stringtranslate.com

Я-ТАССЕР

I-TASSER ( Iterative Threading ASSE mbly Refinement ) — биоинформатический метод прогнозирования трехмерной модели структуры белковых молекул на основе аминокислотных последовательностей. [1] Он обнаруживает шаблоны структур из банка данных белков с помощью метода, называемого распознаванием складок (или нитью ). Полноразмерные модели структур создаются путем повторной сборки структурных фрагментов из шаблонов резьбы с использованием моделирования обмена репликами Монте-Карло . I-TASSER — один из наиболее успешных методов прогнозирования структуры белка в экспериментах CASP в масштабах всего сообщества .

I-TASSER был расширен для прогнозирования функций белков на основе структуры, что обеспечивает аннотации к сайту связывания лигандов , онтологии генов и комиссии ферментов путем структурного сопоставления структурных моделей целевого белка с известными белками в базах данных функций белков. [2] [3] Он имеет онлайн-сервер, встроенный в лабораторию Ян Чжана в Мичиганском университете , Анн-Арбор , позволяющий пользователям отправлять последовательности и получать предсказания структуры и функций. Автономный пакет I-TASSER доступен для загрузки на веб-сайте I-TASSER.

Рейтинг в CASP

I-TASSER (как «Zhang-Server») неизменно считается лучшим методом в CASP , эксперименте всего сообщества, целью которого является сравнение лучших методов предсказания структуры в области сворачивания белков и предсказания структуры белков . CASP проводится каждые два года, начиная с 1994 года. [4]

Метод и конвейер

I-TASSER — это основанный на шаблонах метод прогнозирования структуры и функций белка. [1] Этот конвейер состоит из шести последовательных этапов:

Он-лайн сервер

Сервер I-TASSER позволяет пользователям автоматически генерировать прогнозы структуры и функций белков.

Отдельный люкс

I-TASSER Suite — это загружаемый пакет автономных компьютерных программ, разработанный лабораторией Ян Чжан для прогнозирования и уточнения структуры белков, а также аннотаций функций белков на основе структуры. [12] Благодаря лицензии I-TASSER исследователи имеют доступ к следующим автономным программам:

Справочные документы

Рекомендации

  1. ^ Аб Рой А., Куцукурал А., Чжан Ю. (2010). «I-TASSER: единая платформа для автоматического прогнозирования структуры и функций белков». Протоколы природы . 5 (4): 725–738. дои : 10.1038/nprot.2010.5. ПМЦ  2849174 . ПМИД  20360767.
  2. ^ Рой А., Ян Дж., Чжан Ю. (2012). «COFACTOR: точный сравнительный алгоритм для аннотации функций белка на основе структуры». Исследования нуклеиновых кислот . 40 (проблема с веб-сервером): W471–W477. дои : 10.1093/nar/gks372. ПМЦ 3394312 . ПМИД  22570420. 
  3. ^ Чжан С., Фреддолино П.Л., Чжан Ю. (2017). «COFACTOR: улучшенное предсказание функций белка за счет объединения информации о структуре, последовательности и межбелковом взаимодействии». Исследования нуклеиновых кислот . 45 (П1): W291–W299. дои : 10.1093/nar/gkx366. ПМЦ 5793808 . ПМИД  28472402. 
  4. ^ Моулт, Дж; и другие. (1995). «Крупномасштабный эксперимент по оценке методов прогнозирования структуры белка» (PDF) . Белки . 23 (3): ii–iv. дои : 10.1002/прот.340230303. ПМИД  8710822.
  5. ^ Бэтти, JN; и другие. (2007). «Автоматические прогнозы сервера в CASP7». Белки . 69 (Приложение 8): 68–82. дои : 10.1002/прот.21761 . ПМИД  17894354.
  6. ^ Ву С, Чжан Ю (2007). «LOMETS: локальный метапотоковый сервер для прогнозирования структуры белков». Исследования нуклеиновых кислот . 35 (10): 3375–3382. дои : 10.1093/nar/gkm251. ПМК 1904280 . ПМИД  17478507. 
  7. ^ Свендсен Р.Х., Ван Дж.С. (1986). «Точная копия спинового стекла по методу Монте-Карло». Письма о физических отзывах . 57 (21): 2607–2609. doi : 10.1103/physrevlett.57.2607. ПМИД  10033814.
  8. ^ Чжан Ю, Сколник Дж (2004). «SPICKER: кластерный подход для выявления почти нативных белковых складок». Журнал вычислительной химии . 25 (6): 865–871. дои : 10.1002/jcc.20011. ПМИД  15011258.
  9. ^ Чжан Дж, Лян Ю, Чжан Ю (2011). «Уточнение структуры белка на атомном уровне с использованием выборки конформации молекулярной динамики на основе фрагментов». Состав . 19 (12): 1784–1795. doi :10.1016/j.str.2011.09.022. ПМК 3240822 . ПМИД  22153501. 
  10. ^ Сюй Д, Чжан Ю (2011). «Повышение физического реализма и структурной точности моделей белков путем двухэтапной минимизации энергии на атомном уровне». Биофизический журнал . 101 (10): 2525–2534. дои : 10.1016/j.bpj.2011.10.024. ПМЦ 3218324 . ПМИД  22098752. 
  11. ^ Ян Дж, Рой А, Чжан Ю (2013). «Распознавание сайта связывания белка с лигандом с использованием сравнения субструктур, специфичных для комплементарного связывания, и выравнивания профиля последовательности». Биоинформатика . 29 (20): 2588–2595. doi : 10.1093/биоинформатика/btt447. ПМЦ 3789548 . ПМИД  23975762. 
  12. ^ Ян Дж, Рой А, Чжан Ю (2015). «Комплект I-TASSER: предсказание структуры и функций белка». Природные методы . 12 (1): 7–8. дои : 10.1038/nmeth.3213. ПМЦ 4428668 . ПМИД  25549265. 

Внешние ссылки