Соревнование по плаванию на 100 метров баттерфляем S9 среди мужчин на Паралимпийских играх 2016 года состоялось 15 сентября 2016 года на Олимпийском водном стадионе . Было проведено два заплыва. Пловцы с восемью лучшими результатами вышли в финал.
9:30 15 сентября 2016: [1]
9:33 15 сентября 2016: [1]
17:30 15 сентября 2016: [2]