Сезон 1978–79 был 64-м сезоном Истмийской лиги , английского футбольного турнира.
В конце сезона была создана Alliance Premier League . В результате этого команды Isthmian League потеряли возможность участвовать в выборах в Футбольную лигу, поскольку подать заявку на участие может только команда Alliance Premier League, занявшая самое высокое место и соответствовавшая требованиям Футбольной лиги . Isthmian League отказалась участвовать в формировании новой лиги.
В Премьер-дивизион вошло 22 клуба, включая 20 клубов предыдущего сезона и два новых клуба, вышедших из Первого дивизиона:
Этот сезон был последним, когда клубы Истмийской лиги могли подавать заявки на выборы в Футбольную лигу. Однако ни один клуб не принял участия в выборах.
В первый дивизион вошло 22 клуба, включая 18 клубов предыдущего сезона и четыре новых клуба:
Два клуба вылетели из Премьер-дивизиона:
Два клуба вышли из второго дивизиона:
В конце сезона Leytonstone , вылетевший из Премьер-дивизиона, объединился с Ilford, образовав Leytonstone & Ilford . Впоследствии St Albans City получил отсрочку.
Второй дивизион состоял из 18 клубов, включая 15 клубов предыдущего сезона и три новых клуба: