Кубок Хорватии по футболу 1999–2000 годов был девятым выпуском чемпионата Хорватии по футболу на выбывание. Действующим чемпионом был «Осиек» , а его победителем стал «Хайдук» из Сплита .
«Динамо» Загреб выиграло со счетом 6:1 по сумме двух матчей.
«Хайдук» Сплит выиграл со счетом 4–3 по сумме двух матчей.
«Хайдук» Сплит выиграл со счетом 2:1 по сумме двух матчей.