Тип бактерий
Atribacterota – это тип бактерий , которые распространены в бескислородных отложениях , богатых метаном . Они распространены по всему миру и в некоторых случаях изобилуют анаэробными морскими отложениями, геотермальными источниками и нефтяными месторождениями . Генетический анализ предполагает гетеротрофный метаболизм , который приводит к образованию продуктов ферментации , таких как ацетат , этанол и CO 2 . Эти продукты, в свою очередь, могут поддерживать метаногены в микробном сообществе отложений и объяснять частое появление Atribacterota в богатых метаном бескислородных отложениях. [2] [3] Согласно филогенетическому анализу, Atribacterota, по-видимому, связана с несколькими термофильными типами внутри Terrabacteria [4] или может находиться в основе Gracilicutes . [5] Согласно исследованиям, Atribacterota демонстрирует закономерности экспрессии генов, которые включают ферментативный, ацетогенный метаболизм. Эти экспрессии позволяют Atribacterota выполнять катаболические и анаболические функции, необходимые для воспроизводства клеток, даже когда уровни энергии ограничены из-за истощения растворенного кислорода в районах морских, пресных или грунтовых вод. [6]
Таксономия
Таксономия Национального центра биотехнологической информации (NCBI) [7] и Список названий прокариот, имеющих статус в номенклатуре (LPSN) [8] использовались в качестве основного таксономического органа для установления приоритетов в области именования. Также веб-сайт Annotree [9] , на котором используется версия GTDB 06-RS202. [10] были проведены консультации.
- Класс Atribacteria Katayama et al. 2021 год
- Порядок Atribacterales Katayama et al. 2021 год
- Семейство Atribacteraceae Katayama et al. 2021 год
- Род Atribacter Katayama et al. 2021 год
- Вид A. laminatus Katayama et al. 2021 год
- Семейство «Калдатрибактериевые».
- Род « Candidatus Caldatribacterium» Dodsworth et al. 2013
- Вид « Ca.C.californiense », корриг. Додсворт и др. 2013
- Вид « Ca.C. saccharofermentans» Dodsworth et al. 2013
Смотрите также
Рекомендации
- ^ Орен А., генеральный директор Гаррити (2021). «Действительная публикация названий сорока двух типов прокариот». Int J Syst Evol Microbiol . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . PMID 34694987. S2CID 239887308.
- ^ Нобу, М.К., Додсворт, Дж.А., Муругапиран, С.К., Ринке, К., Гис, Э.А., Вебстер, Г., ... и Йоргенсен, Б.Б. (2016) Филогения и физиология типа-кандидата «Atribacteria» (OP9/JS1) ) выведено из независимой от культивирования геномики. Журнал ISME, 10(2), 273-286.
- ^ Карр, С.А., Оркатт, Б.Н., Мандернак, К.В., и Спир, младший (2015). Обилие атрибактерий в глубоководных морских отложениях бассейна Адели, Антарктида. Границы микробиологии, 6.
- ^ Кристиан Ринке и др. 2013. Взгляд на филогению и кодирующий потенциал микробной темной материи. Природа Том: 499, Страницы: 431–437 doi:10.1038/nature12352
- ^ Хаг, Лос-Анджелес и др. 2016, Новый взгляд на древо жизни. Природная микробиология, 1, 16048.
- ^ Вийемен, Орель; Варгас, Серджио; Джошкун, Омер К.; Покальный, Роберт; Мюррей, Ричард В.; Смит, Дэвид К.; Д'Ондт, Стивен; Орси, Уильям Д. (11 июля 2020 г.). «Атрибактерии, размножающиеся на протяжении миллионов лет на абиссальном подводном дне Атлантического океана». мБио . 11 (5). bioRxiv 10.1101/2020.07.10.198200 . дои : 10.1128/mbio.01937-20 . ПМЦ 7542362 . ПМИД 33024037.
- ^ Сэйерс; и другие. «Атрибактерита». База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 20 марта 2021 г.
- ^ JP Эзеби. «Атрибактерита». Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 27 июня 2021 г.
- ^ Мендлер, К; Чен, Х; Паркс, ДХ; Хаг, Лос-Анджелес; Докси, AC (2019). «AnnoTree: визуализация и исследование функционально аннотированного микробного древа жизни». Исследования нуклеиновых кислот . 47 (9): 4442–4448. дои : 10.1093/nar/gkz246 . ПМК 6511854 . PMID 31081040. Архивировано из оригинала 23 апреля 2021 г. Проверено 15 июля 2021 г.
- ^ "Выпуск GTDB 06-RS202" . База данных геномной таксономии .
