Кубок Литвы по футболу 2008–09 — 20-й сезон ежегодного литовского футбольного турнира. Соревнование началось 7 мая 2008 года с игр первого круга и закончилось 16 мая 2009 года финалом. Действующим чемпионом был Каунас .
В этом туре приняли участие 38 команд из третьего, четвертого и пятого дивизионов Литвы. Игры проходили с 7 по 11 мая 2008 года.
1 Команды не прибыли на поле.
В этом раунде приняли участие 19 победителей предыдущего раунда и 5 команд из второго дивизиона Литвы (LFF I lyga). Матчи проходили с 1 по 6 июня 2008 года.
В этом туре приняли участие победители предыдущего тура, а также 4 другие команды LFF I lyga. Игры проходили с 2 по 9 июля 2008 года.
В этом раунде приняли участие победители предыдущего раунда, а также 2 оставшиеся команды LFF I lyga и 6 команд LFF Lyga 2007, занявших самые низкие места . 2 из 6 команд LFF Lyga 2007 были переведены во второй дивизион Литвы, а остальные остались в A lyga. Игры проходили с 20 по 27 августа 2008 года.
В этом раунде участвовали победители предыдущего раунда. Игры проходили с 12 по 17 сентября 2008 года.
В этом раунде приняли участие победители предыдущего раунда и команды, занявшие первое-четвертое места в LFF Lyga 2007. Игры состоялись 1 октября 2008 года.
Первые матчи состоялись 8 апреля 2009 года. Ответные матчи состоялись 22 апреля 2009 года.