Аполипопротеин CI

Белкокодирующий ген у вида Homo sapiens

Аполипопротеин CI — белковый компонент липопротеинов , который у человека кодируется геном APOC1 . ^{[3] [4]}

Функция

Белок, кодируемый этим геном, является членом семейства аполипопротеина С. Этот ген экспрессируется преимущественно в печени и активируется, когда моноциты дифференцируются в макрофаги . Для этого гена были обнаружены альтернативно сплайсированные варианты транскрипта, но биологическая ценность некоторых вариантов не определена. ^[5]

Аполипопротеин CI имеет длину 57 аминокислот , обычно встречающихся в плазме, и отвечает за активацию этерифицированного холестерина лецитина, играя важную роль в обмене этерифицированного холестерина между липопротеинами и в удалении холестерина из тканей. Его основная функция — ингибирование белка-переносчика эфиров холестерина (CETP), вероятно, за счет изменения электрического заряда молекул ЛПВП .

Во время голодания (как и другие аполипопротеины С) он обнаруживается преимущественно в составе ЛПВП , тогда как после еды он обнаруживается на поверхности других липопротеинов. Когда белки, богатые триглицеридами, такие как хиломикроны и ЛПОНП, расщепляются, этот апопротеин снова переносится в ЛПВП. Это один из наиболее положительно заряженных белков в организме человека.

Псевдоген

Псевдоген этого гена расположен на 4 т.п.н. ниже гена apoC-I в той же ориентации на хромосоме 19, где оба находятся в кластере генов аполипопротеина . Этот псевдоген, который, как сообщается, также присутствовал у денисовцев и неандертальцев , возник в результате двух отдельных событий. После отделения обезьян Нового Света от человека ген apoC-I был дублирован. Было показано, что обезьяны Старого Света и человекообразные обезьяны, кроме человека, имеют два активных гена. Один из дубликатов кодирует основной белок, обозначенный apoC-IB, который ортологичен аполипопротеину CI человека. Другой кодирует кислый белок apoC-IA, который ортологичен виртуальному белку, кодируемому псевдогеном. Событие псевдогенизации произошло где-то между отделением бонобо и шимпанзе от человеческой линии и приходом денисовцев и неандертальцев. Псевдоген возникает в результате изменения одного нуклеотида в кодоне предпоследней аминокислоты, т.е. глутамина, в сигнальной последовательности, что приводит к образованию стоп-кодона. ^{[6] [7] [8]}

Интерактивная карта маршрутов

Нажмите на гены, белки и метаболиты ниже, чтобы перейти к соответствующим статьям. ^{[§ 1]}

1. Интерактивную карту путей можно редактировать на WikiPathways: «Statin_Pathway_WP430».

Рекомендации

1. GRCh38: выпуск Ensembl 89: ENSG00000130208 - Ensembl , май 2017 г.
2. "Ссылка на Human PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
3. Тата Ф, Генри I, Маркхэм А.Ф., Уоллис С.К., Вейл Д., Гжещик К.Х. и др. (1985). «Выделение и характеристика клона кДНК аполипопротеина CI человека и присвоение гена хромосоме 19». Генетика человека . 69 (4): 345–9. дои : 10.1007/BF00291654. PMID  2985493. S2CID  32767041.
4. Смит М., ван дер Коой-Мейс Э., Франц Р.Р., Хавекес Л., Класен ЕС (январь 1988 г.). «Кластер генов аполипопротеина на хромосоме 19. Определенная локализация гена APOC2 и полиморфного сайта Hpa I, связанного с гиперлипопротеинемией III типа». Генетика человека . 78 (1): 90–3. дои : 10.1007/BF00291243. PMID  2892779. S2CID  22711986.
5. «Ген Энтреза: аполипопротеин APOC1 CI».
6. Пуппионе Д.Л., Райан К.М., Бассилиан С., Суда П., Сяо Икс, Райдер О.А., Уайтлегг Дж.П. (март 2010 г.). «Обнаружение двух различных форм апоС-I у человекообразных обезьян». Сравнительная биохимия и физиология. Часть D. Геномика и протеомика . 5 (1): 73–9. дои : 10.1016/j.cbd.2009.12.003. ПМЦ 2830554 . ПМИД  20209111. 
7. Puppione D, Whitelegge JP (октябрь 2013 г.). «Протеогеномный обзор изменений апоС-I приматов в ходе эволюции». Границы в биологии . 8 (5): 533–548. дои : 10.1007/s11515-013-1278-7. ПМК 5528196 . ПМИД  28757862. 
8. Puppione DL (сентябрь 2014 г.). «Высшие приматы, но не обезьяны Нового Света, имеют дублирующий набор энхансеров, окружающих их гены apoC-I». Сравнительная биохимия и физиология. Часть D. Геномика и протеомика . 11 : 45–8. дои : 10.1016/j.cbd.2014.08.001. ПМИД  25160599.

дальнейшее чтение

• Шульман Р.С., Герберт П.Н., Верли К., Фредриксон Д.С. (январь 1975 г.). «Полная аминокислотная последовательность CI (apoLp-Ser), аполипопротеина из липопротеинов очень низкой плотности человека». Журнал биологической химии . 250 (1): 182–90. дои : 10.1016/S0021-9258(19)41998-4 . ПМИД  166984.
• Лауэр С.Дж., Уокер Д., Эльшурбаги Н.А., Рирдон К.А., Леви-Уилсон Б., Тейлор Дж.М. (май 1988 г.). «Две копии гена аполипопротеина CI человека тесно связаны с геном аполипопротеина E». Журнал биологической химии . 263 (15): 7277–86. дои : 10.1016/S0021-9258(18)68638-7 . ПМИД  2835369.
• Смит М., ван дер Коой-Мейс Э., Вудт Л.П., Хавекес Л.М., Франц Р.Р. (май 1988 г.). «Точная локализация сайта рестрикции HpaI, связанного с семейной дисбеталипопротеинемией, в промоторной области гена APOC1». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 152 (3): 1282–8. дои : 10.1016/S0006-291X(88)80424-8. ПМИД  2897845.
• Дэвисон П.Дж., Нортон П., Уоллис С.К., Гилл Л., Кук М., Уильямсон Р., Хамфрис С.Э. (май 1986 г.). «На хромосоме 19 есть две последовательности гена аполипопротеина CI человека (апо CI), одна из которых составляет 4 т.п.н. от гена апо E». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 136 (3): 876–84. дои : 10.1016/0006-291X(86)90414-6. ПМИД  3013172.
• Миклебост О., Рогне С. (август 1986 г.). «Ген аполипопротеина CI человека расположен на расстоянии 4,3 тыс. оснований от гена аполипопротеина E на хромосоме 19». Генетика человека . 73 (4): 286–9. дои : 10.1007/BF00279087. PMID  3017837. S2CID  11662593.
• Джексон Р.Л., Воробей Дж.Т., Бейкер Х.Н., Моррисетт Дж.Д., Тонтон О.Д., Готто А.М. (август 1974 г.). «Первичная структура аполопопротеина-серина». Журнал биологической химии . 249 (16): 5308–13. дои : 10.1016/S0021-9258(19)42365-X . ПМИД  4369340.
• Нотт Т.Дж., Робертсон М.Е., Пристли Л.М., Урдеа М., Уоллис С., Скотт Дж. (май 1984 г.). «Характеристика мРНК, кодирующих предшественник аполипопротеина CI человека». Исследования нуклеиновых кислот . 12 (9): 3909–15. дои : 10.1093/нар/12.9.3909. ПМК  318798 . ПМИД  6328444.
• Сервилло Л., Брюэр Х.Б., Осборн Дж.К. (февраль 1981 г.). «Оценка смешанного взаимодействия между аполипопротеинами A-II и равновесной седиментацией CI». Биофизическая химия . 13 (1): 29–38. дои : 10.1016/0301-4622(81)80022-1. ПМИД  6789904.
• Карри, доктор медицинских наук, МакКонати В.Дж., Фесмир Дж.Д., Алаупович П. (апрель 1981 г.). «Количественное определение аполипопротеинов CI и C-II в плазме человека с помощью отдельных электроиммуноанализов». Клиническая химия . 27 (4): 543–8. дои : 10.1093/клинчем/27.4.543 . ПМИД  7471419.
• Розек А., Бучко Г.В., Кашли Р.Дж. (июнь 1995 г.). «Конформация двух пептидов, соответствующих остаткам человеческого аполипопротеина CI 7–24 и 35–53, в присутствии додецилсульфата натрия по данным КД и ЯМР-спектроскопии». Биохимия . 34 (22): 7401–8. дои : 10.1021/bi00022a013. ПМИД  7779782.
• Маруяма К., Сугано С. (январь 1994 г.). «Олиго-кэпирование: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Джин . 138 (1–2): 171–4. дои : 10.1016/0378-1119(94)90802-8. ПМИД  8125298.
• Траск Б., Фертитта А., Кристенсен М., Янгблом Дж., Бергманн А., Коупленд А. и др. (январь 1993 г.). «Картирование флуоресцентной гибридизации in situ хромосомы 19 человека: расположение цитогенетических полос 540 космид и 70 генов или маркеров ДНК». Геномика . 15 (1): 133–45. дои : 10.1006/geno.1993.1021. ПМИД  8432525.
• Камино К., Ёсиива А., Нишиваки Ю., Нагано К., Ямамото Х., Кобаяши Т. и др. (1996). «Исследование генетической связи между старческим слабоумием типа Альцгеймера и кластером генов APOE/C1/C2». Геронтология . 42 (Приложение 1): 12–9. дои : 10.1159/000213820. ПМИД  8804993.
• Розек А., Бучко Г.В., Канда П., Кашли Р.Дж. (сентябрь 1997 г.). «Конформационные исследования N-концевого липидассоциирующего домена аполипопротеина CI человека методами КД и 1Н ЯМР-спектроскопии». Белковая наука . 6 (9): 1858–68. дои : 10.1002/pro.5560060906. ПМК  2143781 . ПМИД  9300485.
• Сузуки Ю, Ёситомо-Накагава К, Маруяма К, Суяма А, Сугано С (октябрь 1997 г.). «Создание и характеристика библиотеки кДНК, обогащенной по полной длине и по 5'-концу». Джин . 200 (1–2): 149–56. дои : 10.1016/S0378-1119(97)00411-3. ПМИД  9373149.
• Халушка М.К., Фан Дж.Б., Бентли К., Се Л., Шен Н., Ведер А. и др. (июль 1999 г.). «Закономерности однонуклеотидных полиморфизмов в генах-кандидатах гомеостаза артериального давления». Природная генетика . 22 (3): 239–47. дои : 10.1038/10297. PMID  10391210. S2CID  4636523.
• Фрейтас Э.М., Чжан В.Дж., Лалонд Дж.П., Тэй Г.К., Гаудиери С., Эшворт Л.К. и др. (1999). «Секвенирование 42 КБ кластера генов APO E-C2 выявило новый ген: PEREC1». Последовательность ДНК . 9 (2): 89–100. дои : 10.3109/10425179809086433. ПМИД  10520737.
• Готье Т., Массон Д., де Баррос Дж.П., Атиас А., Гамбер П., Онис Д. и др. (декабрь 2000 г.). «Человеческий аполипопротеин CI объясняет способность липопротеинов высокой плотности плазмы ингибировать активность белка-переносчика эфира холестерина». Журнал биологической химии . 275 (48): 37504–9. дои : 10.1074/jbc.M007210200 . ПМИД  10978346.
• Хартли Дж.Л., Темпл Г.Ф., Браш Массачусетс (ноябрь 2000 г.). «Клонирование ДНК с использованием сайт-специфической рекомбинации in vitro». Геномные исследования . 10 (11): 1788–95. дои : 10.1101/гр.143000. ПМК  310948 . ПМИД  11076863.

Внешние ссылки

• Расположение генома APOC1 человека и страница сведений о гене APOC1 в браузере генома UCSC .
• PDBe-KB предоставляет обзор всей информации о структуре, доступной в PDB для CI аполипопротеина человека.