Сезон 2006–07 FA Premier Reserve League стал восьмым сезоном Premier Reserve League с момента его создания. Действующие чемпионы Northern Division Manchester United выиграли два подряд титула Northern Premier Reserve League и три в общей сложности, но стремились стать первой командой, когда-либо выигравшей три сезона подряд. Действующие чемпионы Southern League Tottenham Hotspur стремились сравниться с Derby County и Charlton Athletic, выиграв два подряд титула Southern Reserve League.
Оба не смогли достичь своих целей: «Болтон Уондерерс» выиграл Северный дивизион в последний день, одержав дома победу со счетом 3:1 над «Ньюкасл Юнайтед» , а «Рединг» выиграл Южный дивизион, одержав победу со счетом 4:0 над «Вест Хэм Юнайтед» .
Финал плей-офф Премьер-лиги резервистов, в котором определился победитель, состоялся на стадионе «Мадейски» между двумя чемпионами — «Болтоном» и «Редингом». В матче со счетом 2:0 победу одержал «Рединг», став абсолютным чемпионом резервной лиги.
Вылет «Уотфорда» , «Чарльтона» и «Шеффилд Юнайтед» из высшей лиги означал, что, несмотря на их выступления в резервной лиге, все три команды вылетели из Премьер-лиги резервистов и были заменены на команды, поднявшиеся в высшую лигу , «Бирмингем» , «Дерби Каунти » и «Сандерленд» в сезоне 2007–08 .
Резервная лига Север
Резервная лига Юг
Pld = Сыгранные матчи; W = Выигранные матчи; D = Ничьи; L = Проигранные матчи; F = Забитые голы; A = Пропущенные голы; GD = Разница забитых и пропущенных мячей; Pts = Очки