BioFabric — это программное обеспечение с открытым исходным кодом для рисования графиков . [1] [2] [3] Он представляет графики в виде диаграммы узлов и связей, но в отличие от других инструментов рисования графиков, которые изображают узлы с помощью дискретных символов, он представляет узлы с помощью горизонтальных линий. [4] [5]
Традиционные методы визуализации сетей с узлами-связями ухудшаются с точки зрения разборчивости при работе с большими сетями из-за увеличения количества пересечений ребер, образующих то, что пренебрежительно называют «комками волос». [6] [7] BioFabric — один из множества альтернативных подходов, специально разработанных для решения этой проблемы масштабируемости. [6] он решил сделать это, изображая узлы в виде линий на горизонтальной оси, по одной в каждой строке; ребра в виде линий на вертикальной оси, по одной на столбец, заканчивающиеся в двух строках, связанных с узлами конечных точек. Таким образом, каждый узел и ребро имеют собственное измерение (в отличие от только ребер, где узлы являются безразмерными точками). BioFabric использует полученную таким образом дополнительную степень свободы для размещения концов входящих ребер в группы. Это размещение потенциально может нести семантическую информацию, тогда как в графике узловых связей размещение часто генерируется произвольно в рамках эстетических ограничений, например, во время принудительного рисования графа, и может привести к явно информативным артефактам.
Края рисуются (по вертикали) более темным оттенком, чем (горизонтальные) узлы, что создает визуальное различие. Дополнительные ребра увеличивают ширину графа.
Оба конца ссылки представлены в виде квадрата, чтобы усилить описанный выше эффект даже в небольших масштабах. Ориентированные графы также содержат стрелки. [ нужна цитата ]
Первая версия, 1.0.0, была выпущена в июле 2012 года. Работа над BioFabric продолжается. Реализация R с открытым исходным кодом была выпущена в 2013 году, RBioFabric , [8] для использования с пакетом igraph, [9] и впоследствии описана в блоге проекта. [10]
Вход
Блейкли и др. [11] описали, как метод, используемый BioFabric, который они называют картографическим представлением , можно использовать для сравнения сетей A и B путем сопоставления ребер в ( A \ B ), ( A ∩ B ) и ( B \ A ), метод, напоминающий диаграмму Венна . Росси и Маньяни [12] [13] разработали ранжированные социограммы , которые представляют собой презентацию, подобную BioFabric, где порядок узлов основан на метрике ранжирования. Этот подход придает семантическое значение длине краевых линий и может использоваться для визуализации ассортативности или диссортативности сети.
Установите и начните использовать пакет igraph R.
Комментарий о BioFabric (www.BioFabric.org), новом способе визуализации сетей.