Сезон WNBA 1999 года был третьим сезоном женской национальной баскетбольной ассоциации . В сезоне 1999 года к лиге присоединились две команды расширения: Minnesota Lynx и Orlando Miracle . Расписание было увеличено с 30 до 32 игр на команду. Сезон закончился победой Houston Comets в третьем чемпионате WNBA.
Восточная конференция
Западная конференция
Примечание: команды, отмеченные знаком «X», обеспечили себе места в плей-офф.