Мальтийская Премьер-лига 2003–04 была 25-м сезоном Мальтийской Премьер-лиги и 90-м сезоном высшего футбольного дивизиона на Мальте. Лига началась 7 сентября 2004 года и закончилась 8 мая 2005 года. Sliema Wanderers успешно защитили триумф лиги прошлого сезона, превзойдя рекорд Флорианы по количеству чемпионских титулов в 25 чемпионатов.
В начале сезона из Первого дивизиона вышли следующие команды :
По сравнению с предыдущим сезоном Премьер-лиги в Первый дивизион вылетели следующие команды:
Команды, занявшие первые шесть позиций в турнирной таблице, квалифицировались в Топ-6, а очки, полученные в ходе первой фазы, делились пополам (и округлялись) перед началом второй фазы. В результате команды начали со следующими очками перед второй фазой: Sliema Wanderers 21 очко, Valletta 18, Hibernians 18, Birkirkara 17, Marsaxlokk 15 и Floriana 13.
Команды, занявшие последние четыре места в лиге, были помещены в плей-аут, и в конце этапа две команды, занявшие самые низкие места, были переведены в Первый дивизион. Очки, полученные в ходе первого этапа, были разделены пополам (и округлены) перед началом второго этапа. В результате команды начали со следующими очками перед вторым этапом: Pietà Hotspurs 10 очков, Msida Saint-Joseph 8, St. Patrick 5, Lija Athletic 4.
