stringtranslate.com

Номер ферментной комиссии

Номер Комиссии по ферментам ( номер EC ) представляет собой числовую классификационную схему ферментов , основанную на химических реакциях, которые они катализируют . [1] В системе номенклатуры ферментов каждый номер EC связан с рекомендуемым названием соответствующей реакции, катализируемой ферментом.

Номера EC обозначают не ферменты, а реакции, катализируемые ферментами. Если разные ферменты (например, из разных организмов) катализируют одну и ту же реакцию, то они получают одинаковый номер ЕС. [2] Более того, в результате конвергентной эволюции совершенно разные белковые складки могут катализировать идентичную реакцию (их иногда называют негомологичными изофункциональными ферментами ) [3] и, следовательно, им будет присвоен один и тот же номер EC. Идентификаторы UniProt , напротив, однозначно определяют белок по его аминокислотной последовательности. [4]

Формат числа

Каждый код фермента состоит из букв «EC», за которыми следуют четыре цифры, разделенные точками. Эти цифры представляют собой более точную классификацию фермента. Предварительные номера ЕС существуют и содержат букву «n» как часть четвертой (порядковой) цифры (например, EC 3.5.1.n3). [2]

Например, трипептидаминопептидазы имеют код «ЕС 3.4.11.4», компоненты которого обозначают следующие группы ферментов:

Коды верхнего уровня

Примечание: Классификационный номер фермента отличается от «НОМЕР ФОРМАТА».

Сходство реакции

Сходство между ферментативными реакциями можно рассчитать, используя изменения связей, реакционные центры или показатели субструктуры (ранее EC-BLAST), теперь ферментный портал EMBL-EBI). [6]

История

До разработки системы нумерации EC ферменты назывались произвольным образом, и широко использовались такие названия, как старый желтый фермент и яблочный фермент , которые мало или вообще не дают подсказки о том, какая реакция катализируется. Большинство из этих названий вышли из употребления, хотя некоторые, особенно протеолитические ферменты с очень низкой специфичностью, такие как пепсин и папаин , все еще используются, поскольку рациональная классификация на основе специфичности была очень сложной.

К 1950-м годам хаос стал невыносимым, и после того, как Хоффман-Остенхоф [7] , Диксон и Уэбб [8] предложили несколько схожие схемы классификации реакций, катализируемых ферментами, Международный биохимический конгресс в Брюсселе учредил Комиссию по ферментам под руководством председательство Малкольма Диксона в 1955 году. Первая версия была опубликована в 1961 году, и в то время Комиссия по ферментам была распущена, хотя ее название сохранилось в термине EC Number . Текущее шестое издание, опубликованное Международным союзом биохимии и молекулярной биологии в 1992 году как последняя версия, опубликованная в виде печатной книги, содержит 3196 различных ферментов. Приложения 1–4 были опубликованы в 1993–1999 гг. Последующие приложения были опубликованы в электронном виде на сайте Номенклатурного комитета Международного союза биохимии и молекулярной биологии. [5] В августе 2018 года IUBMB модифицировал систему, добавив категорию EC 7 верхнего уровня, содержащую транслоказы. [9]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Уэбб, ЕС (1992). Номенклатура ферментов 1992: рекомендации Номенклатурного комитета Международного союза биохимии и молекулярной биологии по номенклатуре и классификации ферментов . Академическая пресса. ISBN 978-0-12-227164-9.
  2. ^ ab «ЭНЗИМ (база данных номенклатуры ферментов)» . ЭксПАСи. Архивировано из оригинала 21 марта 2019 года . Проверено 24 апреля 2019 г.
  3. ^ Омельченко М.В., Гальперин М.Ю., Вольф Ю.И., Кунин Е.В. (2010). «Номологичные изофункциональные ферменты: систематический анализ альтернативных решений в эволюции ферментов». Биология Директ . 5 (1): 31. дои : 10.1186/1745-6150-5-31 . ПМК 2876114 . ПМИД  20433725. 
  4. ^ Апвейлер Р., Байрох А., Ву Ч., Баркер В.К., Бекманн Б., Ферро С., Гастайгер Е., Хуан Х., Лопес Р., Магран М., Мартин М.Дж., Натале Д.А., О'Донован С., Редаски Н., Йе Л.С. (январь 2004 г.) ). «UniProt: универсальная база знаний по белкам». Исследования нуклеиновых кислот . 32 (Проблема с базой данных): D115–9. дои : 10.1093/nar/gkh131. ПМК 308865 . ПМИД  14681372. 
  5. ^ аб Мосс ГП. «Рекомендации Номенклатурного комитета». Международный союз биохимии и молекулярной биологии о номенклатуре и классификации ферментов по реакциям, которые они катализируют. Архивировано из оригинала 10 сентября 2018 г. Проверено 14 марта 2006 г.
  6. ^ Рахман С.А., Куэста С.М., Фернхэм Н., Холлидей Г.Л., Торнтон Дж.М. (февраль 2014 г.). «EC-BLAST: инструмент для автоматического поиска и сравнения ферментативных реакций». Природные методы . 11 (2): 171–174. дои : 10.1038/nmeth.2803. ПМК 4122987 . ПМИД  24412978. 
  7. ^ Хоффман-Остенхоф, О (1953). «Предложения по более рациональной классификации и номенклатуре ферментов». Достижения в области энзимологии и смежных вопросов биохимии . 14 : 219–260. дои : 10.1002/9780470122594.ch7. ISBN 9780470122594. ПМИД  13057718.
  8. ^ Диксон, М; Уэбб, EC (1958). Ферменты . Лондон: Лонгманс Грин. стр. 183–227.
  9. ^ Типтон, Кейт (август 2018 г.). «Новости ферментной номенклатуры: транслоказы (EC 7): новый класс EC». ExplorEnz: основной источник списка ферментов IUBMB. Архивировано из оригинала 10 сентября 2018 года . Проверено 3 ноября 2018 г.

Внешние ссылки

Викиданные обладают свойством:
  • Номер фермента ЕС (P591) (см. раздел «Использование» )