Сезон 1988–89 Кубка обладателей кубков европейских чемпионов был выигран в третий раз Барселоной в финале против итальянской команды Сампдория . Две команды снова встретились в финале Кубка европейских чемпионов 1992 года , который Барселона также выиграла. Уимблдон не участвовал из-за пятилетнего запрета УЕФА английским клубам участвовать в еврокубках. Действующий чемпион Мехелен выбыл в полуфинале от будущего финалиста Сампдории.
Бекешшабай выиграл по сумме двух матчей со счетом 4–2.
Мехелен выиграл по сумме двух матчей со счетом 8–1.
Айнтрахт Франкфурт выиграл со счетом 1:0 по сумме двух матчей.
«Кардифф Сити» выиграл со счетом 4–0 по сумме двух матчей.
AGF выиграл со счетом 7–2 по сумме двух матчей.
«Барселона» выиграла со счетом 7:0 по сумме двух матчей.
Лех Познань выиграл по сумме двух матчей со счетом 4–2.
«Средец София» выиграла со счетом 8–2 по сумме двух матчей.
«Панатинаикос» выиграл со счетом 3:0 по сумме двух матчей.
Roda JC выиграла со счетом 2–1 по сумме двух матчей.
Харьковский «Металлист» выиграл со счетом 4:2 по сумме двух матчей.
Сакарьяспор выиграл по сумме двух матчей со счетом 2–1.
«Андерлехт» выиграл со счетом 5:1 по сумме двух матчей.
«Данди Юнайтед» выиграл со счетом 1:0 по сумме двух матчей.
Динамо Бухарест выиграло со счетом 6:0 по сумме двух матчей.
«Карл Цейсс Йена» выиграл со счетом 5:1 по сумме двух матчей.
«Сампдория» выиграла со счетом 3:2 по сумме двух матчей.
AGF выиграл со счетом 6–1 по сумме двух матчей.
2–2 по сумме двух матчей; «Барселона» выиграла 5–4 по пенальти.
«Средец София» выиграла со счетом 3:0 по сумме двух матчей.
Roda JC выиграла со счетом 1:0 по сумме двух матчей.
Айнтрахт Франкфурт выиграл по сумме двух матчей со счетом 6–1.
Мехелен выиграл со счетом 3–0 по сумме двух матчей.
Динамо Бухарест выиграло со счетом 2:1 по сумме двух матчей.
«Сампдория» выиграла со счетом 4:2 по сумме двух матчей.
«Барселона» выиграла со счетом 1:0 по сумме двух матчей.
3–3 по сумме двух матчей; «Средец» София выиграла 4–3 по пенальти.
Мехелен выиграл со счетом 1:0 по сумме двух матчей.
1–1 по сумме двух матчей; «Сампдория» выиграла по правилу выездного гола.
«Барселона» выиграла со счетом 6–3 по сумме двух матчей.
«Сампдория» выиграла со счетом 4:2 по сумме двух матчей.