Кубок Кипра 2006–07 был 65-м изданием Кубка Кипра . Всего в соревновании приняли участие 54 клуба. Он начался 16 сентября 2006 года с первого раунда и завершился 12 мая 2007 года финалом, который состоялся на стадионе GSP . «Анортосис» выиграл свой 10-й трофей Кубка Кипра, обыграв «Омонию» со счетом 3–2 в финале.
В Кубке Кипра 2006–07 приняли участие все команды Кипрского первого дивизиона , Кипрского второго дивизиона , Кипрского третьего дивизиона и 12 из 14 команд Кипрского четвёртого дивизиона .
Соревнование состояло из семи раундов. В первом и втором раунде каждая игра проводилась в одиночном формате и проводилась на домашнем поле одной из двух команд в соответствии с результатами жеребьевки. Победитель каждой из команд выходил в следующий раунд. Если матч заканчивался вничью, назначалось дополнительное время . Если матч заканчивался вничью, победитель определялся в серии пенальти .
Третий и четвертый раунды проходили в формате двухматчевых матчей, каждая команда играла дома и на выезде против своего соперника. Команда, забившая больше голов по сумме двух матчей, проходила в следующий раунд. Если две команды забивали одинаковое количество голов по сумме двух матчей, то команда, забившая больше голов на выезде, проходила в следующий раунд.
Если обе команды забивали одинаковое количество голов дома и на выезде, то после окончания ответного матча назначалось дополнительное время . Если в течение дополнительных тридцати минут обе команды забивали, но забивали одинаковое количество голов, то в следующий раунд выходила команда, забившая голы на выезде (т. е. команда, игравшая на выезде). Если в дополнительное время голов забито не было, то команда, прошедшая в финал, определялась по серии пенальти .
В следующем раунде (четвертьфинале) команды были разделены на две группы по четыре команды. Команды каждой группы играли друг с другом дважды: один раз дома и один раз на выезде. Победители групп и финалисты каждой группы выходили в полуфинал.
Полуфиналы были сыграны в два матча, и был применен тот же формат, что и в третьем и четвертом раундах. Финал состоял из одного матча.
Обладатель кубка обеспечил себе место в Кубке УЕФА 2007–08 .
В первом раунде приняли участие все команды Второго дивизиона Кипра и Третьего дивизиона Кипра и 12 из 14 команд Четвертого дивизиона Кипра . Две команды четвертого дивизиона, которые были повышены из плей-офф за повышение STOK 2006 в Четвертый дивизион Кипра 2006–07, заняв второе и третье места ( Enosis Neon Parekklisia FC и Thiella Dromolaxia ), не участвовали в Кубке Кипра. AEK Kouklia FC , занявший первое место в плей-офф за повышение STOK 2006, участвовал в Кубке Кипра.
Во втором туре приняли участие победители первого тура.
В третьем раунде приняли участие победители пар второго раунда и шесть команд Кипрского первого дивизиона (команды, занявшие 9-е, 10-е, 11-е места в Кипрском первом дивизионе 2005–06 годов и три команды, которые поднялись из Кипрского второго дивизиона 2005–06 годов ). Первые восемь команд Кипрского первого дивизиона 2005–06 годов в этом раунде не участвовали.
В четвертом раунде приняли участие победители пар третьего раунда и восемь команд Первого дивизиона Кипра 2006–07 , которые не участвовали в третьем раунде, то есть команды, занявшие первые восемь мест в Первом дивизионе Кипра 2005–06 .
В групповом этапе приняли участие восемь победителей пар четвертого раунда. Команды каждой группы играли друг с другом дважды, один раз дома и один раз на выезде. Победители и финалисты каждой группы выходили в следующий раунд.
В полуфинале приняли участие четыре команды, вышедшие из группового этапа. Первые матчи состоялись 11 апреля, ответные — 25 апреля.