Открытая рамка считывания 47 хромосомы 5 , или C5ORF47, представляет собой белок, который у людей кодируется геном C5ORF47. [5] Он также известен под псевдонимом LOC133491. [6] Человеческий ген C5ORF47 в основном экспрессируется в яичках. [5]
Ген
C5ORF47 расположен в 5q35.2. [5] Полный ген охватывает 16 911 нуклеотидов, а транскрипт мРНК, состоящий из 5 экзонов, охватывает 2511 нуклеотидов. [7]
Экспрессия генов
Человеческий C5ORF47 в основном экспрессируется в яичках, а также экспрессируется в низких концентрациях во многих тканях — желудке, легких, почках, кишечнике, сердце и надпочечниках — в разных уровнях и в разное время на протяжении развития плода. [5]
Транскрипт
Последовательность мРНК C5ORF47 имеет длину 2511 нуклеотидов и состоит из 5 экзонов и 6 интронов [8]
Вид с высоты птичьего полета на человеческий промотор и ген C5ORF47 . Промотор, начало транскрипции и экзоны 1-5 обозначены. [7]
Ген человека C5ORF47 имеет две известные изоформы, первая (XP_016864517.1) [9] кодирует белок длиной 176 аминокислот, а вторая (XP_011532733.1) [10] кодирует белок длиной 150 аминокислот. В этой статье основное внимание будет уделено первой, более распространенной изоформе.
Белок
Молекулярная масса немодифицированного предшественника человеческого белка C5ORF47 составляет 19,2 кДа, а изоэлектрическая точка, как ожидается, составит 10,49. [11]
Белок является основным и, по-видимому, имеет относительно высокую концентрацию положительно заряженных аминокислот, лизина и аргинина, по сравнению с отрицательно заряженными аминокислотами, аспарагиновой кислотой и глутаминовой кислотой. Повторяющаяся структура аминокислот, «SQLR», может быть обнаружена в двух местах в белке. [12]
Домены
Человеческий белок C5ORF47 содержит DUF4680, домен неизвестной функции , который характеризуется двумя консервативными мотивами аминокислотной последовательности: VISRM и ENE. [13]
Структура
Предсказанная третичная структура белка C5ORF47 . 10 наиболее консервативных аминокислот отмечены желтым цветом. [14]
В предсказанной третичной структуре C5ORF47 наиболее консервативные аминокислоты попадают в домен неизвестной функции: DUF4680.
Локализация на уровне клеток
Предполагается, что человеческий белок C5ORF47 локализуется в ядре. [15] [16]
Участок из пяти положительно заряженных лизинов, указывающий на последовательность ядерной локализации , можно обнаружить в положениях 133–137 аминокислотной последовательности. [15]
Иммуногистохимическое окрашивание человеческих яичек от Sigma Aldrich показывает умеренную ядерную позитивность в клетках семявыносящих протоков яичек. [17]
Предсказанные сайты фосфорилирования T19, S23, S96, S129, S149, Y158, S168, S169 и сайты O-связанного гликозилирования S96, S105 и S168 сохраняются среди большинства ортологов млекопитающих. [18] [19]
Гомология
Концептуальный перевод кодирующей последовательности C5ORF47. Границы экзонов обозначены синим цветом. Домен неизвестной функции обозначен скобками. Неупорядоченная область показана серым цветом. Поли А-сигналы и поли А-сайты показаны желтым цветом. Десять наиболее консервативных аминокислот выделены жирным шрифтом. Восемь наиболее консервативных сайтов фосфорилирования выделены золотым цветом. Повторные последовательности выделены зеленым цветом. Домен FxxP выделен фиолетовым цветом. Последовательность ядерной локализации выделена розовым цветом. Подчеркнутые сегменты относятся к двум консервативным мотивам аминокислотной последовательности, которые характеризуют DUF4680. [21]
Ортологи человеческого гена C5ORF47 могут быть найдены у млекопитающих, птиц и рептилий, но не у амфибий, рыб или беспозвоночных. Паралоги человеческого гена C5ORF47 не известны. [22] [23] [24]
Взаимодействующие белки
Белки, которые, как предполагается, взаимодействуют с человеческим белком C5ORF47 , как правило, обладают такими характеристиками, как специфичность для яичек, относящаяся к сперме или сперматогенезу или связанная с образованием ресничек/жгутиков. [25] [26]
Клиническое значение
В исследовании, проведенном с целью выявления редких генетических вариантов, способствующих развитию нейромиелита оптического в Финляндии, четыре миссенс-варианта были общими для двух пациентов в C3ORF20, PDZD2, C5ORF47 и ZNF606. [37]
Данные микрочипов показывают, что экспрессия человеческого C5ORF47 низкая у человека с тератозооспермией, которая характеризуется наличием сперматозоидов с аномальной морфологией более 85% в сперме. [38] [39]
Данные микрочипов показывают, что экспрессия человеческого C5ORF47 ниже в клетках с истощенным p63. [40] Белок p63 функционирует как фактор транскрипции, который помогает регулировать многочисленные клеточные активности, включая пролиферацию клеток, поддержание клеток, дифференциацию, адгезию клеток и апоптоз. Белок p63 также играет важную роль в формировании эктодермальных структур на ранних стадиях развития. Исследования показывают, что он также играет важную роль в развитии конечностей, черт лица, мочевыделительной системы и других органов и тканей. [41]
Ссылки
^ abc GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000185056 – Ensembl , май 2017 г.
^ abc GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000020299 – Ensembl , май 2017 г.
^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ "Врожденное двустороннее отсутствие семявыносящего протока - О заболевании - Информационный центр по генетическим и редким заболеваниям". rarediseases.info.nih.gov . Получено 16.12.2022 .
^ Siuko M, Valori M, Kivelä T, Setälä K, Morin A, Kwan T и др. (декабрь 2015 г.). «Секвенирование экзома и регуляторных элементов у пациентов с нейромиелитом оптического». Журнал нейроиммунологии . 289 : 139–142. doi : 10.1016/j.jneuroim.2015.11.002. PMID 26616883. S2CID 24479999.
^ De Braekeleer M, Nguyen MH, Morel F, Perrin A (апрель 2015 г.). «Генетические аспекты мономорфной тератозооспермии: обзор». Журнал вспомогательной репродукции и генетики . 32 (4): 615–623. doi : 10.1007 /s10815-015-0433-2. PMC 4380889. PMID 25711835.
