Кубок Словении по футболу 2006–07 был 16-м сезоном Кубка Словении по футболу , футбольного турнира Словении на выбывание. В первых двух раундах играли 20 команд низшей лиги, а команды словенской высшей лиги присоединились в 1/8 финала.
