Сезон Южной футбольной лиги 1945–46 годов стал 43 - м в истории лиги — английского футбольного турнира.
Это был первый сезон после перерыва, вызванного Второй мировой войной .
Не все соревнования лиги возобновились в 1945 году ( Футбольная лига возобновила свою деятельность только в сезоне 1946–47 ), и шесть клубов, участвовавших в сезоне 1939–40, покинули лигу, в то время как появилось четыре новых клуба: «Бедфорд Таун» , «Колчестер Юнайтед» , «Суиндон Таун II» и «Кардифф Сити II» .
«Челмсфорд Сити» стали чемпионами, завоевав свой первый титул Южной лиги. В конце сезона «Кардифф Сити» и «Суиндон Таун» вывели свои вторые команды из лиги.
В таблице есть ошибка, так как забито 515 голов, а пропущено 513 голов.