stringtranslate.com

Кориобактерии

Coriobacteriia — это класс грамположительных бактерий в типе Actinomycetota . [3] [4] Виды в этой группе — неспорообразующие , строгие или факультативные анаэробы , способные процветать в разнообразном наборе экологических ниш. [5] [6] [7] [8] Виды Gordonibacter — единственные представители, способные передвигаться с помощью жгутиков в пределах класса. Несколько видов в классе Coriobacteriia были связаны с заболеваниями человека, которые различаются по степени тяжести. Виды Atopobium , Olsenella и Cryptobacterium ответственны за инфекции полости рта человека, включая пародонтит , галитоз и другие эндодонтические инфекции. [9] [10] Виды Eggerthella были связаны с тяжелой бактериемией крови и язвенным колитом . [11]

Молекулярные сигнатуры и филогенетическое положение

Исторически все виды Coriobacteriia были помещены в один порядок ( Coriobacteriales ) и одно семейство ( Coriobacteriaceae ). [3] [12] [13] [14] [15] Однако эта точка зрения не отражала точных эволюционных взаимосвязей внутри класса. Текущая таксономическая точка зрения обоснована наличием нескольких консервативных сигнатурных инделей (CSI), которые были обнаружены в разных таксономических рангах. [16] Эти CSI являются специфичными и представляют собой синапоморфные характеристики, которые можно использовать для различения групп внутри Coriobacteriia , как на уровне семейства, так и порядка. [17] Различие порядков внутри Coriobacteriia также подтверждается разветвлением филогенетического дерева и постоянными характеристиками; члены, принадлежащие к Coriobacteriales, являются глюкозо-ферментирующими, сахаролитическими видами, в то время как порядок Eggerthellales имеет виды, которые постоянно не способны ферментировать глюкозу и являются асахаролитическими. [3] [4] [16]

CSI также использовались для определения филогенетического положения Coriobacteriia среди всех бактерий, где они были обнаружены исключительно для всех видов в пределах класса, отделяя их от других Actinomycetota . [16] Coriobacteriia являются ранней ветвящейся линией в пределах типа Actinomycetota [4] [14] [15] Глубокое разветвление класса привело к спору о его членстве в пределах типа и о том, является ли он истинной группой Actinomycetota. [ 12] [13] [14] Была обнаружена CSI в форме вставки одной аминокислоты в ферменте нуклеотидогидролазе дезоксиуридин 59-трифосфата (dUTP), которая является общей для всех членов Coriobacteriia , а также для нескольких видов Actinomycetota и отсутствует у всех других бактерий. [16] Эта CSI однозначно подтверждает членство Coriobacteriia в пределах Actinomycetota. [16] [17]

Филогения

Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих постоянное место в номенклатуре (LPSN) [2] и Национальном центре биотехнологической информации (NCBI). [18]

Ссылки

  1. ^ König H (2012). "Класс III. Coriobacteriia class nov.". В Goodfellow M, Kämpfer P, Trujillo ME, Ludwig W, Whitman WB (ред.). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology . Том 5 (The Actinobacteria), часть B (2-е изд.). Нью-Йорк: Springer. стр. 1975.
  2. ^ ab Euzéby JP, Parte AC. "Coriobacteriia". Список названий прокариот со стоянием в номенклатуре (LPSN) . Получено 23 июня 2021 г.
  3. ^ abc Ludwig, W., Euzéby, J., Schumann, P., Busse, HJ, Trujillo, ME, Kämpfer, P. & Whitman, WB (2012). Дорожная карта типа Actinobacteria. В: Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, стр. 1–28. Ред. M. Goodfellow, P. Ka¨mpfer, HJ Busse, ME Trujillo, K. Suzuki, W. Ludwig & WB Whitman. Springer-:New York
  4. ^ abc Clavel T, Lepage P & Charrier C. (2014). Семейство Coriobacteriaceae. В: The Prokaryotes, стр. 201-238. Springer-:Berlin Heidelberg
  5. ^ Stackebrandt E, Zeytun A, Lapidus A и др. (2013). «Полная последовательность генома штамма типа Coriobacterium glomerans (PW2(T)) из средней кишки Pyrrhocoris apterus L. (красный солдатский клоп)». Stand Genomic Sci . 8 (1): 15–25. doi :10.4056/sigs.3507020. PMC 3739169. PMID  23961308 . 
  6. ^ Наказава Ф., Поко С.Е., Икеда Т., Сато М., Калфас С., Сундквист Г., Хосино Э. (1999). «Cryptobacterium curtum gen. nov., sp. nov., новый род грамположительных анаэробных палочек, выделенных из ротовой полости человека». Int J Syst Bacteriol . 49 (Часть 3): 1193–200. дои : 10.1099/00207713-49-3-1193 . ПМИД  10425779.
  7. ^ Вюрдеманн Д., Тиндалл Б.Дж., Пукалл Р. и др. (2009). «Gordonibacter pamelaeae gen. nov., sp. nov., новый представитель семейства Coriobacteriaceae, выделенный от пациента с болезнью Крона, и реклассификация Eggerthella hongkongensis Lau et al. 2006 как Paraeggerthella hongkongensis gen. nov., comb. nov.». Int J Syst Bacteriol . 59 (Часть 6): 1405–15. дои : 10.1099/ijs.0.005900-0 . hdl : 10536/DRO/DU:30125259 . ПМИД  19502325.
  8. ^ Mavrommatis K, Pukall R, Rohde C, et al. (2009). "Полная последовательность генома штамма типа Cryptobacterium curtum (12-3)". Stand Genomic Sci . 1 (2): 93–100. doi :10.4056/sigs.12260. PMC 3035227. PMID  21304644 . 
  9. ^ Copeland A, Sikorski J, Lapidus A и др. (2009). «Полная последовательность генома штамма типа Atopobium parvulum (IPP 1246)». Stand Genomic Sci . 1 (2): 166–73. doi :10.4056/sigs.29547. PMC 3035223. PMID  21304653 . 
  10. ^ Göker M, Held B, Lucas S и др. (2010). «Полная последовательность генома штамма типа Olsenella uli (VPI D76D-27C)». Stand Genomic Sci . 3 (1): 76–84. doi :10.4056/sigs.1082860. PMC 3035265. PMID  21304694 . 
  11. ^ Saunders E, Pukall R, Abt B, et al. (2009). "Полная последовательность генома штамма типа Eggerthella lenta (IPP VPI 0255)". Stand Genomic Sci . 1 (2): 174–82. doi :10.4056/sigs.33592. PMC 3035228. PMID  21304654 . 
  12. ^ ab Gao B, Gupta RS (2005). «Консервативные индели в последовательностях белков, характерные для типа Actinobacteria». Int J Syst Evol Microbiol . 55 (Pt 6): 2401–2412. doi : 10.1099/ijs.0.63785-0 . PMID  16280504.
  13. ^ ab Gao B, Paramanathan R, Gupta RS (2006). «Сигнатурные белки, которые являются отличительными характеристиками актинобактерий и их подгрупп». Антони ван Левенгук . 90 (1): 69–91. doi :10.1007/s10482-006-9061-2. PMID  16670965. S2CID  25817892.
  14. ^ abc Gao B, Gupta RS (2012). «Филогенетические рамки и молекулярные сигнатуры для основных кладов типа Actinobacteria». Microbiol Mol Biol Rev. 76 ( 1): 66–112. doi :10.1128/MMBR.05011-11. PMC 3294427 . PMID  22390973. 
  15. ^ ab Zhi XY, Li WJ, Stackebrandt E (2009). «Обновление структуры и определения на основе последовательности гена 16S рРНК высших рангов класса Actinobacteria с предложением двух новых подотрядов и четырех новых семейств и исправленных описаний существующих высших таксонов». Int J Syst Evol Microbiol . 59 (Pt 3): 589–608. doi : 10.1099/ijs.0.65780-0 . PMID  19244447.
  16. ^ abcde Гупта Р.С., Чен В.Дж., Адеолу М., Чай Ю. (2010). «Молекулярные признаки класса Coriobacteriia и его различных клад; Предложение о разделении класса Coriobacteriia на исправленный порядок Coriobacteriales , содержащий исправленное семейство Coriobacteriaceae и Atopobiaceae fam. nov., и Eggerthellales ord. nov., содержащий семейство Eggerthellaceae fam. ноябрь». Int J Syst Evol Microbiol . 63 (3): 3379–97. дои : 10.1099/ijs.0.048371-0. ПМИД  23524353.
  17. ^ ab Gupta RS (2016). «Влияние геномики на понимание эволюции и классификации микроорганизмов: важность взглядов Дарвина на классификацию». FEMS Microbiol Rev. 40 ( 4): 520–53. doi : 10.1093/femsre/fuw011 . PMID  27279642.
  18. ^ Sayers; et al. "Coriobacteriia". База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Получено 20.03.2021 .
  19. ^ "The LTP" . Получено 20 ноября 2023 г. .
  20. ^ "Дерево LTP_all в формате newick" . Получено 20 ноября 2023 г. .
  21. ^ "LTP_08_2023 Release Notes" (PDF) . Получено 20 ноября 2023 г.
  22. ^ "GTDB release 08-RS214". База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 г.
  23. ^ "bac120_r214.sp_label". База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 г.
  24. ^ "История таксона". База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 г.