Герцог Иоганн Вильгельм Саксен-Альтенбургский (родился 13 апреля 1600 года в Торгау — умер 2 декабря 1632 года за пределами Бжега ) был членом эрнестинской ветви дома Веттинов и титулярным герцогом Саксен-Альтенбургским и Юлих-Клеве-Бергом .
Иоганн Вильгельм был вторым сыном герцога Фридриха Вильгельма I Саксен-Веймарского (1562–1602) от его второго брака с Анной Марией (1575–1643), дочерью Филиппа Людвига, пфальцграфа Нойбургского .
После смерти отца Иоганн Вильгельм унаследовал герцогство Саксен-Альтенбургское совместно со своими братьями Иоганном Филиппом , Фридрихом и Фридрихом Вильгельмом II . Первоначально опеку над принцами взяли на себя курфюрст Саксонии и их дядя Иоганн II . После смерти Иоганна II в 1605 году курфюрст стал их единственным опекуном.
После войны за Юлихское наследство братья были наделены Юлихом, Клеве и Бергом. Однако они были только номинально герцогами и взяли герб. В 1612 году братья отправились в Лейпцигский университет, чтобы завершить свое образование. В 1618 году старший брат Иоганн Филипп достиг совершеннолетия и начал править самостоятельно. Младшие братья договорились, что он будет править единолично, в обмен на финансовую компенсацию. Первоначально соглашение было заключено на ограниченное количество лет. Однако в 1624 году оно было продлено на неопределенный срок. Иоганн Вильгельм совершил свое Гранд-тур по Италии, Голландии, Франции, Англии и Венгрии вместе со своим братом Фридрихом Вильгельмом.
В Тридцатилетнюю войну Иоганн Вильгельм служил полковником в саксонской армии. В 1632 году он умер от лихорадки в военном лагере под Бжегом . Похоронен в церкви Святой Софии в Дрездене.