Сезон 1999–2000 гг. в швейцарской Национальной лиге состоял из двух дивизионов, в каждом из которых было по двенадцать клубов. Верхний ярус назывался Nationalliga A (NLA) ( фр . Ligue Nationale A , ит . Lega Nazionale A ), а второй ярус назывался Nationalliga B (NLB).
Сезон был разделен на две фазы. Первая из которых была квалификационной фазой, и в дивизионах команды играли двойной круговой турнир , один дома, а другой на выезде. Затем дивизионы были разделены. Затем первые восемь команд NLA соревновались в группе чемпионата и играли еще один двойной круговой турнир. Команды с девятого по двенадцатое место соревновались с четырьмя лучшими командами NLB в группе повышения/понижения, чтобы решить, какие четыре команды будут играть в высшем дивизионе в следующем сезоне. Остальные восемь команд второго дивизиона соревновались в плей-ауте против понижения в 1. Лиге, и последние две команды должны были понизиться.
По итогам сезона «Санкт-Галлен» стал чемпионом.
Первые восемь команд квалификации затем соревновались в Чемпионатном раунде. Они забирали с собой половину очков (округленных до полных единиц), полученных в квалификации, в качестве бонуса.
Команды, занявшие места с девятого по двенадцатое в Национальной лиге А, соревновались с четырьмя лучшими командами Национальной лиги В в раунде повышения/понижения в Национальной лиге А/В.
Последние восемь команд квалификационного этапа соревновались в группе вылета против вылета в 1. Лигу. Команды брали с собой половину очков (округленных до полных единиц), набранных в квалификации, в качестве бонуса.