Сезон 2008–09 Индонезийской суперлиги до 21 года станет первым выпуском Индонезийской суперлиги до 21 года (ISL U-21), сопутствующего соревнования Индонезийской суперлиги, предназначенного для футболистов в возрасте до двадцати одного года.
Индонезийская табачная компания Djarum продолжит свое участие в качестве главного спонсора конкурса.
Соревнование разделено на три акта, состоящих из двух раундов группового и раунда на выбывание. Первый раунд разделен на три группы, каждая из которых содержит шесть клубов, две лучшие команды каждой группы выходят во второй раунд. Вторая половина состоит из двух групп, содержащих по три команды в каждой предполагаемой группе, две лучшие команды из каждой группы выходят в полуфинал. Победитель выходит в финальный полуфинал, в то время как две команды, победившие третье место, сражаются. Победитель финала становится чемпионом.