Чемпионат мира среди юниоров FIM CEV Moto3 2016 года стал пятым сезоном CEV Moto3 и третьим под знаменем FIM . Сезон состоял из 12 гонок на 8 встречах, начиная с 17 апреля в Валенсии и заканчивая 20 ноября на том же месте.
Очки присуждаются пятнадцати лучшим финишерам. Гонщик должен закончить гонку, чтобы заработать очки.