stringtranslate.com

ДНК-секвенатор

Секвенатор ДНК — это научный инструмент , используемый для автоматизации процесса секвенирования ДНК . При наличии образца ДНК секвенатор ДНК используется для определения порядка четырех оснований: G ( гуанин ), C ( цитозин ), A ( аденин ) и T ( тимин ). Затем это сообщается в виде текстовой строки , называемой считыванием. Некоторые секвенаторы ДНК можно также считать оптическими приборами, поскольку они анализируют световые сигналы, исходящие от флуорохромов, прикрепленных к нуклеотидам .

Первый автоматизированный секвенатор ДНК, изобретенный Ллойдом М. Смитом , был представлен Applied Biosystems в 1987 году. [1] Он использовал метод секвенирования Сэнгера , технологию, которая легла в основу «первого поколения» секвенаторов ДНК [2] [3] и позволила завершить проект по геному человека в 2001 году. [4] Это первое поколение секвенаторов ДНК по сути является автоматизированными системами электрофореза , которые обнаруживают миграцию меченых фрагментов ДНК. Поэтому эти секвенаторы также могут использоваться при генотипировании генетических маркеров, где необходимо определить только длину фрагмента(ов) ДНК (например, микросателлиты , AFLP ).

Проект «Геном человека» стимулировал разработку более дешевых, высокопроизводительных и более точных платформ, известных как секвенаторы нового поколения (NGS), для секвенирования генома человека . К ним относятся платформы секвенирования ДНК 454, SOLiD и Illumina . Секвенирующие машины нового поколения существенно увеличили скорость секвенирования ДНК по сравнению с предыдущими методами Сэнгера. Образцы ДНК могут быть подготовлены автоматически всего за 90 минут, [5] в то время как геном человека может быть секвенирован с 15-кратным покрытием в течение нескольких дней. [6]

Более современные ДНК-секвенаторы третьего поколения, такие как PacBio SMRT и Oxford Nanopore, предлагают возможность секвенирования длинных молекул по сравнению с технологиями короткого считывания, такими как Illumina SBS или DNBSEQ от MGI Tech.

Из-за ограничений в технологии секвенирования ДНК, считывания многих из этих технологий короткие по сравнению с длиной генома, поэтому считывания должны быть собраны в более длинные контиги . [7] Данные также могут содержать ошибки, вызванные ограничениями в технике секвенирования ДНК или ошибками во время амплификации ПЦР . Производители секвенаторов ДНК используют ряд различных методов для определения присутствующих оснований ДНК. Конкретные протоколы, применяемые на разных платформах секвенирования, оказывают влияние на конечные данные, которые генерируются. Поэтому сравнение качества данных и стоимости по разным технологиям может быть сложной задачей. Каждый производитель предоставляет свои собственные способы информирования об ошибках и оценках секвенирования. Однако ошибки и оценки между разными платформами не всегда можно сравнивать напрямую. Поскольку эти системы полагаются на разные подходы к секвенированию ДНК, выбор лучшего секвенатора ДНК и метода, как правило, будет зависеть от целей эксперимента и доступного бюджета. [2]

История

Первые методы секвенирования ДНК были разработаны Гилбертом (1973) [8] и Сэнгером (1975). [9] Гилберт представил метод секвенирования, основанный на химической модификации ДНК с последующим расщеплением по определенным основаниям, тогда как метод Сэнгера основан на терминации дидезоксинуклеотидной цепи. Метод Сэнгера стал популярным из-за его повышенной эффективности и низкой радиоактивности. Первым автоматизированным секвенатором ДНК был AB370A, представленный в 1986 году компанией Applied Biosystems . AB370A мог секвенировать 96 образцов одновременно, 500 килооснований в день, и достигать длины прочтения до 600 оснований. Это было начало «первого поколения» секвенаторов ДНК, [2] [3] которые реализовали секвенирование по Сэнгеру, флуоресцентные дидезоксинуклеотиды и полиакриламидный гель, зажатый между стеклянными пластинами - пластинчатые гели. Следующим крупным достижением стал выпуск в 1995 году AB310, который использовал линейный полимер в капилляре вместо пластинчатого геля для разделения цепей ДНК методом электрофореза. Эти методы легли в основу завершения проекта генома человека в 2001 году. [4] Проект генома человека стимулировал разработку более дешевых, высокопроизводительных и более точных платформ, известных как секвенаторы следующего поколения (NGS). В 2005 году 454 Life Sciences выпустила секвенатор 454, за которым в 2006 году последовали Solexa Genome Analyzer и SOLiD (Supported Oligo Ligation Detection) от Agencourt. Applied Biosystems приобрела Agencourt в 2006 году, а в 2007 году Roche купила 454 Life Sciences, в то время как Illumina купила Solexa. Ion Torrent вышла на рынок в 2010 году и была приобретена Life Technologies (теперь Thermo Fisher Scientific ). А BGI начала производить секвенаторы в Китае после приобретения Complete Genomics под своим крылом MGI . Это по-прежнему самые распространенные системы NGS из-за их конкурентоспособной стоимости, точности и производительности.

Совсем недавно было представлено третье поколение секвенаторов ДНК. Методы секвенирования, применяемые этими секвенаторами, не требуют амплификации ДНК (полимеразной цепной реакции – ПЦР), что ускоряет подготовку образцов перед секвенированием и снижает количество ошибок. Кроме того, данные секвенирования собираются из реакций, вызванных добавлением нуклеотидов в комплементарную цепь в реальном времени. Две компании представили разные подходы в своих секвенаторах третьего поколения. Секвенаторы Pacific Biosciences используют метод, называемый Single-molecule real-time (SMRT), где данные секвенирования производятся с помощью света (захваченного камерой), испускаемого при добавлении нуклеотида в комплементарную цепь ферментами, содержащими флуоресцентные красители. Oxford Nanopore Technologies – еще одна компания, разрабатывающая секвенаторы третьего поколения с использованием электронных систем на основе технологий обнаружения нанопор.

Производители ДНК-секвенаторов

Секвенаторы ДНК были разработаны, изготовлены и проданы, среди прочего, следующими компаниями.

Рош

Секвенатор ДНК 454 стал первым секвенатором нового поколения, который стал коммерчески успешным. [10] Он был разработан компанией 454 Life Sciences и куплен компанией Roche в 2007 году. 454 использует обнаружение пирофосфата, высвобождаемого в результате реакции ДНК-полимеразы при добавлении нуклеотида к штамму-шаблону.

В настоящее время Roche производит две системы на основе своей технологии пиросеквенирования: GS FLX+ и GS Junior System. [11] Система GS FLX+ обещает длину прочтения около 1000 пар оснований, в то время как система GS Junior обещает 400 прочтений пар оснований. [12] [13] Предшественник GS FLX+, система 454 GS FLX Titanium была выпущена в 2008 году, достигая вывода 0,7G данных за запуск с точностью 99,9% после качественного фильтра и длиной прочтения до 700 п.н. В 2009 году Roche выпустила GS Junior, настольную версию секвенатора 454 с длиной прочтения до 400 п.н. и упрощенной подготовкой библиотеки и обработкой данных.

Одним из преимуществ систем 454 является их скорость работы. Рабочую силу можно сократить за счет автоматизации подготовки библиотеки и полуавтоматизации эмульсионной ПЦР. Недостатком системы 454 является то, что она подвержена ошибкам при оценке количества оснований в длинной строке идентичных нуклеотидов. Это называется ошибкой гомополимера и происходит, когда в ряду находится 6 или более идентичных оснований. [14] Другим недостатком является то, что цена реагентов относительно выше по сравнению с другими секвенаторами следующего поколения.

В 2013 году компания Roche объявила, что прекратит разработку технологии 454 и полностью выведет из эксплуатации машины 454 в 2016 году, когда ее технология станет неконкурентоспособной. [15] [16]

Компания Roche выпускает ряд программных инструментов, оптимизированных для анализа данных секвенирования 454. [17] Например,

Иллюмина

Секвенатор Illumina Genome Analyzer II

Illumina производит ряд секвенирующих машин следующего поколения, используя технологию, приобретенную у Manteia Predictive Medicine и разработанную Solexa. [19] Illumina производит ряд секвенирующих машин следующего поколения, используя эту технологию, включая HiSeq, Genome Analyzer IIx, MiSeq и HiScanSQ, которые также могут обрабатывать микрочипы . [20]

Технология, ведущая к этим ДНК-секвенаторам, была впервые выпущена Solexa в 2006 году как Genome Analyzer. [10] Illumina приобрела Solexa в 2007 году. Genome Analyzer использует метод секвенирования синтезом. Первая модель производила 1G за запуск. В течение 2009 года производительность была увеличена с 20G за запуск в августе до 50G за запуск в декабре. В 2010 году Illumina выпустила HiSeq 2000 с производительностью 200, а затем 600G за запуск, что заняло бы 8 дней. На момент своего выпуска HiSeq 2000 представлял собой одну из самых дешевых платформ секвенирования по цене 0,02 доллара за миллион оснований, согласно расчетам Пекинского института геномики .

В 2011 году Illumina выпустила настольный секвенатор под названием MiSeq. На момент выпуска MiSeq мог генерировать 1,5G за запуск с парными конечными 150bp чтениями. Запуск секвенирования может быть выполнен за 10 часов при использовании автоматизированной подготовки образцов ДНК. [10]

Illumina HiSeq использует два программных инструмента для расчета количества и положения кластеров ДНК для оценки качества секвенирования: систему управления HiSeq и анализатор в реальном времени. Эти методы помогают оценить, мешают ли соседние кластеры друг другу. [10]

Технологии Жизни

Life Technologies (теперь Thermo Fisher Scientific ) производит ДНК-секвенаторы под брендами Applied Biosystems и Ion Torrent . Applied Biosystems производит платформу секвенирования следующего поколения SOLiD [21] и ДНК-секвенаторы на основе Сэнгера, такие как 3500 Genetic Analyzer. [22] Под брендом Ion Torrent Applied Biosystems выпускает четыре секвенатора следующего поколения: Ion PGM System, Ion Proton System, Ion S5 и Ion S5xl. [23] Также считается, что компания разрабатывает свой новый капиллярный ДНК-секвенатор под названием SeqStudio, который будет выпущен в начале 2018 года. [24]

SOLiD systems была приобретена Applied Biosystems в 2006 году. SOLiD применяет секвенирование путем лигирования и двойного кодирования оснований . Первая система SOLiD была запущена в 2007 году, генерируя длину считывания 35bp и 3G данных за один запуск. После пяти обновлений система секвенирования 5500xl была выпущена в 2010 году, значительно увеличив длину считывания до 85bp, повысив точность до 99,99% и производя 30G за 7-дневный запуск. [10]

Ограниченная длина считывания SOLiD осталась существенным недостатком [25] и в некоторой степени ограничила его применение в экспериментах, где длина считывания менее важна, таких как повторное секвенирование и анализ транскриптома, а в последнее время и эксперименты по ChIP-Seq и метилированию. [10] Время подготовки образцов ДНК для систем SOLiD стало намного быстрее благодаря автоматизации подготовки библиотек секвенирования, такой как система Tecan. [10]

Данные цветового пространства, полученные платформой SOLiD, могут быть декодированы в ДНК-базы для дальнейшего анализа, однако программное обеспечение, которое учитывает исходную информацию цветового пространства, может дать более точные результаты. Life Technologies выпустила BioScope [26], пакет анализа данных для повторного секвенирования, ChiP-Seq и анализа транскриптома. Он использует алгоритм MaxMapper для картирования считываний цветового пространства.

Бекман Коултер

Компания Beckman Coulter (теперь Danaher ) ранее производила ДНК-секвенаторы на основе терминации цепи и капиллярного электрофореза под названием модели CEQ, включая CEQ 8000. [27] В настоящее время компания производит систему генетического анализа GeXP, которая использует секвенирование с использованием красителя-терминатора . [28] Этот метод использует термоциклер во многом так же, как ПЦР, для денатурации, отжига и удлинения фрагментов ДНК, амплифицируя секвенированные фрагменты. [29] [30]

Тихоокеанские Бионауки

Pacific Biosciences производит системы секвенирования PacBio RS и Sequel, используя метод секвенирования в реальном времени одной молекулы , или SMRT. [31] Эта система может производить длины считывания в несколько тысяч пар оснований. Более высокие ошибки необработанного считывания исправляются либо с помощью кругового консенсуса — когда одна и та же цепь считывается снова и снова — либо с помощью оптимизированных стратегий сборки . [32] Ученые сообщили о точности 99,9999% с этими стратегиями. [33] Система Sequel была запущена в 2015 году с увеличенной емкостью и более низкой ценой. [34] [35]

Секвенатор Oxford Nanopore MinION (внизу справа) был использован в первом в истории секвенировании ДНК в космосе в августе 2016 года астронавтом Кэтлин Рубинс . [36]

Оксфорд Нанопор

Секвенатор MinION от Oxford Nanopore Technologies основан на эволюционирующей технологии секвенирования нанопор для анализа нуклеиновых кислот. [37] Устройство имеет длину четыре дюйма и питается от порта USB . MinION декодирует ДНК напрямую, когда молекула протягивается со скоростью 450 оснований в секунду через нанопору, подвешенную в мембране. [38] Изменения электрического тока указывают на то, какое основание присутствует. Первоначально точность устройства составляла от 60 до 85 процентов по сравнению с 99,9 процента в обычных машинах. [39] Даже неточные результаты могут оказаться полезными, поскольку оно обеспечивает большую длину считывания. [40] В начале 2021 года исследователи из Университета Британской Колумбии использовали специальные молекулярные метки и смогли снизить частоту ошибок устройства с 5 до 15 процентов до менее 0,005 процента даже при секвенировании множества длинных участков ДНК за раз. [41] На основе MinION есть еще две итерации продукта; Первый — это GridION, который является немного большим секвенатором, который обрабатывает до пяти проточных ячеек MinION одновременно. А второй — это PromethION, который использует до 100 000 пор параллельно, что больше подходит для секвенирования большого объема. [42]

МГИ

MGI производит высокопроизводительные секвенаторы для научных исследований и клинических приложений, такие как DNBSEQ-G50, DNBSEQ-G400 и DNBSEQ-T7, в рамках запатентованной технологии DNBSEQ. [43] Она основана на технологиях секвенирования ДНК с помощью наношариков и синтеза комбинаторных зондовых якорей, в которых наношарики ДНК (DNB) загружаются на чип с узорчатым массивом через жидкостную систему, а затем в адаптерную область DNB добавляется праймер секвенирования для гибридизации . DNBSEQ-T7 может генерировать короткие считывания в очень больших масштабах — до 60 человеческих геномов в день. [44] DNBSEQ-T7 использовался для генерации считываний парных концов длиной 150 п.н., секвенируя 30X, для секвенирования генома SARS-CoV-2 или COVID-19 с целью выявления предрасположенности к генетическим вариантам при тяжелом заболевании COVID-19. [45] Используя новую методику, исследователи из China National GeneBank секвенировали библиотеки без ПЦР на массивах DNBSEQ без ПЦР от MGI, чтобы впервые получить истинное секвенирование всего генома без ПЦР . [46] MGISEQ-2000 использовался при секвенировании РНК отдельных клеток для изучения основного патогенеза и выздоровления у пациентов с COVID-19, как опубликовано в Nature Medicine . [47]

Сравнение

Текущие предложения в области технологий секвенирования ДНК демонстрируют доминирующего игрока: Illumina (декабрь 2019 г.), за которой следуют PacBio , MGI и Oxford Nanopore .

Ссылки

  1. ^ Кук-Диган, Роберт Маллан (1991). «Истоки проекта генома человека». FASEB Journal . 5 (1). Вашингтонский университет: 8–11. doi : 10.1096/fasebj.5.1.1991595 . PMID  1991595. S2CID  37792736. Получено 20 октября 2014 г.
  2. ^ abc Metzker, ML (2005). «Развивающиеся технологии в секвенировании ДНК». Genome Res . 15 (12): 1767–1776. doi : 10.1101/gr.3770505 . PMID  16339375.
  3. ^ ab Hutchison, CA III. (2007). «Секвенирование ДНК: от скамьи до постели больного и дальше». Nucleic Acids Res . 35 (18): 6227–6237. doi :10.1093/nar/gkm688. PMC 2094077. PMID  17855400. 
  4. ^ ab FS Collins; M. Morgan; A. Patrinos (2003). «Проект генома человека: уроки крупномасштабной биологии». Science . 300 (5617): 286–290. Bibcode :2003Sci...300..286C. doi :10.1126/science.1084564. PMID  12690187. S2CID  22423746.
  5. ^ abcd Куэйл, Майкл А.; Смит, Мириам; Коупленд, Пол; Отто, Томас Д.; Харрис, Саймон Р.; Коннор, Томас Р.; Бертони, Анна; Свердлов, Гарольд П.; Гу, Йонг (2012-07-24). "Рассказ о трех платформах секвенирования следующего поколения: сравнение секвенаторов Ion Torrent, Pacific Biosciences и Illumina MiSeq". BMC Genomics . 13 (1): 341. doi : 10.1186/1471-2164-13-341 . ISSN  1471-2164. PMC 3431227 . PMID  22827831. 
  6. ^ Майкл А. Куэйл; Иванка Козарева; Фрэнсис Смит; Эйлвин Скалли; Филип Дж. Стивенс; Ричард Дурбин; Гарольд Свердлов; Дэниел Дж. Тернер (2008). «Улучшения системы секвенирования Illumina в крупном геномном центре». Nat Methods . 5 (12): 1005–1010. doi :10.1038/nmeth.1270. PMC 2610436 . PMID  19034268. 
  7. ^ Ли, Хэн; Жуан, Цзюэ; Дурбин, Ричард (2008-11-01). «Картирование коротких прочтений ДНК-секвенирования и вызов вариантов с использованием оценок качества картирования». Genome Research . 18 (11): 1851–1858. doi :10.1101/gr.078212.108. ISSN  1088-9051. PMC 2577856 . PMID  18714091. 
  8. ^ Gilbert W, Maxam A (1973). «Последовательность нуклеотидов оператора lac». Proc Natl Acad Sci USA . 70 (12): 13581–3584. Bibcode : 1973PNAS...70.3581G. doi : 10.1073/pnas.70.12.3581 . PMC 427284. PMID  4587255 . 
  9. ^ Sanger F, Coulson AR (май 1975). "Быстрый метод определения последовательностей в ДНК с помощью синтеза с использованием ДНК-полимеразы". J. Mol. Biol . 94 (3): 441–8. doi :10.1016/0022-2836(75)90213-2. PMID  1100841.
  10. ^ abcdefghijk Линь Лю; Инху Ли; Силян Ли; Ни Ху; Иминь Хе; Рэй Понг; Данни Линь; Лихуа Лу; Мэгги Лоу (2012). «Сравнение систем секвенирования следующего поколения». Журнал биомедицины и биотехнологии . 2012 : 251364. doi : 10.1155/2012/251364 . PMC 3398667. PMID  22829749 . 
  11. ^ "Продукты: 454 Life Sciences, компания Roche". Архивировано из оригинала 2012-09-13 . Получено 2012-09-05 .
  12. ^ "Продукты - Система GS FLX+: 454 Life Sciences, компания Roche". Архивировано из оригинала 2012-09-05 . Получено 2012-09-05 .
  13. ^ "Продукты - GS Junior System: 454 Life Sciences, a Roche Company". Архивировано из оригинала 2012-09-13 . Получено 2012-09-05 .
  14. ^ Мардис, Элейн Р. (1 сентября 2008 г.). «Методы секвенирования ДНК следующего поколения». Annual Review of Genomics and Human Genetics . 9 (1): 387–402. doi :10.1146/annurev.genom.9.081307.164359. PMID  18576944. S2CID  2484571.
  15. ^ "Roche закрывает бизнес по секвенированию 454". GenomeWeb . 2013-10-15.
  16. ^ Дэвис, Кевин (23 апреля 2013 г.). «Roche закрывает исследовательские программы NGS третьего поколения». Публикации - Bio-IT World .
  17. ^ abcd "Продукты - Аналитическое программное обеспечение: 454 Life Science, компания Roche". Архивировано из оригинала 2009-02-19 . Получено 2013-10-23 .
  18. ^ Руководство по программному обеспечению системы геномного секвенатора FLX, версия 2.3
  19. ^ Марсиаль, Джин Г. (6 ноября 2006 г.). «Прогресс Solexa — в генах». Bloomberg . Получено 10 января 2022 г.
  20. ^ «Системы секвенирования и микрочипов». www.illumina.com .
  21. ^ "Applied Biosystems - US". www.thermofisher.com .
  22. ^ "Секвенирование по Сэнгеру и анализ фрагментов по CE - US". www.thermofisher.com .
  23. ^ "Ион Торрент".
  24. ^ «Генетический анализатор Applied Biosystems SeqStudio — США».
  25. ^ "Applied Biosystems - US". www.thermofisher.com .
  26. ^ "Секвенирование - США". www.thermofisher.com .
  27. ^ Браун, Росс Д.; Хо, П. Джой (2008-02-01). Множественная миелома: методы и протоколы. Springer Science & Business Media. ISBN 978-1-59259-916-5.
  28. ^ "GenomeLab GeXP manual" (PDF) . Колледж Медгара Эверса , Городской университет Нью-Йорка . Август 2014 г. Архивировано (PDF) из оригинала 2021-12-05.
  29. ^ Rai, Alex J.; Kamath, Rashmi M.; Gerald, William; Fleisher, Martin (29 октября 2008 г.). «Аналитическая проверка анализатора GeXP и разработка рабочего процесса для обнаружения биомаркеров рака с использованием мультиплексного профилирования экспрессии генов». Аналитическая и биоаналитическая химия . 393 (5): 1505–1511. doi :10.1007/s00216-008-2436-7. PMID  18958454. S2CID  46721686.
  30. ^ Beckman Coulter, Inc - Система генетического анализа GenomeLab GeXP [ мертвая ссылка ]
  31. ^ "PacBio Sequel Systems".
  32. ^ Корен, С.; Шатц, М.С.; Валенц, Б.П.; Мартин, Дж.; Говард, Дж.Т.; Ганапати, Г.; Ванг, З.; Раско, Д.А.; Маккомби, В.Р.; Джарвис, Э.Д.; Филлиппи, А.М. (1 июля 2012 г.). «Гибридная коррекция ошибок и сборка de novo прочтений секвенирования одной молекулы». Nature Biotechnology . 30 (7): 693–700. doi :10.1038/nbt.2280. PMC 3707490 . PMID  22750884. 
  33. ^ Чин, Чен-Шань; Александр, Дэвид Х.; Маркс, Патрик; Кламмер, Аарон А.; Дрейк, Джеймс; Хайнер, Шерил; Клам, Алисия; Коупленд, Алекс; Хаддлстон, Джон; Эйхлер, Эван Э.; Тернер, Стивен В.; Корлах, Джонас (2013). «Негибридные, законченные сборки микробного генома из данных секвенирования SMRT с длинными прочтениями». Nature Methods . 10 (6): 563–569. doi :10.1038/nmeth.2474. PMID  23644548. S2CID  205421576.
  34. ↑ Крол, Аарон (1 октября 2015 г.). «Достойное продолжение: новая система секвенирования PacBio».
  35. ^ «PacBio запускает высокопроизводительную и недорогую систему секвенирования отдельных молекул». Октябрь 2015 г.
  36. ^ Гаскилл, Мелисса (29 августа 2016 г.). «Первое секвенирование ДНК в космосе — переломный момент». NASA . Получено 26 октября 2016 г.
  37. ^ Тайлер, Андреа Д.; Матасейе, Лора; Урфано, Шантель Дж.; Шмидт, Лиза; Антонейшн, Ким С.; Малви, Майкл Р.; Корбетт, Синди Р. (2018-07-19). "Оценка устройства секвенирования MinION компании Oxford Nanopore для приложений секвенирования всего генома микроорганизмов". Scientific Reports . 8 (1): 10931. Bibcode :2018NatSR...810931T. doi :10.1038/s41598-018-29334-5. ISSN  2045-2322. PMC 6053456 . PMID  30026559. 
  38. ^ Jain, Miten; Koren, Sergey; Miga, Karen H .; Quick, Josh; Rand, Arthur C.; Sasani, Thomas A.; Tyson, John R.; Beggs, Andrew D.; Dilthey, Alexander T.; Fiddes, Ian T.; Malla, Sunir (29 января 2018 г.). «Нанопоровое секвенирование и сборка человеческого генома со сверхдлинными прочтениями». Nature Biotechnology . 36 (4): 338–345. doi :10.1038/nbt.4060. ISSN  1546-1696. PMC 5889714. PMID 29431738  . 
  39. ^ "Секвенатор ДНК MinION USB-size проходит испытания в реальных условиях". Engadget . 19 сентября 2014 г. Получено 2021-12-05 .
  40. ^ Лу, Хэнъюнь; Джордано, Франческа; Нин, Земин (2016-10-01). «Oxford Nanopore MinION Sequencing and Genome Assembly». Геномика, протеомика и биоинформатика . SI: Большие данные и точная медицина. 14 (5): 265–279. doi :10.1016/j.gpb.2016.05.004. ISSN  1672-0229. PMC 5093776. PMID 27646134  . 
  41. ^ "Новый метод помогает карманному ДНК-секвенатору достичь почти идеальной точности". ScienceDaily . Получено 2021-12-05 .
  42. ^ Регаладо, Антонио (17 сентября 2014 г.). «Радикально новый секвенатор ДНК наконец-то попал в руки исследователей». Обзор технологий . Получено 3 октября 2014 г.
  43. ^ ЛеМье, Джулианна; доктор философии (2020-12-03). «Геномный анализ переходит на новый уровень». GEN - Новости генной инженерии и биотехнологии . Получено 20-12-2021 .
  44. ^ Ким, Хак-Мин; Чон, Сонвон; Чон, Оксунг; Джун, Дже Хун; Ким, Хуэй-Су; Блазит, Аста; Ли, Хванг-Ёль; Ю, Ёнсок; Чо, Юн Сон; Больсер, Дан М; Бхак, Чон (2021-03-01). "Сравнительный анализ 7 платформ секвенирования с коротким прочтением с использованием корейского референсного генома: эталон секвенирования MGI и Illumina для секвенирования всего генома". GigaScience . 10 (3): giab014. doi :10.1093/gigascience/giab014. ISSN  2047-217X. PMC 7953489 . PMID  33710328. 
  45. ^ C Anukam, Kingsley; E Bassey, Bassey (2020). «Генетические варианты предрасположенности к тяжелой болезни COVID-19, выявленные у здорового нигерийского мужчины с использованием платформы Nebula Genomics Gene.iobio» (PDF) . Журнал медицинской лабораторной науки . 30 (4): 62–75. doi :10.5281/zenodo.4399050. ISSN  1116-1043. S2CID  244988198.
  46. ^ Шен, Ханджи; Лю, Пэнцзюань; Ли, Чжаньцин; Чен, Фанг; Цзян, Хуэй; Ши, Шиминг; Си, Ян; Ли, Цяолин; Ван, Сяоцзюэ; Чжао, Цзин; Лян, Синьмин; Се, Иньлун; Ван, Линь; Тиан, Венлань; Бернтсен, Тэм; Алексеев Андрей; Ло, Иньлин; Гонг, Мэйхуа; Ли, Цзигуан; Сюй, Чхонджун; Баруа, Нина; Дрманац, Снежана; Дай, Сидзе; Ми, Зилан; Рен, Хан; Линь, Чжэ; Чен, Ао; Чжан, Вэньвэй; Му, Фэн; Сюй, Сюнь; Чжао, Ся; Цзян, Юань; Дрманац, Радое (23 декабря 2019 г.). «Усовершенствованное секвенирование всего генома с использованием рабочего процесса массового параллельного секвенирования без ПЦР». bioRxiv 10.1101/2019.12.20.885517 . 
  47. ^ Ляо, Минфэн; Лю, Ян; Юань, Цзин; Вэнь, Яньлин; Сюй, Банда; Чжао, Цзюаньцзюань; Ченг, Лин; Ли, Цзиньсю; Ван, Синь; Ван, Фусян; Лю, Лэй (12 мая 2020 г.). «Одноклеточный пейзаж бронхоальвеолярных иммунных клеток у пациентов с COVID-19». Природная медицина . 26 (6): 842–844. дои : 10.1038/s41591-020-0901-9 . ISSN  1546-170Х. PMID  32398875. S2CID  218593518.
  48. ^ Шендуре, Дж.; Джи, Х. (2008). «Секвенирование ДНК следующего поколения». Nat. Biotechnol . 26 (10): 1135–1145. doi :10.1038/nbt1486. ​​PMID  18846087. S2CID  6384349.
  49. ^ Кароу, Джулия (2010-03-02). «Ion Torrent Systems представляет электронный секвенатор стоимостью 50 000 долларов на выставке AGBT». GenomeWeb .
  50. ^ "Ion PGM - Ion Torrent". Архивировано из оригинала 2012-09-20 . Получено 13-02-2013 .
  51. ^ "Главная - PacBio - Секвенирование с уверенностью". PacBio .
  52. ^ Сунь, Сяохуань; Ван, Цзинцзин; Фанг, Чао; Ли, Цзигуан; Хан, Мо; Вэй, Сяофан; Чжэн, Хаотянь; Ло, Сяоцин; Гонг, Мэйхуа; Сяо, Лян; Ху, Юэхуа; Сон, Цевэй (03 июля 2020 г.). «Эффективное и стабильное секвенирование метабаркодирования с помощью секвенатора DNBSEQ-G400, проверенное в результате анализа большого грибкового сообщества». bioRxiv 10.1101/2020.07.02.185710 .