Женская лига чемпионов ЕГФ 1999–2000 годов была восьмым изданием современной эпохи главного соревнования ЕГФ для женских гандбольных клубов, проходившим с 7 октября 2000 года по 23 мая 2001 года. Krim Ljubljana победил Viborg HK в финале, став первой словенской командой, выигравшей соревнование, [1] а Budućnost Podgorica и Ferencvárosi TC также вышли в полуфинал. Действующий чемпион Hypo Niederösterreich не прошел дальше группового этапа. [2]