В чемпионате Бразилии по футболу 2006 года Серия C , третьем дивизионе бразильской лиги, приняли участие 63 клуба, четыре из которых в конечном итоге прошли во второй дивизион , чтобы принять участие в 2007 году . Ни одна команда не была переведена в низшую лигу, поскольку в бразильской лиге не было четвертого дивизиона.
63 команды играют в 15 группах по четыре команды и в одной группе из трех команд (поскольку Футбольная федерация Акры не смогла назначить одну аффилированную команду). В каждой группе четыре команды играют по двухкруговой системе, то есть они играют друг с другом в домашних и выездных матчах, в общей сложности шесть игровых дней. Две лучшие команды в каждой группе выходят во второй этап.
32 команды, прошедшие отбор на первом этапе, играют в восьми группах по четыре команды. В каждой группе четыре команды играют по двухкруговой системе, то есть они играют друг с другом дома и на выезде, в общей сложности шесть игровых дней. Две лучшие команды в каждой группе выходят в третий этап.
16 команд, прошедших отбор на втором этапе, играют в четырех группах по четыре команды. В каждой группе четыре команды играют по двухкруговой системе, то есть играют друг с другом дома и на выезде, всего шесть игровых дней. Две лучшие команды в каждой группе выходят в финальный этап.
Восемь команд, прошедших отбор на третьем этапе, объединяются в одну группу. Они играют по двухкруговой системе, то есть играют друг с другом в домашних и выездных матчах, в общей сложности четырнадцать игровых дней. Четыре лучшие команды автоматически переходят в Серию B в 2007 году.
Участвующие команды отсортированы по штатам: