Кубок Словакии 2006–07 был 38-м сезоном ежегодного кубкового турнира Словакии на выбывание [1] и четырнадцатым с момента обретения Словакией независимости . Он начался 1 августа 2006 года матчами первого раунда и закончился 8 мая 2007 года финалом. Победители турнира получили место в первом квалификационном раунде Кубка УЕФА. МФК Ружомберок был действующим чемпионом.
Обе игры были сыграны 1 августа 2006 года.
Две игры были сыграны 5 сентября 2006 года, двенадцать игр — 12 и 13 сентября 2006 года, а две игры — 10 октября 2006 года.
Семь игр были сыграны 24 и 25 октября 2006 года, а матч «Артмедиа Братислава» – «Римавска Собота» состоялся 7 ноября 2006 года.
Матч «Артмедиа Братислава» – «МШК Жилина» состоялся 3 апреля 2007 года, а три игры – 4 апреля 2007 года.
Первые матчи состоялись 17 апреля 2007 года. Ответные матчи состоялись 25 апреля 2007 года.