Друга ХНЛ 1998–99 — восьмой сезон Друга ХНЛ , второй по значимости лиги в хорватском футболе .
Формат лиги был изменен, и пять региональных подразделений, которые составляли Друга ХНЛ в сезоне 1997–98, были объединены в единый общенациональный формат для сезона 1998–99. Всего в Друга ХНЛ в этом сезоне соревновались 19 клубов в формате двойного кругового турнира.