Белок, содержащий домен спиральной спирали 135

Белок, обнаруженный в организме человека

Белок 135, содержащий домен спиральной спирали , также известный как CCDC135 , представляет собой белок , который у людей кодируется геном CCDC135 . [ ^{5] [6]}

Ген

CCDC90B находится на хромосоме 16 у человека. Он соседствует с: ^[7]

• GPR97 , рецептор 97, связанный с G-белком.
• GPR56 , кодирует член семейства рецепторов, сопряженных с G-белком (G-белок-сопряженный рецептор 56). Ген участвует в регуляции кортикального паттернирования мозга. Белок специфически связывается с трансглутаминазой 2 во внеклеточном пространстве.
• KATNB1 , субъединица B катанина p80 1. Вспомогательный белок, который помогает направить фермент в центросому.
• KIFC3 , представитель семейства кинезинов, изоформа C3 3. KIFC3 принадлежит к большому суперсемейству кинезинов, молекулярных моторов, которые используют энергию гидролиза АТФ для перемещения грузов по микротрубочкам.

Белок

Структура

Этот белок характеризуется наличием двух доменов. ^[8]

• Последовательность ядерной локализации с оценкой 4 в аминокислотах 265–279. Последовательность аминокислот для этого региона:

KKQQEIRAQEKKRLR

• Семейство трансглутаминазоподобных белков со значением E 0,0018 в аминокислотах 149–308. Последовательность аминокислот для этого региона следующая:

CAQFVSDFLTMVPLPDPLKPPSHLYSSTTVLKYQKGNCFDFSTllLCSMLIGSGYDAYCVNGYGSDLCHMDLTREVCPLTVKPKETIKKEEK VLPKKYTIKPPRDLCSRFEQEQEVKKQQEIRAQEKKRLREEEERLMEAEKAKPDALHGLRVHSWVLVL

Белок имеет 17 предсказанных участков альфа-спиралей , характерных для белков с суперспиралью, и 1 предсказанный бета-складчатый лист. На следующем изображении показаны предсказанные области альфа-спиралей и бета-складчатых листов двумя программами STRAP ^[9] и Quickphyre: ^[10] Примечание: показаны консенсусные вторичные структуры. Это было выполнено путем построения множественного выравнивания последовательностей белков с их вторичными структурами (как показано ниже). Затем предсказанные области были перекрестно проверены с помощью Quickphyre Архивировано 30 апреля 2017 г. в программе Wayback Machine .

Гомология

Аннотация последовательности CCDC135.

LRRC57 чрезвычайно хорошо сохранен, как показано в аннотации последовательности справа. Аннотации последовательности были созданы с использованием 20 ортологов, показанных в таблице ниже, и были подготовлены с использованием ClustalX2 ^[11] и ClustalW (инструмент в Biology Workbench). ^[12]

В следующей таблице приведены некоторые подробности об ортологах человеческой версии CCDC135. Эти ортологи были собраны из BLAT. ^[13] и BLAST поисков ^[14]

Прогнозируемые свойства

• Молекулярная масса : 103502,53 = 103484,53 + 18 кДа
• Изоэлектрическая точка : 5,358000
• Трансмембранные спирали: отсутствуют
• Пост-переводческие модификации : ^[15]

Пептиды транзита хлоропластов: отсутствуют

Сигнальные пепти: Да ^[8]

Последовательность ядерной локализации: KKQQEIRAQEKKRLR

Сайты C-маннозилирования: отсутствуют (однако было предсказано 14 сайтов с оценками ниже порогового значения. ^[16] )

Нацеливание на митохондрии: отсутствует

Сайты N-гликозилирования: Да

Последовательность gi|223941912 в позициях 100 и 493 с потенциалами 0,7200 и 0,6031 рецептивно.

Местоположение сотовой связи

Предполагается, что CCDC135 будет цитозольным/ядерным белком ^[17] без трансмембранных участков или сегментов. Предполагается, что он содержит по крайней мере 56 специфических сайтов фосфорилирования ^[18], в том числе: 20 сайтов фосфорилирования протеинкиназы C, 11 сайтов фосфорилирования казеинкиназы II и 8 сайтов фосфорилирования, зависимого от цАМФ/цГМФ. Последовательность аминокислот также, как предполагается, содержит 10 сайтов сумоилирования ^[19] в положениях K236, K236, K45, K773, K499, K679, K249, K167, K540, K445 и K292.

Функция

Функция CCDC135 пока не до конца изучена, но считается, что она участвует в тератоспермии . ^{[ сомнительно – обсудить ] [ нужна ссылка ]}

Ссылки

1. GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000159625 – Ensembl , май 2017 г.
2. GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000031786 – Ensembl , май 2017 г.
3. "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
4. "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
5. Виман С., Вейль Б., Велленройтер Р., Гассенхубер Дж., Глассль С., Ансорж В., Бёхер М., Блёкер Х., Бауэрсахс С., Блюм Х., Лаубер Дж., Дюстерхёфт А., Бейер А., Кёрер К., Штрак Н., Мьюс Х.В., Оттенвальдер. Б, Обермайер Б, Тампе Дж, Хойбнер Д, Вамбутт Р., Корн Б., Кляйн М., Пустка А. (март 2001 г.). «К каталогу человеческих генов и белков: секвенирование и анализ 500 новых полных белков, кодирующих кДНК человека». Геном Рез . 11 (3): 422–35. дои : 10.1101/гр.GR1547R. ПМК 311072 . PMID  11230166. 
6. "Ген Энтреза: домен спиральной спирали, содержащий 135".
7. "Human hg38 chr16%3A56276931-56332628 UCSC Genome Browser v420".
8. "Кегг T01001: 84229".
9. "Множественное выравнивание последовательностей: ремень".
10. "Перенаправление на Phyre2". Архивировано из оригинала 30 апреля 2017 года . Получено 9 мая 2010 года .
11. "Clustal Home Page" . Получено 4 мая 2009 г. .
12. "Главная". workbench.sdsc.edu .
13. "BLAT Search Genome" . Получено 4 мая 2009 г.
14. "BLAST" . Получено 4 мая 2009 г.
15. "ExPASy". SIB Switzerland. 5 января 2009 г. Получено 14 мая 2009 г.
16. «Сервер NetCGlyc 1.0».
17. "PSORT II Prediction". Архивировано из оригинала 29 марта 2009 года . Получено 9 мая 2010 года .
18. "NetPhosK 1.0 Server". Архивировано из оригинала 9 июля 2021 г. Получено 9 мая 2010 г.
19. «Программа анализа SUMOplot™ | Abcepta».