РНК-интерференция

Биологический процесс регуляции генов

Лентивирусная доставка разработанных shRNA и механизм РНК-интерференции в клетках млекопитающих

РНК-интерференция ( РНКi ) — это биологический процесс, в котором молекулы РНК участвуют в последовательно-специфическом подавлении экспрессии генов двухцепочечной РНК посредством трансляционной или транскрипционной репрессии. Исторически РНКi была известна под другими названиями, включая косупрессию , посттранскрипционное подавление генов (PTGS) и подавление . Детальное изучение каждого из этих, казалось бы, разных процессов выявило, что идентичность этих явлений на самом деле была РНКi. Эндрю Файр и Крейг К. Мелло разделили Нобелевскую премию по физиологии и медицине 2006 года за свою работу по РНКi в нематоде Caenorhabditis elegans , которую они опубликовали в 1998 году . С момента открытия РНКi и ее регуляторного потенциала стало очевидно, что РНКi имеет огромный потенциал в подавлении желаемых генов. РНКi теперь известна как точная, эффективная, стабильная и лучшая, чем антисмысловая терапия , для подавления генов. ^[1] Антисмысловая РНК, продуцируемая внутриклеточно вектором экспрессии, может быть разработана и может найти применение в качестве новых терапевтических агентов. ^[2]

Два типа молекул малых рибонуклеиновых кислот (РНК), микроРНК (miRNA) и малая интерферирующая РНК ( siRNA ), являются центральными для компонентов пути РНК-интерференции. После деградации мРНК происходит посттранскрипционное подавление, поскольку предотвращается трансляция белка. Транскрипция может быть подавлена ​​с помощью механизма претранскрипционного подавления РНК-интерференции, посредством которого ферментный комплекс катализирует метилирование ДНК в геномных позициях, комплементарных комплексу siRNA или miRNA. РНК-интерференция играет важную роль в защите клеток от паразитических нуклеотидных последовательностей (например, вирусов или транспозонов ), а также влияет на развитие организмов.

Путь РНК-интерференции — это естественный процесс, обнаруженный во многих эукариотах и ​​животных клетках. Он инициируется ферментом Dicer , который расщепляет длинные двухцепочечные молекулы РНК (dsRNA) на короткие двухцепочечные фрагменты siRNA длиной приблизительно от 21 до 23 нуклеотидов . Каждая siRNA раскручивается на две одноцепочечные РНК (ssRNA), пассажирскую (смысловую) цепь и направляющую (антисмысловую) цепь. Затем пассажирская цепь расщепляется белком Argonaute 2 (Ago2). Пассажирская цепь расщепляется, а направляющая цепь включается в комплекс подавления экспрессии, индуцированный РНК (RISC). Затем сборка RISC связывает и расщепляет целевую мРНК. В частности, это достигается, когда направляющая цепь спаривается с комплементарной последовательностью в молекуле мРНК и вызывает расщепление Ago2, каталитическим компонентом RISC. В некоторых организмах этот процесс распространяется системно, несмотря на изначально ограниченные молярные концентрации siRNA. ^[3]

РНКi является ценным исследовательским инструментом, как в клеточной культуре , так и в живых организмах , поскольку синтетическая dsRNA, введенная в клетки, может избирательно и надежно вызывать подавление определенных интересующих генов. РНКi может использоваться для крупномасштабных скринингов, которые систематически отключают каждый ген (и последующие белки, которые он кодирует) в клетке, что может помочь идентифицировать компоненты, необходимые для определенного клеточного процесса или события, такого как деление клетки . Этот путь также используется в качестве практического инструмента для продуктов питания, лекарств и инсектицидов . ^[4]

Клеточный механизм

Белок Dicer из Giardia , который катализирует расщепление dsRNA до siRNA. Домены RNase окрашены в зеленый цвет, домен PAZ — в желтый, домен платформы — в красный, а соединительная спираль — в синий. ^[5]

РНК-интерференция — это РНК-зависимый процесс подавления генов , который контролируется RISC и инициируется короткими двухцепочечными молекулами РНК в цитоплазме клетки, где они взаимодействуют с каталитическим компонентом RISC Argonaute . ^[6] Когда dsRNA является экзогенной (поступающей из-за заражения вирусом с РНК-геномом или лабораторных манипуляций), РНК импортируется непосредственно в цитоплазму и расщепляется на короткие фрагменты Dicer. Инициирующая dsRNA также может быть эндогенной (возникающей в клетке), как в пре-микроРНК, экспрессируемых из РНК-кодирующих генов в геноме. Первичные транскрипты из таких генов сначала обрабатываются для формирования характерной структуры стебель-петля пре-микроРНК в ядре , а затем экспортируются в цитоплазму. Таким образом, два пути dsRNA, экзогенный и эндогенный, сходятся в RISC. ^[7]

Экзогенная dsRNA инициирует РНКi, активируя белок рибонуклеазы Dicer, ^[8] который связывает и расщепляет dsRNA в растениях или короткие шпилечные РНК (shRNA) у людей, чтобы произвести двухцепочечные фрагменты из 20–25 пар оснований с 2-нуклеотидным выступом на 3′ конце. ^[9] Биоинформатические исследования геномов множества организмов предполагают, что эта длина максимизирует специфичность целевого гена и минимизирует неспецифические эффекты. ^[10] Эти короткие двухцепочечные фрагменты называются siRNA . Затем эти siRNA разделяются на отдельные нити и интегрируются в активный RISC с помощью комплекса RISC-Loading Complex (RLC). RLC включает Dicer-2 и R2D2 и имеет решающее значение для объединения Ago2 и RISC. ^[11] Фактор 11, ассоциированный с белком TATA (TAF11), собирает RLC, способствуя тетрамеризации Dcr-2-R2D2, что увеличивает сродство связывания с siRNA в 10 раз. Ассоциация с TAF11 преобразует комплекс R2-D2-Initiator (RDI) в RLC. ^[12] R2D2 несет тандемные двухцепочечные РНК-связывающие домены для распознавания термодинамически стабильного конца дуплексов siRNA , тогда как Dicer-2 — другой, менее стабильный конец. Загрузка асимметрична: домен MID Ago2 распознает термодинамически стабильный конец siRNA. Поэтому «пассажирская» (смысловая) цепь, 5′ конец которой отбрасывается MID, выбрасывается, в то время как сохраненная «направляющая» (антисмысловая) цепь взаимодействует с AGO для формирования RISC. ^[11]

После интеграции в RISC, siRNAs спариваются с целевой мРНК и расщепляют ее, тем самым предотвращая ее использование в качестве шаблона для трансляции . ^[13] В отличие от siRNA , комплекс RISC, нагруженный miRNA, сканирует цитоплазматические мРНК на предмет потенциальной комплементарности. Вместо деструктивного расщепления (Ago2), miRNAs скорее нацелены на 3'-нетранслируемые области (UTR) мРНК, где они обычно связываются с несовершенной комплементарностью, тем самым блокируя доступ рибосом для трансляции. ^[14]

Экзогенная dsRNA обнаруживается и связывается эффекторным белком, известным как RDE-4 у C. elegans и R2D2 у Drosophila , который стимулирует активность Dicer. ^[15] Механизм, обеспечивающий эту специфичность длины, неизвестен, и этот белок связывает только длинные dsRNA. ^[15]

У C. elegans этот ответ инициации усиливается посредством синтеза популяции «вторичных» siRNA, в ходе которого инициирующие или «первичные» siRNA, продуцируемые Dicer, используются в качестве шаблонов. ^[16] Эти «вторичные» siRNA структурно отличаются от siRNA, продуцируемых Dicer , и, по-видимому, продуцируются РНК-зависимой РНК-полимеразой (RdRP). ^[17]

МикроРНК

Вторичная структура стебель -петля пре-микроРНК из Brassica oleracea

МикроРНК (миРНК) — это геномно кодируемые некодирующие РНК , которые помогают регулировать экспрессию генов , особенно во время развития . ^[18] Феномен РНК-интерференции, в широком смысле, включает в себя эндогенно индуцированные эффекты подавления генов микроРНК, а также подавление, вызванное чужеродной дцРНК. Зрелые микроРНК структурно похожи на siRNA, полученные из экзогенной дцРНК, но перед достижением зрелости микроРНК должны сначала пройти обширную посттранскрипционную модификацию . МикроРНК экспрессируется из гораздо более длинного гена, кодирующего РНК, в качестве первичного транскрипта, известного как при-миРНК , который обрабатывается в ядре клетки в 70-нуклеотидную структуру стебля-петли , называемую пре-миРНК, микропроцессорным комплексом . Этот комплекс состоит из фермента РНКазы III, называемого Дроша , и белка, связывающего дцРНК , DGCR8 . Часть dsRNA этой пре-miRNA связывается и расщепляется Dicer для получения зрелой молекулы miRNA, которая может быть интегрирована в комплекс RISC; таким образом, miRNA и siRNA используют один и тот же клеточный механизм нисходящего потока. ^[19] Сначала вирусная кодируемая miRNA была описана в вирусе Эпштейна-Барр (EBV). ^[20] После этого все большее количество микроРНК было описано в вирусах. VIRmiRNA — это полный каталог, охватывающий вирусные микроРНК, их мишени и противовирусные miRNA ^[21] (см. также ресурс VIRmiRNA: http://crdd.osdd.net/servers/virmirna/).

siRNA, полученные из длинных предшественников dsRNA, отличаются от miRNA тем, что miRNA, особенно у животных, обычно имеют неполное спаривание оснований с мишенью и подавляют трансляцию многих различных мРНК со схожими последовательностями. Напротив, siRNA обычно идеально спариваются с основаниями и вызывают расщепление мРНК только в одной конкретной мишени. ^[22] У Drosophila и C. elegans miRNA и siRNA обрабатываются различными белками Argonaute и ферментами Dicer. ^{[23] [24]}

Три основных нетранслируемых региона и микроРНК

Три основных нетранслируемых региона (3′UTR) мРНК часто содержат регуляторные последовательности, которые посттранскрипционно вызывают РНКi. Такие 3′-UTR часто содержат как сайты связывания для miRNAs , так и для регуляторных белков. Связываясь со специфическими сайтами в пределах 3′-UTR, miRNAs могут снижать экспрессию генов различных мРНК, либо ингибируя трансляцию, либо напрямую вызывая деградацию транскрипта. 3′-UTR также может иметь области сайленсера, которые связывают белки-репрессоры, которые ингибируют экспрессию мРНК.

3′-UTR часто содержит элементы ответа микроРНК (MRE) . MRE — это последовательности, с которыми связываются miRNA. Это преобладающие мотивы в 3′-UTR. Среди всех регуляторных мотивов в 3′-UTR (например, включая области сайленсеров) MRE составляют около половины мотивов.

По состоянию на 2023 год веб-сайт miRBase ^[25] , архив последовательностей и аннотаций miRNA , содержал 28 645 записей в 271 биологическом виде. Из них 1917 miRNA находились в аннотированных локусах miRNA человека. Было предсказано, что miRNA имеют в среднем около четырехсот целевых мРНК (влияющих на экспрессию нескольких сотен генов). ^[26] Фридман и др. ^[26] подсчитали, что >45 000 целевых участков miRNA в пределах 3'UTR человеческой мРНК сохраняются выше фоновых уровней, и >60% генов, кодирующих белки человека, находились под селективным давлением для поддержания спаривания с miRNA.

Прямые эксперименты показывают, что одна miRNA может снизить стабильность сотен уникальных мРНК. ^[27] Другие эксперименты показывают, что одна miRNA может подавлять выработку сотен белков, но это подавление часто является относительно мягким (менее чем в 2 раза). ^{[28] [29]}

Эффекты нарушения регуляции экспрессии генов микроРНК, по-видимому, важны при раке. ^[30] Например, при раке желудочно-кишечного тракта было идентифицировано девять микроРНК, которые были эпигенетически изменены и эффективно подавляли ферменты репарации ДНК. ^[31]

Эффекты нарушения регуляции экспрессии генов микроРНК также, по-видимому, важны при нейропсихиатрических расстройствах, таких как шизофрения, биполярное расстройство, большая депрессия, болезнь Паркинсона, болезнь Альцгеймера и расстройства аутистического спектра. ^{[32] [33] [34]}

Активация и катализ RISC

Экзогенная dsRNA обнаруживается и связывается эффекторным белком, известным как RDE-4 у C. elegans и R2D2 у Drosophila , который стимулирует активность Dicer. ^[15] Этот белок связывает только длинные dsRNA, но механизм, обеспечивающий эту специфичность длины, неизвестен. ^[15] Затем этот связывающий РНК белок облегчает перенос расщепленных siRNA в комплекс RISC. ^[35]

У C. elegans этот ответ инициации усиливается посредством синтеза популяции «вторичных» siRNA, в ходе которого инициирующие или «первичные» siRNA, продуцируемые Dicer, используются в качестве шаблонов. ^[16] Эти «вторичные» siRNA структурно отличаются от siRNA, продуцируемых Dicer , и, по-видимому, продуцируются РНК-зависимой РНК-полимеразой (RdRP). ^[17]

Биогенез малых РНК : первичные miRNA (pri-miRNA) транскрибируются в ядре и складываются обратно в себя как шпильки, которые затем обрезаются в ядре микропроцессорным комплексом, образуя шпильковую пре-РНК размером ~60-70 нт. Эта pre-miRNA транспортируется через комплекс ядерных пор (NPC) в цитоплазму, где Dicer дополнительно обрезает ее до дуплекса miRNA размером ~20 нт (pre-siRNA также входят в путь на этом этапе). Затем этот дуплекс загружается в Ago, образуя «pre-RISC (комплекс подавления, индуцированный РНК)», а пассажирская цепь высвобождается, образуя активный RISC . ^{[ требуется ссылка на изображение ]}

Слева: Полноразмерный белок Argonaute из вида археи Pyrococcus furiosus . Справа: Домен PIWI белка Argonaute в комплексе с двухцепочечной РНК .

Активными компонентами комплекса подавления экспрессии РНК (RISC) являются эндонуклеазы , называемые белками Argonaute, которые расщепляют целевую цепь мРНК, комплементарную связанной с ними siRNA . ^[6] Поскольку фрагменты, продуцируемые Dicer, являются двухцепочечными, теоретически каждый из них может производить функциональную siRNA . Однако только одна из двух цепей, которая известна как направляющая цепь , связывает Argonaute и направляет подавление экспрессии гена. Другая анти-направляющая цепь или пассажирская цепь деградирует во время активации RISC. ^[36] Хотя сначала считалось, что АТФ -зависимая геликаза разделяет эти две цепи, ^[37] процесс оказался АТФ-независимым и выполнялся непосредственно белковыми компонентами RISC. ^{[3] [38]} Однако in vitro кинетический анализ РНК-интерференции в присутствии и в отсутствие АТФ показал, что АТФ может потребоваться для раскручивания и удаления расщепленной цепи мРНК из комплекса RISC после катализа. ^[39] Направляющая цепь, как правило, та, 5′ конец которой менее стабильно связан с ее комплементом, ^[40] но выбор цепи не зависит от направления, в котором Dicer расщепляет dsRNA перед включением RISC. ^[41] Вместо этого белок R2D2 может служить дифференцирующим фактором, связывая более стабильный 5′ конец цепи-пассажира. ^[42]

Структурная основа связывания РНК с белком Argonaute была исследована с помощью рентгеновской кристаллографии связывающего домена РНК-связанного Argonaute. Здесь фосфорилированный 5′ конец цепи РНК входит в консервативный базовый поверхностный карман и устанавливает контакты через двухвалентный катион (атом с двумя положительными зарядами), такой как магний , и посредством ароматического стекинга (процесса, который позволяет более чем одному атому делить электрон, передавая его туда и обратно) между 5′ нуклеотидом в siRNA и консервативным остатком тирозина . Предполагается, что этот сайт образует центр зародышеобразования для связывания siRNA с ее мишенью мРНК. ^[43] Анализ ингибирующего эффекта несоответствий на 5'- или 3'-конце направляющей цепи продемонстрировал, что 5'-конец направляющей цепи, вероятно, отвечает за соответствие и связывание целевой мРНК, тогда как 3'-конец отвечает за физическую организацию целевой мРНК в благоприятную для расщепления область RISC. ^[39]

Непонятно, как активированный комплекс RISC находит комплементарные мРНК внутри клетки. Хотя предполагается, что процесс расщепления связан с трансляцией , трансляция целевой мРНК не является существенной для деградации, опосредованной РНКи. ^[44] Действительно, РНКи может быть более эффективной против целевых мРНК, которые не транслируются. ^[45] Белки аргонавтов локализуются в определенных областях цитоплазмы, называемых P-тельцами (также цитоплазматическими тельцами или тельцами GW), которые представляют собой области с высокой скоростью распада мРНК; ^[46] активность miRNA также кластеризуется в P-тельцах. ^[47] Нарушение P-тельцов снижает эффективность РНКи, что позволяет предположить, что они являются критическим участком в процессе РНКи. ^[48]

Транскрипционное подавление

Фермент Dicer обрезает двухцепочечную РНК, образуя малую интерферирующую РНК или микроРНК . Эти обработанные РНК включаются в комплекс подавления РНК (RISC), который воздействует на информационную РНК , чтобы предотвратить трансляцию . ^[49]

Компоненты пути РНКi используются во многих эукариотах для поддержания организации и структуры их геномов . Модификация гистонов и связанная с ней индукция образования гетерохроматина служат для подавления генов до транскрипции ; ^[50] этот процесс называется РНК-индуцированным транскрипционным сайленсингом (RITS) и осуществляется комплексом белков, называемым комплексом RITS. У делящихся дрожжей этот комплекс содержит Argonaute, хромодоменный белок Chp1 и белок Tas3 неизвестной функции. ^[51] Как следствие, индукция и распространение гетерохроматиновых областей требуют белков Argonaute и RdRP. ^[52] Действительно, делеция этих генов у делящихся дрожжей S. pombe нарушает метилирование гистонов и образование центромеры , ^[53] вызывая медленную или остановившуюся анафазу во время деления клетки . ^[54] В некоторых случаях наблюдались схожие процессы, связанные с модификацией гистонов, которые транскрипционно повышали регуляцию генов. ^[55]

Механизм, посредством которого комплекс RITS индуцирует формирование и организацию гетерохроматина, не до конца изучен. Большинство исследований были сосредоточены на регионе типа спаривания в делящихся дрожжах, который может не быть репрезентативным для активности в других геномных регионах/организмах. При поддержании существующих регионов гетерохроматина RITS образует комплекс с siRNA , комплементарными локальным генам, и стабильно связывает локальные метилированные гистоны, действуя ко-транскрипционно для деградации любых возникающих пре-мРНК-транскриптов, инициированных РНК-полимеразой . Формирование такого региона гетерохроматина, хотя и не его поддержание, зависит от Dicer, предположительно потому, что Dicer требуется для генерации начального комплемента siRNA , которые нацелены на последующие транскрипты. ^[56] Было высказано предположение, что поддержание гетерохроматина функционирует как самоусиливающаяся петля обратной связи, поскольку новые siRNA образуются из случайных возникающих транскриптов с помощью RdRP для включения в локальные комплексы RITS. ^[57] Значимость наблюдений за областями спаривания и центромерами делящихся дрожжей для млекопитающих не ясна, поскольку поддержание гетерохроматина в клетках млекопитающих может быть независимым от компонентов пути РНК-интерференции. ^[58]

Перекрестные помехи при редактировании РНК

Тип редактирования РНК , который наиболее распространен у высших эукариот, преобразует аденозиновые нуклеотиды в инозин в dsRNAs с помощью фермента аденозиндезаминазы (ADAR). ^[59] Первоначально было предложено в 2000 году, что пути редактирования РНК РНК i и A→I могут конкурировать за общий субстрат dsRNA. ^[60] Некоторые пре-miRNAs действительно подвергаются редактированию РНК A→I ^{[61] [62]} , и этот механизм может регулировать процессинг и экспрессию зрелых miRNAs. ^[62] Кроме того, по крайней мере один ADAR млекопитающих может изолировать siRNAs из компонентов пути RNAi. ^[63] Дальнейшее подтверждение этой модели исходит из исследований штаммов C. elegans, не имеющих ADAR , указывающих на то, что редактирование РНК A→I может противодействовать подавлению РНКi эндогенных генов и трансгенов. ^[64]

Иллюстрация основных различий между подавлением генов растений и животных. Собственная экспрессированная микроРНК или экзогенная малая интерферирующая РНК обрабатывается Dicer и интегрируется в комплекс RISC , который опосредует подавление генов. ^[65]

Различия между организмами

Организмы различаются по своей способности захватывать чужеродную дцРНК и использовать ее в пути РНКи. Эффекты РНКи могут быть как системными, так и наследственными у растений и C. elegans , но не у Drosophila или млекопитающих. Считается, что у растений РНКи распространяется путем передачи siRNA между клетками через плазмодесмы (каналы в клеточных стенках, которые обеспечивают связь и транспорт). ^[37] Наследуемость происходит от метилирования промоторов, на которые нацелена РНКи; новый паттерн метилирования копируется в каждом новом поколении клеток. ^[66] Широкое общее различие между растениями и животными заключается в нацеливании на эндогенно продуцируемые miRNA; у растений miRNA обычно идеально или почти идеально комплементарны своим целевым генам и вызывают прямое расщепление мРНК RISC, в то время как miRNA животных, как правило, более расходятся в последовательности и вызывают трансляционную репрессию. ^[65] Этот трансляционный эффект может быть вызван ингибированием взаимодействия факторов инициации трансляции с полиадениновым хвостом мРНК . ^[67]

У некоторых эукариотических простейших, таких как Leishmania major и Trypanosoma cruzi, полностью отсутствует путь РНК-интерференции. ^{[68] [69]} Большинство или все компоненты также отсутствуют у некоторых грибов , в частности, у модельного организма Saccharomyces cerevisiae . ^[70] Наличие РНК-интерференции у других видов почкующихся дрожжей, таких как Saccharomyces castellii и Candida albicans , дополнительно демонстрирует, что индукция двух белков, связанных с РНК-интерференцией, из S. castellii облегчает РНК-интерференцию в S. cerevisiae . ^[71] Тот факт, что у некоторых аскомицетов и базидиомицетов отсутствуют пути РНК-интерференции, указывает на то, что белки, необходимые для подавления РНК, были утрачены независимо от многих линий грибов , возможно, из-за эволюции нового пути со схожей функцией или из-за отсутствия селективного преимущества в определенных нишах . ^[72]

Родственные прокариотические системы

Экспрессия генов у прокариот находится под влиянием системы на основе РНК, в некоторых отношениях схожей с РНК-интерференцией. Здесь гены, кодирующие РНК, контролируют обилие мРНК или трансляцию, производя комплементарную РНК, которая отжигается с мРНК. Однако эти регуляторные РНК обычно не считаются аналогичными микроРНК, поскольку фермент Dicer не участвует. ^[73] Было высказано предположение, что системы интерференции CRISPR у прокариот аналогичны системам эукариотической РНК-интерференции, хотя ни один из белковых компонентов не является ортологичным . ^[74]

Биологические функции

Иммунитет

РНК-интерференция является важной частью иммунного ответа на вирусы и другой чужеродный генетический материал , особенно в растениях, где она также может предотвращать самораспространение транспозонов. ^[75] Такие растения, как Arabidopsis thaliana, экспрессируют несколько гомологов Dicer , которые специализированы для того, чтобы реагировать по-разному, когда растение подвергается воздействию различных вирусов. ^[76] Еще до того, как путь РНК-интерференции был полностью понят, было известно, что индуцированное подавление генов в растениях может распространяться по всему растению в системном эффекте и может передаваться от подвоя к привою посредством прививки . ^[77] С тех пор это явление было признано особенностью иммунной системы растений, которая позволяет всему растению реагировать на вирус после первоначального локализованного столкновения. ^[78] В ответ многие вирусы растений выработали сложные механизмы для подавления ответа РНК-интерференции. ^[79] К ним относятся вирусные белки, которые связывают короткие двухцепочечные фрагменты РНК с одноцепочечными выступающими концами, такими как те, которые продуцирует Dicer. ^[80] Некоторые геномы растений также экспрессируют эндогенные siRNA в ответ на заражение определенными типами бактерий . ^[81] Эти эффекты могут быть частью генерализованного ответа на патогены, который подавляет любой метаболический процесс в хозяине, способствующий процессу заражения. ^[82]

Хотя животные обычно экспрессируют меньше вариантов фермента Dicer, чем растения, РНК-интерференция у некоторых животных вызывает противовирусный ответ. Как у молодых, так и у взрослых особей Drosophila РНК-интерференция играет важную роль в противовирусном врожденном иммунитете и активна против таких патогенов, как вирус Drosophila X . ^{[83] [84]} Подобная роль в иммунитете может выполняться у C. elegans , поскольку белки Argonaute активируются в ответ на вирусы, а черви, которые сверхэкспрессируют компоненты пути РНК-интерференции, устойчивы к вирусной инфекции. ^{[85] [86]}

Роль РНКi во врожденном иммунитете млекопитающих плохо изучена, и имеется относительно мало данных. Однако существование вирусов, которые кодируют гены, способные подавлять реакцию РНКi в клетках млекопитающих, может быть свидетельством в пользу иммунной реакции млекопитающих, зависящей от РНКi, ^{[87] [88],} хотя эта гипотеза была оспорена как плохо обоснованная. ^[89] Были представлены доказательства существования функционального противовирусного пути РНКi в клетках млекопитающих. ^{[90] [91]}

Существуют также и другие функции РНК-интерференции в вирусах млекопитающих, такие как микроРНК, экспрессируемые вирусом герпеса , которые могут действовать как триггеры организации гетерохроматина , опосредующие латентность вируса. ^[92]

Подавление генов

Эндогенно экспрессируемые miRNA, включая как интронные , так и межгенные miRNA, наиболее важны для трансляционной репрессии ^[65] и для регуляции развития, особенно в отношении сроков морфогенеза и поддержания недифференцированных или не полностью дифференцированных типов клеток, таких как стволовые клетки . ^[93] Роль эндогенно экспрессируемой miRNA в подавлении экспрессии генов была впервые описана у C. elegans в 1993 году. ^[94] У растений эта функция была обнаружена, когда было показано, что «микроРНК JAW» Arabidopsis участвует в регуляции нескольких генов, которые контролируют форму растения. ^[95] У растений большинство генов, регулируемых miRNA, являются факторами транскрипции ; ^[96] таким образом, активность miRNA особенно широко распространена и регулирует целые сети генов во время развития, модулируя экспрессию ключевых регуляторных генов, включая факторы транскрипции, а также белки F-box . ^[97] Во многих организмах, включая людей, miRNA связаны с образованием опухолей и нарушением регуляции клеточного цикла . Здесь miRNA могут функционировать как онкогены и супрессоры опухолей . ^[98]

Эволюция

На основе филогенетического анализа, основанного на экономии , последний общий предок всех эукариот , скорее всего, уже обладал ранним путем РНК-интерференции; отсутствие пути у некоторых эукариот считается производной характеристикой. ^[99] Эта предковая система РНК-интерференции, вероятно, содержала по крайней мере один белок типа Dicer, один белок Argonaute, один белок PIWI и РНК-зависимую РНК-полимеразу , которая также могла играть другие клеточные роли. Масштабное сравнительное геномное исследование также указывает на то, что эукариотическая коронная группа уже обладала этими компонентами, которые затем могли иметь более тесные функциональные связи с обобщенными системами деградации РНК, такими как экзосома . ^[100] Это исследование также предполагает, что семейство РНК-связывающих белков Argonaute, которое является общим для эукариот, большинства архей и, по крайней мере, некоторых бактерий (таких как Aquifex aeolicus ), гомологично компонентам системы инициации трансляции и изначально произошло от них .

Приложения

Путь РНК-интерференции для подавления генов

Снижение экспрессии генов — это метод, используемый для снижения экспрессии определенных генов организма. Это достигается с помощью естественного процесса РНК-интерференции. ^[6] Этот метод снижения экспрессии генов использует двухцепочечную молекулу siRNA, которая синтезируется с последовательностью, комплементарной интересующему гену. Каскад RNAi начинается, как только фермент Dicer начинает обрабатывать siRNA. Конечный результат процесса приводит к деградации мРНК и разрушает любые инструкции, необходимые для построения определенных белков. Используя этот метод, исследователи могут снизить (но не полностью устранить) экспрессию целевого гена. Изучение эффектов этого снижения экспрессии может показать физиологическую роль или воздействие целевых генных продуктов. ^{[101] [102]}

Нецелевые эффекты нокдауна гена

Обширные усилия в области вычислительной биологии были направлены на разработку успешных реагентов dsRNA, которые максимизируют нокдаун генов, но минимизируют «внецелевые» эффекты. Внецелевые эффекты возникают, когда введенная РНК имеет базовую последовательность, которая может спариваться с несколькими генами и, таким образом, снижать их экспрессию. Такие проблемы возникают чаще, когда dsRNA содержит повторяющиеся последовательности. Было подсчитано, что при изучении геномов человека, C. elegans и S. pombe около 10% возможных siRNA имеют существенные внецелевые эффекты. ^[10] Было разработано множество программных инструментов, реализующих алгоритмы для разработки общих ^{[103] [104]} специфичных для млекопитающих ^[105] и специфичных для вирусов ^[106] siRNA , которые автоматически проверяются на возможную перекрестную реактивность.

В зависимости от организма и экспериментальной системы экзогенная РНК может быть длинной цепью, предназначенной для расщепления Dicer, или короткими РНК, предназначенными для использования в качестве субстратов siRNA . В большинстве клеток млекопитающих используются более короткие РНК, поскольку длинные двухцепочечные молекулы РНК вызывают реакцию млекопитающих на интерферон , форму врожденного иммунитета , которая неспецифически реагирует на чужеродный генетический материал. ^[107] Ооциты мышей и клетки ранних эмбрионов мышей не имеют этой реакции на экзогенную dsRNA и поэтому являются общей модельной системой для изучения эффектов нокдауна генов млекопитающих. ^[108] Также были разработаны специализированные лабораторные методы для улучшения полезности РНК-интерференции в системах млекопитающих путем избежания прямого введения siRNA , например, путем стабильной трансфекции плазмидой, кодирующей соответствующую последовательность, из которой могут транскрибироваться siRNA , ^[109] или с помощью более сложных лентивирусных векторных систем, позволяющих индуцируемую активацию или деактивацию транскрипции, известных как условная РНК-интерференция . ^{[110] [111]}

Лекарства

Обычная взрослая муха -дрозофила , распространенный модельный организм, используемый в экспериментах по РНК-интерференции

Хронология использования РНК-интерференции в медицине с 1996 по 2017 гг.

Методика подавления генов с использованием РНК-интерференционной терапии продемонстрировала успех в рандомизированных контролируемых клинических исследованиях. Эти препараты представляют собой растущий класс препаратов на основе siRNA, которые снижают экспрессию белков, кодируемых определенными генами. На сегодняшний день пять препаратов РНК-интерференции были одобрены регулирующими органами в США и Европе: патисиран (2018), гивосиран (2019), люмасиран (2020), инклизиран (2020 в Европе с ожидаемым одобрением в США в 2021 году) и вутрисиран (2022). ^{[112] [113] [114] [115]}

В то время как все одобренные регулирующими органами терапевтические средства на основе РНК-интерференции направлены на лечение заболеваний, возникающих в печени, дополнительные исследуемые препараты нацелены на целый ряд заболеваний, включая сердечно-сосудистые заболевания, нарушения свертываемости крови, расстройства, связанные с употреблением алкоголя, муковисцидоз, подагру, карциному и заболевания глаз.

Патисиран — первый препарат на основе двухцепочечной siRNA, одобренный в 2018 году и разработанный Alnylam Pharmaceuticals . Патисиран использует каскад РНК-интерференции для подавления гена, кодирующего TTR (транстриетин). Мутации в этом гене могут вызвать неправильное сворачивание белка, ответственного за наследственный амилоидоз ATTR . Для достижения терапевтического ответа патисиран заключен в мембрану липидной наночастицы , которая облегчает переход в цитоплазму. Попав внутрь клетки, siRNA начинает обрабатываться ферментом Dicer. Патисиран вводится медицинским работником посредством внутривенной инфузии с дозировкой в ​​зависимости от веса тела. Предупреждения и меры предосторожности включают риск реакций, связанных с инфузией, и снижение уровня витамина А (сыворотка). ^[116]

В 2019 году FDA и EMA одобрили гивосиран для лечения взрослых с острой печеночной порфирией (AHP). ^[117] FDA также предоставило гивосирану статус прорывной терапии , статус приоритетного рассмотрения и статус орфанного препарата для лечения острой печеночной порфирии (AHP) в ноябре 2019 года. ^[118] К 2020 году гивосиран получил одобрение EMA. ^[119] Гивосиран представляет собой siRNA, которая расщепляет мРНК синтазы аминолевулиновой кислоты 1 (ALAS1) в печени. Расщепление мРНК ALAS1 предотвращает накопление токсинов (ответственных за нейровисцеральные атаки и заболевание AHP), таких как аминолевулиновая кислота (ALA) и порфобилиноген (PBG). ^{[120] [121] [122] [123]} Для облегчения проникновения в цитоплазму гивосиран использует лиганды GalNAc и проникает в клетки печени. Лекарство вводится подкожно медицинским работником с дозировкой на основе веса тела. Предупреждения и меры предосторожности включают риск анафилактических реакций, гепатотоксичности, почечной токсичности и реакций в месте инъекции. ^[124]

Lumasiran был одобрен как препарат на основе siRNA в 2020 году для использования как в Европейском союзе, так и в Соединенных Штатах. ^{[125] [126]} Этот препарат используется для лечения первичной гипероксалурии типа 1 (PH1) у детей и взрослых. Препарат предназначен для снижения продукции оксалатов в печени и уровня оксалатов в моче посредством РНК-интерференции путем воздействия на мРНК гидроксикислотной оксидазы 1 (HAO1) ​​для расщепления. Снижение уровня фермента HAO1 снижает окисление гликолата до глиоксилата (который является субстратом для оксалата). Lumasiran вводится подкожно медицинским работником с дозировкой на основе массы тела. ^[127] Данные рандомизированных контролируемых клинических испытаний показывают, что наиболее распространенной нежелательной реакцией, о которой сообщалось, были реакции в месте инъекции. Эти реакции были легкими и присутствовали у 38 процентов пациентов, получавших лечение lumasiran. ^[128]

В 2022 году FDA и EMA одобрили вутрисиран для лечения взрослых с наследственным транстиретин-опосредованным амилоидозом с полинейропатией 1 или 2 стадии. ^{[129] [130]} Вутрисиран предназначен для расщепления мРНК, кодирующей транстиретин .

Другие исследуемые препараты с использованием РНК-интерференции, которые разрабатываются фармацевтическими компаниями, такими как Arrowhead Pharmaceuticals , Dicerna, Alnylam Pharmaceuticals , Amgen и Sylentis. Эти препараты охватывают различные цели с помощью РНК-интерференции и заболеваний.

Исследовательские терапевтические препараты на основе РНК-интерференции, находящиеся в стадии разработки:

Юридическая категоризация и правовые вопросы в ближайшем будущем

В настоящее время как miRNA, так и SiRNA синтезируются химически и, таким образом, юридически классифицируются в ЕС и США как «простые» лекарственные средства. Но поскольку биоинженерные siRNA (BERA) находятся в стадии разработки, они будут классифицироваться как биологические лекарственные средства, по крайней мере в ЕС. Развитие технологии BERA поднимает вопрос о категоризации лекарств, имеющих тот же механизм действия, но производимых химическим или биологическим путем. Это отсутствие согласованности следует устранить. ^[131]

Механизмы доставки

Для достижения клинического потенциала РНКi, siRNA должна эффективно транспортироваться в клетки целевых тканей. Однако существуют различные барьеры, которые необходимо устранить, прежде чем ее можно будет использовать в клинической практике. Например, «голая» siRNA подвержена нескольким препятствиям, которые снижают ее терапевтическую эффективность. ^[132] Кроме того, как только siRNA попадает в кровоток, голая РНК может быть деградирована сывороточными нуклеазами и может стимулировать врожденную иммунную систему. ^[132] Из-за своего размера и высокополианионной (содержащей отрицательные заряды в нескольких местах) природы немодифицированные молекулы siRNA не могут легко проникать в клетки через клеточную мембрану. Поэтому необходимо использовать искусственные или инкапсулированные в наночастицы siRNA . Если siRNA переносится через клеточную мембрану, может возникнуть непреднамеренная токсичность, если терапевтические дозы не оптимизированы, и siRNA могут проявлять нецелевые эффекты (например, непреднамеренное подавление генов с частичной комплементарностью последовательностей ). ^[133] Даже после попадания в клетки требуется повторное дозирование, поскольку их эффекты разбавляются при каждом делении клетки. В ответ на эти потенциальные проблемы и барьеры два подхода помогают облегчить доставку siRNA в целевые клетки: липидные наночастицы и конъюгаты. ^[134]

Липидные наночастицы

Липидные наночастицы (ЛНП) основаны на липосомоподобных структурах, которые обычно состоят из водного центра, окруженного липидной оболочкой. ^[135] Подмножество липосомальных структур, используемых для доставки лекарств в ткани, находятся в крупных однослойных везикулах (ЛВ), размер которых может составлять 100 нм. Механизмы доставки ЛНП стали все более распространенным источником инкапсулирующих нуклеиновых кислот и могут включать плазмиды , CRISPR и мРНК . ^[136]

Первое одобренное использование липидных наночастиц в качестве механизма доставки лекарств началось в 2018 году с препарата siRNA patisiran, разработанного Alnylam Pharmaceuticals. Dicerna Pharmaceuticals, Persomics , Sanofi и Sirna Therapeutics также работали над выводом на рынок терапии RNAi. ^{[137] [138]}

Другие недавние приложения включают две одобренные FDA вакцины COVID-19: мРНК-1273, разработанную Moderna , и BNT162b , разработанную в сотрудничестве между Pfizer и BioNtech . ^[139] Эти две вакцины используют липидные наночастицы для доставки антигенной мРНК. Инкапсуляция молекулы мРНК в липидные наночастицы стала критическим прорывом для производства жизнеспособных вакцин мРНК, решив ряд ключевых технических барьеров при доставке молекулы мРНК в клетку-хозяина, распределенную через аполипопротеин E (apoE) в рецепторе липопротеинов низкой плотности (LDLR). В декабре 2020 года компания Novartis объявила, что положительные результаты исследований эффективности фазы III позволили считать инклизиран средством лечения гетерозиготной семейной гиперхолестеринемии (HeFH) и атеросклеротического сердечно-сосудистого заболевания (ASCVD). ^[140]

Спрягает

В дополнение к LNP, терапевтические средства RNAi имеют целевую доставку через конъюгаты siRNA (например, GalNAc, углеводы, пептиды, аптамеры, антитела). ^[141] Терапевтические средства с использованием конъюгатов siRNA были разработаны для редких или генетических заболеваний, таких как острая печеночная порфирия (AHP), гемофилия , первичная гипероксалурия (PH) и наследственный ATTR- амилоидоз, а также других кардиометаболических заболеваний, таких как гипертония и неалкогольный стеатогепатит (НАСГ). ^[142]

Биотехнология

РНК-интерференция использовалась для множества других применений, включая продукты питания, сельскохозяйственные культуры и инсектициды. Использование пути РНК-интерференции позволило разработать множество продуктов, таких как арктические яблоки , табак без никотина, кофе без кофеина, обогащенные питательными веществами растения и гипоаллергенные культуры. ^{[143] [144] [145]} Новое использование РНК-интерференции имеет потенциал для разработки многих других продуктов для будущего использования.

Вирусная инфекция

Противовирусное лечение является одним из самых ранних предложенных медицинских приложений на основе РНК-интерференции, и были разработаны два различных типа. Первый тип нацелен на вирусные РНК. Многие исследования показали, что нацеливание на вирусные РНК может подавлять репликацию многочисленных вирусов, включая ВИЧ , ^[146] ВПЧ , ^[147] гепатит А , ^[148] гепатит В , ^[149] вирус гриппа , ^{[150] [151] [152] [153]} респираторно-синцитиальный вирус (РСВ), ^[153] коронавирус атипичной пневмонии (SARS-CoV), ^[153] аденовирус ^[153] и вирус кори . ^[154] Другая стратегия заключается в блокировании начальных вирусных проникновений путем нацеливания на гены клеток-хозяев. ^[155] Например, подавление хемокиновых рецепторов ( CXCR4 и CCR5 ) на клетках-хозяевах может предотвратить проникновение вируса ВИЧ. ^[156]

Рак

В то время как традиционная химиотерапия может эффективно убивать раковые клетки, отсутствие специфичности для различения нормальных клеток и раковых клеток в этих методах лечения обычно вызывает серьезные побочные эффекты. Многочисленные исследования продемонстрировали, что РНК-интерференция может обеспечить более специфический подход к подавлению роста опухоли путем воздействия на гены, связанные с раком (т. е. онкогены ). ^[157] Также было высказано предположение, что РНК-интерференция может повысить чувствительность раковых клеток к химиотерапевтическим агентам , обеспечивая комбинаторный терапевтический подход с химиотерапией. ^[158] Другим потенциальным лечением на основе РНК-интерференции является подавление инвазии и миграции клеток . ^[159]

По сравнению с химиотерапией или другими противораковыми препаратами, у препарата siRNA есть много преимуществ. ^[160] SiRNA действует на посттранскрипционной стадии экспрессии генов, поэтому он не модифицирует и не изменяет ДНК пагубным образом. ^[160] SiRNA также может использоваться для получения специфического ответа определенным способом, например, путем снижения подавления экспрессии генов. ^[160] В одной раковой клетке siRNA может вызывать резкое подавление экспрессии генов всего несколькими копиями. ^[160] Это происходит путем подавления генов, способствующих развитию рака, с помощью РНК-интерференции, а также путем нацеливания на последовательность мРНК. ^[160]

Препараты РНК-интерференции лечат рак, подавляя определенные гены, способствующие развитию рака. ^[160] Это делается путем дополнения генов рака с помощью РНК-интерференции, например, путем сохранения последовательностей мРНК в соответствии с препаратом РНК-интерференции. ^[160] В идеале РНК-интерференция должна вводиться инъекционно и/или химически модифицироваться, чтобы РНК-интерференция могла более эффективно достигать раковых клеток. ^[160] Поглощение и регуляция РНК-интерференции контролируются почками. ^[160]

Неврологические заболевания

Стратегии РНК-интерференции также демонстрируют потенциал для лечения нейродегенеративных заболеваний . Исследования на клетках и мышах показали, что целенаправленное воздействие на гены, продуцирующие бета-амилоид (например, BACE1 и APP) с помощью РНК-интерференции может значительно снизить количество пептида Aβ, который коррелирует с причиной болезни Альцгеймера . ^{[161] [162] [163]} Кроме того, эти подходы, основанные на подавлении, также дают многообещающие результаты в лечении болезни Паркинсона и полиглутаминовой болезни . ^{[164] [165] [166]}

Стимуляция иммунного ответа

Иммунная система человека делится на две отдельные ветви: врожденную иммунную систему и адаптивную иммунную систему. ^[167] Врожденная иммунная система является первой защитой от инфекции и реагирует на патогены общим образом. ^[167] С другой стороны, адаптивная иммунная система, система, которая развилась позже врожденной, состоит в основном из высокоспециализированных В- и Т-клеток, которые обучены реагировать на определенные части патогенных молекул. ^[167]

Борьба между старыми и новыми патогенами помогла создать систему защищенных клеток и частиц, которые называются безопасным каркасом. ^[167] Этот каркас дал людям целую армию систем, которые ищут и уничтожают частицы-захватчики, такие как патогены, микроскопические организмы, паразиты и инфекции. ^[167] Безопасный каркас млекопитающих был разработан для включения siRNA в качестве инструмента для обнаружения вирусного заражения, что позволило siRNA создать интенсивный врожденный иммунный ответ. ^[167]

siRNA контролируется врожденной иммунной системой, которую можно разделить на острые воспалительные реакции и противовирусные реакции. ^[167] Воспалительная реакция создается с помощью сигналов от малых сигнальных молекул или цитокинов. ^[167] К ним относятся интерлейкин-1 (IL-1), интерлейкин-6 (IL-6), интерлейкин-12 (IL-12) и фактор некроза опухоли α (TNF-α). ^[167] Врожденная иммунная система генерирует воспалительные и противовирусные реакции, которые вызывают высвобождение рецепторов распознавания образов (PRR). ^[167] Эти рецепторы помогают маркировать, какие патогены являются вирусами, грибками или бактериями. ^[167] Более того, важность siRNA и врожденной иммунной системы заключается в том, чтобы включать больше PRR, чтобы помочь распознавать различные структуры РНК. ^[167] Это повышает вероятность того, что siRNA вызовет иммуностимулирующий ответ в случае появления патогена. ^[167]

Еда

РНК-интерференция использовалась для генной инженерии растений с целью получения более низких уровней природных растительных токсинов. Такие методы используют стабильный и наследуемый фенотип РНК-интерференции в растительных запасах. Семена хлопка богаты диетическим белком , но от природы содержат токсичный терпеноидный продукт госсипол , что делает их непригодными для потребления человеком. РНК-интерференция использовалась для получения запасов хлопка, семена которых содержат пониженные уровни дельта-кадинен-синтазы , ключевого фермента в производстве госсипола, не влияя на производство фермента в других частях растения, где госсипол сам по себе важен для предотвращения повреждения от вредителей растений. ^[168]

Усилия по разработке успешно снизили уровни аллергенов в растениях томата ^[169] и обогащение растений, таких как томаты, диетическими антиоксидантами . ^{[170] Подавление} альфа-амилазы с помощью РНК-интерференции также использовалось для снижения роста грибка Aspergillus flavus в кукурузе, который в противном случае загрязнял бы зерна опасными афлатоксинами . ^[171] Подавление синтазы слезоточивого фактора в луке привело к получению лука без слез, а РНК-интерференция использовалась в генах BP1 в семенах рапса для улучшения фотосинтеза. ^[172] Гены SBEIIa и SBEIIb в пшенице были нацелены на пшеницу с целью производства более высоких уровней амилозы для улучшения функции кишечника, ^[173] и Travella et al. В 2006 году РНК-интерференция была использована для функциональной геномики при исследовании гексаплоидных рас хлеба , в то время как вирус-индуцированное подавление генов (VIGS, подтип РНК-интерференции) было использовано Скофилдом и др. в 2005 году для исследования механизма устойчивости, обеспечиваемого Lr21 против ржавчины листьев пшеницы у гексаплоидной пшеницы . ^[174]

Инсектициды

РНК-интерференция разрабатывается как инсектицид , с использованием различных подходов, включая генную инженерию и местное применение. ^[4] Клетки в средней кишке некоторых насекомых поглощают молекулы дцРНК в процессе, называемом экологической РНК-интерференцией. ^[175] У некоторых насекомых эффект является системным, поскольку сигнал распространяется по всему телу насекомого (называемый системной РНК-интерференцией). ^[176]

Животные, подвергшиеся воздействию РНК-интерференции в дозах, в миллионы раз превышающих предполагаемые уровни воздействия на человека, не показали никаких неблагоприятных эффектов. ^[177] РНК-интерференция оказывает различное воздействие на различные виды чешуекрылых (бабочки и моли). ^[178]

Drosophila spp., Bombyx mori , Locusta spp., Spodoptera spp., Tribolium castaneum , Nilaparvata lugens , Helicoverpa armigera и Apis mellifera — это модели, которые широко использовались для изучения того, как работает РНК-интерференция в определенных таксонах насекомых. Musca domestica имеет двагена Ago2 , а Glossina morsitans — три, как обнаружили Льюис и др. 2016 и Хайн и др. 2010. ^{[179] [180]} В случаепути miRNA Diuraphis noxia имеет два гена Ago1 , M. domestica — два гена Dcr1 , Acyrthosiphon pisum — по два гена Ago1 и Loqs и Dcr1 и четыре гена Pasha . В то время как вpiRNA G. morsitans и A. pisum имеют по два или три гена Ago3 . ^[180] Это привело к определению будущих целей разработки инсектицидов , а также способов действия и причин устойчивости других инсектицидов к инсектицидам. ^[180]

Трансгенные растения

Трансгенные культуры были созданы для экспрессии dsRNA, тщательно отобранных для подавления важных генов у целевых вредителей. Эти dsRNA разработаны для воздействия только на насекомых, которые экспрессируют определенные последовательности генов. В качестве доказательства принципа в 2009 году исследование показало РНК, которые могут убить любой из четырех видов плодовых мух, не нанося вреда трем другим. ^[4]

Актуальный

В качестве альтернативы dsRNA можно поставлять без генной инженерии. Один из подходов заключается в добавлении их в поливную воду. Молекулы всасываются в сосудистую систему растений и отравляют насекомых, питающихся ими. Другой подход заключается в распылении dsRNA как обычного пестицида. Это позволит быстрее адаптироваться к устойчивости. Такие подходы потребуют недорогих источников dsRNA, которых в настоящее время не существует. ^[4]

Функциональная геномика

Подходы к проектированию библиотек РНК-интерференции по всему геному могут потребовать большей сложности, чем проектирование одной siRNA для определенного набора экспериментальных условий. Искусственные нейронные сети часто используются для проектирования библиотек siRNA ^[181] и для прогнозирования их вероятной эффективности при нокдауне генов. ^[182] Массовый геномный скрининг широко рассматривается как многообещающий метод аннотации генома и положил начало разработке высокопроизводительных методов скрининга на основе микрочипов . ^{[183] ​​[184]}

Скрининг в масштабе генома

Исследования РНК-интерференции в масштабе генома опираются на технологию высокопроизводительного скрининга (HTS). Технология РНК-интерференции HTS позволяет проводить скрининг потери функции по всему геному и широко используется для идентификации генов, связанных с определенными фенотипами. Эта технология была воспринята как потенциальная вторая волна геномики, последовавшая за первой волной геномики микрочипов экспрессии генов и платформ обнаружения полиморфизма отдельных нуклеотидов . ^[185] Одним из основных преимуществ скрининга РНК-интерференции в масштабе генома является его способность одновременно исследовать тысячи генов. Благодаря возможности генерировать большой объем данных за эксперимент скрининг РНК-интерференции в масштабе генома привел к взрывному росту скорости генерации данных. Использование таких больших наборов данных является фундаментальной проблемой, требующей подходящих методов статистики/биоинформатики. Основной процесс скрининга РНК-интерференции на основе клеток включает выбор библиотеки РНК-интерференции, надежных и стабильных типов клеток, трансфекцию агентами РНК-интерференции, обработку/инкубацию, обнаружение сигнала, анализ и идентификацию важных генов или терапевтических мишеней. ^[186]

История

Открытие РНК-интерференции

Примеры растений петунии , в которых гены пигментации подавлены РНК-интерференцией. Левое растение — дикого типа ; правые растения содержат трансгены , которые подавляют экспрессию как трансгена, так и эндогенного гена, что приводит к появлению непигментированных белых областей цветка. ^[187]

Процесс РНК-интерференции назывался «косупрессией» и «подавлением», когда наблюдался до того, как стало известно о механизме, связанном с РНК. Открытию РНК-интерференции предшествовали сначала наблюдения за ингибированием транскрипции антисмысловой РНК, экспрессируемой в трансгенных растениях, ^[188] и, более непосредственно, сообщения о неожиданных результатах экспериментов, проведенных учеными-растениеводами в Соединенных Штатах и ​​Нидерландах в начале 1990-х годов. ^[189] В попытке изменить окраску цветков петуний исследователи ввели дополнительные копии гена, кодирующего халконсинтазу , ключевой фермент для пигментации цветков , в растения петунии с обычно розовым или фиолетовым цветом цветков. Ожидалось, что сверхэкспрессированный ген приведет к более темным цветам, но вместо этого заставил некоторые цветы иметь менее заметный фиолетовый пигмент, иногда в пестрых узорах, что указывает на то, что активность халконсинтазы была существенно снижена или стала подавленной в зависимости от контекста. Это позже будет объяснено как результат того, что трансген был вставлен рядом с промоторами в противоположном направлении в различных положениях по всему геному некоторых трансформантов, что привело к экспрессии антисмысловых транскриптов и подавлению генов, когда эти промоторы активны. ^{[ необходима цитата ]} Другое раннее наблюдение РНК-интерференции произошло из исследования грибка Neurospora crassa , ^[190] хотя оно не было сразу признано связанным. Дальнейшее исследование этого явления у растений показало, что подавление было вызвано посттранскрипционным ингибированием экспрессии генов через повышенную скорость деградации мРНК. ^[191] Это явление было названо косупрессией экспрессии генов , но молекулярный механизм остался неизвестным. ^[192]

Вскоре после этого вирусологи растений , работающие над повышением устойчивости растений к вирусным заболеваниям, наблюдали похожее неожиданное явление. Хотя было известно, что растения, экспрессирующие вирус-специфические белки, демонстрируют повышенную толерантность или устойчивость к вирусной инфекции, не ожидалось, что растения, несущие только короткие, некодирующие области вирусных последовательностей РНК, будут демонстрировать схожие уровни защиты. Исследователи полагали, что вирусная РНК, продуцируемая трансгенами, также может подавлять репликацию вируса. ^[193] Обратный эксперимент, в котором короткие последовательности растительных генов были введены в вирусы, показал, что целевой ген был подавлен в инфицированном растении. ^[194] Это явление было названо «вирус-индуцированным подавлением генов» (VIGS), ^[174] и набор таких явлений был в совокупности назван посттранскрипционным подавлением генов. ^[195]

После этих первоначальных наблюдений на растениях, лаборатории искали это явление в других организмах. ^{[196] [197]} Первый случай подавления РНК у животных был задокументирован в 1996 году, когда Го и Кемфуэс наблюдали, что введение смысловой и антисмысловой РНК в мРНК par-1 в Caenorhabditis elegans вызывало деградацию сообщения par-1. ^[198] Считалось, что эта деградация была вызвана одноцепочечной РНК (ssRNA), но два года спустя, в 1998 году, Файр и Мелло обнаружили, что эта способность подавлять экспрессию гена par-1 на самом деле была вызвана двухцепочечной РНК (dsRNA). ^{[198] В статье} Крейга К. Мелло и Эндрю Файра в журнале Nature за 1998 год сообщалось о мощном эффекте подавления генов после инъекции двухцепочечной РНК в C. elegans . ^[199] При исследовании регуляции производства мышечного белка они заметили, что ни инъекции мРНК, ни инъекции антисмысловой РНК не оказали влияния на производство белка, но двухцепочечная РНК успешно подавила целевой ген. В результате этой работы они ввели термин РНК-интерференция . Это открытие представляло собой первую идентификацию возбудителя этого явления. Файер и Мелло были удостоены Нобелевской премии по физиологии и медицине 2006 года . ^{[6] [200]}

Терапия РНК-интерференцией

Сразу после новаторского открытия Файра и Мелло Элбашир и др. обнаружили, что с помощью синтетически созданных малых интерферирующих РНК (siRNA) можно нацеливать подавление определенных последовательностей в гене, а не подавлять весь ген. ^[201] Всего год спустя Маккаффри и его коллеги продемонстрировали, что это подавление, специфичное для последовательности, имеет терапевтическое применение, нацелившись на последовательность вируса гепатита С у трансгенных мышей. ^[202] С тех пор многочисленные исследователи пытались расширить терапевтическое применение РНК-интерференции, в частности, нацеливаясь на гены, вызывающие различные типы рака . ^{[203] [204]} К 2006 году первыми приложениями, достигшими стадии клинических испытаний , были лечение дегенерации желтого пятна и респираторно-синцитиального вируса . ^[205] Четыре года спустя было начато первое клиническое испытание фазы I на людях с использованием системы доставки наночастиц для воздействия на солидные опухоли . ^[206]

FDA одобрило первый препарат на основе siRNA ( патисиран ) в 2018 году. Гивосиран и лумасиран позже получили одобрение FDA для лечения AHP и PH1 в 2019 и 2020 годах соответственно. ^[112] Инклисиран получил одобрение EMA в 2020 году для лечения высокого уровня холестерина и в настоящее время находится на рассмотрении FDA. ^[207]

Смотрите также

• Биологический портал
• Портал вирусов

• ДНК-направленная РНК-интерференция

Ссылки

1. Saurabh S, Vidyarthi AS, Prasad D (март 2014 г.). «Интерференция РНК: от концепции к реальности в улучшении сельскохозяйственных культур». Planta . 239 (3): 543–64. Bibcode :2014Plant.239..543S. doi : 10.1007/s00425-013-2019-5 . PMID  24402564.
2. Weiss B, Davidkova G, Zhou LW (март 1999). «Антисмысловая РНК-генная терапия для изучения и модуляции биологических процессов». Cellular and Molecular Life Sciences . 55 (3): 334–58. doi :10.1007/s000180050296. PMC 11146801 . PMID  10228554. S2CID  9448271. 
3. Matranga C, Tomari Y, Shin C, Bartel DP, Zamore PD (ноябрь 2005 г.). «Расщепление пассажирской цепи облегчает сборку siRNA в комплексы ферментов РНКi, содержащие Ago2». Cell . 123 (4): 607–20. doi : 10.1016/j.cell.2005.08.044 . PMID  16271386.
4. Купфершмидт К (август 2013). «Смертельная доза РНК». Science . 341 (6147): 732–3. Bibcode :2013Sci...341..732K. doi : 10.1126/science.341.6147.732 . PMID  23950525.
5. Macrae IJ, Zhou K, Li F, Repic A, Brooks AN, Cande WZ и др. (январь 2006 г.). «Структурная основа для двухцепочечной обработки РНК с помощью Dicer». Science . 311 (5758): 195–8. Bibcode :2006Sci...311..195M. doi :10.1126/science.1121638. PMID  16410517. S2CID  23785494.
6. Daneholt B. "Advanced Information: RNA interference". Нобелевская премия по физиологии и медицине 2006 года . Архивировано из оригинала 20 января 2007 года . Получено 25 января 2007 года .
7. Bagasra O, Prilliman KR (август 2004 г.). «Интерференция РНК: молекулярная иммунная система». Журнал молекулярной гистологии . 35 (6): 545–53. CiteSeerX 10.1.1.456.1701 . doi :10.1007/s10735-004-2192-8. PMID  15614608. S2CID  2966105. 
8. Bernstein E, Caudy AA, Hammond SM, Hannon GJ (январь 2001 г.). «Роль бидентатной рибонуклеазы на этапе инициации РНК-интерференции». Nature . 409 (6818): 363–6. Bibcode :2001Natur.409..363B. doi :10.1038/35053110. PMID  11201747. S2CID  4371481.
9. Siomi H, Siomi MC (январь 2009). «На пути к чтению кода РНК-интерференции». Nature . 457 (7228): 396–404. Bibcode :2009Natur.457..396S. doi :10.1038/nature07754. PMID  19158785. S2CID  205215974.
   Zamore PD, Tuschl T, Sharp PA, Bartel DP (март 2000 г.). «РНК-интерференция: двухцепочечная РНК направляет АТФ-зависимое расщепление мРНК с интервалом от 21 до 23 нуклеотидов». Cell . 101 (1): 25–33. doi : 10.1016/S0092-8674(00)80620-0 . PMID  10778853.
   Vermeulen A, Behlen L, Reynolds A, Wolfson A, Marshall WS, Karpilow J, et al. (Май 2005). «Вклад структуры dsRNA в специфичность и эффективность Dicer». RNA . 11 (5): 674–82. doi :10.1261/rna.7272305. PMC  1370754 . PMID  15811921.
   Кастанотто Д., Росси Дж. Дж. (январь 2009 г.). «Обещания и подводные камни терапии на основе РНК-интерференции». Nature . 457 (7228): 426–33. Bibcode :2009Natur.457..426C. doi :10.1038/nature07758. PMC  2702667 . PMID  19158789.
10. Qiu S, Adema CM, Lane T (2005). «Вычислительное исследование нецелевых эффектов РНК-интерференции». Nucleic Acids Research . 33 (6): 1834–47. doi :10.1093/nar/gki324. PMC 1072799. PMID  15800213 . 
11. Nakanishi K (сентябрь 2016 г.). «Анатомия RISC: как малые РНК и шапероны активируют белки Argonaute?». Wiley Interdisciplinary Reviews: RNA . 7 (5): 637–60. doi :10.1002/wrna.1356. PMC 5084781. PMID 27184117  . 
12. Liang C, Wang Y, Murota Y, Liu X, Smith D, Siomi MC и др. (сентябрь 2015 г.). «TAF11 собирает комплекс загрузки RISC для повышения эффективности РНК-интерференции». Molecular Cell . 59 (5): 807–18. doi :10.1016/j.molcel.2015.07.006. PMC 4560963 . PMID  26257286. 
13. Ahlquist P (май 2002). «РНК-зависимые РНК-полимеразы, вирусы и подавление РНК». Science . 296 (5571): 1270–3. Bibcode :2002Sci...296.1270A. doi :10.1126/science.1069132. PMID  12016304. S2CID  42526536.
14. Roberts TC (2015). «Машины микроРНК». МикроРНК: Фундаментальная наука . Достижения экспериментальной медицины и биологии. Том 887. С. 15–30. doi :10.1007/978-3-319-22380-3_2. ISBN 978-3-319-22379-7. PMID  26662984.
15. Parker G, Eckert D, Bass B (2006). «RDE-4 преимущественно связывает длинные dsRNA, и его димеризация необходима для расщепления dsRNA до siRNA». RNA . 12 (5): 807–18. doi :10.1261/rna.2338706. PMC 1440910 . PMID  16603715. 
16. Baulcombe DC (январь 2007 г.). «Молекулярная биология. Усиленное подавление». Science . 315 (5809): 199–200. doi :10.1126/science.1138030. PMID  17218517. S2CID  46285020.
17. Pak J, Fire A (январь 2007 г.). «Различные популяции первичных и вторичных эффекторов во время РНК-интерференции у C. elegans». Science . 315 (5809): 241–4. Bibcode :2007Sci...315..241P. doi :10.1126/science.1132839. PMID  17124291. S2CID  46620298.
18. Ван QL, Ли ZH (май 2007). «Функции микроРНК в растениях». Frontiers in Bioscience . 12 : 3975–82. doi :10.2741/2364. PMC 2851543. PMID 17485351.  S2CID 23014413  . 
    Zhao Y, Srivastava D (апрель 2007 г.). «Взгляд на функцию микроРНК с точки зрения развития». Trends in Biochemical Sciences . 32 (4): 189–97. doi :10.1016/j.tibs.2007.02.006. PMID  17350266.
19. Gregory RI, Chendrimada TP, Shiekhattar R (2006). «Биогенез микроРНК: изоляция и характеристика микропроцессорного комплекса». Протоколы микроРНК . Методы в молекулярной биологии. Т. 342. С. 33–47. doi :10.1385/1-59745-123-1:33. ISBN 978-1-59745-123-9. PMID  16957365.
20. Pfeffer S, Zavolan M, Grässer FA, Chien M, Russo JJ, Ju J, et al. (апрель 2004 г.). «Идентификация кодируемых вирусами микроРНК». Science . 304 (5671): 734–6. Bibcode :2004Sci...304..734P. doi :10.1126/science.1096781. PMID  15118162. S2CID  25287167.
21. Куреши А, Такур Н, Монга И, Такур А, Кумар М (1 января 2014 г.). «VIRmiRNA: всеобъемлющий ресурс для экспериментально подтвержденных вирусных miRNA и их целей». База данных . 2014 : bau103. doi :10.1093/database/bau103. PMC 4224276. PMID  25380780 . 
22. Pillai RS, Bhattacharyya SN, Filipowicz W (2007). «Репрессия синтеза белка микроРНК: сколько механизмов?». Trends Cell Biol . 17 (3): 118–26. doi :10.1016/j.tcb.2006.12.007. PMID  17197185.
23. Окамура К., Исидзука А., Сиоми Х., Сиоми М. (2004). «Особая роль белков Argonaute в путях расщепления РНК, направленных на малые РНК». Генс Дев . 18 (14): 1655–66. дои : 10.1101/gad.1210204. ПМЦ 478188 . ПМИД  15231716. 
24. Lee Y, Nakahara K, Pham J, Kim K, He Z, Sontheimer E и др. (2004). «Различные роли Dicer-1 и Dicer-2 Drosophila в путях подавления siRNA/miRNA». Cell . 117 (1): 69–81. doi : 10.1016/S0092-8674(04)00261-2 . PMID  15066283.
25. miRBase.org
26. Friedman RC, Farh KK, Burge CB, Bartel DP (2009). «Большинство мРНК млекопитающих являются консервативными мишенями микроРНК». Genome Res . 19 (1): 92–105. doi :10.1101/gr.082701.108. PMC 2612969. PMID  18955434 . 
27. Lim LP, Lau NC, Garrett-Engele P, Grimson A, Schelter JM, Castle J и др. (февраль 2005 г.). «Анализ микрочипов показывает, что некоторые микроРНК подавляют большое количество целевых мРНК». Nature . 433 (7027): 769–73. Bibcode :2005Natur.433..769L. doi :10.1038/nature03315. PMID  15685193. S2CID  4430576.
28. Selbach M, Schwanhäusser B, Thierfelder N, Fang Z, Khanin R, Rajewsky N (сентябрь 2008 г.). «Широко распространенные изменения в синтезе белка, вызванные микроРНК». Nature . 455 (7209): 58–63. Bibcode :2008Natur.455...58S. doi :10.1038/nature07228. PMID  18668040. S2CID  4429008.
29. Baek D, Villén J, Shin C, Camargo FD, Gygi SP, Bartel DP (сентябрь 2008 г.). «Влияние микроРНК на выход белка». Nature . 455 (7209): 64–71. Bibcode :2008Natur.455...64B. doi :10.1038/nature07242. PMC 2745094 . PMID  18668037. 
30. Палмеро Э.И., де Кампос С.Г., Кампос М., де Соуза, Северная Каролина, Геррейру И.Д., Карвалью А.Л. и др. (июль 2011 г.). «Механизмы и роль дерегуляции микроРНК в возникновении и прогрессировании рака». Генетика и молекулярная биология . 34 (3): 363–70. дои : 10.1590/S1415-47572011000300001. ПМК 3168173 . ПМИД  21931505. 
31. . «Эпигенетическое снижение репарации ДНК при прогрессировании желудочно-кишечного рака». World Journal of Gastrointestinal Oncology . 7 (5): 30–46. doi : 10.4251/wjgo.v7.i5.30 . PMC 4434036. PMID  25987950. 
32. Maffioletti E, Tardito D, Gennarelli M, Bocchio-Chiavetto L (2014). «Микрошпионы от мозга до периферии: новые подсказки из исследований микроРНК при нейропсихиатрических расстройствах». Frontiers in Cellular Neuroscience . 8 : 75. doi : 10.3389/fncel.2014.00075 . PMC 3949217. PMID  24653674. 
33. Mellios N, Sur M (2012). «Возникающая роль микроРНК в шизофрении и расстройствах аутистического спектра». Frontiers in Psychiatry . 3 : 39. doi : 10.3389/fpsyt.2012.00039 . PMC 3336189. PMID  22539927 . 
34. Geaghan M, Cairns MJ (август 2015 г.). «МикроРНК и посттранскрипционная дисрегуляция в психиатрии». Биологическая психиатрия . 78 (4): 231–9. doi : 10.1016/j.biopsych.2014.12.009 . hdl : 1959.13/1335073 . PMID  25636176.
35. Liu Q, Rand TA, Kalidas S, Du F, Kim HE, Smith DP и др. (сентябрь 2003 г.). «R2D2, мост между этапами инициации и эффекторными этапами пути РНК-интерференции дрозофилы». Science . 301 (5641): 1921–5. Bibcode :2003Sci...301.1921L. doi :10.1126/science.1088710. PMID  14512631. S2CID  41436233.
36. Gregory RI, Chendrimada TP, Cooch N, Shiekhattar R (ноябрь 2005 г.). «Human RISC couples microRNA biogenesis and post-transscriptional gene silencing». Cell . 123 (4): 631–40. doi : 10.1016/j.cell.2005.10.022 . PMID  16271387.
37. Lodish H, Berk A, Matsudaira P, Kaiser CA, Krieger M, Scott MP и др. (2004). Молекулярная клеточная биология (5-е изд.). WH Freeman: Нью-Йорк, штат Нью-Йорк. ISBN 978-0-7167-4366-8.
38. Leuschner PJ, Ameres SL, Kueng S, Martinez J (март 2006 г.). «Расщепление пассажирской цепи siRNA во время сборки RISC в клетках человека». EMBO Reports . 7 (3): 314–20. doi :10.1038/sj.embor.7400637. PMC 1456892. PMID  16439995 . 
39. Haley B, Zamore PD (июль 2004 г.). «Кинетический анализ комплекса ферментов РНК-интерференции». Nature Structural & Molecular Biology . 11 (7): 599–606. doi :10.1038/nsmb780. PMID  15170178. S2CID  12400060.
40. Schwarz DS, Hutvágner G, Du T, Xu Z, Aronin N, Zamore PD (октябрь 2003 г.). «Асимметрия в сборке комплекса ферментов РНК-интерференции». Cell . 115 (2): 199–208. doi : 10.1016/S0092-8674(03)00759-1 . PMID  14567917.
41. Preall JB, He Z, Gorra JM, Sontheimer EJ (март 2006 г.). «Выбор короткой интерферирующей цепи РНК не зависит от полярности процессинга дцРНК во время РНКi у дрозофилы». Current Biology . 16 (5): 530–5. Bibcode :2006CBio...16..530P. doi : 10.1016/j.cub.2006.01.061 . PMID  16527750.
42. Томари Ю, Матранга С, Хейли Б, Мартинес Н, Замор П.Д. (ноябрь 2004 г.). «Белковый сенсор асимметрии миРНК». Наука . 306 (5700): 1377–80. Бибкод : 2004Sci...306.1377T. дои : 10.1126/science.1102755. PMID  15550672. S2CID  31558409.
43. Ma JB, Yuan YR, Meister G, Pei Y, Tuschl T, Patel DJ (март 2005 г.). «Структурная основа для специфического для 5'-конца распознавания направляющей РНК белком A. fulgidus Piwi». Nature . 434 (7033): 666–70. Bibcode :2005Natur.434..666M. doi :10.1038/nature03514. PMC 4694588 . PMID  15800629. 
44. Сен Г, Верман Т, Блау Х (2005). «трансляция мРНК не является предпосылкой для расщепления мРНК, опосредованного малыми интерферирующими РНК». Дифференциация . 73 (6): 287–93. doi :10.1111/j.1432-0436.2005.00029.x. PMID  16138829. S2CID  41117614.
45. Gu S, Rossi J (2005). «Отсоединение РНК-интерференции от активной трансляции в клетках млекопитающих». РНК . 11 (1): 38–44. doi :10.1261/rna.7158605. PMC 1370689 . PMID  15574516. 
46. Сен Г, Блау Х (2005). «Argonaute 2/RISC находится в местах распада мРНК млекопитающих, известных как цитоплазматические тельца». Nat Cell Biol . 7 (6): 633–6. doi :10.1038/ncb1265. PMID  15908945. S2CID  6085169.
47. Lian S, Jakymiw A, Eystathioy T, Hamel J, Fritzler M, Chan E (2006). «Тела GW, микроРНК и клеточный цикл». Cell Cycle . 5 (3): 242–5. doi : 10.4161/cc.5.3.2410 . PMID  16418578.
48. Jakymiw A, Lian S, Eystathioy T, Li S, Satoh M, Hamel J и др. (2005). «Нарушение P-тел ухудшает интерференцию РНК млекопитающих». Nat Cell Biol . 7 (12): 1267–74. doi :10.1038/ncb1334. PMID  16284622. S2CID  36630239.
49. Хаммонд С., Бернстайн Э., Бич Д., Хэннон Г. (2000). «РНК-направленная нуклеаза опосредует посттранскрипционное подавление генов в клетках дрозофилы». Nature . 404 (6775): 293–6. Bibcode :2000Natur.404..293H. doi :10.1038/35005107. PMID  10749213. S2CID  9091863.
50. Холмквист ГП, Эшли Т (2006). «Организация хромосом и модификация хроматина: влияние на функцию генома и эволюцию». Cytogenetic and Genome Research . 114 (2): 96–125. doi :10.1159/000093326. PMID  16825762. S2CID  29910065.
51. Verdel A, Jia S, Gerber S, Sugiyama T, Gygi S, Grewal SI и др. (январь 2004 г.). «RNAi-опосредованное нацеливание гетерохроматина комплексом RITS». Science . 303 (5658): 672–6. Bibcode :2004Sci...303..672V. doi :10.1126/science.1093686. PMC 3244756 . PMID  14704433. 
52. Irvine DV, Zaratiegui M, Tolia NH, Goto DB, Chitwood DH, Vaughn MW и др. (август 2006 г.). «Argonaute slicing is required for heterochromatic silencing and spreading». Science . 313 (5790): 1134–7. Bibcode :2006Sci...313.1134I. doi :10.1126/science.1128813. PMID  16931764. S2CID  42997104.
53. Volpe TA, Kidner C, Hall IM, Teng G, Grewal SI, Martienssen RA (сентябрь 2002 г.). "Регулирование гетерохроматического сайленсинга и метилирования лизина-9 гистона H3 с помощью РНК-интерференции". Science . 297 (5588): 1833–7. Bibcode :2002Sci...297.1833V. doi : 10.1126/science.1074973 . PMID  12193640. S2CID  2613813.
54. Volpe T, Schramke V, Hamilton GL, White SA, Teng G, Martienssen RA и др. (2003). «Интерференция РНК необходима для нормальной функции центромеры у делящихся дрожжей». Chromosome Research . 11 (2): 137–46. doi :10.1023/A:1022815931524. PMID  12733640. S2CID  23813417.
55. Li LC, Okino ST, Zhao H, Pookot D, Place RF, Urakami S и др. (ноябрь 2006 г.). «Малые dsRNAs вызывают активацию транскрипции в клетках человека». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 103 (46): 17337–42. Bibcode : 2006PNAS..10317337L. doi : 10.1073/pnas.0607015103 . PMC 1859931. PMID  17085592 . 
56. Noma K, Sugiyama T, Cam H, Verdel A, Zofall M, Jia S и др. (ноябрь 2004 г.). «RITS действует в цис-положении, способствуя транскрипционному и посттранскрипционному подавлению, опосредованному РНК-интерференцией». Nature Genetics . 36 (11): 1174–80. doi : 10.1038/ng1452 . PMID  15475954.
57. Sugiyama T, Cam H, Verdel A, Moazed D, Grewal SI (январь 2005 г.). «РНК-зависимая РНК-полимераза является существенным компонентом саморегулирующейся петли, связывающей сборку гетерохроматина с продукцией siRNA». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 102 (1): 152–7. Bibcode : 2005PNAS..102..152S. doi : 10.1073 /pnas.0407641102 . PMC 544066. PMID  15615848. 
58. Wang F, Koyama N, Nishida H, Haraguchi T, Reith W, Tsukamoto T (июнь 2006 г.). «Сборка и поддержание гетерохроматина, инициированные трансгенными повторами, не зависят от пути РНК-интерференции в клетках млекопитающих». Molecular and Cellular Biology . 26 (11): 4028–40. doi :10.1128/MCB.02189-05. PMC 1489094 . PMID  16705157. 
59. Bass BL (2002). «Редактирование РНК аденозиндезаминазами, действующими на РНК». Annual Review of Biochemistry . 71 : 817–46. doi :10.1146/annurev.biochem.71.110601.135501. PMC 1823043. PMID  12045112 . 
60. Bass BL (апрель 2000 г.). «Двуцепочечная РНК как шаблон для подавления генов». Cell . 101 (3): 235–8. doi : 10.1016/S0092-8674(02)71133-1 . PMID  10847677.
61. Luciano DJ, Mirsky H, Vendetti NJ, Maas S (август 2004 г.). «Редактирование РНК предшественника miRNA». RNA . 10 (8): 1174–7. doi :10.1261/rna.7350304. PMC 1370607 . PMID  15272117. 
62. Yang W, Chendrimada TP, Wang Q, Higuchi M, Seeburg PH, Shiekhattar R и др. (январь 2006 г.). «Модуляция обработки и экспрессии микроРНК посредством редактирования РНК дезаминазами ADAR». Nature Structural & Molecular Biology . 13 (1): 13–21. doi :10.1038/nsmb1041. PMC 2950615 . PMID  16369484. 
63. Yang W, Wang Q, Howell KL, Lee JT, Cho DS, Murray JM и др. (февраль 2005 г.). «РНК-деаминаза ADAR1 ограничивает эффективность коротких интерферирующих РНК в клетках млекопитающих». Журнал биологической химии . 280 (5): 3946–53. doi : 10.1074/jbc.M407876200 . PMC 2947832. PMID  15556947 . 
64. Nishikura K (декабрь 2006 г.). «Редактор встречает глушителя: перекрестные помехи между редактированием РНК и интерференцией РНК». Nature Reviews Molecular Cell Biology . 7 (12): 919–31. doi :10.1038/nrm2061. PMC 2953463. PMID 17139332  . 
65. Saumet A, Lecellier CH (2006). «Антивирусное подавление РНК: похожи ли мы на растения?». Retrovirology . 3 (1): 3. doi : 10.1186/1742-4690-3-3 . PMC 1363733. PMID  16409629 . 
66. Jones L, Ratcliff F, Baulcombe DC (май 2001 г.). «РНК-направленное подавление транскрипционных генов у растений может наследоваться независимо от триггера РНК и требует Met1 для поддержания». Current Biology . 11 (10): 747–57. Bibcode :2001CBio...11..747J. doi : 10.1016/S0960-9822(01)00226-3 . PMID  11378384. S2CID  16789197.
67. Humphreys DT, Westman BJ, Martin DI, Preiss T (ноябрь 2005 г.). «МикроРНК контролируют инициацию трансляции, ингибируя эукариотический фактор инициации 4E/cap и функцию поли(A) хвоста». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 102 (47): 16961–6. Bibcode : 2005PNAS..10216961H. doi : 10.1073/pnas.0506482102 . PMC 1287990. PMID  16287976 . 
68. DaRocha WD, Otsu K, Teixeira SM, Donelson JE (февраль 2004 г.). «Тесты цитоплазматической РНК-интерференции (РНКi) и построение индуцируемой тетрациклином системы промотора T7 в Trypanosoma cruzi». Молекулярная и биохимическая паразитология . 133 (2): 175–86. doi :10.1016/j.molbiopara.2003.10.005. PMID  14698430.
69. Robinson KA, Beverley SM (май 2003 г.). «Улучшение эффективности трансфекции и тестирование подходов РНК-интерференции (РНКi) у простейшего паразита Leishmania». Молекулярная и биохимическая паразитология . 128 (2): 217–28. doi :10.1016/S0166-6851(03)00079-3. PMID  12742588.
70. Aravind L, Watanabe H, Lipman DJ, Koonin EV (октябрь 2000 г.). «Потеря и расхождение функционально связанных генов у эукариот, специфичные для определенной линии». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 97 (21): 11319–24. Bibcode : 2000PNAS...9711319A. doi : 10.1073/pnas.200346997 . PMC 17198. PMID  11016957 . 
71. Drinnenberg IA, Weinberg DE, Xie KT, Mower JP, Wolfe KH, Fink GR и др. (октябрь 2009 г.). «РНК-интерференция в почкующихся дрожжах». Science . 326 (5952): 544–550. Bibcode :2009Sci...326..544D. doi :10.1126/science.1176945. PMC 3786161 . PMID  19745116. 
72. Nakayashiki H, Kadotani N, Mayama S (июль 2006 г.). "Эволюция и диверсификация белков подавления РНК у грибов" (PDF) . Journal of Molecular Evolution . 63 (1): 127–35. Bibcode :2006JMolE..63..127N. doi :10.1007/s00239-005-0257-2. PMID  16786437. S2CID  22639035. Архивировано из оригинала (PDF) 6 августа 2020 г. . Получено 4 декабря 2019 г. .
73. Morita T, Mochizuki Y, Aiba H (март 2006 г.). «Трансляционная репрессия достаточна для подавления генов бактериальными малыми некодирующими РНК при отсутствии разрушения мРНК». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 103 (13): 4858–63. Bibcode : 2006PNAS..103.4858M. doi : 10.1073/pnas.0509638103 . PMC 1458760. PMID  16549791 . 
74. Макарова КС, Гришин НВ, Шабалина СА, Вольф ЮИ, Кунин ЕВ (март 2006). "Предполагаемая иммунная система на основе РНК-интерференции у прокариот: вычислительный анализ предсказанного ферментативного аппарата, функциональные аналогии с эукариотической РНК-интерференцией и гипотетические механизмы действия". Biology Direct . 1 : 7. doi : 10.1186/1745-6150-1-7 . PMC 1462988 . PMID  16545108. 
75. Stram Y, Kuzntzova L (июнь 2006). «Ингибирование вирусов с помощью РНК-интерференции». Virus Genes . 32 ( 3): 299–306. doi :10.1007/s11262-005-6914-0. PMC 7088519. PMID  16732482. 
76. Blevins T, Rajeswaran R, Shivaprasad PV, Beknazariants D, Si-Ammour A, Park HS и др. (2006). «Четыре растительных Dicers опосредуют вирусный биогенез малых РНК и вызванное вирусом ДНК молчание». Nucleic Acids Research . 34 (21): 6233–46. doi :10.1093/nar/gkl886. PMC 1669714. PMID  17090584 . 
77. Palauqui JC, Elmayan T, Pollien JM, Vaucheret H (август 1997 г.). «Системное приобретенное молчание: трансген-специфическое посттранскрипционное молчание передается путем прививки от молчащих подвоев к немолчащим отросткам». The EMBO Journal . 16 (15): 4738–45. doi :10.1093/emboj/16.15.4738. PMC 1170100. PMID  9303318 . 
78. Voinnet O (август 2001). «Подавление РНК как иммунная система растений против вирусов». Trends in Genetics . 17 (8): 449–59. doi :10.1016/S0168-9525(01)02367-8. PMID  11485817.
79. Lucy AP, Guo HS, Li WX, Ding SW (апрель 2000 г.). «Подавление посттранскрипционного подавления генов вирусным белком растений, локализованным в ядре». The EMBO Journal . 19 (7): 1672–80. doi :10.1093/emboj/19.7.1672. PMC 310235. PMID  10747034 . 
80. Мерай З., Кереньи З., Кертес С., Магна М., Лакатос Л., Силхави Д. (июнь 2006 г.). «Связывание двухцепочечной РНК может быть общей вирусной стратегией растительной РНК для подавления молчания РНК». Журнал вирусологии . 80 (12): 5747–56. дои : 10.1128/JVI.01963-05. ПМЦ 1472586 . ПМИД  16731914. 
81. Katiyar-Agarwal S, Morgan R, Dahlbeck D, Borsani O, Villegas A, Zhu JK и др. (ноябрь 2006 г.). «Патоген-индуцируемая эндогенная siRNA в иммунитете растений». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 103 (47): 18002–7. Bibcode : 2006PNAS..10318002K. doi : 10.1073/pnas.0608258103 . PMC 1693862. PMID  17071740 . 
82. Fritz JH, Girardin SE, Philpott DJ (июнь 2006 г.). «Врожденная иммунная защита посредством РНК-интерференции». Science's STKE . 2006 (339): pe27. doi :10.1126/stke.3392006pe27. PMID  16772641. S2CID  33972766.
83. Zambon RA, Vakharia VN, Wu LP (май 2006 г.). «РНКi — это противовирусный иммунный ответ против вируса dsRNA в Drosophila melanogaster». Cellular Microbiology . 8 (5): 880–9. doi : 10.1111/j.1462-5822.2006.00688.x . PMID  16611236. S2CID  32439482.
84. Wang XH, Aliyari R, Li WX, Li HW, Kim K, Carthew R и др. (апрель 2006 г.). «Интерференция РНК направляет врожденный иммунитет против вирусов у взрослых Drosophila». Science . 312 (5772): 452–4. Bibcode :2006Sci...312..452W. doi :10.1126/science.1125694. PMC 1509097 . PMID  16556799. 
85. Lu R, Maduro M, Li F, Li HW, Broitman-Maduro G, Li WX и др. (август 2005 г.). «Репликация вирусов животных и подавление антивирусной активности с помощью РНК-интерференции у Caenorhabditis elegans». Nature . 436 (7053): 1040–1043. Bibcode :2005Natur.436.1040L. doi :10.1038/nature03870. PMC 1388260 . PMID  16107851. 
86. Wilkins C, Dishongh R, Moore SC, Whitt MA, Chow M, Machaca K (август 2005 г.). «РНК-интерференция — это механизм противовирусной защиты у Caenorhabditis elegans». Nature . 436 (7053): 1044–7. Bibcode :2005Natur.436.1044W. doi :10.1038/nature03957. PMID  16107852. S2CID  4431035.
87. Berkhout B, Haasnoot J (май 2006 г.). «Взаимодействие между вирусной инфекцией и клеточным механизмом интерференции РНК». FEBS Letters . 580 (12): 2896–902. Bibcode : 2006FEBSL.580.2896B. doi : 10.1016/j.febslet.2006.02.070. PMC 7094296. PMID  16563388 . 
88. Шютц С., Сарнов П. (январь 2006 г.). «Взаимодействие вирусов с путем интерференции РНК млекопитающих». Вирусология . 344 (1): 151–7. doi : 10.1016/j.virol.2005.09.034 . PMID  16364746.
89. Cullen BR (июнь 2006 г.). «Вовлечена ли интерференция РНК во внутренний противовирусный иммунитет у млекопитающих?». Nature Immunology . 7 (6): 563–7. doi :10.1038/ni1352. PMID  16715068. S2CID  23467688.
90. Maillard PV, Ciaudo C, Marchais A, Li Y, Jay F, Ding SW и др. (октябрь 2013 г.). «Противовирусная РНК-интерференция в клетках млекопитающих». Science . 342 (6155): 235–8. Bibcode :2013Sci...342..235M. doi :10.1126/science.1241930. PMC 3853215 . PMID  24115438. 
91. Li Y, Lu J, Han Y, Fan X, Ding SW (октябрь 2013 г.). «Функционирование РНК-интерференции как механизма противовирусного иммунитета у млекопитающих». Science . 342 (6155): 231–4. Bibcode :2013Sci...342..231L. doi :10.1126/science.1241911. PMC 3875315 . PMID  24115437. 
92. Li HW, Ding SW (октябрь 2005 г.). «Антивирусное подавление у животных». FEBS Letters . 579 (26): 5965–73. Bibcode : 2005FEBSL.579.5965L. doi : 10.1016/j.febslet.2005.08.034. PMC 1350842. PMID  16154568 . 
93. Carrington JC, Ambros V (июль 2003 г.). «Роль микроРНК в развитии растений и животных». Science . 301 (5631): 336–8. Bibcode :2003Sci...301..336C. ​​doi :10.1126/science.1085242. PMID  12869753. S2CID  43395657.
94. Ли RC, Фейнбаум RL, Амброс V (декабрь 1993 г.). «Гетерохронный ген C. elegans lin-4 кодирует малые РНК с антисмысловой комплементарностью к lin-14». Cell . 75 (5): 843–54. doi : 10.1016/0092-8674(93)90529-Y . PMID  8252621.
95. Палатник Дж. Ф., Аллен Э., Ву X, Шоммер С., Шваб Р., Кэррингтон Дж. К. и др. (сентябрь 2003 г.). «Контроль морфогенеза листьев с помощью микроРНК». Природа . 425 (6955): 257–63. Бибкод : 2003Natur.425..257P. дои : 10.1038/nature01958. PMID  12931144. S2CID  992057.
96. Zhang B, Pan X, Cobb GP, Anderson TA (январь 2006 г.). «МикроРНК растений: небольшая регуляторная молекула с большим влиянием». Developmental Biology . 289 (1): 3–16. doi : 10.1016/j.ydbio.2005.10.036 . PMID  16325172.
97. Jones-Rhoades MW, Bartel DP, Bartel B (2006). «МикроРНК и их регуляторные роли в растениях». Annual Review of Plant Biology . 57 : 19–53. doi :10.1146/annurev.arplant.57.032905.105218. PMID  16669754. S2CID  13010154.
98. Zhang B, Pan X, Cobb GP, Anderson TA (февраль 2007 г.). «микроРНК как онкогены и супрессоры опухолей». Developmental Biology . 302 (1): 1–12. doi : 10.1016/j.ydbio.2006.08.028 . PMID  16989803.
99. Cerutti H, Casas-Mollano JA (август 2006 г.). «О происхождении и функциях подавления, опосредованного РНК: от простейших до человека». Current Genetics . 50 (2): 81–99. doi :10.1007/s00294-006-0078-x. PMC 2583075 . PMID  16691418. 
100. Anantharaman V, Koonin EV, Aravind L (апрель 2002 г.). «Сравнительная геномика и эволюция белков, участвующих в метаболизме РНК». Nucleic Acids Research . 30 (7): 1427–64. doi :10.1093/nar/30.7.1427. PMC 101826. PMID  11917006 . 
101. Voorhoeve PM, Agami R (январь 2003 г.). «Нокдаун встает». Тенденции в биотехнологии . 21 (1): 2–4. doi :10.1016/S0167-7799(02)00002-1. PMID  12480342.
102. Мункачи Г., Штупински З., Герман П., Бан Б., Пенцвалто З., Сарвас Н. и др. (сентябрь 2016 г.). «Проверка эффективности подавления РНКи с использованием данных генного массива показывает 18,5% частоты неудач в 429 независимых экспериментах». Молекулярная терапия: нуклеиновые кислоты . 5 (9): е366. дои : 10.1038/mtna.2016.66. ПМК 5056990 . ПМИД  27673562. 
103. Naito Y, Yamada T, Matsumiya T, Ui-Tei K, Saigo K, Morishita S (июль 2005 г.). "dsCheck: высокочувствительное программное обеспечение для поиска вне мишени для двухцепочечной РНК-опосредованной РНК-интерференции". Nucleic Acids Research . 33 (выпуск веб-сервера): W589–91. doi :10.1093/nar/gki419. PMC 1160180. PMID  15980542 . 
104. Henschel A, Buchholz F, Habermann B (июль 2004 г.). «DEQOR: веб-инструмент для проектирования и контроля качества siRNA». Nucleic Acids Research . 32 (выпуск веб-сервера): W113–20. doi :10.1093/nar/gkh408. PMC 441546. PMID  15215362 . 
105. Наито Ю, Ямада Т, Уи-Тей К, Моришита С, Сайго К (июль 2004 г.). «siDirect: высокоэффективное программное обеспечение для разработки целевых миРНК для интерференции РНК млекопитающих». Исследования нуклеиновых кислот . 32 (проблема с веб-сервером): W124–9. дои : 10.1093/nar/gkh442. ПМК 441580 . ПМИД  15215364. 
106. Naito Y, Ui-Tei K, Nishikawa T, Takebe Y, Saigo K (июль 2006 г.). "siVirus: веб-ориентированное антивирусное программное обеспечение для проектирования siRNA для сильно расходящихся вирусных последовательностей". Nucleic Acids Research . 34 (выпуск веб-сервера): W448–50. doi :10.1093/nar/gkl214. PMC 1538817. PMID  16845046 . 
107. Reynolds A, Anderson EM, Vermeulen A, Fedorov Y, Robinson K, Leake D и др. (июнь 2006 г.). «Индукция интерферонового ответа siRNA зависит от типа клеток и длины дуплекса». RNA . 12 (6): 988–93. doi :10.1261/rna.2340906. PMC 1464853 . PMID  16611941. 
108. Stein P, Zeng F, Pan H, Schultz RM (октябрь 2005 г.). «Отсутствие неспецифических эффектов РНК-интерференции, вызванной длинной двухцепочечной РНК в ооцитах мышей». Developmental Biology . 286 (2): 464–71. doi : 10.1016/j.ydbio.2005.08.015 . PMID  16154556.
109. Brummelkamp TR, Bernards R , Agami R (апрель 2002 г.). «Система стабильной экспрессии коротких интерферирующих РНК в клетках млекопитающих». Science . 296 (5567): 550–3. Bibcode :2002Sci...296..550B. doi :10.1126/science.1068999. hdl : 1874/15573 . PMID  11910072. S2CID  18460980.
110. Tiscornia G, Tergaonkar V, Galimi F, Verma IM (май 2004 г.). "CRE recombinase-inducible RNA interference, mediated by lentiviral vectors". Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 101 (19): 7347–51. Bibcode : 2004PNAS..101.7347T. doi : 10.1073/pnas.0402107101 . PMC 409921. PMID  15123829 . 
111. Ventura A, Meissner A, Dillon CP, McManus M, Sharp PA, Van Parijs L, et al. (Июль 2004 г.). «Cre-lox-регулируемая условная РНК-интерференция из трансгенов». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 101 (28): 10380–5. Bibcode : 2004PNAS..10110380V. doi : 10.1073/pnas.0403954101 . PMC 478580. PMID  15240889 . 
112. Адамс Д., Гонсалес-Дуарте А., О'Риордан В.Д., Ян CC, Уэда М., Кристен А.В. и др. (5 июля 2018 г.). «Патисиран, РНКи-терапевтическое средство для лечения наследственного транстиретинового амилоидоза». Медицинский журнал Новой Англии . 379 (1): 11–21. дои : 10.1056/NEJMoa1716153 . hdl : 2445/138257 . PMID  29972753. S2CID  205102839.
113. Balwani M, Sardh E, Ventura P, Peiró PA, Rees DC, Stölzel U и др. (11 июня 2020 г.). «Фаза 3 испытания терапевтического РНК-интерференционного гивосирана при острой перемежающейся порфирии». New England Journal of Medicine . 382 (24): 2289–2301. doi : 10.1056/NEJMoa1913147. ISSN  0028-4793. PMID  32521132.
114. Гаррелфс С.Ф., Фришберг Ю., Халтон С.А., Корен М.Дж., О'Риордан В.Д., Кочат П. и др. (1 апреля 2021 г.). «Лумасиран, РНКи-терапевтическое средство от первичной гипероксалурии типа 1». Медицинский журнал Новой Англии . 384 (13): 1216–1226. дои : 10.1056/NEJMoa2021712. ISSN  1533-4406. ПМИД  33789010.
115. Адамс Д., Турнев ИЛ., Тейлор М.С., Коэльо Т., Планте-Борденев В., Берк Дж.Л. и др. (март 2023 г.). «Эффективность и безопасность вутрисирана для пациентов с наследственным транстиретин-опосредованным амилоидозом с полинейропатией: рандомизированное клиническое исследование». Амилоид . 30 (1): 18–26. doi : 10.1080/13506129.2022.2091985. hdl : 1959.4/unsworks_80922 . ISSN  1744-2818. PMID  35875890.
116. "LABEL:ONPATTRO- инъекция патисирана, липидный комплекс". Daily Med . 10 мая 2021 г.
117. "Пакет одобрения препарата: GIVLAARI (гивосиран)Инъекция". FDA .
118. Gonzalez-Aseguinolaza G (11 июня 2020 г.). «Givosiran — Running RNA Interference to Fight Porphyria Attacks». New England Journal of Medicine . 382 (28–4793): 2366–2367. doi : 10.1056/NEJMe2010986. PMID  32521139. S2CID  219592948.
119. "Givlaari". Европейское агентство по лекарственным средствам .
120. Puy H, Gouya L, Deybach JC (2010). «Porphyrias». Lancet . 375 (9718): 924–937. doi :10.1016/S0140-6736(09)61925-5. PMID  20226990. S2CID  208791867.
121. Simon A, Pompilus F, Querbes W, Wei A, Strzok S, Penz C и др. (2018). «Точка зрения пациента на острую перемежающуюся порфирию с частыми приступами: заболевание с перемежающимися и хроническими проявлениями». Patient . 11 (5): 527–537. doi :10.1007/s40271-018-0319-3. PMC 6132435 . PMID  29915990. 
122. Пищик Э., Кауппинен Р. (2015). «Обновление клинического ведения острой перемежающейся порфирии». Application of Clinical Genetics . 8 : 201–214. doi : 10.2147/TACG.S48605 . PMC 4562648. PMID  26366103 . 
123. Bissell DM, Lai JC, Meister RK, Blanc PD (2015). «Роль дельта-аминолевулиновой кислоты в симптомах острой порфирии». Американский журнал медицины . 128 (3): 313–317. doi :10.1016/j.amjmed.2014.10.026. PMC 4339446. PMID  25446301 . 
124. "LABEL:GIVLAARI- гивосиран натрия инъекция, раствор". Daily Med . 5 апреля 2022 г.
125. "Пакет одобрения препарата: OXLUMO". FDA .
126. "Oxlumo". Европейское агентство по лекарственным средствам .
127. «ЭТИКЕТКА: OXLUMO-люмазиран для инъекций, раствор» . Дейли Мед . 2 декабря 2021 г.
128. Гаррелфс С.Ф., Фришберг Ю., Халтон С.А., Корен М.Дж., О'Риордан В.Д., Кочат П. и др. (1 апреля 2021 г.). «Лумасиран, РНКи-терапевтическое средство от первичной гипероксалурии типа 1». Медицинский журнал Новой Англии . 384 (13): 1216–1226. дои : 10.1056/NEJMoa2021712 . PMID  33789010. S2CID  232482623.
129. Исследования Cf (27 ноября 2023 г.). «Обзор испытаний лекарств: AMVUTTRA». FDA .
130. "Amvuttra | Европейское агентство по лекарственным средствам". www.ema.europa.eu . 12 октября 2022 г. . Получено 11 января 2024 г. .
131. Guerriaud M, Kohli E (2022). «Лекарства на основе РНК и регулирование: к необходимой эволюции определений, выданных законодательством Европейского союза». Frontiers in Medicine . 9. doi : 10.3389/fmed.2022.1012497 . ISSN  2296-858X . PMC 9618588. PMID  36325384 . 
132. Kanasty R, Dorkin JR, Vegas A, Anderson D (ноябрь 2013 г.). «Материалы для доставки терапевтических средств с помощью siRNA». Nature Materials . 12 (11): 967–77. Bibcode :2013NatMa..12..967K. doi :10.1038/nmat3765. PMID  24150415.
133. Wittrup A, Lieberman J (сентябрь 2015 г.). «Снятие болезни: отчет о ходе работы над терапевтическими средствами с помощью siRNA». Nature Reviews Genetics . 16 (9): 543–52. doi :10.1038/nrg3978. PMC 4756474. PMID 26281785  . 
134. Де-Соуза Э.А., Камара Х., Салгейро В.Г., Моро Р.П., Книттель Т.Л., Тонон Дж. и др. (май 2019 г.). «РНК-интерференция может привести к неожиданным фенотипам у Caenorhabditis elegans». Исследования нуклеиновых кислот . 47 (8): 3957–3969. дои : 10.1093/nar/gkz154. ПМК 6486631 . ПМИД  30838421. 
135. Li W, Szoka FC (24 марта 2007 г.). «Наночастицы на основе липидов для доставки нуклеиновых кислот». Pharm Res . 24 (3): 438–449. doi :10.1007/s11095-006-9180-5. PMID  17252188. S2CID  9995555.
136. Leung AK, Tam YY, Cullis PR (2014). «Липидные наночастицы для доставки коротких интерферирующих РНК». Невирусные векторы для генной терапии — перенос генов на основе липидов и полимеров . Достижения в генетике. Т. 88. С. 71–110. doi :10.1016/B978-0-12-800148-6.00004-3. ISBN 978-0-12-800148-6. PMC  7149983 . PMID  25409604.
137. Джон ЛаМаттина (15 апреля 2014 г.). «Обращение крупных фармацевтических компаний к РНК-интерференции показывает, что новые технологии не гарантируют успеха НИОКР». Forbes .
138. Эрик Бендер (1 сентября 2014 г.). «Второе пришествие РНК-интерференции». The Scientist .
139. Baden LR (2021). «Эффективность и безопасность вакцины mRNA-1273 SARS-CoV-2». New England Journal of Medicine . 384 (5): 403–416. doi :10.1056/NEJMoa2035389. PMC 7787219. PMID  33378609 . 
140. Fitzgerald K, White S, Borodovsky A, Bettencourt BR, Strahs A, Clausen V (январь 2017 г.). «Высокопрочный терапевтический ингибитор РНК-интерференции PCSK9». New England Journal of Medicine . 376 (1): 41–51. doi :10.1056/NEJMoa1609243. PMC 5778873. PMID  27959715 . 
141. Круспе С., Джангранде П. (2017). «Химеры аптамер-siRNA: открытие, прогресс и будущие перспективы». Biomedicines . 5 (4): 45. doi : 10.3390/biomedicines5030045 . PMC 5618303 . PMID  28792479. 
142. Balwani M, Sardh E, Ventura P, Peiró PA, Rees DC, Stölzel U и др. (11 июня 2020 г.). «Фаза 3 испытания терапевтического РНК-интерференционного гивосирана при острой перемежающейся порфирии». New England Journal of Medicine . 382 (24): 2289–2301. doi : 10.1056/NEJMoa1913147 . PMID  32521132. S2CID  219586624.
143. Андерссон М., Меландер М., Поймарк П., Ларссон Х., Бюлов Л., Хофвандер П. (2006). «Целевое подавление генов с помощью РНК-интерференции: эффективный метод производства линий картофеля с высоким содержанием амилозы». Журнал биотехнологии . 123 (2): 137–148. doi :10.1016/j.jbiotec.2005.11.001. PMID  16466822.
144. Frizzi A, Huang S (2010). «Использование путей подавления РНК для биотехнологии растений». Plant Biotechnology Journal . 8 (6): 655–677. doi : 10.1111/j.1467-7652.2010.00505.x . PMID  20331529.
145. Parrott W, Chassy B, Ligon J, Meyer L, Patrick J, Zhou J, et al. (2010). «Применение принципов оценки безопасности пищевых продуктов и кормов для оценки трансгенных подходов к модуляции генов в сельскохозяйственных культурах». British Industrial Biological Research Association . 48 (7): 1773–1790. doi :10.1016/j.fct.2010.04.017. PMID  20399824.
146. Berkhout B (апрель 2004 г.). «РНК-интерференция как противовирусный подход: нацеливание на ВИЧ-1». Current Opinion in Molecular Therapeutics . 6 (2): 141–5. PMID  15195925.
147. Jiang M, Milner J (сентябрь 2002 г.). «Избирательное подавление экспрессии вирусных генов в клетках ВПЧ-положительной карциномы шейки матки человека, обработанных siRNA, праймером РНК-интерференции». Oncogene . 21 (39): 6041–8. doi : 10.1038/sj.onc.1205878 . PMID  12203116.
148. Kusov Y, Kanda T, Palmenberg A, Sgro JY, Gauss-Müller V (июнь 2006 г.). «Подавление инфекции вируса гепатита А малыми интерферирующими РНК». Журнал вирусологии . 80 (11): 5599–610. doi :10.1128/jvi.01773-05. PMC 1472172. PMID  16699041 . 
149. Jia F, Zhang YZ, Liu CM (октябрь 2006 г.). «Система на основе ретровируса для стабильного подавления генов вируса гепатита B с помощью РНК-интерференции». Biotechnology Letters . 28 (20): 1679–85. doi : 10.1007/s10529-006-9138-z . PMID  16900331. S2CID  34511611.
150. Li YC, Kong LH, Cheng BZ, Li KS (декабрь 2005 г.). «Конструирование векторов экспрессии siRNA вируса гриппа и их ингибирующее действие на размножение вируса гриппа». Avian Diseases . 49 (4): 562–73. doi :10.1637/7365-041205R2.1. PMID  16405000. S2CID  86214047.
151. Кханна М., Саксена Л., Раджпут Р., Кумар Б., Прасад Р. (2015). «Подавление генов: терапевтический подход к борьбе с инфекциями вируса гриппа». Future Microbiology . 10 (1): 131–40. doi :10.2217/fmb.14.94. PMID  25598342.
152. Раджпут Р., Кханна М., Кумар П., Кумар Б., Шарма С., Гупта Н. и др. (декабрь 2012 г.). «Малая интерферирующая РНК, нацеленная на неструктурный транскрипт гена 1, ингибирует репликацию вируса гриппа А у экспериментальных мышей». Nucleic Acid Therapeutics . 22 (6): 414–22. doi :10.1089/nat.2012.0359. PMID  23062009.
153. Asha K, Kumar P, Sanicas M, Meseko CA, Khanna M, Kumar B (декабрь 2018 г.). «Достижения в терапии на основе нуклеиновых кислот против респираторных вирусных инфекций». Журнал клинической медицины . 8 (1): 6. doi : 10.3390/jcm8010006 . PMC 6351902. PMID  30577479 . 
154. Ху Л, Ван З, Ху Ч, Лю Х, Яо Л, Ли В и др. (2005). «Ингибирование размножения вируса кори в клеточной культуре с помощью РНК-интерференции». Acta Virologica . 49 (4): 227–34. PMID  16402679.
155. Куреши А, Такур Н, Монга И, Такур А, Кумар М (2014). «VIRmiRNA: всеобъемлющий ресурс для экспериментально подтвержденных вирусных miRNA и их целей». База данных . 2014 . doi :10.1093/database/bau103. PMC 4224276 . PMID  25380780. 
156. Crowe S (2003). «Подавление экспрессии хемокиновых рецепторов с помощью РНК-интерференции позволяет ингибировать репликацию ВИЧ-1, Мартинес и др.». AIDS . 17 (Suppl 4): S103–5. doi : 10.1097/00002030-200317004-00014 . PMID  15080188.
157. Фукс У., Дамм-Велк К., Боркхардт А. (август 2004 г.). «Подавление генов, связанных с болезнями, малыми интерферирующими РНК». Current Molecular Medicine . 4 (5): 507–17. doi :10.2174/1566524043360492. PMID  15267222.
158. Cioca DP, Aoki Y, Kiyosawa K (февраль 2003 г.). «Интерференция РНК — это функциональный путь с терапевтическим потенциалом в клеточных линиях миелоидного лейкоза человека». Cancer Gene Therapy . 10 (2): 125–33. doi : 10.1038/sj.cgt.7700544 . PMID  12536201.
159. Лаптева Н., Янг АГ, Сандерс ДЕ, Струбе РВ, Чен СИ (январь 2005 г.). «Снижение CXCR4 с помощью малой интерферирующей РНК отменяет рост опухоли груди in vivo». Генная терапия рака . 12 (1): 84–9. doi : 10.1038/sj.cgt.7700770 . PMID  15472715.
160. Xu CF, Wang J (1 февраля 2015 г.). «Системы доставки для разработки лекарств siRNA в терапии рака». Asian Journal of Pharmaceutical Sciences . 10 (1): 1–12. doi : 10.1016/j.ajps.2014.08.011 .
161. Singer O, Marr RA, Rockenstein E, Crews L, Coufal NG, Gage FH и др. (октябрь 2005 г.). «Воздействие на BACE1 с помощью siRNA улучшает нейропатологию болезни Альцгеймера в трансгенной модели». Nature Neuroscience . 8 (10): 1343–9. doi :10.1038/nn1531. PMID  16136043. S2CID  6978101.
162. Rodríguez-Lebrón E, Gouvion CM, Moore SA, Davidson BL, Paulson HL (сентябрь 2009 г.). «Аллель-специфическая РНК-интерференция смягчает фенотипическую прогрессию в трансгенной модели болезни Альцгеймера». Molecular Therapy . 17 (9): 1563–73. doi :10.1038/mt.2009.123. PMC 2835271 . PMID  19532137. 
163. Пьедрахита Д., Эрнандес И., Лопес-Тобон А., Федоров Д., Обара Б., Маньюнат Б.С. и др. (октябрь 2010 г.). «Выключение CDK5 уменьшает нейрофибриллярные клубки у трансгенных мышей с болезнью Альцгеймера». Журнал неврологии . 30 (42): 13966–76. doi : 10.1523/jneurosci.3637-10.2010. ПМЦ 3003593 . ПМИД  20962218. 
164. Raoul C, Barker SD, Aebischer P (март 2006 г.). «Моделирование на основе вирусов и коррекция нейродегенеративных заболеваний с помощью РНК-интерференции». Gene Therapy . 13 (6): 487–95. doi : 10.1038/sj.gt.3302690 . PMID  16319945.
165. Harper SQ, Staber PD, He X, Eliason SL, Martins IH, Mao Q и др. (апрель 2005 г.). «РНК-интерференция улучшает двигательные и нейропатологические отклонения в мышиной модели болезни Хантингтона». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 102 (16): 5820–5. Bibcode : 2005PNAS..102.5820H. doi : 10.1073/pnas.0501507102 . PMC 556303. PMID  15811941 . 
166. Boudreau RL, Rodríguez-Lebrón E, Davidson BL (апрель 2011 г.). «Медицина РНК-интерференции для мозга: прогресс и проблемы». Human Molecular Genetics . 20 (R1): R21–7. doi : 10.1093/hmg/ddr137. PMC 3095054. PMID  21459775. 
167. Whitehead KA, Dahlman JE, Langer RS, Anderson DG (2011). «Подавление или стимуляция? Доставка siRNA и иммунная система». Annual Review of Chemical and Biomolecular Engineering . 2 : 77–96. doi :10.1146/annurev-chembioeng-061010-114133. PMID  22432611. S2CID  28803811.
168. Sunilkumar G, Campbell LM, Puckhaber L, Stipanovic RD, Rathore KS (ноябрь 2006 г.). «Инженерия хлопкового семени для использования в питании человека путем специфического для тканей снижения токсичного госсипола». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 103 (48): 18054–9. doi : 10.1073/pnas.0605389103 . PMC 1838705. PMID  17110445 . 
169. Le LQ, Lorenz Y, Scheurer S, Fötisch K, Enrique E, Bartra J, et al. (март 2006 г.). «Разработка плодов томата с пониженной аллергенностью путем ингибирования экспрессии ns-LTP (Lyc e 3) с помощью dsRNAi». Plant Biotechnology Journal . 4 (2): 231–42. doi : 10.1111/j.1467-7652.2005.00175.x . PMID  17177799.
170. Niggeweg R, Michael AJ, Martin C (июнь 2004 г.). «Инженерные растения с повышенным уровнем антиоксидантной хлорогеновой кислоты». Nature Biotechnology . 22 (6): 746–54. doi :10.1038/nbt966. PMID  15107863. S2CID  21588259.
171. Gilbert MK, Majumdar R, Rajasekaran K, Chen ZY, Wei Q, Sickler CM и др. (июнь 2018 г.). «Подавление гена альфа-амилазы (amy1) в Aspergillus flavus на основе РНК-интерференции снижает рост грибков и выработку афлатоксина в зернах кукурузы». Planta . 247 (6): 1465–1473. Bibcode :2018Plant.247.1465G. doi :10.1007/s00425-018-2875-0. PMID  29541880. S2CID  3918937.
172. Katoch R, Thakur N (март 2013 г.). «Интерференция РНК: перспективный метод улучшения традиционных культур». Международный журнал пищевых наук и питания . 64 (2): 248–59. doi :10.3109/09637486.2012.713918. PMID  22861122. S2CID  45212581.
173. Katoch R, Thakur N (март 2013 г.). «Достижения в технологии РНК-интерференции и их влияние на улучшение питания, борьбу с болезнями и насекомыми в растениях». Прикладная биохимия и биотехнология . 169 (5): 1579–605. doi :10.1007/s12010-012-0046-5. PMID  23322250. S2CID  23733295.
174. Downie RC, Lin M, Corsi B, Ficke A, Lillemo M, Oliver RP и др. (27 июля 2021 г.). «Septoria Nodorum Blotch of Wheat: Disease Management and Resistance Breeding in the Face of Shifting Disease Dynamics and a Changing Environment». Фитопатология . 111 (6). Американское фитопатологическое общество : PHYTO–07–20–028. doi : 10.1094/phyto-07-20-0280-rvw. hdl : 20.500.11937/83208 . ISSN  0031-949X. PMID  33245254. S2CID  227181536.
175. Ивашута С., Чжан Ю., Виггинс Б.Е., Рамасешадри П., Сегерс Г.К., Джонсон С. и др. (май 2015 г.). «Экологические РНКи у травоядных насекомых». РНК . 21 (5): 840–50. дои : 10.1261/rna.048116.114. ПМЦ 4408792 . ПМИД  25802407. 
176. Miller SC, Miyata K, Brown SJ, Tomoyasu Y (2012). "Диссекционирование системной РНК-интерференции у красного мучного хрущака Tribolium castaneum: параметры, влияющие на эффективность РНК-интерференции". PLOS ONE . 7 (10): e47431. Bibcode : 2012PLoSO...747431M. doi : 10.1371/journal.pone.0047431 . PMC 3484993. PMID  23133513 . 
177. Petrick JS, Friedrich GE, Carleton SM, Kessenich CR, Silvanovich A, Zhang Y и др. (ноябрь 2016 г.). «РНК-активатор кукурузного жука DvSnf7: оценка пероральной токсичности повторной дозы в поддержку безопасности для человека и млекопитающих». Regulatory Toxicology and Pharmacology . 81 : 57–68. doi : 10.1016/j.yrtph.2016.07.009 . PMID  27436086.
178. Terenius O, Papanicolaou A, Garbutt JS, Eleftherianos I, Huvenne H, Kanginakudru S и др. (февраль 2011 г.). «Интерференция РНК у чешуекрылых: обзор успешных и неудачных исследований и их значение для экспериментального дизайна». Journal of Insect Physiology . 57 (2): 231–45. Bibcode :2011JInsP..57..231T. doi :10.1016/j.jinsphys.2010.11.006. hdl : 1854/LU-1101411 . PMID  21078327.
179. Монгелли В., Салех М.С. (29 сентября 2016 г.). «Насекомых нельзя заставлять молчать: пути малых РНК и противовирусные реакции у насекомых» (PDF) . Ежегодный обзор вирусологии . 3 (1). Ежегодные обзоры : 573–589. doi : 10.1146/annurev-virology-110615-042447. ISSN  2327-056X. PMID  27741406. S2CID  38499958.
180. Zhu KY, Palli SR (7 января 2020 г.). «Механизмы, применение и проблемы интерференции РНК насекомых». Annual Review of Entomology . 65 (1). Annual Reviews : 293–311. doi : 10.1146/annurev-ento-011019-025224. ISSN  0066-4170. PMC 9939233. PMID 31610134.  S2CID 204702574  . 
181. Huesken D, Lange J, Mickanin C, Weiler J, Asselbergs F, Warner J, et al. (Август 2005). «Разработка библиотеки siRNA для всего генома с использованием искусственной нейронной сети». Nature Biotechnology . 23 (8): 995–1001. doi :10.1038/nbt1118. PMID  16025102. S2CID  11030533.
182. Ge G, Wong GW, Luo B (октябрь 2005 г.). «Прогнозирование эффективности нокдауна siRNA с использованием моделей искусственных нейронных сетей». Biochemical and Biophysical Research Communications . 336 (2): 723–8. doi :10.1016/j.bbrc.2005.08.147. PMID  16153609.
183. Janitz M, Vanhecke D, Lehrach H (2006). "Высокопроизводительная РНК-интерференция в функциональной геномике". RNA Towards Medicine . Справочник по экспериментальной фармакологии. Том 173. С. 97–104. doi :10.1007/3-540-27262-3_5. ISBN 978-3-540-27261-8. PMID  16594612.
184. Vanhecke D, Janitz M (февраль 2005 г.). «Функциональная геномика с использованием высокопроизводительной РНК-интерференции». Drug Discovery Today . 10 (3): 205–12. doi :10.1016/S1359-6446(04)03352-5. hdl : 11858/00-001M-0000-0010-86E7-8 . PMID  15708535. S2CID  9934291.
185. Мэтсон РС (2005). Применение геномной и протеомной технологии микрочипов в разработке лекарств . CRC Press. стр. 6. ISBN 978-0-8493-1469-8.
186. Чжан XHD (2011). Оптимальный высокопроизводительный скрининг: практический экспериментальный дизайн и анализ данных для исследований РНК-интерференции в масштабе генома. Cambridge University Press. стр. ix–xiii. ISBN 978-0-521-73444-8.
187. Matzke MA, Matzke AJ (2004). «Посадка семян новой парадигмы». PLOS Biol . 2 (5): e133. doi : 10.1371/journal.pbio.0020133 . PMC 406394. PMID  15138502 . 
188. Ecker JR, Davis RW (август 1986). «Ингибирование экспрессии генов в растительных клетках путем экспрессии антисмысловой РНК». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 83 (15): 5372–6. Bibcode : 1986PNAS...83.5372E. doi : 10.1073 /pnas.83.15.5372 . PMC 386288. PMID  16593734. 
189. Napoli C, Lemieux C, Jorgensen R (апрель 1990 г.). «Внедрение химерного гена синтазы халкона в петунию приводит к обратимой ко-супрессии гомологичных генов в транс». The Plant Cell . 2 (4): 279–289. doi :10.1105/tpc.2.4.279. PMC 159885 . PMID  12354959. 
190. Романо Н., Мачино Г. (ноябрь 1992 г.). «Подавление: временная инактивация экспрессии генов в Neurospora crassa путем трансформации с гомологичными последовательностями». Молекулярная микробиология . 6 (22): 3343–53. doi :10.1111/j.1365-2958.1992.tb02202.x. PMID  1484489. S2CID  31234985.
191. Van Blokland R, Van der Geest N, Mol JN, Kooter JM (1994). «Трансген-опосредованное подавление экспрессии халконсинтазы в Petunia hybrida является результатом увеличения оборота РНК». Plant J . 6 (6): 861–77. doi : 10.1046/j.1365-313X.1994.6060861.x .
192. Mol JN, van der Krol AR (1991). Антисмысловые нуклеиновые кислоты и белки: основы и применение . M. Dekker. стр. 4, 136. ISBN 978-0-8247-8516-1.
193. Covey S, Al-Kaff N, Lángara A, Turner D (1997). «Растения борются с инфекцией путем подавления генов». Nature . 385 (6619): 781–2. Bibcode :1997Natur.385..781C. doi :10.1038/385781a0. S2CID  43229760.
194. Kumagai MH, Donson J, della-Cioppa G, Harvey D, Hanley K, Grill LK (февраль 1995 г.). «Цитоплазматическое ингибирование биосинтеза каротиноидов с помощью вирусной РНК». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 92 (5): 1679–83. Bibcode : 1995PNAS...92.1679K. doi : 10.1073/pnas.92.5.1679 . PMC 42583. PMID  7878039 . 
195. Ratcliff F, Harrison BD, Baulcombe DC (июнь 1997). «Сходство между вирусной защитой и подавлением генов у растений». Science . 276 (5318): 1558–60. doi :10.1126/science.276.5318.1558. PMID  18610513.
196. Guo S, Kemphues KJ (май 1995). "par-1, ген, необходимый для установления полярности у эмбрионов C. elegans, кодирует предполагаемую киназу Ser/Thr, которая распределена асимметрично". Cell . 81 (4): 611–20. doi : 10.1016/0092-8674(95)90082-9 . PMID  7758115.
197. Pal-Bhadra M, Bhadra U, Birchler JA (август 1997 г.). «Косупрессия у Drosophila: подавление гена алкогольдегидрогеназы трансгенами white-Adh зависит от Polycomb». Cell . 90 (3): 479–90. doi : 10.1016/S0092-8674(00)80508-5 . PMID  9267028.
198. Sen GL, Blau HM (июль 2006 г.). «Краткая история РНК-интерференции: молчание генов». FASEB Journal . 20 (9): 1293–9. doi : 10.1096/fj.06-6014rev . PMID  16816104. S2CID  12917676.
199. Fire A, Xu S, Montgomery MK, Kostas SA, Driver SE, Mello CC (февраль 1998 г.). «Мощное и специфическое генетическое вмешательство двухцепочечной РНК у Caenorhabditis elegans». Nature . 391 (6669): 806–11. Bibcode :1998Natur.391..806F. doi :10.1038/35888. PMID  9486653. S2CID  4355692.
200. Daneholt B (2 октября 2006 г.). «Нобелевская премия по физиологии и медицине 2006 г.». nobelprize.org . Получено 30 октября 2017 г. .
201. Elbashir S, Harborth J, Lendeckel W и др. (2001). «Дуплексы РНК из 21 нуклеотида опосредуют интерференцию РНК в культивируемых клетках млекопитающих». Nature . 411 (6836): 494–498. Bibcode :2001Natur.411..494E. doi :10.1038/35078107. PMID  11373684. S2CID  710341.
202. McCaffrey AP, Meuse L, Pham TT, Conklin DS, Hannon GJ , Kay MA (июль 2002 г.). «Интерференция РНК у взрослых мышей». Nature . 418 (6893): 38–9. Bibcode :2002Natur.418...38M. doi :10.1038/418038a. PMID  12097900. S2CID  4361399.
203. Devi GR (сентябрь 2006 г.). «подходы на основе siRNA в терапии рака». Cancer Gene Therapy . 13 (9): 819–29. doi : 10.1038/sj.cgt.7700931 . PMID  16424918.
204. Wall NR, Shi Y (октябрь 2003 г.). «Малая РНК: можно ли использовать интерференцию РНК для терапии?». Lancet . 362 (9393): 1401–3. doi :10.1016/s0140-6736(03)14637-5. PMID  14585643. S2CID  25034627.
205. Sah D (2006). «Терапевтический потенциал РНК-интерференции при неврологических расстройствах». Life Sci . 79 (19): 1773–80. doi :10.1016/j.lfs.2006.06.011. PMID  16815477.
206. Davis ME , Zuckerman JE, Choi CH, Seligson D, Tolcher A, Alabi CA и др. (апрель 2010 г.). «Доказательства РНК-интерференции у людей при системном введении siRNA с помощью целевых наночастиц». Nature . 464 (7291): 1067–70. Bibcode : 2010Natur.464.1067D. doi : 10.1038/nature08956. PMC 2855406. PMID  20305636 . 
207. «Novartis получает одобрение ЕС на Leqvio (инклисиран), первый в своем классе siRNA для снижения уровня холестерина с двумя дозами в год». Novartis . 11 декабря 2020 г.

Внешние ссылки

• Обзор процесса РНК-интерференции из книги «Голые ученые» Кембриджского университета
• Анимация процесса РНК-интерференции из Nature
• NOVA scienceNOW объясняет РНК-интерференцию – 15-минутное видео трансляции Nova , которая транслировалась на PBS 26 июля 2005 г.
• Silencing Genomes Архивировано 10 августа 2019 г. в Wayback Machine Эксперименты по РНК-интерференции (РНКi) и биоинформатике в C. elegans для образования. Из Dolan DNA Learning Center of Cold Spring Harbor Laboratory.
• Скрининг РНК-интерференции в C. elegans в 96-луночном жидком формате и его применение для систематической идентификации генетических взаимодействий (протокол)
• Двое американских «людей-червей» получили Нобелевскую премию за исследования РНК, по версии NY Times
• Тематика веб-сайта Molecular Therapy: «Развитие РНК-интерференции как терапевтической стратегии», коллекция бесплатных статей о РНК-интерференции как терапевтической стратегии.
• GenomeRNAi: база данных фенотипов, полученных в результате экспериментов по скринингу РНК-интерференции у Drosophila melanogaster и Homo sapiens
• Инструменты РНК-интерференции Архивировано 19 июня 2018 г. в Wayback Machine Готовые и индивидуальные инструменты РНК-интерференции