенное время и в определенном месте, в то время как eDNA может происходить из другого места, из фекалий хищников или из прошлого присутствия, однако такая дифференциация часто невозможна. [25] [20] Однако eDNA можно приблизительно классифицировать как включающую многие секторы исследований биоразнообразия ДНК, включая анализ фекалий и массовые образцы, когда они применимы к исследованию биоразнообразия и анализу экосистем. [6]

собственная ДНК

Концепция selfDNA проистекает из открытий, сделанных учеными из Неаполитанского университета имени Федерико II , о которых сообщалось в 2015 году в журнале New Phytologist [ 26] о самоингибирующем эффекте внеклеточной ДНК в растениях [27] , а также в бактериях, грибах, водорослях, растениях, простейших и насекомых. [28] Предполагается, что источником такой внеклеточной ДНК в окружающей среде является растительный опад , а также другие источники в различных экосистемах и организмах, причем экспериментально показано, что размер фрагментов ДНК оказывает ингибирующее действие на их конспецифичные организмы, как правило, в диапазоне от 200 до 500 пар оснований. Было высказано предположение, что феномен selfDNA управляет экологическими взаимодействиями и механистически опосредуется молекулярными паттернами, связанными с повреждением (DAMP) [29] [30] , и имеет потенциал для разработки биоцидных приложений. [31]

метабаркодирование eDNA

К 2019 году методы исследования eDNA были расширены, чтобы иметь возможность оценивать целые сообщества из одного образца. Этот процесс включает метабаркодирование , которое можно точно определить как использование общих или универсальных праймеров полимеразной цепной реакции (ПЦР) на смешанных образцах ДНК любого происхождения с последующим высокопроизводительным секвенированием следующего поколения (NGS) для определения видового состава образца. Этот метод был распространен в микробиологии в течение многих лет, но только сейчас находит свое место в оценке макроорганизмов. [32] [22] [25] [20] Экосистемные приложения метабаркодирования eDNA имеют потенциал не только для описания сообществ и биоразнообразия, но также для обнаружения взаимодействий и функциональной экологии в больших пространственных масштабах, [33] хотя это может быть ограничено ложными показаниями из-за загрязнения или других ошибок. [32] [7] [34] [25] [19] В целом, метабаркодирование eDNA увеличивает скорость, точность и идентификацию по сравнению с традиционным штрихкодированием и снижает стоимость, но его необходимо стандартизировать и унифицировать, интегрируя таксономию и молекулярные методы для полного экологического исследования. [22] [35] [36] [37] [19] [6] [38]

eDNA metabarcoding имеет приложения для мониторинга разнообразия во всех местообитаниях и таксономических группах, реконструкции древних экосистем, взаимодействия растений и опылителей , анализа рациона питания, обнаружения инвазивных видов, реагирования на загрязнение и мониторинга качества воздуха. eDNA metabarcoding — это уникальный метод, который все еще находится в разработке и, вероятно, будет оставаться в движении в течение некоторого времени по мере развития технологий и стандартизации процедур. Однако по мере оптимизации metabarcoding и его более широкого использования он, вероятно, станет важным инструментом для экологического мониторинга и изучения глобальной охраны природы. [6]

Внеклеточная и реликтовая ДНК

Внеклеточная ДНК, иногда называемая реликтовой ДНК, представляет собой ДНК из мертвых микробов. Голая внеклеточная ДНК (eDNA), большая часть которой высвобождается при смерти клеток, практически повсеместно встречается в окружающей среде. Ее концентрация в почве может достигать 2 мкг/л, а ее концентрация в естественной водной среде может достигать 88 мкг/л. [40] Для eDNA были предложены различные возможные функции: она может участвовать в горизонтальном переносе генов ; [41] она может обеспечивать питательные вещества; [42] и она может действовать как буфер для набора или титрования ионов или антибиотиков. [43] Внеклеточная ДНК действует как функциональный компонент внеклеточного матрикса в биопленках нескольких видов бактерий. Она может действовать как фактор распознавания для регулирования прикрепления и распространения определенных типов клеток в биопленке; [44] она может способствовать образованию биопленки; [45] и она может способствовать физической прочности биопленки и ее устойчивости к биологическому стрессу. [46]

Под названием «экологическая ДНК» эДНК все чаще используется в естественных науках в качестве инструмента для изучения экологии , мониторинга перемещений и присутствия видов в воде, воздухе или на суше, а также оценки биоразнообразия территории. [47] [48]

На диаграмме справа количество реликтовой ДНК в микробной среде определяется входными данными, связанными со смертностью жизнеспособных особей с неповрежденной ДНК, и потерями, связанными с деградацией реликтовой ДНК. Если разнообразие последовательностей, содержащихся в пуле реликтовой ДНК, существенно отличается от такового в пуле неповрежденной ДНК, то реликтовая ДНК может смещать оценки микробного биоразнообразия (на что указывают разноцветные квадраты) при отборе проб из общего пула ДНК (неповрежденной + реликтовой). [39] Стандартизированные данные по инициативам (STARDIT) были предложены в качестве одного из способов стандартизации как данных о методах отбора проб и анализа, так и таксономических и онтологических отношений. [49]

Коллекция

Земные отложения

Важность анализа eDNA вытекает из признания ограничений, представленных исследованиями на основе культуры . [7] Организмы адаптировались к процветанию в определенных условиях их естественной среды. Хотя ученые работают над имитацией этих сред, многие микробные организмы не могут быть извлечены и культивированы в лабораторных условиях. [9] Самая ранняя версия этого анализа началась с рибосомальной РНК ( рРНК ) в микробах, чтобы лучше понять микробов, которые живут во враждебных средах. [51] Генетический состав некоторых микробов затем доступен только с помощью анализа eDNA. Аналитические методы eDNA были впервые применены к наземным отложениям, что дало ДНК как вымерших, так и современных млекопитающих, птиц, насекомых и растений. [52] Образцы, извлеченные из этих наземных отложений, обычно называют «осадочной древней ДНК» ( seda DNA или dirt DNA). [53] Анализ eDNA также может быть использован для изучения современных лесных сообществ, включая все, от птиц и млекопитающих до грибов и червей. [9] Образцы могут быть получены из почвы, фекалий, «ДНК укусов» с мест укусов листьев, растений и листьев, где были животные, и из крови пойманных комаров, которые могли питаться кровью любых животных в этом районе. [54] Некоторые методы также могут пытаться захватывать клетки с помощью ловушек для волос и наждачной бумаги в районах, где обычно пересекаются целевые виды.

Водные отложения

SedaDNA впоследствии использовалась для изучения разнообразия древних животных и была проверена с использованием известных ископаемых записей в водных отложениях. [9] Водные отложения лишены кислорода и, таким образом, защищают ДНК от деградации. [9] Помимо древних исследований, этот подход может быть использован для понимания современного разнообразия животных с относительно высокой чувствительностью. В то время как типичные образцы воды могут иметь ДНК, деградирующую относительно быстро, образцы водных отложений могут иметь полезную ДНК через два месяца после того, как вид присутствовал. [55] Одна из проблем с водными отложениями заключается в том, что неизвестно, где организм отложил eDNA, поскольку он мог перемещаться в толще воды.

Водный (водная толща)

Изучение eDNA в толще воды может указать на состав сообщества водоема. До eDNA основными способами изучения разнообразия открытой воды были рыболовство и отлов, которые требуют таких ресурсов, как финансирование и квалифицированная рабочая сила, тогда как для eDNA нужны только образцы воды. [10] Этот метод эффективен, поскольку pH воды не влияет на ДНК так сильно, как считалось ранее, и чувствительность можно относительно легко повысить. [10] [57] Чувствительность — это вероятность того, что маркер ДНК будет присутствовать в отобранной воде, и ее можно повысить, просто взяв больше образцов, имея более крупные образцы и увеличив ПЦР . [57] eDNA относительно быстро деградирует в толще воды, что очень полезно в краткосрочных исследованиях по сохранению, таких как определение присутствующих видов. [9]

Исследователи из Experimental Lakes Area в Онтарио, Канада , и Университета Макгилла обнаружили, что распределение eDNA отражает стратификацию озера . [58] По мере изменения сезонов и температуры воды плотность воды также меняется, так что летом и зимой в небольших бореальных озерах она образует отдельные слои. Эти слои смешиваются весной и осенью. [59] Использование среды обитания рыб коррелирует со стратификацией (например, холодноводная рыба, такая как озерная форель , будет оставаться в холодной воде), как и распределение eDNA, как обнаружили эти исследователи. [58]

Мониторинг видов

eDNA может использоваться для мониторинга видов в течение всего года и может быть очень полезна при мониторинге сохранения. [17] [60] [61] Анализ eDNA оказался успешным в идентификации многих различных таксонов водных растений, [62] водных млекопитающих, [21] [17] рыб, [32] [61] мидий, [60] грибов [63] [64] и даже паразитов. [65] [51] eDNA использовалась для изучения видов, сводя к минимуму любое стрессовое взаимодействие человека, что позволяет исследователям более эффективно отслеживать присутствие видов в более крупных пространственных масштабах. [66] [67] Наиболее распространенным применением в текущих исследованиях является использование eDNA для изучения местонахождения видов, находящихся под угрозой, инвазивных видов и ключевых видов во всех средах. [66] eDNA особенно полезна для изучения видов с небольшими популяциями, поскольку eDNA достаточно чувствительна, чтобы подтвердить присутствие вида с относительно небольшими усилиями по сбору данных, что часто можно сделать с помощью образца почвы или образца воды. [7] [66] eDNA опирается на эффективность геномного секвенирования и анализа, а также на используемые методы обследования, которые продолжают становиться все более эффективными и дешевыми. [68] Некоторые исследования показали, что eDNA, отобранная из ручья и прибрежной среды, распадалась до неопределяемого уровня в течение примерно 48 часов. [69] [70]

Экологическая ДНК может применяться в качестве инструмента для обнаружения организмов с низкой численностью как в активной, так и в пассивной формах. Активные исследования eDNA нацелены на отдельные виды или группы таксонов для обнаружения с использованием высокочувствительной видоспецифической количественной ПЦР в реальном времени [71] или цифровых капельных маркеров ПЦР . [72] Методология CRISPR-Cas также применялась для обнаружения отдельных видов из eDNA; [73] используя фермент Cas12a и обеспечивая большую специфичность при обнаружении симпатрических таксонов. Пассивные исследования eDNA используют массивно-параллельное секвенирование ДНК для амплификации всех молекул eDNA в образце без априорной цели, предоставляя общее ДНК-свидетельство состава биотического сообщества. [74]

Сокращение численности наземных членистоногих

Наземные членистоногие испытывают массовое сокращение численности в Европе, а также во всем мире, [75] [76] [77] [78] хотя только часть видов была оценена, а большинство насекомых все еще не описаны наукой. [79] В качестве одного примера, экосистемы лугов являются домом для различных таксономических и функциональных групп наземных членистоногих , таких как опылители , растительноядные насекомые и хищники, которые используют нектар и пыльцу в качестве источников пищи, а также стебель и листовую ткань для пищи и развития. Эти сообщества являются убежищем для исчезающих видов , поскольку многие среды обитания исчезли или находятся под значительной угрозой. [80] [81] Поэтому прилагаются значительные усилия для восстановления европейских экосистем лугов и сохранения биоразнообразия . [82] Например, опылители, такие как пчелы и бабочки, представляют собой важную экологическую группу, которая претерпела серьезное сокращение в Европе, что указывает на резкую потерю биоразнообразия лугов. [83] [84] [85] [86] Подавляющее большинство цветковых растений опыляются насекомыми и другими животными как в умеренных регионах, так и в тропиках. [87] Большинство видов насекомых являются травоядными, питающимися различными частями растений, и большинство из них являются специалистами, полагающимися на один или несколько видов растений в качестве своего основного пищевого ресурса. [88] Однако, учитывая пробел в знаниях о существующих видах насекомых и тот факт, что большинство видов до сих пор не описаны, очевидно, что для большинства видов растений в мире существуют ограниченные знания о сообществах членистоногих, которые они укрывают и с которыми взаимодействуют. [1]

Наземные сообщества членистоногих традиционно собирались и изучались с использованием таких методов, как ловушки Малеза и ловушки-ямы , которые являются очень эффективными, но несколько громоздкими и потенциально инвазивными методами. В некоторых случаях эти методы не позволяют проводить эффективные и стандартизированные обследования, например, из-за фенотипической пластичности , близкородственных видов и трудностей в идентификации ювенильных стадий. Кроме того, морфологическая идентификация напрямую зависит от таксономической экспертизы, которая находится в упадке. [89] [90] [91] Все эти ограничения традиционного мониторинга биоразнообразия создали спрос на альтернативные подходы. Между тем, прогресс в технологиях секвенирования ДНК постоянно предоставляет новые средства получения биологических данных. [7] [92] [25] [9] Таким образом, недавно было предложено несколько новых молекулярных подходов для получения быстрых и эффективных данных о сообществах членистоногих и их взаимодействиях с помощью неинвазивных генетических методов. Это включает в себя извлечение ДНК из таких источников, как объемные образцы или супы из насекомых, [93] [94] [95] [96] пустые мины из листьев, [97] паутина, [98] жидкость кувшинковых растений, [99] образцы окружающей среды, такие как почва, вода, воздух и даже целые цветы (экологическая ДНК [eDNA]), [100] [101] [102] [9] [103] идентификация растения-хозяина и рациона хищника из экстрактов ДНК насекомых, [104] [105] и помета хищников летучих мышей. [106] [107] В последнее время для получения информации о взаимодействиях растений и опылителей также использовалась ДНК из пыльцы, прикрепленной к насекомым . [108] [109] Многие из таких недавних исследований опираются на метабаркодирование ДНК — высокопроизводительное секвенирование ампликонов ПЦР с использованием универсальных праймеров. [110] [101] [1]

Млекопитающие

Следы на снегу

Исследователи дикой природы в заснеженных районах также используют образцы снега для сбора и извлечения генетической информации о видах, представляющих интерес. ДНК из образцов следов на снегу использовалась для подтверждения присутствия таких неуловимых и редких видов, как белые медведи, песцы, рыси, росомахи и рыбаки. [111] [112] [113] [114]

ДНК из воздуха

В 2021 году исследователи продемонстрировали, что eDNA можно собирать из воздуха и использовать для идентификации млекопитающих. [115] [116] [117] [118] В 2023 году ученые разработали специализированный зонд для отбора проб и авиационные исследования для оценки биоразнообразия нескольких таксонов, включая млекопитающих, с использованием eDNA из воздуха. [119]

Управление рыболовством

Чрезмерный вылов канадской северной трески привел к катастрофическому краху  [120]
В этом примере рыба оставляет за собой след из ДНК, двигаясь в воде, но со временем этот след медленно рассеивается (кликните, чтобы увеличить)

Успешное управление коммерческим рыболовством зависит от стандартизированных обследований для оценки количества и распределения рыбных запасов . Атлантическая треска ( Gadus morhua ) является знаковым примером, который демонстрирует, как плохо ограниченные данные и необоснованное принятие решений могут привести к катастрофическому сокращению запасов и последующим экономическим и социальным проблемам. [121] Традиционные оценки запасов донных видов рыб в основном основывались на траловых обследованиях, которые предоставляли ценный поток информации лицам, принимающим решения. [122] Однако существуют некоторые заметные недостатки донных траловых обследований, включая стоимость, [123] селективность/уловистость орудий лова, [124] разрушение среды обитания [125] и ограниченный охват (например, донные среды с твердым субстратом, морские охраняемые районы). [126]

Экологическая ДНК (eDNA) появилась как потенциально мощная альтернатива для изучения динамики экосистем. Постоянная потеря и сброс генетического материала макроорганизмами оставляет молекулярный след в образцах окружающей среды, который можно проанализировать для определения либо наличия конкретных целевых видов  [13] [127] , либо для характеристики биоразнообразия. [128] [129] Сочетание секвенирования следующего поколения и отбора проб eDNA успешно применялось в водных системах для документирования пространственных и временных закономерностей в разнообразии фауны рыб. [130] [131] [132] [133] Для дальнейшего развития полезности eDNA для управления рыболовством важным следующим шагом является понимание способности количеств eDNA отражать биомассу рыб в океане. [126]

Положительные связи между количеством eDNA и биомассой и численностью рыб были продемонстрированы в экспериментальных системах. [134] [135] [136] Однако, известные различия между производством eDNA  [137] [138] и деградацией  [139] [140] [141] [142] скоростями, как ожидается, усложнят эти связи в естественных системах. Кроме того, в океанических системах большие объемы среды обитания и сильные течения, вероятно, приведут к физическому рассеиванию фрагментов ДНК от целевых организмов. [143] Ранее считалось, что эти мешающие факторы ограничивают применение количественного мониторинга eDNA в океанических условиях. [143] [126]

Несмотря на эти потенциальные ограничения, многочисленные исследования в морской среде обнаружили положительные связи между количеством eDNA и дополнительными усилиями по обследованию, включая радиомечение, [144] визуальные обследования, [133] [145] эхолотирование  [146] и траловые обследования. [132] [147] Однако исследования, которые количественно определяют целевые концентрации eDNA коммерческих видов рыб с помощью стандартизированных траловых обследований в морской среде, гораздо более редки. [147] В этом контексте прямые сравнения концентраций eDNA с показателями оценки биомассы и запасов, такими как улов на единицу усилия (CPUE), необходимы для понимания применимости мониторинга eDNA для содействия усилиям по управлению рыболовством. [126]

Глубоководные отложения

Внеклеточная ДНК в поверхностных глубоководных отложениях на сегодняшний день является крупнейшим резервуаром ДНК мировых океанов. [149] Основными источниками внеклеточной ДНК в таких экосистемах являются высвобождение ДНК in situ из мертвых бентосных организмов и/или другие процессы, включая лизис клеток из-за вирусной инфекции, клеточную экссудацию и выделение из жизнеспособных клеток, разложение вирусов и аллохтонные поступления из водной толщи. [149] [150] [151] [152] Предыдущие исследования предоставили доказательства того, что важная часть внеклеточной ДНК может избегать процессов деградации, оставаясь сохраненной в отложениях. [153] [154] Эта ДНК представляет собой, потенциально, генетическое хранилище, которое регистрирует биологические процессы, происходящие с течением времени. [155] [156] [148]

Недавние исследования показали, что ДНК, сохранившаяся в морских отложениях, характеризуется большим количеством весьма разнообразных последовательностей генов. [155] [156] [157] В частности, внеклеточная ДНК использовалась для реконструкции прошлого прокариотического и эукариотического разнообразия в донных экосистемах, характеризующихся низкими температурами и/или постоянно аноксическими условиями. [157] [158] [159] [160] [161] [148]

На диаграмме справа показана сеть OTU ( операционная таксономическая единица ) внеклеточных пулов ДНК из осадков различных континентальных окраин. Размер точек в сети пропорционален распространенности последовательностей для каждой OTU. Точки, обведенные красным, представляют внеклеточные основные OTU, точки, обведенные желтым, представляют частично общие (между двумя или более пулами) OTU, точки, обведенные черным, представляют OTU, исключающие каждый пул. Показаны основные OTU, вносящие вклад по крайней мере в 20 последовательностей. Цифры в скобках представляют количество связей между OTU и образцами: 1 для исключительных OTU, 2–3 для частично общих OTU и 4 для основных OTU. [148]

Предыдущие исследования предполагали, что сохранение ДНК может также быть благоприятным в бентосных системах, характеризующихся высоким содержанием органического вещества и скоростью седиментации, таких как континентальные окраины. [162] [163] Эти системы, которые представляют около 15% мирового морского дна, также являются горячими точками бентосного прокариотического разнообразия, [164] [165] [166] и, следовательно, они могут представлять собой оптимальные места для исследования прокариотического разнообразия, сохраненного во внеклеточной ДНК. [148]

Пространственное распределение прокариотического разнообразия интенсивно изучалось в донных глубоководных экосистемах  [167] [168] [169] [170] посредством анализа «экологической ДНК» (т.е. генетического материала, полученного непосредственно из образцов окружающей среды без каких-либо очевидных признаков биологического исходного материала). [9] Однако степень, в которой последовательности генов, содержащиеся во внеклеточной ДНК, могут изменять оценки разнообразия современных прокариотических сообществ, неизвестна. [171] [148]

Древняя осадочная ДНК

Анализы древней ДНК, сохраненной в различных архивах, изменили понимание эволюции видов и экосистем. В то время как более ранние исследования были сосредоточены на ДНК, извлеченной из таксономически ограниченных образцов (таких как кости или замороженные ткани), достижения в области высокопроизводительного секвенирования и биоинформатики теперь позволяют анализировать древнюю ДНК, извлеченную из осадочных архивов, [172] так называемую sedaDNA. Накопление и сохранение sedaDNA, захороненной в отложениях суши и озер, были предметом активных исследований и интерпретаций. [173] Однако изучение отложения ДНК на дне океана и ее сохранения в морских отложениях является более сложным, поскольку ДНК должна пройти через толщу воды на несколько километров. [174] В отличие от наземной среды, с повсеместным переносом субфоссильной биомассы с суши, большая часть морской sedaDNA получена из планктонного сообщества, в котором доминируют морские микробы и морские простейшие . [175] После смерти поверхностного планктона его ДНК подвергается транспортировке через толщу воды, во время которой, как известно, большая часть связанного органического вещества потребляется и выдыхается . [176] Этот транспорт может занять от 3 до 12 дней в зависимости от размера и морфологии образца. [177] Однако остается неясным, как именно планктонная eDNA, определяемая как общая ДНК, присутствующая в окружающей среде после, [178] переживает этот транспорт, связаны ли деградация или транспорт с сортировкой или боковой адвекцией, и, наконец, сохраняется ли eDNA, прибывающая на морское дно, в морских отложениях без дальнейшего искажения ее состава. [179]

Несмотря на длительное воздействие деградации в кислородных условиях во время транспортировки в толще воды и существенно более низкую концентрацию органического вещества на морском дне, есть доказательства того, что планктонная eDNA сохраняется в морских отложениях и содержит пригодный для использования экологический сигнал. [180] Более ранние исследования показали сохранение sedaDNA в морских отложениях, отложенных в условиях аноксии с необычно высоким количеством сохраненного органического вещества, [181] но более поздние исследования показывают, что sedaDNA также может быть извлечена из обычных морских отложений, в которых преобладают обломочные или биогенные минеральные фракции. [182] [183] ​​[184] Кроме того, низкая температура глубоководной воды (0–4 °C) обеспечивает хорошую сохранность sedaDNA. [178] [180] Используя планктонные фораминиферы в качестве «Розеттского камня», что позволяет проводить сравнительный анализ сигнатур sedaDNA с помощью сопутствующих ископаемых тестов этих организмов, Морард и др. В 2017 году было показано, что отпечаток ДНК планктона, прибывающего на морское дно, сохраняет экологическую сигнатуру этих организмов в большом географическом масштабе. [181] Это указывает на то, что ДНК планктонного сообщества откладывается на морском дне ниже вместе с агрегатами, скелетами и другим тонущим планктонным материалом. Если это правда, то sedaDNA должна быть способна регистрировать сигнатуры поверхностной гидрографии океана, влияющие на состав планктонных сообществ, с тем же пространственным разрешением, что и скелетные остатки планктона. Кроме того, если ДНК планктона прибывает на морское дно вместе с агрегатами или раковинами, возможно, что она выдерживает транспортировку через толщу воды, фиксируясь на минеральных поверхностях. Тот же механизм был предложен для объяснения сохранения sedaDNA в отложениях, [182] [183] ​​[184] подразумевая, что поток ДНК планктона, инкапсулированной в кальцитовый тест, прибывающий на морское дно, обусловлен сохранением при захоронении. [179]

Планктонные фораминиферы sedaDNA являются идеальным прокси как «по горизонтали», чтобы оценить пространственное разрешение реконструкции прошлых поверхностных гидрографических особенностей океана, так и «по вертикали», чтобы однозначно отслеживать захоронение их сигнала по всей осадочной колонне. Действительно, поток eDNA планктонных фораминифер должен быть пропорционален потоку мертвых раковин фораминифер, погружающихся на морское дно, что позволяет проводить независимый сравнительный анализ сигнала eDNA. eDNA является мощным инструментом для изучения экосистемы, поскольку он не требует прямых таксономических знаний, что позволяет собирать информацию о каждом организме, присутствующем в образце, даже на скрытом уровне . Однако назначение последовательностей eDNA известным организмам осуществляется путем сравнения с референтными последовательностями (или штрихкодами ), доступными в публичных репозиториях или курируемых базах данных. [185] Таксономия планктонных фораминифер хорошо изучена [186], и существуют штрихкоды, позволяющие почти полностью картировать ампликоны eDNA в таксономии на основе морфологии раковин фораминифер. [187] [188] Важно отметить, что состав сообществ планктонных фораминифер тесно связан с поверхностной гидрографией, и этот сигнал сохраняется в ископаемых образцах, отложенных на морском дне. [189] [190] Поскольку eDNA фораминифер, накопленная в океанических отложениях, может быть восстановлена, ее можно использовать для анализа изменений в планктонных и бентосных сообществах с течением времени. [191] [192] [193] [194] [179]

В 2022 году в Гренландии был обнаружен и секвенирован генетический материал eDNA возрастом два миллиона лет, и в настоящее время он считается старейшей ДНК, обнаруженной на сегодняшний день. [11] [12]

Совместные исследования и гражданская наука

Что такое eDNA? (короткое пояснительное видео от Our Land and Water , Новая Зеландия)

Относительная простота отбора проб eDNA подходит для проектов, которые стремятся вовлечь местные сообщества в исследовательские проекты, включая сбор и анализ образцов ДНК. Это может дать возможность местным сообществам (включая коренные народы) активно участвовать в мониторинге видов в окружающей среде и помочь принимать обоснованные решения в рамках модели совместных исследовательских действий. Пример такого проекта был продемонстрирован благотворительной организацией Science for All с проектом «Wild DNA». [195]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ abcd Томсен, Филип Фрэнсис; Сигсгаард, Ева Э. (2019). «Экологическое ДНК-метабаркодирование диких цветов выявляет разнообразные сообщества наземных членистоногих». Экология и эволюция . 9 (4): 1665–1679. Bibcode : 2019EcoEv...9.1665T. doi : 10.1002 / ece3.4809. PMC  6392377. PMID  30847063. S2CID  71143282. Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International.
  2. ^ abc Стюарт, Кэтрин А. (1 апреля 2019 г.). «Понимание эффектов биотических и абиотических факторов на источники ДНК водной среды». Биоразнообразие и охрана природы . 28 (5): 983–1001. Bibcode :2019BiCon..28..983S. doi : 10.1007/s10531-019-01709-8 . hdl : 11245.1/1caeb8dd-3d0b-493c-90dd-c180c9c8f21c . ISSN  1572-9710. S2CID  61811470.
  3. ^ «Экологическая ДНК — как инструмент, используемый для обнаружения находящихся под угрозой исчезновения диких животных, в конечном итоге помог бороться с пандемией COVID-19». 21 апреля 2021 г.
  4. ^ "Что такое eDNA?". Freshwater Habitats Trust .
  5. ^ Fahner, Nicole (2016). «Масштабный мониторинг растений с помощью экологического ДНК-метабаркодирования почвы: восстановление, разрешение и аннотация четырех ДНК-маркеров». PLOS ONE . 11 (6): 1–16. Bibcode : 2016PLoSO..1157505F. doi : 10.1371/journal.pone.0157505 . ISSN  1932-6203. PMC 4911152. PMID 27310720  – через Directory of Open Access Journals. 
  6. ^ abcdefghij Рупперт, Криста М.; Клайн, Ричард Дж.; Рахман, Мд Сайдур (2019). «Прошлые, настоящие и будущие перспективы метабаркодирования экологической ДНК (EDNA): систематический обзор методов, мониторинга и приложений глобальной eDNA». Глобальная экология и охрана природы . 17 : e00547. doi : 10.1016/j.gecco.2019.e00547 . S2CID  133855497. Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International.
  7. ^ abcdefg Bohmann, Kristine; Evans, Alice; Gilbert, M. Thomas P.; Carvalho, Gary R.; Creer, Simon; Knapp, Michael; Yu, Douglas W.; de Bruyn, Mark (1 июня 2014 г.). «Экологическая ДНК для биологии дикой природы и мониторинга биоразнообразия». Trends in Ecology & Evolution . 29 (6): 358–367. doi :10.1016/j.tree.2014.04.003. ISSN  1872-8383. PMID  24821515.
  8. ^ Ку, Чанжуан; Стюарт, Кэтрин А. (18 февраля 2019 г.). «Оценка вариантов мониторинга для сохранения: сравнение традиционных и экологических инструментов ДНК для млекопитающих, находящихся под угрозой исчезновения». The Science of Nature . 106 (3): 9. Bibcode : 2019SciNa.106....9Q. doi : 10.1007/s00114-019-1605-1 . hdl : 11245.1/d02ea724-b763-42b2-8f97-696ef88db996 . ISSN  1432-1904. PMID  30778682. S2CID  66881381.
  9. ^ abcdefghij Томсен, Филип Фрэнсис; Виллерслев, Эске (1 марта 2015 г.). «Экологическая ДНК — новый инструмент в области сохранения для мониторинга прошлого и настоящего биоразнообразия». Биологическая консервация . Специальный выпуск: Экологическая ДНК: новый мощный инструмент для биологической консервации. 183 : 4–18. Bibcode :2015BCons.183....4T. doi : 10.1016/j.biocon.2014.11.019 .
  10. ^ abc Tsuji, Satsuki (2016). «Влияние pH воды и обработки протеиназой К на выход экологической ДНК из образцов воды». Limnology . 18 : 1–7. doi :10.1007/s10201-016-0483-x. ISSN  1439-8621. S2CID  44793881.
  11. ^ ab Zimmer, Carl (7 декабря 2022 г.). «Самая древняя известная ДНК дает представление о некогда пышной Арктике — в вечной мерзлоте Гренландии ученые обнаружили генетический материал возрастом два миллиона лет от десятков видов растений и животных, включая мастодонтов, гусей, леммингов и муравьев». The New York Times . Получено 7 декабря 2022 г.
  12. ^ ab Kjær, Kurt H.; et al. (7 декабря 2022 г.). «Экосистема возрастом 2 миллиона лет в Гренландии, обнаруженная с помощью экологической ДНК». Nature . 612 (7939): 283–291. Bibcode :2022Natur.612..283K. doi :10.1038/s41586-022-05453-y. PMC 9729109 . PMID  36477129. S2CID  254367944. 
  13. ^ ab Ficetola, Gentile Francesco; Miaud, Claude; Pompanon, François; Taberlet, Pierre (2008). «Обнаружение видов с использованием экологической ДНК из образцов воды». Biology Letters . 4 (4): 423–425. doi :10.1098/rsbl.2008.0118. PMC 2610135. PMID  18400683 . 
  14. ^ abcd Барнс, Мэтью А.; Тернер, Кэмерон Р. (2016). «Экология ДНК окружающей среды и ее значение для генетики сохранения». Conservation Genetics . 17 (1): 1–17. Bibcode : 2016ConG...17....1B. doi : 10.1007/s10592-015-0775-4 . hdl : 2346/87600 . S2CID  14914544.
  15. ^ Дейнер, Кристи; Вальсер, Жан-Клод; Махлер, Эльвира; Альтерматт, Флориан (2015). «Выбор методов захвата и извлечения влияет на обнаружение пресноводного биоразнообразия из ДНК окружающей среды». Biological Conservation . 183 : 53–63. Bibcode : 2015BCons.183...53D. doi : 10.1016/j.biocon.2014.11.018.
  16. ^ ab Taberlet, Pierre; Coissac, Eric; Pompanon, François; Brochmann, Christian; Willerslev, Eske (2012). «К оценке биоразнообразия следующего поколения с использованием метабаркодирования ДНК». Молекулярная экология . 21 (8): 2045–2050. Bibcode :2012MolEc..21.2045T. doi :10.1111/j.1365-294X.2012.05470.x. PMID  22486824. S2CID  41437334.
  17. ^ abcde Стюарт, Кэтрин; Ма, Хунцзюань; Чжэн, Цзиньсун; Чжао, Цзяньфу (2017). «Использование экологической ДНК для оценки использования популяционно-пространственного резерва». Conservation Biology (на испанском языке). 31 (5): 1173–1182. Bibcode :2017ConBi..31.1173S. doi :10.1111/cobi.12910. ISSN  1523-1739. PMID  28221696. S2CID  3781648.
  18. ^ abcd Goldberg, Caren S.; Turner, Cameron R.; Deiner, Kristy; Klymus, Katy E.; Thomsen, Philip Francis; Murphy, Melanie A.; Spear, Stephen F.; McKee, Anna; Oyler-Mccance, Sara J.; Cornman, Robert Scott; Laramie, Matthew B.; Mahon, Andrew R.; Lance, Richard F.; Pilliod, David S.; Strickler, Katherine M.; Waits, Lisette P.; Fremier, Alexander K.; Takahara, Teruhiko; Herder, Jelger E.; Taberlet, Pierre (2016). «Критические соображения по применению методов экологической ДНК для обнаружения водных видов». Методы в экологии и эволюции . 7 (11): 1299–1307. Bibcode :2016MEcEv...7.1299G. doi : 10.1111/2041-210X.12595 . hdl : 20.500.11850/502281 . S2CID  89432389.
  19. ^ abcd Геринг, Дэниел; Борха, Ангел; Джонс, Дж.Иван; Пон, Дидье; Боэтс, Питер; Буше, Агнес; Брюс, Кэт; Дракаре, Стина; Хэнфлинг, Бернд; Калерт, Мария; Лиз, Флориан; Мейснер, Кристиан; Мерген, Патрисия; Рейджол, Йорик; Сегурадо, Педро; Фоглер, Альфрид; Келли, Мартин (2018). «Варианты внедрения идентификации на основе ДНК в оценку экологического статуса в соответствии с Европейской водной рамочной директивой». Исследования воды . 138 : 192–205. Бибкод : 2018WatRe.138..192H. doi :10.1016/j.watres.2018.03.003. PMID  29602086. S2CID  5008250.
  20. ^ abcdefgh Дайнер, Кристи; Бик, Холли М.; Мехлер, Эльвира; Сеймур, Мэтью; Лакурсьер-Руссель, Анаис; Альтерматт, Флориан; Крир, Саймон; Биста, Илиана; Лодж, Дэвид М.; Вере, Наташа; Пфрендер, Майкл Э.; Бернатчес, Луи (2017). «Метабаркодирование ДНК окружающей среды: изменение методов исследования сообществ животных и растений». Молекулярная экология . 26 (21): 5872–5895. Бибкод : 2017MolEc..26.5872D. дои : 10.1111/mec.14350 . hdl : 20.500.11850/455284 . PMID  28921802. S2CID  8001074.
  21. ^ ab Ma, Hongjuan; Stewart, Kathryn; Lougheed, Stephen; Zheng, Jinsong; Wang, Yuxiang; Zhao, Jianfu (1 декабря 2016 г.). «Характеристика, оптимизация и проверка маркеров экологической ДНК (eDNA) для обнаружения находящихся под угрозой исчезновения водных млекопитающих». Ресурсы по генетике сохранения . 8 (4): 561–568. Bibcode : 2016ConGR...8..561M. doi : 10.1007/s12686-016-0597-9. ISSN  1877-7260. S2CID  1613649.
  22. ^ abc Coissac, Eric; Riaz, Tiayyba; Puillandre, Nicolas (2012). «Биоинформатические проблемы для ДНК-метабаркодирования растений и животных». Молекулярная экология . 21 (8): 1834–1847. Bibcode : 2012MolEc..21.1834C. doi : 10.1111/j.1365-294X.2012.05550.x . PMID  22486822. S2CID  24398174.
  23. ^ Eichmiller, Jessica J.; Best, Sendréa E.; Sorensen, Peter W. (2016). «Влияние температуры и трофического состояния на деградацию экологической ДНК в озерной воде». Environmental Science & Technology . 50 (4): 1859–1867. Bibcode : 2016EnST...50.1859E. doi : 10.1021/acs.est.5b05672. PMID  26771292.
  24. ^ Кэрью, Мелисса Э.; Петтигров, Винсент Дж.; Метцелинг, Леон; Хоффманн, Ари А. (2013). «Мониторинг окружающей среды с использованием секвенирования следующего поколения: быстрая идентификация видов-биоиндикаторов макробеспозвоночных». Frontiers in Zoology . 10 (1): 45. doi : 10.1186/1742-9994-10-45 . PMC 3750358. PMID  23919569 . 
  25. ^ abcd Creer, Simon; Deiner, Kristy; Frey, Serita ; Porazinska, Dorota; Taberlet, Pierre; Thomas, W. Kelley; Potter, Caitlin; Bik, Holly M. (2016). «Практическое руководство эколога по идентификации биоразнообразия на основе последовательностей». Методы в экологии и эволюции . 7 (9): 1008–1018. Bibcode : 2016MEcEv...7.1008C. doi : 10.1111/2041-210X.12574 . hdl : 20.500.11850/125378 . S2CID  87512991.
  26. ^ "Внеклеточная собственная ДНК предупреждает растения об опасности". www.newphytologist.org . Получено 10 января 2022 г. .
  27. ^ Mazzoleni S, Bonanomi G, Incerti G, Chiusano ML, Termolino P, Mingo A, Senatore M, Giannino F, Cartenì F, Rietkerk M, Lanzotti V. 2015a. Ингибирующие и токсические эффекты внеклеточной собственной ДНК в подстилке: механизм отрицательных обратных связей между растением и почвой? New Phytologist 205: 1195–1210
  28. ^ Маццолени С, Картени Ф, Бонаноми Г, Сенаторе М, Термолино П, Джаннино Ф, Инчерти Г, Риткерк М, Ланцотти В, Кьюзано МЛ. 2015б. Тормозные эффекты внеклеточной ауто-ДНК: общебиологический процесс? Новый фитолог 206: 127–132.
  29. ^ Вересоглу, SD, Агилар-Тригерос, CA, Мансур, I, Риллиг, MC 2015. Собственная ДНК: скрытое благословение? New Phytologist 207: 488–490.
  30. ^ Дюран-Флорес, Д., Хейл, М. 2015. Ингибирование роста собственной ДНК: явление и его многочисленные объяснения. New Phytologist 207: 482–485.
  31. ^ Патент WO 2014/020624 A9
  32. ^ abc Qu, Chanjuan; Stewart, Kathryn A.; Clemente-Carvalho, Rute; Zheng, Jinsong; Wang, Yuxiang; Gong, Cheng; Ma, Limin; Zhao, Jianfu; Lougheed, Stephen C. (7 октября 2020 г.). «Сравнение разнообразия добычи рыб для находящихся под угрозой исчезновения водных млекопитающих в заповеднике и в дикой природе с использованием метабаркодирования eDNA». Scientific Reports . 10 (1): 16715. doi :10.1038/s41598-020-73648-2. ISSN  2045-2322. PMC 7542144 . PMID  33028872. 
  33. ^ Баннерджи, Притам; Стюарт, Кэтрин А.; Антогнацца, Катерина М.; Бунхоли, Ингрид В.; Дейнер, Кристи; Барнс, Мэтью А.; Саха, Сантану; Вердье, Элоиз; Дой, Хидеюки; Майти, Джоти Пракаш; Чан, Майкл В.Й.; Чен, Чиен Йен (2022). «Взаимодействие растений и животных в эпоху экологической ДНК (eDNA) — обзор». Экологическая ДНК . 4 (5): 987–999. doi : 10.1002/edn3.308 . hdl : 11383/2137932 . S2CID  248977497.
  34. ^ Фичетола, Джентиле Франческо; Таберле, Пьер; Куассак, Эрик (2016). «Как ограничить ложные срабатывания в ДНК окружающей среды и метабаркодировании?». Ресурсы молекулярной экологии . 16 (3): 604–607. doi : 10.1111/1755-0998.12508 . PMID  27062589. S2CID  785279.
  35. ^ Ю, Дуглас В.; Цзи, Иньцю; Эмерсон, Брент К.; Ван, Сяоян; Йе, Чэнси; Ян, Чунянь; Дин, Чжаоли (2012). «Биоразнообразие супа: метабаркодирование членистоногих для быстрой оценки биоразнообразия и биомониторинга». Методы в экологии и эволюции . 3 (4): 613–623. Bibcode : 2012MEcEv...3..613Y. doi : 10.1111/j.2041-210X.2012.00198.x . hdl : 10261/193380 . S2CID  83095866.
  36. ^ Cristescu, Melania E. (2014). «От штрихкодирования отдельных особей к меташтрихкодированию биологических сообществ: к интегративному подходу к изучению глобального биоразнообразия». Trends in Ecology & Evolution . 29 (10): 566–571. doi :10.1016/j.tree.2014.08.001. PMID  25175416. S2CID  18352572.
  37. ^ Gibson, Joel F.; Shokralla, Shadi; Curry, Colin; Baird, Donald J.; Monk, Wendy A.; King, Ian; Hajibabaei, Mehrdad (2015). «Крупномасштабный биомониторинг удаленных и находящихся под угрозой исчезновения экосистем с помощью высокопроизводительного секвенирования». PLOS ONE . 10 (10): e0138432. Bibcode : 2015PLoSO..1038432G. doi : 10.1371/journal.pone.0138432 . PMC 4619546. PMID  26488407 . 
  38. ^ Чуа, Физилия Ю.С.; Бурла, Сара Дж.; Фергюсон, Кэмерон; Корлевич, Петра; Чжао, Лея; Экрем, Торбьёрн; Мейер, Рудольф; Лавничак, Мара К.Н. (10 марта 2023 г.). «Будущее мониторинга насекомых на основе ДНК». Тенденции в генетике . 39 (7): 531–544. дои : 10.1016/j.tig.2023.02.012. PMID  36907721. S2CID  257470926.
  39. ^ ab Lennon, JT; Muscarella, ME; Placella, SA; Lehmkuhl, BK (2018). «Как, когда и где реликтовая ДНК влияет на микробное разнообразие». mBio . 9 (3). doi :10.1128/mBio.00637-18. PMC 6016248 . PMID  29921664.  Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International.
  40. ^ Тани К, Насу М (2010). «Роли внеклеточной ДНК в бактериальных экосистемах». В Kikuchi Y, Rykova EY (ред.). Внеклеточные нуклеиновые кислоты . Springer. стр. 25–38. ISBN 978-3-642-12616-1.
  41. ^ Власов ВВ, Лактионов ПП, Рыкова ЕЮ (июль 2007). «Внеклеточные нуклеиновые кислоты». BioEssays . 29 (7): 654–67. doi :10.1002/bies.20604. PMID  17563084. S2CID  32463239.
  42. ^ Finkel SE, Kolter R (ноябрь 2001 г.). «ДНК как питательное вещество: новая роль гомологов генов бактериальной компетентности». Журнал бактериологии . 183 (21): 6288–93. doi : 10.1128/JB.183.21.6288-6293.2001. PMC 100116. PMID  11591672. 
  43. ^ Mulcahy H, Charron-Mazenod L, Lewenza S (ноябрь 2008 г.). «Внеклеточная ДНК хелатирует катионы и индуцирует устойчивость к антибиотикам в биопленках Pseudomonas aeruginosa». PLOS Pathogens . 4 (11): e1000213. doi : 10.1371/journal.ppat.1000213 . PMC 2581603. PMID  19023416 . 
  44. ^ Berne C, Kysela DT, Brun YV (август 2010 г.). «Бактериальная внеклеточная ДНК ингибирует оседание подвижных клеток потомства в биопленке». Молекулярная микробиология . 77 (4): 815–29. doi :10.1111/j.1365-2958.2010.07267.x. PMC 2962764. PMID  20598083 . 
  45. ^ Whitchurch CB, Tolker-Nielsen T, Ragas PC, Mattick JS (февраль 2002 г.). «Внеклеточная ДНК, необходимая для формирования бактериальной биопленки». Science . 295 (5559): 1487. doi :10.1126/science.295.5559.1487. PMID  11859186.
  46. ^ Hu W, Li L, Sharma S, Wang J, McHardy I, Lux R, Yang Z, He X, Gimzewski JK, Li Y, Shi W (2012). «ДНК строит и укрепляет внеклеточный матрикс в биопленках Myxococcus xanthus, взаимодействуя с экзополисахаридами». PLOS ONE . 7 (12): e51905. Bibcode : 2012PLoSO ...751905H. doi : 10.1371/journal.pone.0051905 . PMC 3530553. PMID  23300576. 
  47. ^ Foote AD, Thomsen PF, Sveegaard S, Wahlberg M, Kielgast J, Kyhn LA и др. (2012). «Исследование потенциального использования экологической ДНК (eDNA) для генетического мониторинга морских млекопитающих». PLOS ONE . 7 (8): e41781. Bibcode : 2012PLoSO...741781F. doi : 10.1371/journal.pone.0041781 . PMC 3430683. PMID  22952587 . 
  48. ^ «Исследователи обнаруживают наземных животных с помощью ДНК в близлежащих водоемах».
  49. ^ Нанн, Джек С.; Шафи, Томас (2022). «Стандартизированные данные об инициативах – STARDIT: бета-версия». Препринты OSF . 8 (1): 31. doi :10.31219/osf.io/w5xj6. PMC 9294764. PMID 35854364.  S2CID 242248848  . 
  50. ^ ab Armbrecht, Linda (2020). «Потенциал древней осадочной ДНК для реконструкции прошлых океанических экосистем». Океанография . 33 (2). doi :10.5670/oceanog.2020.211. S2CID  221020884. Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International.
  51. ^ ab Bass, David (2015). «Разнообразные применения методов экологической ДНК в паразитологии». Тенденции в паразитологии . 31 (10): 499–513. doi : 10.1016/j.pt.2015.06.013 . hdl : 20.500.11850/105112 . PMID  26433253.
  52. ^ Виллерслев, Эске; Хансен, Андерс Дж.; Бинладен, Йонас; Бранд, Тина Б.; Гилберт, М. Томас фП.; Шапиро, Бет; Банс, Майкл; Виуф, Карстен; Гиличински, Дэвид А. (2 мая 2003 г.). «Разнообразные генетические записи растений и животных из голоценовых и плейстоценовых отложений». Science . 300 (5620): 791–795. Bibcode :2003Sci...300..791W. doi : 10.1126/science.1084114 . ISSN  0036-8075. PMID  12702808. S2CID  1222227.
  53. ^ Андерсен, Кеннет; Берд, Карен Лиз; Расмуссен, Мортен; Хейл, Джеймс; Бройнинг-Мадсен, Хенрик; Кьер, Курт Х.; Орландо, Людовик; Гилберт, М. Томас П.; Виллерслев, Эске (1 апреля 2012 г.). «Мета-штрихкодирование «грязной» ДНК из почвы отражает биоразнообразие позвоночных». Молекулярная экология . 21 (8): 1966–1979. Бибкод : 2012MolEc..21.1966A. дои : 10.1111/j.1365-294X.2011.05261.x. ISSN  1365-294X. PMID  21917035. S2CID  43351435.
  54. ^ Нанн, Джек (2020). «Наука для всех — отчет о финансируемом государством исследовании (июнь 2018 г. — декабрь 2019 г.)». Figshare . doi :10.26181/5eba630a64e08.
  55. ^ Тернер, Кэмерон Р. (2014). «ДНК рыбной среды более сконцентрирована в водных отложениях, чем в поверхностных водах». Biological Conservation . 183 : 93–102. doi : 10.1016/j.biocon.2014.11.017 . ISSN  0006-3207.
  56. ^ Гун; Фань; Ли; Ли; Чжан; Громиг; Смит; Дамманн; Бергер; Эйзен; Телль; Бискаборн; Коглин; Вильгельмс; Брой; Лю; Ян; Ли; Лю; Талалай (2019). "Отбор кернов из подледниковых осадков Антарктики". Журнал морской науки и техники . 7 (6): 194. doi : 10.3390/jmse7060194 . Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International.
  57. ^ ab Шульц, Мартин (2015). «Моделирование чувствительности полевых обследований для обнаружения ДНК окружающей среды (eDNA)». PLOS ONE . 10 (10): 1–16. Bibcode : 2015PLoSO..1041503S. doi : 10.1371/journal.pone.0141503 . ISSN  1932-6203. PMC 4624909. PMID 26509674  . 
  58. ^ ab Littlefair, Joanne E.; Hrenchuk, Lee E.; Blanchfield, Paul J.; Rennie, Michael D.; Cristescu, Melania E. (26 апреля 2020 г.). «Термическая стратификация и тепловые предпочтения рыб объясняют вертикальное распределение eDNA в озерах». bioRxiv . 30 (13): 3083–3096. doi :10.1101/2020.04.21.042820. PMID  32888228. S2CID  218466213.
  59. ^ «Как и почему озера стратифицируются и переворачиваются: мы объясняем науку». IISD Experimental Lakes Area . 16 мая 2018 г. Получено 14 июля 2020 г.
  60. ^ ab Stoeckle, Bernhard (2016). «Экологическая ДНК как инструмент мониторинга находящейся под угрозой исчезновения пресноводной жемчужницы (Margaritifera margaritifera L.): замена классическим подходам к мониторингу?». Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems . 26 (6): 1120–1129. Bibcode : 2016ACMFE..26.1120S. doi : 10.1002/aqc.2611.
  61. ^ ab Souza, Lesley (2016). «Вероятность обнаружения ДНК в окружающей среде (eDNA) зависит от сезонной активности организмов». PLOS ONE . 11 (10): 1–15. Bibcode : 2016PLoSO..1165273D. doi : 10.1371/journal.pone.0165273 . ISSN  1932-6203. PMC 5077074. PMID 27776150  . 
  62. ^ Саэко, Мацухаши (2016). «Оценка метода экологической ДНК для оценки распределения и биомассы погруженных водных растений». PLOS ONE . 11 (6): 1–14. Bibcode : 2016PLoSO..1156217M. doi : 10.1371/journal.pone.0156217 . ISSN  1932-6203. PMC 4909283. PMID 27304876  . 
  63. ^ Тедерсоо, Лехо; Бахрам, Мохаммед; Пыльме, Сергей; Кылялг, Урмас; Йору, Нуру С.; Виджесундера, Рави; Руис, Луис Вильярреал; Васко-Паласиос, Аида М.; Четверг, Фам Куанг (28 ноября 2014 г.). «Глобальное разнообразие и география почвенных грибов» (PDF) . Наука . 346 (6213): 1256688. doi :10.1126/science.1256688. hdl : 10447/102930. ISSN  0036-8075. PMID  25430773. S2CID  206559506.
  64. ^ Detheridge, Andrew Paul; Comont, David; Callaghan, Tony Martin; Bussell, Jennifer; Brand, Graham; Gwynn-Jones, Dylan; Scullion, John; Griffith, Gareth Wyn (июнь 2018 г.). «Растительность и эдафические факторы влияют на быстрое формирование отдельных грибковых сообществ на бывших угольных отвалах». Fungal Ecology . 33 : 92–103. doi : 10.1016/j.funeco.2018.02.002 . ISSN  1754-5048.
  65. ^ Джонс, Рис Алед; Брофи, Питер М.; Дэвис, Челси Н.; Дэвис, Тери Э.; Эмберсон, Холли; Риз Стивенс, Полин; Уильямс, Хефин Уин (8 июня 2018 г.). «Обнаружение ДНК окружающей среды Galba truncatula, Fasciola hepatica и Calicophoron daubneyi в источниках воды на пастбищах — будущий инструмент контроля трематод?». Паразиты и переносчики . 11 (1): 342. doi : 10.1186/s13071-018-2928-z . ISSN  1756-3305. PMC 5994096. PMID 29884202  . 
  66. ^ abc Бергман, Пол С.; Шумер, Грегг; Бланкеншип, Скотт; Кэмпбелл, Элизабет (2016). «Обнаружение взрослого зеленого осетра с использованием анализа ДНК окружающей среды». PLOS ONE . 11 (4): 1–8. Bibcode : 2016PLoSO..1153500B. doi : 10.1371/journal.pone.0153500 . ISSN  1932-6203. PMC 4838217. PMID 27096433  . 
  67. ^ "Руководство по ДНК окружающей среды (eDNA) от Biomeme". Biomeme .
  68. ^ Ван, Синькунь (2016). Анализ данных секвенирования следующего поколения . Бока-Ратон: CRC Press. ISBN 9781482217889. OCLC  940961529.
  69. ^ Сеймур, Мэтью; Дюранс, Изабель; Косби, Бернард Дж.; Рэнсом-Джонс, Эмма; Дейнер, Кристи; Ормерод, Стив Дж.; Колборн, Джон К.; Вилгар, Грегори; Карвальо, Гэри Р. (22 января 2018 г.). «Кислотность способствует деградации многовидовой экологической ДНК в проточных мезокосмах». Communications Biology . 1 (1): 4. doi :10.1038/s42003-017-0005-3. ISSN  2399-3642. PMC 6123786 . PMID  30271891. 
  70. ^ Коллинз, Руперт А.; Вангенстин, Оуэн С.; О'Горман, Эойн Дж.; Мариани, Стефано; Симс, Дэвид У.; Дженнер, Мартин Дж. (5 ноября 2018 г.). «Сохранение экологической ДНК в морских системах». Communications Biology . 1 (1): 185. doi :10.1038/s42003-018-0192-6. ISSN  2399-3642. PMC 6218555 . PMID  30417122. 
  71. ^ "Платформа TripleLock™ - точный биомониторинг". Environmental DNA Services . Получено 12 февраля 2019 г.
  72. ^ Хантер, Маргарет Э.; Дорацио, Роберт М.; Баттерфилд, Джон СС; Мейгс-Френд, Гайя; Нико, Лео Дж.; Ферранте, Джейсон А. (20 ноября 2016 г.). «Пределы обнаружения количественных и цифровых ПЦР-анализов и их влияние на исследования присутствия-отсутствия ДНК окружающей среды». Ресурсы молекулярной экологии . 17 (2): 221–229. doi : 10.1111/1755-0998.12619 . ISSN  1755-098X. PMID  27768244.
  73. ^ Уильямс, Молли-Энн; О'Грейди, Джойс; Болл, Бернард; Карлссон, Йенс; Эйто, Эльвира де; МакГиннити, Филипп; Дженнингс, Элинор; Реган, Фиона; Парл-МакДермотт, Энн (2019). «Применение CRISPR-Cas для идентификации отдельных видов по ДНК окружающей среды». Ресурсы молекулярной экологии . 19 (5): 1106–1114. doi : 10.1111/1755-0998.13045. hdl : 10468/8053 . ISSN  1755-0998. PMID  31177615. S2CID  182949780.
  74. ^ Возможности в науках об океане . Вашингтон, округ Колумбия: National Academies Press. 1 января 1998 г. doi : 10.17226/9500. ISBN 9780309582926.
  75. ^ Коллен, Бен; (зоолог), Моника Бём; Кемп, Рэйчел; Бейли, Джонатан (2012). Бесхребетные: статус и тенденции мировых беспозвоночных. ISBN 9780900881701.
  76. ^ Дирзо, Р.; Янг, HS; Галетти, М.; Себальос, Г.; Исаак, NJB; Коллен, Б. (2014). «Дефаунация в антропоцене» (PDF) . Наука . 345 (6195): 401–406. Бибкод : 2014Sci...345..401D. дои : 10.1126/science.1251817. PMID  25061202. S2CID  206555761.
  77. ^ Европейская Красная книга пчел. Издательское бюро. 2014. ISBN 9789279445125.
  78. ^ Swaay, Chris van (2010). Европейская Красная книга бабочек. МСОП (Международный союз охраны природы). ISBN 9789279141515.
  79. ^ Сторк, Найджел Э. (2018). «Сколько видов насекомых и других наземных членистоногих существует на Земле?». Annual Review of Entomology . 63 : 31–45. doi : 10.1146/annurev-ento-020117-043348 . PMID  28938083. S2CID  23755007.
  80. ^ Хабель, Ян Кристиан; Денглер, Юрген; Янишова, Моника; Тёрёк, Питер; Веллштейн, Камилла; Визик, Михал (2013). «Европейские луговые экосистемы: горячие точки биоразнообразия, находящиеся под угрозой исчезновения». Биоразнообразие и сохранение . 22 (10): 2131–2138. Бибкод : 2013BiCon..22.2131H. дои : 10.1007/s10531-013-0537-x . S2CID  15901140.
  81. ^ Joern, Anthony; Laws, Angela N. (2013). «Экологические механизмы, лежащие в основе разнообразия видов членистоногих в лугах». Annual Review of Entomology . 58 : 19–36. doi :10.1146/annurev-ento-120811-153540. PMID  22830354.
  82. ^ Силва, Жуан Педро (2008). LIFE и пастбища Европы: восстановление забытой среды обитания. Офис официальных публикаций европейских сообществ. ISBN 9789279101595.
  83. ^ Biesmeijer, JC; Roberts, SP; Reemer, M.; Ohlemüller, R.; Edwards, M.; Peeters, T.; Schaffers, AP; Potts, SG; Kleukers, R.; Thomas, CD; Settele, J.; Kunin, WE (2006). «Параллельное снижение численности опылителей и опыляемых насекомыми растений в Великобритании и Нидерландах». Science . 313 (5785): 351–354. Bibcode :2006Sci...313..351B. doi :10.1126/science.1127863. PMID  16857940. S2CID  16273738.
  84. ^ Гоулсон, Д.; Николс, Э.; Ботиас, К.; Ротерей, Э.Л. (2015). «Снижение численности пчел, вызванное комбинированным стрессом от паразитов, пестицидов и отсутствия цветов». Science . 347 (6229). doi : 10.1126/science.1255957 . PMID  25721506. S2CID  206558985.
  85. ^ Поттс, Саймон Г.; Бисмейер, Якобус К.; Кремен, Клэр; Нойманн, Питер; Швайгер, Оливер; Кунин, Уильям Э. (2010). «Глобальное снижение численности опылителей: тенденции, последствия и движущие факторы». Тенденции в экологии и эволюции . 25 (6): 345–353. doi :10.1016/j.tree.2010.01.007. PMID  20188434.
  86. ^ Европейское агентство по охране окружающей среды (2013). Индикатор европейской луговой бабочки: 1990–2011 . Publications Office. doi :10.2800/89760. ISBN 9789292134020.
  87. ^ Оллертон, Джефф; Уинфри, Рэйчел; Таррант, Сэм (2011). «Сколько цветковых растений опыляются животными?». Oikos . 120 (3): 321–326. Bibcode : 2011Oikos.120..321O. doi : 10.1111/j.1600-0706.2010.18644.x.
  88. ^ Прайс, Питер В.; Денно, Роберт Ф.; Юбэнкс, Микки Д.; Финке, Дебора Л.; Каплан, Ян (2011). Экология насекомых . doi : 10.1017/CBO9780511975387. ISBN 9780511975387.
  89. ^ Хопкинс, GW; Фреклтон, RP (2002). «Сокращение числа любителей и профессиональных таксономистов: последствия для сохранения». Animal Conservation . 5 (3): 245–249. Bibcode :2002AnCon...5..245H. doi :10.1017/S1367943002002299. S2CID  86182871.
  90. ^ Сангстер, Джордж; Люксенбург, Джоланда А. (2015). «Снижение темпов описания видов по таксономистам: замедление прогресса или побочный эффект повышения качества в таксономии?». Систематическая биология . 64 (1): 144–151. doi : 10.1093/sysbio/syu069 . PMID  25190593.
  91. ^ Уилер, К. Д.; Равен, П. Х.; Уилсон, Э. О. (2004). «Таксономия: препятствие или целесообразность?». Science . 303 (5656): 285. doi : 10.1126/science.303.5656.285 . hdl : 1808/295 . PMID  14726557. S2CID  27481787.
  92. ^ Буш, Алекс; Зольманн, Рахель; Уилтинг, Андреас; Боманн, Кристина; Коул, Бет; Бальцтер, Хайко; Мартиус, Кристофер; Злински, Андраш; Кальвиньяк-Спенсер, Себастьян; Кобболд, Кристина А.; Доусон, Теренс П.; Эмерсон, Брент К.; Ферье, Саймон; Гилберт, М. Томас П.; Герольд, Мартин; Джонс, Лоуренс; Лендерц, Фабиан Х.; Мэтьюз, Луиза; Миллингтон, Джеймс Д.А.; Олсон, Джон Р.; Оваскайнен, Отсо; Рафаэлли, Дэйв; Рив, Ричард; Рёдель, Марк-Оливер; Роджерс, Торри В.; Снейп, Стюарт; Виссерен-Хамакерс, Ингрид; Фоглер, Альфрид П.; Уайт, Пиран CL; и др. (2017). «Подключение наблюдений за Землей к высокопроизводительным данным о биоразнообразии» (PDF) . Nature Ecology & Evolution . 1 (7): 176. Bibcode :2017NatEE...1..176B. doi :10.1038/s41559 -017-0176. PMID  28812589. S2CID  205564094.
  93. ^ Аррибас, Паула; Андухар, Кармело; Хопкинс, Кевин; Шеперд, Мэтью; Фоглер, Альфред П. (2016). «Метабаркодирование и митохондриальная метагеномика эндогейных членистоногих для раскрытия мезофауны почвы». Методы в экологии и эволюции . 7 (9): 1071–1081. Bibcode : 2016MEcEv...7.1071A. doi : 10.1111/2041-210X.12557 . hdl : 10044/1/49935 . S2CID  51899316.
  94. ^ Elbrecht, Vasco; Taberlet, Pierre; Dejean, Tony; Valentini, Alice; Usseglio-Polatera, Philippe; Beisel, Jean-Nicolas; Coissac, Eric; Boyer, Frederic; Leese, Florian (2016). «Тестирование потенциала рибосомального маркера 16S для метабаркодирования ДНК насекомых». PeerJ . 4 : e1966. doi : 10.7717/peerj.1966 . PMC 4841222 . PMID  27114891. 
  95. ^ Хаджибабаи, Мехрдад; Шокралла, Шади; Чжоу, Синь; Сингер, Грегори А.С.; Бэрд, Дональд Дж. (2011). «Экологическое штрихкодирование: подход к секвенированию нового поколения для приложений биомониторинга с использованием речного бентоса». PLOS ONE . 6 (4): e17497. Bibcode : 2011PLoSO...617497H. doi : 10.1371/journal.pone.0017497 . PMC 3076369. PMID  21533287 . 
  96. ^ Сюй, Чарльз CY; Йен, Айви Дж.; Боуман, Дин; Тернер, Кэмерон Р. (2015). «ДНК паутины: новый поворот в неинвазивной генетике хищника и добычи». PLOS ONE . 10 (11): e0142503. Bibcode : 2015PLoSO..1042503X. doi : 10.1371 / journal.pone.0142503 . PMC 4659541. PMID  26606730. S2CID  5331545. 
  97. ^ Derocles, Stéphane AP; Evans, Darren M.; Nichols, Paul C.; Evans, S. Aifionn; Lunt, David H. (2015). «Определение взаимодействий растений, минирующих молей и паразитоидов: подход с использованием ДНК-штрихкодирования». PLOS ONE . 10 (2): e0117872. Bibcode : 2015PLoSO..1017872D. doi : 10.1371 /journal.pone.0117872 . PMC 4339730. PMID  25710377. 
  98. ^ Блейк, Макс; МакКеон, Ниалл Дж.; Бушелл, Марк Л.Т.; Шоу, Пол У. (2016). «Извлечение ДНК из паутины». Ресурсы по генетике сохранения . 8 (3): 219–221. Bibcode : 2016ConGR...8..219B. doi : 10.1007/s12686-016-0537-8 . hdl : 2160/43510 . S2CID  15122457.
  99. ^ Bittleston, Leonora S.; Baker, Christopher CM; Strominger, Lila B.; Pringle, Anne; Pierce, Naomi E. (2016). «Метабаркодирование как инструмент для исследования разнообразия членистоногих у растений Nepenthespitcher ». Austral Ecology . 41 (2): 120–132. Bibcode : 2016AusEc..41..120B. doi : 10.1111/aec.12271.
  100. ^ Гамонал Гомес, Нереа; Сёренсен, Дидде Хедегаард; Чуа, Фисилия Ин Ши; Сигсгаард, Лене (6 декабря 2022 г.). «Оценка разнообразия членистоногих, посещающих цветы, в яблоневых садах с помощью метабаркодирования экологической <scp>ДНК</scp> из цветов и визуального переписи». Экологическая ДНК . doi : 10.1002/edn3.362 . ISSN  2637-4943. S2CID  254391183.
  101. ^ ab Taberlet, Pierre; Coissac, Eric; Hajibabaei, Mehrdad; Rieseberg, Loren H. (2012). «Экологическая ДНК». Молекулярная экология . 21 (8): 1789–1793. Bibcode :2012MolEc..21.1789T. doi :10.1111/j.1365-294X.2012.05542.x. PMID  22486819. S2CID  3961830.
  102. ^ Томсен, Филип Фрэнсис; Килгаст, JOS; Иверсен, Ларс Л.; Виуф, Карстен; Расмуссен, Мортен; Гилберт, М. Томас П.; Орландо, Людовик; Виллерслев, Эске (2012). «Мониторинг находящегося под угрозой исчезновения пресноводного биоразнообразия с использованием ДНК окружающей среды». Молекулярная экология . 21 (11): 2565–2573. Бибкод : 2012MolEc..21.2565T. дои : 10.1111/j.1365-294X.2011.05418.x. ПМИД  22151771.
  103. ^ Зингер, Люси; Таберле, Пьер; Шиманн, Хайди; Бонен, Орели; Бойер, Фредерик; Де Барба, Марта; Гоше, Филипп; Джелли, Людовик; Жиге-Ковекс, Шарлин; Ирибар, Амайя; Режу-Мешен, Максим; Райе, Жиль; Риу, Дельфин; Шиллинг, Винсент; Таймен, Блез; Вирс, Жером; Зуитен, Кирилл; Тюллер, Вильфрид; Куассак, Эрик; Шав, Жером (2019). «Размер тела определяет состав почвенного сообщества в тропическом лесу». Молекулярная экология . 28 (3): 528–543. Бибкод : 2019MolEc..28..528Z. doi : 10.1111/mec.14919. PMID  30375061. S2CID  53114166.
  104. ^ Хурадо-Ривера, Хосе А.; Фоглер, Альфред П.; Рид, Крис А. М.; Петипьер, Эдуард; Гомес-Зурита, Хесус (2009). «ДНК-штрихкодирование ассоциаций насекомое–растение-хозяин». Труды Королевского общества B: Биологические науки . 276 (1657): 639–648. doi :10.1098/rspb.2008.1264. PMC 2660938. PMID  19004756 . 
  105. ^ Паула, Дебора П.; Линард, Бенджамин; Крэмптон-Платт, Алекс; Шриватсан, Амрита; Тиммерманс, Мартейн Дж. Т. Н.; Суджи, Эдисон Р.; Пирес, Кармен СС; Соуза, Лукас М.; Эндов, Дэвид А.; Фоглер, Альфрид П. (2016). «Раскрытие трофических взаимодействий у членистоногих хищников посредством секвенирования ДНК-пушки содержимого кишечника». PLOS ONE . 11 (9): e0161841. Bibcode : 2016PLoSO..1161841P. doi : 10.1371 /journal.pone.0161841 . PMC 5021305. PMID  27622637. 
  106. ^ Bohmann, Kristine; Monadjem, Ara; Lehmkuhl Noer, Christina; Rasmussen, Morten; Zeale, Matt RK; Clare, Elizabeth; Jones, Gareth; Willerslev, Eske; Gilbert, M. Thomas P. (2011). «Анализ молекулярной диеты двух африканских свободнохвостых летучих мышей (Molossidae) с использованием высокопроизводительного секвенирования». PLOS ONE . 6 (6): e21441. Bibcode : 2011PLoSO...621441B. doi : 10.1371/journal.pone.0021441 . PMC 3120876. PMID  21731749 . 
  107. ^ Вестеринен, Ээро Дж.; Лилли, Томас; Лайне, Вероника Н.; Вальберг, Никлас (2013). «Секвенирование фекальной ДНК следующего поколения раскрывает разнообразие рациона широко распространенного насекомоядного хищника — водяной летучей мыши (Myotis daubentonii) в юго-западной Финляндии». PLOS ONE . 8 (11): e82168. Bibcode : 2013PLoSO ...882168V. doi : 10.1371/journal.pone.0082168 . PMC 3842304. PMID  24312405. 
  108. ^ Белл, Карен Л.; Фаулер, Джули; Берджесс, Кевин С.; Доббс, Эмили К.; Грюневальд, Дэвид; Лоули, Брайс; Морозуми, Коннор; Брози, Берри Дж. (2017). «Применение метабаркодирования ДНК пыльцы к изучению взаимодействий растений и опылителей». Приложения в науках о растениях . 5 (6). doi :10.3732/apps.1600124. PMC 5499302. PMID 28690929.  S2CID 6590244  . 
  109. ^ Порнон, Андре; Эскаравадж, Натали; Буррус, Моник; Голота, Элен; Химун, Орели; Мариетт, Жером; Пелиццари, Шарлен; Ирибар, Амайя; Этьен, Розелин; Таберле, Пьер; Видаль, Мари; Винтертон, Питер; Зингер, Люси; Андало, Кристоф (2016). «Использование метабаркодирования для выявления и количественной оценки взаимодействия растений и опылителей». Научные отчеты . 6 : 27282. Бибкод : 2016NatSR...627282P. дои : 10.1038/srep27282. ПМЦ 4891682 . ПМИД  27255732. 
  110. ^ Taberlet, Pierre (2018). Экологическая ДНК: для исследования и мониторинга биоразнообразия . Оксфорд. ISBN 9780198767220.{{cite book}}: CS1 maint: location missing publisher (link)
  111. ^ "Арно Лие из WWF об измерении популяций диких животных". Всемирный фонд дикой природы . Получено 26 ноября 2018 г.
  112. ^ "eDNA – теперь не только для биологов-рыболовов". wildlife.org . 8 декабря 2017 г. Получено 26 ноября 2018 г.
  113. ^ Рот, Энни (19 ноября 2018 г.). «Как ДНК из снега помогает ученым отслеживать неуловимых животных». National Geographic . Архивировано из оригинала 19 ноября 2018 г. Получено 26 ноября 2018 г.
  114. ^ Франклин, Томас В.; Маккелви, Кевин С.; Голдинг, Джесси Д.; Мейсон, Дэниел Х.; Дист, Джозеф К.; Пилигрим, Кристин Л.; Сквайрс, Джон Р.; Обри, Кит Б.; Лонг, Роберт А.; Гривс, Сэмюэл Э.; Рэйли, Кэтрин М.; Джексон, Скотт; Маккей, Паула; Лисбон, Джошуа; Саудер, Джоэл Д.; Прусс, Майкл Т.; Хеффингтон, Дон; Шварц, Майкл К. (2019). «Использование методов ДНК окружающей среды для улучшения зимних обследований редких плотоядных: ДНК из снега и улучшенные неинвазивные методы». Biological Conservation . 229 : 50–58. Bibcode : 2019BCons.229...50F. doi : 10.1016/j.biocon.2018.11.006 . S2CID  91312879. Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International.
  115. ^ Люнггаард, Кристина; Бертельсен, Мэдс Фрост; Дженсен, Каспер В.; Джонсон, Мэтью С.; Фрёслев, Тобиас Гульдберг; Олсен, Мортен Танге; Боманн, Кристина (6 января 2022 г.). «ДНК воздушной среды для мониторинга сообщества наземных позвоночных». Современная биология . 32 (3): 701–707.e5. Бибкод : 2022CBio...32E.701L. дои : 10.1016/j.cub.2021.12.014. ПМЦ 8837273 . PMID  34995490. S2CID  245772800. 
  116. ^ Клэр, Элизабет Л.; Эконому, Хлоя К.; Беннетт, Фрэнсис Дж.; Дайер, Кейтлин Э.; Адамс, Кэтрин; МакРоби, Бенджамин; Дринкуотер, Рози; Литтлфэр, Джоанн Э. (январь 2022 г.). «Измерение биоразнообразия по ДНК в воздухе». Current Biology . 32 (3): 693–700.e5. Bibcode :2022CBio...32E.693C. doi : 10.1016/j.cub.2021.11.064 . PMID  34995488. S2CID  245772825.
  117. ^ Клэр, Элизабет Л.; Эконому, Хлоя К.; Фолкс, Крис Г.; Гилберт, Джеймс Д.; Беннетт, Фрэнсис; Дринквотер, Рози; Литтлфэр, Джоанн Э. (2021). «EDNAir: Доказательство концепции, что ДНК животных можно собрать из проб воздуха». PeerJ . 9 : e11030. doi : 10.7717/peerj.11030 . PMC 8019316 . PMID  33850648.  Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International.
  118. ^ Теперь исследователи могут собирать и секвенировать ДНК из воздуха Live Science , 6 апреля 2021 г.
  119. ^ Метрис, Кимберли Л.; Метрис, Жереми (14 апреля 2023 г.). «Обследования с воздуха на предмет eDNA: исследование биоразнообразия в небе». PeerJ . 11 : e15171. doi : 10.7717/peerj.15171 . ISSN  2167-8359. PMC 10108859 . PMID  37077310. 
  120. ^ Кеннет Т. Фрэнк; Брайан Петри; Джей С. Чой; Уильям К. Леггетт (2005). «Трофические каскады в экосистеме, в которой ранее доминировали трески». Science . 308 (5728): 1621–1623. Bibcode :2005Sci...308.1621F. doi :10.1126/science.1113075. PMID  15947186. S2CID  45088691.
  121. ^ Уолтерс, Карл; Магуайр, Жан-Жак (1996). «Уроки оценки запасов на основе коллапса северной трески». Обзоры по биологии рыб и рыболовству . 6 (2). doi :10.1007/BF00182340. S2CID  20224324.
  122. ^ ICES (2018). «Запрос НЕАФК об обновлении рекомендаций по треске (Gadus morhua) в Подрайоне 5.b.1 (Фарерское плато)» (PDF) . doi :10.17895/ices.pub.4651. {{cite journal}}: Цитировать журнал требует |journal=( помощь )
  123. ^ Хессен, Хенк Дж. Л.; Даан, Нильс; Эллис, Джим Р. (сентябрь 2015 г.). Атлас рыб Кельтского моря, Северного моря и Балтийского моря: на основе международных исследований на судах. Brill. ISBN 9789086868780.
  124. ^ Pusceddu, A.; Bianchelli, S.; Martin, J.; Puig, P.; Palanques, A.; Masque, P.; Danovaro, R. (2014). «Хроническое и интенсивное донное траление ухудшает глубоководное биоразнообразие и функционирование экосистемы». Труды Национальной академии наук . 111 (24): 8861–8866. Bibcode : 2014PNAS..111.8861P. doi : 10.1073/pnas.1405454111 . PMC 4066481. PMID  24843122 . 
  125. ^ Аррегуин-Санчес, Франциско (1996). «Уловистость: ключевой параметр для оценки запасов рыб». Обзоры по биологии рыб и рыболовству . 6 (2). doi :10.1007/BF00182344. S2CID  9589700.
  126. ^ abcd Salter, Ian; Joensen, Mourits; Kristiansen, Regin; Steingrund, Petur; Vestergaard, Poul (2019). «Концентрации ДНК в окружающей среде коррелируют с региональной биомассой атлантической трески в океанических водах». Communications Biology . 2 : 461. doi :10.1038/s42003-019-0696-8. PMC 6904555. PMID  31840106 .  Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International.
  127. ^ Голдберг, Карен С.; Пиллиод, Дэвид С.; Аркл, Роберт С.; Уэйтс, Лизетт П. (2011). «Молекулярное обнаружение позвоночных в речной воде: демонстрация с использованием хвостатых лягушек Скалистых гор и гигантских саламандр Айдахо». PLOS ONE . 6 (7): e22746. Bibcode : 2011PLoSO...622746G. doi : 10.1371/journal.pone.0022746 . PMC 3144250. PMID  21818382 . 
  128. ^ Валентини, Алиса; Таберле, Пьер; Мио, Клод; Сиваде, Рафаэль; Гердер, Джелгер; Томсен, Филип Фрэнсис; Бельмен, Ева; Беснар, Орельен; Куассак, Эрик; Бойер, Фредерик; Габорио, Колин; Жан, Полина; Пуле, Николя; Розет, Николас; Копп, Гордон Х.; Женье, Филипп; Пон, Дидье; Аржилье, Кристина; Бодуэн, Жан-Марк; Перу, Тифан; Кривелли, Ален Дж.; Оливье, Энтони; Акберж, Манон; Ле Брун, Матье; Мёллер, Питер Р.; Виллерслев, Эске; Дежан, Тони (2016). «Мониторинг водного биоразнообразия нового поколения с использованием метабаркодирования ДНК окружающей среды» (PDF) . Молекулярная экология . 25 (4): 929–942. Bibcode : 2016MolEc..25..929V. doi : 10.1111/mec.13428. PMID  26479867. S2CID  2801412.
  129. ^ Гудвин, Келли Д.; Томпсон, Люк Р.; Дуарте, Бернардо; Кальке, Тим; Томпсон, Эндрю Р.; Маркес, Жуан К.; Касадор, Изабель (2017). «Секвенирование ДНК как инструмент мониторинга экологического состояния морской среды». Frontiers in Marine Science . 4. doi : 10.3389/fmars.2017.00107 . hdl : 10453/125704 . S2CID  27034312.
  130. ^ Stoeckle, Mark Y.; Soboleva, Lyubov; Charlop-Powers, Zachary (2017). «ДНК водной среды определяет сезонное обилие рыб и предпочтения среды обитания в городском эстуарии». PLOS ONE . 12 (4): e0175186. Bibcode : 2017PLoSO..1275186S. doi : 10.1371/journal.pone.0175186 . PMC 5389620. PMID  28403183 . 
  131. ^ Томсен, Филип Фрэнсис; Килгаст, Джос; Иверсен, Ларс Лёнсманн; Мёллер, Питер Раск; Расмуссен, Мортен; Виллерслев, Эске (2012). «Обнаружение разнообразной морской рыбной фауны с использованием ДНК окружающей среды из образцов морской воды». ПЛОС ОДИН . 7 (8): е41732. Бибкод : 2012PLoSO...741732T. дои : 10.1371/journal.pone.0041732 . ПМЦ 3430657 . ПМИД  22952584. 
  132. ^ Аб Томсен, Филип Фрэнсис; Мёллер, Питер Раск; Сигсгаард, Ева Эгелинг; Кнудсен, Стин Вильгельм; Йоргенсен, Оле Анкьер; Виллерслев, Эске (2016). «Экологическая ДНК из образцов морской воды коррелирует с траловым выловом субарктических глубоководных рыб». ПЛОС ОДИН . 11 (11): e0165252. Бибкод : 2016PLoSO..1165252T. дои : 10.1371/journal.pone.0165252 . ПМЦ 5112899 . ПМИД  27851757. 
  133. ^ аб Сигсгаард, Ева Эгелинг; Нильсен, Ида Броман; Карл, Хенрик; Крэг, Маркус Андерс; Кнудсен, Стин Вильгельм; Син, Инчунь; Хольм-Хансен, Торе Хейл; Мёллер, Питер Раск; Томсен, Филип Фрэнсис (2017). «Экологическая ДНК морской воды отражает сезонность прибрежного рыбного сообщества». Морская биология . 164 (6): 128. Бибкод : 2017МарБи.164..128С. дои : 10.1007/s00227-017-3147-4. S2CID  89773962.
  134. ^ Такахара, Терухико; Минамото, Тосифуми; Яманака, Хироки; Дои, Хидеюки; Кавабата, Зен'Ичиро (2012). «Оценка биомассы рыб с использованием ДНК окружающей среды». ПЛОС ОДИН . 7 (4): e35868. Бибкод : 2012PLoSO...735868T. дои : 10.1371/journal.pone.0035868 . ПМЦ 3338542 . ПМИД  22563411. 
  135. ^ Дои, Хидеюки; Учии, Кимико; Такахара, Терухико; Мацухаши, Саэко; Яманака, Хироки; Минамото, Тошифуми (2015). «Использование капельной цифровой ПЦР для оценки численности и биомассы рыб в исследованиях ДНК окружающей среды». PLOS ONE . 10 (3): e0122763. Bibcode : 2015PLoSO..1022763D. doi : 10.1371/journal.pone.0122763 . PMC 4370432. PMID  25799582 . 
  136. ^ Лакурсьер-Руссель, Анаис; Росабаль, Майкель; Берначез, Луи (2016). «Оценка численности и биомассы рыб по концентрациям eDNA: Изменчивость методов отлова и условий окружающей среды». Ресурсы молекулярной экологии . 16 (6): 1401–1414. doi :10.1111/1755-0998.12522. PMID  26946353. S2CID  4507565.
  137. ^ Маруяма, Ацуши; Накамура, Кейсуке; Яманака, Хироки; Кондо, Мичио; Минамото, Тошифуми (2014). «Скорость высвобождения ДНК из окружающей среды у молодых и взрослых рыб». PLOS ONE . 9 (12): e114639. Bibcode : 2014PLoSO...9k4639M. doi : 10.1371 / journal.pone.0114639 . PMC 4257714. PMID  25479160. 
  138. ^ Климус, Кэти Э.; Рихтер, Кэтрин А.; Чепмен, Дуэйн К.; Паукерт, Крейг (2015). «Количественная оценка скорости потери eDNA у инвазивного толстолобика Hypophthalmichthys nobilis и белого толстолобика Hypophthalmichthys molitrix». Biological Conservation . 183 : 77–84. Bibcode : 2015BCons.183...77K. doi : 10.1016/j.biocon.2014.11.020.
  139. ^ Ли, Цзяньлун; Лоусон Хэндли, Лори Дж.; Харпер, Линси Р.; Брайс, Рейн; Уотсон, Хейли В.; Ди Мури, Кристина; Чжан, Сян; Хэнфлинг, Бернд (2019). «Ограниченное рассеивание и быстрая деградация экологической ДНК в рыбоводных прудах, выведенные с помощью метабаркодирования». Экологическая ДНК . 1 (3): 238–250. doi : 10.1002/edn3.24 . S2CID  198403033.
  140. ^ Salter, Ian (2018). «Сезонная изменчивость в сохранении растворенной экологической ДНК (EDNA) в морской системе: роль ограничения микробных питательных веществ». PLOS ONE . 13 (2): e0192409. Bibcode : 2018PLoSO..1392409S. doi : 10.1371/journal.pone.0192409 . PMC 5825020. PMID  29474423 . 
  141. ^ Бакстон, Эндрю С.; Грумбридж, Джим Дж.; Гриффитс, Ричард А. (2018). «Сезонные колебания в обнаружении ДНК в окружающей среде в образцах осадков и воды». PLOS ONE . 13 (1): e0191737. Bibcode : 2018PLoSO..1391737B. doi : 10.1371/journal.pone.0191737 . PMC 5774844. PMID  29352294 . 
  142. ^ Коллинз, Руперт А.; Вангенстин, Оуэн С.; О'Горман, Эойн Дж.; Мариани, Стефано; Симс, Дэвид У.; Дженнер, Мартин Дж. (2018). «Сохранение экологической ДНК в морских системах». Communications Biology . 1 : 185. doi :10.1038/s42003-018-0192-6. PMC 6218555. PMID  30417122 . 
  143. ^ ab Андрушкевич, Элизабет А.; Косефф, Джеффри Р.; Фрингер, Оливер Б.; Уэллетт, Николас Т.; Лоу, Анна Б.; Эдвардс, Кристофер А.; Бём, Александрия Б. (2019). «Моделирование транспорта ДНК в окружающей среде в прибрежном океане с использованием отслеживания частиц Лагранжа». Frontiers in Marine Science . 6 . doi : 10.3389/fmars.2019.00477 . S2CID  199447701.
  144. ^ Эйхмиллер, Джессика Дж.; Баер, Пшемыслав Г.; Соренсен, Питер В. (2014). «Взаимосвязь между распределением карпа и его экологической ДНК в небольшом озере». PLOS ONE . 9 (11): e112611. Bibcode : 2014PLoSO...9k2611E. doi : 10.1371 /journal.pone.0112611 . PMC 4226586. PMID  25383965. 
  145. ^ Гарган, Лора М.; Морато, Тельмо; Фам, Кристофер К.; Финарелли, Джон А.; Карлссон, Жанетт Э.Л.; Карлссон, Йенс (2017). «Разработка чувствительного метода обнаружения для обследования пелагического биоразнообразия с использованием электронной ДНК и количественной ПЦР: исследование дьявольского ската на подводных горах». Морская биология . 164 (5): 112. Bibcode : 2017MarBi.164..112G. doi : 10.1007/s00227-017-3141-x. S2CID  91149351.
  146. ^ Ямамото, Сатоши; Минами, Кенджи; Фукая, Кейичи; Такахаши, Кодзи; Савада, Хидеки; Мураками, Хироаки; Цудзи, Сацуки; Хашизуме, Хироки; Кубонага, Шоу; Хориучи, Томоя; Хонго, Масамичи; Нисида, Джо; Окугава, Юта; Фудзивара, Аяка; Фукуда, Михо; Хидака, Сюнсукэ; Сузуки, Кейта В.; Мия, Масаки; Араки, Хитоши; Яманака, Хироки; Маруяма, Ацуши; Мияшита, Казуси; Масуда, Рейджи; Минамото, Тосифуми; Кондо, Мичио (2016). «ДНК окружающей среды как« снимок »распределения рыбы: пример японской скумбрии в заливе Майдзуру, Японское море». PLOS ONE . 11 (3): e0149786. Bibcode : 2016PLoSO..1149786Y. doi : 10.1371 / journal.pone.0149786 . PMC 4775019. PMID  26933889. S2CID  5168061. 
  147. ^ Аб Кнудсен, Стин Вильгельм; Эберт, Расмус Бах; Хессельсё, Мартин; Кунтке, Франциска; Хассингбо, Якоб; Мортенсен, Питер Бондгаард; Томсен, Филип Фрэнсис; Сигсгаард, Ева Эгелинг; Хансен, Брайан Клитгаард; Нильсен, Эйнар Эг; Мёллер, Питер Раск (2019). «Видоспецифическое обнаружение и количественная оценка ДНК окружающей среды морских рыб Балтийского моря». Журнал экспериментальной морской биологии и экологии . 510 : 31–45. doi :10.1016/j.jembe.2018.09.004. S2CID  92601423.
  148. ^ abcdef Corinaldesi, C.; Tangherlini, M.; Manea, E.; Dell'Anno, A. (2018). «Внеклеточная ДНК как генетический регистратор микробного разнообразия в бентосных глубоководных экосистемах». Scientific Reports . 8 (1): 1839. Bibcode :2018NatSR...8.1839C. doi :10.1038/s41598-018-20302-7. PMC 5789842 . PMID  29382896.  Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International.
  149. ^ ab Dell'Anno, A.; Danovaro, R. (2005). «Внеклеточная ДНК играет ключевую роль в функционировании глубоководной экосистемы». Science . 309 (5744): 2179. doi :10.1126/science.1117475. PMID  16195451. S2CID  39216262.
  150. ^ Corinaldesi, Cinzia; Dell'Anno, Antonio; Danovaro, Roberto (2007). «Вирусная инфекция играет ключевую роль во внеклеточной динамике ДНК в морских аноксических системах». Лимнология и океанография . 52 (2): 508–516. Bibcode : 2007LimOc..52..508C. doi : 10.4319/lo.2007.52.2.0508 . S2CID  85601366.
  151. ^ Dell'Anno, Antonio; Corinaldesi, Cinzia; Danovaro, Roberto (2015). «Разложение вирусов вносит важный вклад в функционирование бентосной глубоководной экосистемы». Труды Национальной академии наук . 112 (16): E2014–E2019. Bibcode : 2015PNAS..112E2014D . doi : 10.1073/pnas.1422234112 . PMC 4413343. PMID  25848024. 
  152. ^ Нильсен, Кааре М.; Йонсен, Пол Дж.; Бенсассон, Дуда; Даффончио, Даниэле (2007). «Выделение и сохранение внеклеточной ДНК в окружающей среде». Исследования экологической биобезопасности . 6 (1–2): 37–53. doi : 10.1051/ebr:2007031 . PMID  17961479.
  153. ^ Coolen, Marco JL; Overmann, Jörg (1998). «Анализ субфоссильных молекулярных остатков пурпурных серных бактерий в озерном осадке». Applied and Environmental Microbiology . 64 (11): 4513–4521. Bibcode : 1998ApEnM..64.4513C. doi : 10.1128/AEM.64.11.4513-4521.1998. PMC 106678. PMID  9797316 . 
  154. ^ Coolen, M.; Muyzer, Gerard; Rijpstra, W. Irene C.; Schouten, Stefan; Volkman, John K.; Sinninghe Damsté, Jaap S. (2004). «Комбинированный анализ ДНК и липидов осадков выявил изменения в популяциях гаптофитов и диатомовых водорослей голоцена в антарктическом озере». Earth and Planetary Science Letters . 223 (1–2): 225–239. Bibcode : 2004E&PSL.223..225C. doi : 10.1016/j.epsl.2004.04.014.
  155. ^ ab Coolen, MJL; Orsi, WD; Balkema, C.; Quince, C.; Harris, K.; Sylva, SP; Filipova-Marinova, M.; Giosan, L. (2013). «Эволюция палеома планктона в Черном море от дегляциального периода до антропоцена». Труды Национальной академии наук . 110 (21): 8609–8614. Bibcode : 2013PNAS..110.8609C. doi : 10.1073/pnas.1219283110 . PMC 3666672. PMID  23650351 . 
  156. ^ ab Corinaldesi, C.; Tangherlini, M.; Luna, GM; Dell'Anno, A. (2014). «Внеклеточная ДНК может сохранять генетические сигнатуры настоящих и прошлых событий вирусной инфекции в глубоких гиперсоленых аноксических бассейнах». Труды Королевского общества B: Биологические науки . 281 (1780). doi :10.1098/rspb.2013.3299. PMC 4027399. PMID 24523277.  S2CID 1214760  . 
  157. ^ ab Boere, Arjan C.; Rijpstra, W. Irene C.; De Lange, Gert J.; Malinverno, Elisa; Sinninghe Damsté, Jaap S.; Coolen, Marco JL (2011). «Изучение сохранившихся окаменелых ДНК-сигнатур динофлагеллятов и гаптофитов для вывода об экологических и природоохранных изменениях во время отложения сапропеля S1 в восточном Средиземноморье» (PDF) . Палеоокеанография . 26 (2): н/д. Bibcode : 2011PalOc..26.2204B. doi : 10.1029/2010PA001948. S2CID  53599204.
  158. ^ Coolen, MJL; Cypionka, H.; Sass, AM; Sass, H.; Overmann, J. (2002). «Продолжающаяся модификация средиземноморских плейстоценовых сапропелей, опосредованная прокариотами». Science . 296 (5577): 2407–2410. Bibcode :2002Sci...296.2407C. doi :10.1126/science.1071893. PMID  12089447. S2CID  33722848.
  159. ^ Coolen, Marco JL; Overmann, Jörg (2007). «217 000-летние последовательности ДНК зеленых серных бактерий в средиземноморских сапропелях и их значение для реконструкции палеосреды». Environmental Microbiology . 9 (1): 238–249. doi :10.1111/j.1462-2920.2006.01134.x. hdl : 1912/1506 . PMID  17227428.
  160. ^ Coolen, Marco JL; Volkman, John K.; Abbas, Ben; Muyzer, Gerard; Schouten, Stefan; Sinninghe Damsté, Jaap S. (2007). "Идентификация источников органического вещества в сульфидных позднеголоценовых отложениях фьордов Антарктиды с помощью анализа последовательности ископаемой рДНК". Палеокеанография . 22 (2): PA2211. Bibcode : 2007PalOc..22.2211C. doi : 10.1029/2006PA001309 . hdl : 1912/3447 .
  161. ^ Coolen, Marco JL; Saenz, James P.; Giosan, Liviu; Trowbridge, Nan Y.; Dimitrov, Petko; Dimitrov, Dimitar; Eglinton, Timothy I. (2009). «ДНК и липидные молекулярные стратиграфические записи сукцессии гаптофитов в Черном море в голоцене». Earth and Planetary Science Letters . 284 (3–4): 610–621. Bibcode : 2009E&PSL.284..610C. doi : 10.1016/j.epsl.2009.05.029.
  162. ^ Dell'Anno, Antonio; Corinaldesi, Cinzia; Stavrakakis, Spyros; Lykousis, Vasilis; Danovaro, Roberto (2005). «Пелагическое-бентическое сопряжение и диагенез нуклеиновых кислот на глубоководной континентальной окраине и в системе открытого склона Восточного Средиземноморья». Applied and Environmental Microbiology . 71 (10): 6070–6076. Bibcode :2005ApEnM..71.6070D. doi :10.1128/AEM.71.10.6070-6076.2005. PMC 1265925 . PMID  16204523. 
  163. ^ Левин, Лиза А.; Лю, Кон-Ки; Эмейс, Кей-Кристиан; Брейтбург, Дениз Л.; Клерн, Джеймс; Дойч, Кертис; Джани, Микеле; Гоффарт, Энн; Хофманн, Эйлин Э.; Лачкар, Зухайр; Лимбург, Карин; Лю, Су-Мэй; Монтес, Энрике; Накви, Ваджих; Рагено, Оливье; Рабуй, Кристоф; Саркар, Сантош Кумар; Суони, Деннис П.; Вассман, Пол; Вишнер, Карен Ф. (2015). «Сравнительная биогеохимия, экосистема и взаимодействие человека на динамических окраинах континентов». Журнал морских систем . 141 : 3–17. Бибкод : 2015JMS...141....3L. doi : 10.1016/j.jmarsys.2014.04.016. S2CID  7139186.
  164. ^ Йоргенсен, Бо Баркер; Боэтиус, Антье (2007). «Пир и голод — микробная жизнь на глубоководном дне». Nature Reviews Microbiology . 5 (10): 770–781. doi :10.1038/nrmicro1745. PMID  17828281. S2CID  22970703.
  165. ^ Orcutt, BN; Sylvan, JB; Knab, NJ; Edwards, KJ (2011). «Микробная экология темного океана выше, на и ниже морского дна». Microbiology and Molecular Biology Reviews . 75 (2): 361–422. doi :10.1128/MMBR.00039-10. PMC 3122624. PMID  21646433 . 
  166. ^ Коринальдези, Чинция (2015). «Новые перспективы в бентосной глубоководной микробной экологии». Frontiers in Marine Science . 2. doi : 10.3389 /fmars.2015.00017 . S2CID  2350681.
  167. ^ Зингер, Люси; Амарал-Цеттлер, Линда А.; Фурман, Джед А.; Хорнер-Девайн, М. Клэр; Хьюз, Сьюзан М.; Уэлч, Дэвид Б. Марк; Мартини, Дженнифер Б. Х.; Согин, Митчелл; Боэтиус, Антье; Раметт, Албан (2011). "Глобальные закономерности бактериального бета-разнообразия в экосистемах морского дна и морской воды". PLOS ONE . 6 (9): e24570. Bibcode : 2011PLoSO...624570Z. doi : 10.1371/journal.pone.0024570 . PMC 3169623. PMID  21931760 . 
  168. ^ Bienhold, Christina; Boetius, Antje; Ramette, Alban (2012). «Взаимосвязь энергии и разнообразия сложных бактериальных сообществ в арктических глубоководных отложениях». Журнал ISME . 6 (4): 724–732. Bibcode : 2012ISMEJ ...6..724B. doi : 10.1038/ismej.2011.140. PMC 3309351. PMID  22071347. 
  169. ^ Zinger, L.; Boetius, A.; Ramette, A. (2014). «Бактериальные таксоны–площадь и расстояние–связь распада в морской среде». Молекулярная экология . 23 (4): 954–964. Bibcode :2014MolEc..23..954Z. doi :10.1111/mec.12640. PMC 4230465 . PMID  24460915. 
  170. ^ Драммонд, Алексей Дж.; Ньюкомб, Ричард Д.; Бакли, Томас Р.; Кси, Донг; Допхайд, Эндрю; Поттер, Бенджамин CM; Хелед, Джозеф; Росс, Говард А.; Туман, Лия; Гроссер, Стефани; Парк, Дакчул; Деметрас, Николас Дж.; Стивенс, Марк И.; Рассел, Джеймс К.; Андерсон, Сандра Х.; Картер, Анна; Нельсон, Никола (2015). «Оценка подхода с использованием мультигенной экологической ДНК для оценки биоразнообразия». GigaScience . 4 : 46. doi : 10.1186/s13742-015-0086-1 . PMC 4595072 . PMID  26445670. S2CID  28846124. 
  171. ^ Corinaldesi, C.; Beolchini, F.; Dell'Anno, A. (2008). «Скорости повреждения и деградации внеклеточной ДНК в морских отложениях: последствия для сохранения последовательностей генов». Молекулярная экология . 17 (17): 3939–3951. Bibcode : 2008MolEc..17.3939C. doi : 10.1111/j.1365-294X.2008.03880.x. PMID  18643876. S2CID  22062643.
  172. ^ Педерсен, Миккель Винтер; Овербалле-Петерсен, Сёрен; Эрмини, Лука; Саркисян, Клио Дер; Хейл, Джеймс; Хеллстром, Микаэла; Спенс, Йохан; Томсен, Филип Фрэнсис; Боманн, Кристина; Каппеллини, Энрико; Шнелл, Ида Берхольм; Уэльс, Натан А.; Карё, Кристиан; Кампос, Паула Ф.; Шмидт, Астрид МЗ; Гилберт, М. Томас П.; Хансен, Андерс Дж.; Орландо, Людовик; Виллерслев, Эске (2015). «Древняя и современная ДНК окружающей среды». Философские труды Королевского общества B: Биологические науки . 370 (1660). дои : 10.1098/rstb.2013.0383. ПМЦ 4275890 . PMID  25487334. 
  173. ^ Пардуччи, Лаура; Беннетт, Кит Д.; Фичетола, Джентиле Франческо; Алсос, Ингер Греве; Суяма, Ёсихиса; Вуд, Джейми Р.; Педерсен, Миккель Винтер (2017). «Древняя ДНК растений в озерных отложениях». New Phytologist . 214 (3): 924–942. doi : 10.1111/nph.14470 . hdl : 10023/13063 . PMID  28370025.
  174. ^ Armbrecht, Linda H.; Coolen, Marco JL; Lejzerowicz, Franck; George, Simon C.; Negandhi, Karita; Suzuki, Yohey; Young, Jennifer; Foster, Nicole R.; Armand, Leanne K.; Cooper, Alan; Ostrowski, Martin; Focardi, Amaranta; Stat, Michael; Moreau, John W.; Weyrich, Laura S. (2019). "Древняя ДНК из морских осадков: меры предосторожности и соображения при отборе проб с морского дна, обработке образцов и получении данных". Earth-Science Reviews . 196 : 102887. Bibcode : 2019ESRv..19602887A. doi : 10.1016/j.earscirev.2019.102887. hdl : 10453/134221 . S2CID  198406152.
  175. ^ Де Варгас, К.; и др. (2015). «Разнообразие эукариотического планктона в освещенном солнцем океане». Science . 348 (6237). doi :10.1126/science.1261605. hdl : 10261/117736 . PMID  25999516. S2CID  12853481.
  176. ^ Иверсен, М. Х.; Плауг, Х. (2010). «Балластные минералы и тонущая углеродная струя в океане: углерод-специфические скорости дыхания и скорость тонущих морских снежных агрегатов». Biogeosciences . 7 (9): 2613–2624. Bibcode :2010BGeo....7.2613I. doi : 10.5194/bg-7-2613-2010 .
  177. ^ Takahashi, Kozo; Be, Allan WH (1984). «Планктонные фораминиферы: факторы, контролирующие скорость погружения». Deep Sea Research Part A. Oceanographic Research Papers . 31 (12): 1477–1500. Bibcode : 1984DSRA...31.1477T. doi : 10.1016/0198-0149(84)90083-9.
  178. ^ аб Де Шеппер, Стейн; Рэй, Джессика Л.; Скаар, Катрин Санднес; Садацки, Хенрик; Иджаз, Умер З.; Штейн, Рюдигер; Ларсен, Ауд (2019). «Потенциал древней осадочной ДНК для реконструкции прошлой эволюции морского льда». Журнал ISME . 13 (10): 2566–2577. Бибкод : 2019ISMEJ..13.2566D. дои : 10.1038/s41396-019-0457-1. ПМК 6776040 . ПМИД  31235841. 
  179. ^ abc Barrenechea Анхелес, Инес; Лейзерович, Франк; Кордье, Тристан; Шеплиц, Жанен; Кучера, Михал; Аризтеги, Даниэль; Павловски, Ян; Морар, Рафаэль (2020). «Планктонная ДНК-подпись фораминифер, отложенная на дне моря, сохранилась после захоронения в морских отложениях». Scientific Reports . 10 (1): 20351. doi :10.1038/s41598-020-77179-8. PMC 7684305 . PMID  33230106.  Измененный текст был скопирован из этого источника, который доступен по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International.
  180. ^ ab Briggs, Lisa (2020). «Исследования древней ДНК в морской и подводной археологии: подводные камни, перспективы и будущие направления». Open Quaternary . 6 . doi : 10.5334/oq.71 . S2CID  213677121.
  181. ^ ab Морар, Рафаэль; Лейзерович, Франк; Дарлинг, Кейт Ф.; Лекрок-Беннет, Беатрис; Винтер Педерсен, Миккель; Орландо, Людовик; Павловски, Ян; Мулитца, Стефан; Де Варгас, Коломбан; Кучера, Михал (2017). «Экологическая ДНК, полученная из планктонных фораминифер, извлеченная из абиссальных осадков, сохраняет закономерности макроэкологии планктона». Biogeosciences . 14 (11): 2741–2754. Bibcode :2017BGeo...14.2741M. doi : 10.5194/bg-14-2741-2017 . hdl : 10023/11053 . S2CID  55213856.
  182. ^ ab Corinaldesi, C.; Beolchini, F.; Dell'Anno, A. (2008). "Скорости повреждения и деградации внеклеточной ДНК в морских отложениях: последствия для сохранения последовательностей генов". Молекулярная экология . 17 (17): 3939–3951. Bibcode :2008MolEc..17.3939C. doi :10.1111/j.1365-294X.2008.03880.x. PMID  18643876. S2CID  22062643.
  183. ^ ab Corinaldesi, Cinzia; Dell'Anno, Antonio; Danovaro, Roberto (2007). «Ранний диагенез и трофическая роль внеклеточной ДНК в различных бентосных экосистемах». Лимнология и океанография . 52 (4): 1710–1717. Bibcode : 2007LimOc..52.1710C. doi : 10.4319/lo.2007.52.4.1710. S2CID  53631156.
  184. ^ ab Corinaldesi, C.; Barucca, M.; Luna, GM; Dell'Anno, A. (2011). «Сохранение, происхождение и генетический отпечаток внеклеточной ДНК в постоянно аноксических глубоководных отложениях». Молекулярная экология . 20 (3): 642–654. Bibcode : 2011MolEc..20..642C. doi : 10.1111/j.1365-294X.2010.04958.x. PMID  21155913. S2CID  22920579.
  185. ^ Гийу, Лор и др. (2012). «База данных рибосомальных референтов протистов (PR2): каталог последовательностей малых субъединиц рРНК одноклеточных эукариот с курируемой таксономией». Nucleic Acids Research . 41 (выпуск базы данных): D597–D604. doi :10.1093/nar/gks1160. PMC 3531120. PMID  23193267 . 
  186. ^ Шибель, Ральф; Хемлебен, Кристоф (17 февраля 2017 г.). Планктические фораминиферы в современном океане. Спрингер. ISBN 978-3-662-50297-6.
  187. ^ Морар, Рафаэль; Дарлинг, Кейт Ф.; Маэ, Фредерик; Одик, Стефан; Ужийе, Юрика; Вайнер, К. М.; Андре, Аврора; Сиарс, Хайди А.; Уэйд, Кристофер М.; Кийевере, Фредерик; Дуади, Кристоф Ж.; Эскаргуэль, Жиль; Де Гаридель-Торон, Тибо; Сикча, Майкл; Кучера, Михал; Де Варгас, Коломбан (2015). "PFR2: Кураторская база данных рибосомальной ДНК 18S планктонных фораминифер как ресурс для исследований экологии, биогеографии и эволюции планктона" (PDF) . Ресурсы по молекулярной экологии . 15 (6): 1472–1485. doi : 10.1111/1755-0998.12410. PMID  25828689. S2CID  39066123.
  188. ^ Морар, Рафаэль; Фольмар, Неле М.; Греко, Маттиа; Кучера, Михал (2019). «Нераспределенное разнообразие планктонных фораминифер, выявленное в результате экологического секвенирования как известные, но забытые виды». PLOS ONE . 14 (3): e0213936. Bibcode : 2019PLoSO..1413936M. doi : 10.1371/journal.pone.0213936 . PMC 6428320. PMID  30897140 . 
  189. ^ Резерфорд, Скотт; д'Ондт, Стивен; Прелл, Уоррен (1999). «Экологический контроль географического распределения разнообразия зоопланктона». Nature . 400 (6746): 749–753. Bibcode :1999Natur.400..749R. doi :10.1038/23449. S2CID  4418045.
  190. ^ Siccha, Michael; Kucera, Michal (2017). "ForCenS, курируемая база данных подсчетов планктонных фораминифер в образцах морских поверхностных осадков". Scientific Data . 4 : 170109. Bibcode : 2017NatSD...470109S. doi : 10.1038/sdata.2017.109. PMC 5566098. PMID  28829434. 
  191. ^ Лейзерович, Франк; Эслинг, Филипп; Маевский, Войцех; Щучинский, Витольд; Десель, Йохан; Обадиа, Сирил; Арбизу, Педро Мартинес; Павловский, Ян (2013). «Древняя ДНК дополняет микроископаемые записи в глубоководных подповерхностных отложениях». Biology Letters . 9 (4). doi :10.1098/rsbl.2013.0283. PMC 3730641. PMID  23658006 . 
  192. ^ Павловска, Дж.; Лейзерович, Ф.; Эслинг, П.; Щуциньский, В.; Зайончковский, М.; Павловский, Дж. (2014). «Древняя ДНК проливает новый свет на летопись окаменелостей фораминифер Шпицбергена последнего тысячелетия». Геобиология . 12 (4): 277–288. Бибкод : 2014Gbio...12..277P. дои : 10.1111/gbi.12087. PMID  24730667. S2CID  205140049.
  193. ^ Павловска, Иоанна; Зайончковски, Марек; Лонцка, Магдалена; Лейзерович, Франк; Эслинг, Филипп; Павловский, Ян (2016). «Палеоокеанографические изменения в Хорнсунн-фьорде (Шпицберген, Шпицберген) за последнее тысячелетие: новые идеи на основе древней ДНК». Климат прошлого . 12 (7): 1459–1472. Бибкод : 2016CliPa..12.1459P. дои : 10.5194/cp-12-1459-2016 . S2CID  43985949.
  194. ^ Щуцинский, Витольд; Павловская, Иоанна; Лейзерович, Франк; Нисимура, Юичи; Кокочинский, Миколай; Маевский, Войцех; Накамура, Юго; Павловский, Ян (2016). «Древняя осадочная ДНК раскрывает отложения цунами прошлого». Морская геология . 381 : 29–33. Бибкод : 2016МГеол.381...29С. дои : 10.1016/j.margeo.2016.08.006 .
  195. ^ Нанн, Джек (2020). «Наука для всех — отчет о финансируемом государством исследовании (июнь 2018 г. — декабрь 2019 г.)». Figshare . doi :10.26181/5eba630a64e08.

Дополнительные ссылки

Внешние ссылки