Мужской баскетбольный турнир Horizon League 2006 состоялся в конце регулярного сезона 2005–06. Лучшая команда принимала каждый матч первого раунда. Milwaukee принимала второй раунд и полуфиналы, поскольку они были лучшими командами в общем зачете, а также финал, поскольку они были самыми высокими оставшимися командами.
В турнире приняли участие все школы Horizon League. Команды были посеяны по результатам сезона Horizon League 2005–06, с системой тай-брейка для посева команд с идентичными результатами конференции. Две лучшие команды получили пропуск в полуфинал, а третья сеяная команда получила пропуск в четвертьфинал.
Игры первого круга на территории кампуса с более высоким семенем
. Второй круг и полуфиналы проводятся лучшим сеяным клубом. Чемпионат проводится лучшим оставшимся сеяным клубом.