В чемпионате Нидерландской футбольной лиги 1898–1899 годов принимали участие двенадцать команд, участвовавших в двух дивизионах. Национальный чемпион определялся в матче плей-офф с участием победителей восточного и западного футбольных дивизионов Нидерландов . RAP выиграл чемпионат этого года, обыграв PW Enschede со счетом 3-2 и 2-1.
Первый класс Восток:
Первый класс, Запад:
RAP выиграл чемпионат.
