Сезон 1998–99 Высшей лиги был седьмым сезоном Высшей лиги , второго уровня хоккея с шайбой в России . В лиге участвовало десять команд. Торпедо Нижний Новгород заняло первое место, а шесть лучших команд получили право участвовать в квалификационном раунде Российской Суперлиги . Кристалл Электросталь, Динамо-Энергия Екатеринбург и Торпедо Нижний Новгород были переведены в Суперлигу.