Кубок Словакии 2008–09 был 40-м сезоном ежегодного кубкового турнира Словакии на выбывание [1] и шестнадцатым с момента обретения Словакией независимости . Он начался 5 августа 2008 года матчами первого раунда и завершился 20 мая 2009 года финалом. Победители турнира получили место в третьем отборочном раунде Лиги Европы УЕФА. Artmedia Petržalka была действующим чемпионом.
Игры состоялись примерно 5 августа 2008 года.
Игры проходили примерно 16 сентября 2008 года.
Игры были сыграны 24 сентября 2008 года (1 игра), 30 сентября 2008 года (4 игры), 1 октября 2008 года (2 игры) и 21 октября 2008 года (1 игра).
Первые матчи были сыграны 21 и 22 октября 2008 года, за исключением матча «Жилина» – «Слован», который состоялся 4 марта 2009 года. Ответные матчи были сыграны 4 ноября 2008 года, за исключением матча «Слован» – «Жилина», который состоялся 18 марта 2009 года.
Первые матчи состоялись 22 апреля 2009 года. Ответные матчи состоялись 5 мая 2009 года.