Кубок Словакии 1998–99 был 30-м сезоном ежегодного кубкового турнира Словакии по системе «на выбывание» [1] и шестым с момента обретения Словакией независимости . Он начался 29 июля 1998 года матчами предварительного раунда и завершился 8 мая 1999 года финалом. Победители турнира получили место в первом раунде Кубка УЕФА. «Спартак Трнава» был действующим чемпионом.
Первые матчи состоялись 29 июля 1998 года. Ответные матчи состоялись 12 августа 1998 года.
Игры были сыграны 8 сентября 1998 года, за исключением матча ШКП Девин – Артмедиа Петржалка, который состоялся 9 сентября 1998 года.
Игры были сыграны 22 сентября 1998 года, за исключением матча «Спартак Трнава» – «Баник Приевидза», который состоялся 23 сентября 1998 года.
Игры состоялись 27 октября 1998 года.
Первые матчи состоялись 16 марта 1999 года. Ответные матчи состоялись 6 апреля 1999 года.