stringtranslate.com

Алекс Бейтман

Александр Джордж Бейтман — вычислительный биолог и руководитель отдела белковых последовательностей в Европейском институте биоинформатики (EBI) , входящем в состав Европейской лаборатории молекулярной биологии (EMBL) в Кембридже, Великобритания. [2] [11] Он руководил разработкой биологической базы данных Pfam [12] и представил базу данных семейств РНК Rfam . Он также участвовал в использовании Википедии для аннотации биологических баз данных на основе сообщества. [13] [14] [15] [16] [17]

Образование

Бейтман получил степень бакалавра наук по биохимии в Ньюкаслском университете в 1994 году. Он получил докторскую степень в Кембриджском университете в 1997 году за исследования под руководством Сайруса Чотии в Лаборатории молекулярной биологии (LMB) MRC [18] [19] [20] по эволюции суперсемейства белков иммуноглобулинов . [21] [22] В это время он также работал с Шоном Эдди над открытием новых доменов белков с использованием программного обеспечения HMMER . [23]

Карьера и исследования

В 1997 году Бейтман присоединился к Wellcome Trust Sanger Institute , чтобы возглавить разработку биологической базы данных Pfam . В 2003 году он представил базу данных Rfam семейств РНК. [9] [23] Он также участвовал в предоставлении анализа белка для публикации генома человека. [23] [24]

С 2012 года он является руководителем отдела ресурсов последовательности белков в EMBL-EBI. [25]

Бейтман также участвовал в продвижении использования Википедии в научном сообществе [26] и, в частности, в аннотации биологических баз данных на основе сообщества через Википедию, например, аннотации базы данных Rfam через WikiProject RNA . [27]

Бейтман занимал должность исполнительного редактора журнала Bioinformatics с 2004 по 2012 год, а также был редактором журналов Nucleic Acids Research , Genome Biology и Current Protocols in Bioinformatics . [5] [6] В 2014 году он был назначен одним из первых почетных редакторов журнала Bioinformatics . [28] С 2015 года Бейтман также входит в состав Совета директоров ISCB. [29]

Награды и почести

В 2010 году Бейтман был удостоен премии Бенджамина Франклина в области биоинформатики. [30] [31] Он стал третьим бывшим сотрудником лаборатории Ричарда Дурбина , получившим эту награду, после Шона Эдди и Эвана Бирни . [30] [3] В 2017 году Международное общество вычислительной биологии избрало Бейтмана членом ISCB . [1] [32]

Алекс Бейтман (слева) и Сайрус Чотия (справа) на конференции ISMB в Дублине в 2015 году.

Ссылки

  1. ^ ab Anon (2017). "ISCB Fellows". iscb.org . Международное общество вычислительной биологии . Архивировано из оригинала 20 марта 2017 г.
  2. ^ ab Публикации Алекса Бейтмана, проиндексированные Google Scholar
  3. ^ ab Chakradhar, Shraddha (2012). «Хэн Ли отдает должное родословной Дурбина, принимая премию Франклина». bio-itworld.com. Архивировано из оригинала 30 марта 2013 г.
  4. ^ Алекс Бейтман в Библиотеке Конгресса
  5. ^ ab "Алекс Бейтман: старший руководитель группы по исследованию белковых последовательностей и руководитель исследовательской группы Бейтмана". Uniprot.org. Архивировано из оригинала 16 марта 2015 г.
  6. ^ ab "Alex Bateman Publons". Publons.com. Архивировано из оригинала 16 марта 2015 г.
  7. ^ Bateman, A.; Coin, L.; Durbin, R .; Finn, RD; Hollich, V.; Griffiths-Jones, S.; Khanna, A.; Marshall, M.; Moxon, S.; Sonnhammer, EL; Studholme, DJ; Yeats, C.; Eddy, SR (2004). "База данных семейств белков Pfam". Nucleic Acids Research . 32 (выпуск базы данных): 138D–1141. doi :10.1093/nar/gkh121. ISSN  0305-1048. PMC 308855. PMID 14681378  .  Значок открытого доступа
  8. ^ Сэммут, С. Дж.; Финн, Р. Д.; Бейтман, А. (2008). «Pfam 10 лет спустя: 10 000 семей и все еще растет». Briefings in Bioinformatics . 9 (3): 210–9. doi : 10.1093/bib/bbn010 . PMID  18344544.
  9. ^ ab Гриффитс-Джонс, С.; Бейтман, А.; Маршалл, М.; Ханна, А.; Эдди, СР (2003). "Rfam: База данных семейств РНК". Nucleic Acids Research . 31 (1): 439–41. doi :10.1093/nar/gkg006. PMC 165453. PMID  12520045 . 
  10. ^ Гриффитс-Джонс, С.; Грокок, Р.Дж.; Ван Донген, С.; Бейтман, А.; Энрайт, А.Дж. (2006). «MiRBase: последовательности микроРНК, цели и номенклатура генов». Nucleic Acids Research . 34 (выпуск базы данных): D140-4. doi :10.1093/nar/gkj112. PMC 1347474. PMID  16381832 . 
  11. ^ Алекс Бейтман на сервере библиографии DBLP
  12. ^ Finn, RD; Mistry, J.; Schuster-Böckler, B.; Griffiths-Jones, S.; Hollich, V.; Lassmann, T.; Moxon, S.; Marshall, M.; Khanna, A.; Durbin, R.; Eddy, SR; Sonnhammer, EL; Bateman, A. (январь 2006 г.). "Pfam: кланы, веб-инструменты и сервисы" (бесплатный полный текст) . Nucleic Acids Research . 34 (выпуск базы данных): D247–D251. doi :10.1093/nar/gkj149. ISSN  0305-1048. PMC 1347511. PMID  16381856 . 
  13. ^ Логан, Д.У.; Сэндал, М.; Гарднер, П.П.; Манске, М .; Бейтман, А. (2010). «Десять простых правил редактирования Википедии». PLOS Computational Biology . 6 (9): e1000941. Bibcode : 2010PLSCB...6E0941L. doi : 10.1371/journal.pcbi.1000941 . PMC 2947980. PMID  20941386 .  Значок открытого доступа
  14. ^ "Bateman group < Research < EMBL-EBI". Европейский институт биоинформатики. Архивировано из оригинала 1 октября 2013 г.
  15. ^ Публикации Алекса Бейтмана из Европы PubMed Central
  16. ^ Публикации Алекса Бейтмана, проиндексированные в библиографической базе данных Scopus . (требуется подписка)
  17. ^ Бердж, С.; Эттвуд, ТК ; Бейтман, А.; Берардини, TZ; Черри, М.; О'Донован, К.; Ксенариос, Л.; Годе, П. (2012). «Биокураторы и биокурирование: обзор проблем 21-го века». База данных . 2012 : bar059. doi :10.1093/database/bar059. PMC 3308150. PMID  22434828. 
  18. ^ "Семейные ценности – Люди – EMBO". 8 июня 2021 г. Получено 14 июля 2023 г.
  19. ^ Бейтман, А.; Эдди, С.Р .; Чотиа, К. (1996). «Члены суперсемейства иммуноглобулинов у бактерий». Protein Science . 5 (9): 1939–41. doi : 10.1002/pro.5560050923. PMC 2143528. PMID  8880921. 
  20. ^ Bateman, A; Jouet, M; MacFarlane, J; Du, JS; Kenwrick, S; Chothia, C (1996). «Описание структуры молекулы адгезии клеток L1 человека и участков, где мутации вызывают неврологические расстройства». The EMBO Journal . 15 (22): 6050–9. doi :10.1002/j.1460-2075.1996.tb00993.x. PMC 452426. PMID  8947027 . 
  21. ^ Бейтман, Александр Джордж (1997). Эволюция структуры и функции суперсемейства иммуноглобулинов. ethos.bl.uk (диссертация на соискание ученой степени доктора философии). Кембриджский университет. OCLC  879391333.
  22. ^ Бейтман, А.; Мурзин, АГ; Тейхманн, СА (1998). «Структура и распределение пентапептидных повторов у бактерий». Protein Science . 7 (6): 1477–80. doi :10.1002/pro.5560070625. PMC 2144021 . PMID  9655353. 
  23. ^ abc "Архивная страница: Dr Alex Bateman - Wellcome Trust Sanger Institute". Wellcome Trust Sanger Institute. Архивировано из оригинала 13 октября 2014 г.
  24. ^ Ландер, Эрик С. и др. (15 февраля 2001 г.). «Первоначальное секвенирование и анализ генома человека». Nature . 409 (6822): 860–921. doi : 10.1038/35057062 . hdl : 2027.42/62798 . PMID  11237011.
  25. ^ "Алекс Бейтман < Люди и группы < О нас < EMBL-EBI". EBI. Архивировано из оригинала 1 октября 2013 г.
  26. ^ Бейтман, Алекс (2012). «Почему учёные должны публиковаться в Википедии». Wired UK . Архивировано из оригинала 9 июля 2012 г.
  27. ^ Дауб, Дж.; Гарднер, ПП; Тейт, Дж.; Рамшельд, Д.; Манске, М .; Скотт, WG; Вайнберг, З.; Гриффитс-Джонс, С.; Бейтман, А. (2008). «Википроект РНК: аннотация сообщества семейств РНК». РНК . 14 (12): 2462–2464. doi :10.1261/rna.1200508. PMC 2590952 . PMID  18945806. 
  28. ^ Анон (2014). "15 лет "Биоинформатике"". Биоинформатика . 30 (6): 747. doi : 10.1093/bioinformatics/btu076 . PMID  24642573.
  29. ^ "Сотрудники и совет директоров ISCB". Международное общество вычислительной биологии. Архивировано из оригинала 24 июля 2014 года.
  30. ^ ab "Алекс Бейтман выигрывает премию Бенджамина Франклина 2010 года - Bio-IT World". www.bio-itworld.com. Архивировано из оригинала 14 августа 2012 года.
  31. ^ "Алекс выигрывает премию Бенджамина Франклина!". Блог Xfam. Апрель 2010 г. Архивировано из оригинала 28 апреля 2010 г.
  32. ^ "13 февраля 2017 г.: Международное общество вычислительной биологии называет семь членов в качестве стипендиатов ISCB 2017 года". www.iscb.org . Получено 13 февраля 2017 г.