Сезон 1998–99 NBL был 21-м сезоном соревнований с момента его основания в 1979 году. Всего в лиге соревновались 11 команд. Этот сезон стал первым летним сезоном для NBL. Townsville Suns были переименованы в Townsville Crocodiles
Регулярный сезон 1998–99 проходил в 23 тура с 9 октября 1998 года по 14 марта 1999 года.
Обновлено для матча(ов), сыгранных 14 марта 1999 года. Источник: NBL.com.au
Система определения победителей НБЛ, изложенная в Правилах и положениях НБЛ, гласит, что в случае одинакового соотношения побед и поражений результаты игр, сыгранных между командами, будут определять порядок посева.
1. В очном противостоянии победу одержали «Вуллонгонг Хокс» (2-0).
2. «Брисбен Буллетс» одержали победу в очном противостоянии (2-1).
3. «Таунсвилл Крокодайлз» одержали победу в очном противостоянии (2-1).
4. «Сидней Кингз» одержали победу в очном противостоянии (2-1).