stringtranslate.com

Энсифер (бактерия)

Ensifer (часто называемый в литературе синонимом Sinorhizobium ) — род азотфиксирующих бактерий ( ризобий ), три из которых ( Ensifer meliloti , [22] [23] Ensifer medicae [24] и Ensifer fredii [25] [26] ] ) были секвенированы.

Этимология

Родовой эпитет Ensifer происходит от латинского существительного ensifer , «меченосец». [3] Синоним Sinorhizobium представляет собой комбинацию средневекового латинского существительного sino («Китай»), классического греческого существительного rhiza («корень») и классического греческого существительного bium («жизнь»). Таким образом, неолатинский родовой эпитет синонима Sinorhizobium означает « ризобий, выделенный из Китая», что, в свою очередь, относится к родственному роду Rhizobium («форма жизни, связанная с корнем»). [18] [9]

Правильное имя

Название Ensifer было опубликовано в 1982 году, а название Sinorhizobium - в 1988 году, поэтому последнее считается более поздним синонимом, а по правилам Бактериологического кодекса (пересмотр 1990 года) Международного комитета по систематике прокариотов (ICSP) более старый имя ( Ensifer ) имеет приоритет. [27] В ответ на просьбу о переносе единственного существующего вида Ensifer ( Ensifer adhaerens ) в Sinorhizobium , для оценки запроса был сформирован специальный подкомитет ICSP. В конечном итоге было решено, что Ensifer сохранит приоритет и что все виды Sinorhizobium будут переведены в род Ensifer . [28] [29] Однако оба термина продолжают использоваться в опубликованной научной литературе, причем более распространенным является Sinorhizobium . [30]

Устаревшие виды

Были описаны два вида, которые с тех пор были реклассифицированы в существующие виды: Sinorhizobium morelense (ныне Ensifer adhaerens ) [27] [31] и Sinorhizobium xinjiangense (ныне Ensifer fredii [32] [33] — хотя существуют некоторые разногласия [16] [34] ] ).

Филогения

Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN). [18] [19] Следующая филогения основана на анализе всего генома. [35]

Эта филогения основана на ограниченном анализе 16S рибосомальной РНК . [35]

Рекомендации

  1. ^ ab Огасавара М, Сузуки Т, Муто И, Аннапурна К, Арора Н.К., Нисимура Ю, Махешвари Д.К. (2003). « Sinorhizobium indiaense sp. nov. и Sinorhizobium abri sp. nov., выделенные из тропических бобовых, Sesbania rostrata и Abrus precatorius соответственно». Симбиоз . 34 (1): 53–68.
  2. ^ abcde Поскольку ни один типовой штамм не был представлен в международные коллекции культур, в настоящее время они не признаны действительными видами.
  3. ^ аб Касида ЛЕ (1982). «Ensifer adhaerens gen. nov., sp. nov.: бактериальный хищник бактерий в почве». Int J Syst Bacteriol . 32 (3): 339–345. дои : 10.1099/00207713-32-3-339 .
  4. ^ Толедо I, Льорет Л, Мартинес-Ромеро Э (март 2003 г.). « Sinorhizobium americanus sp. nov., новый вид Sinorhizobium , образующий клубеньки местных видов Acacia в Мексике». Систематическая и прикладная микробиология . 26 (1): 54–64. дои : 10.1078/072320203322337317. ПМИД  12747410.
  5. ^ ab Ник Г., де Лажуди П., Эрдли Б.Д., Суомалайнен С., Паулин Л., Чжан Х., Гиллис М., Линдстрем К. (октябрь 1999 г.). «Sinorhizobium arboris sp. nov. и Sinorhizobium kostiense sp. nov., выделенные из бобовых деревьев в Судане и Кении». Международный журнал систематической бактериологии . 49 (Часть 4): 1359–68. дои : 10.1099/00207713-49-4-1359 . ПМИД  10555313.
  6. ^ Ле Кере А., Так Н., Гелот Х.С., Лавир С., Мейер Т., Шапульо Д., Рати С., Сакруи И., Роша Г., Ромер М., Северак Д. (2017). «Геномная характеристика Ensifer aridi, предлагаемого нового вида азотфиксирующих ризобий, извлеченного из азиатских, африканских и американских пустынь». БМК Геномика . 18 (1): 85. дои : 10.1186/s12864-016-3447-y . ПМЦ 5237526 . ПМИД  28088165. 
  7. ^ Роша Г., Ле Кер А., Медина А., Куэльяр А., Контрерас Х.Л., Каррено Р., Бустильос Р., Муньос-Рохас Дж., Вильегас, МД, Шейнтрей С., Дрейфус Б., Мунив Х.А. (2020). «Разнообразие и фенотипический анализ соле- и жароустойчивых диких бобов Phaseolus filiformis rhizobia, произрастающих на песчаном пляже в Нижней Калифорнии, и описание Ensifer aridi sp. nov». Арка Микробиол . 202 (2): 309–322. дои : 10.1007/s00203-019-01744-7. ПМК 7012998 . ПМИД  31659382. 
  8. ^ Ринкон-Росалес Р., Льорет Л., Понсе Э., Мартинес-Ромеро Э. (январь 2009 г.). «Ризобии с различной эффективностью симбиоза образуют клубеньки Acaciella angustissima в Мексике, включая Sinorhizobium chiapanecum sp. nov., который имеет общие симбиотические гены с Sinorhizobium mexicanum». ФЭМС Микробиология Экология . 67 (1): 103–17. дои : 10.1111/j.1574-6941.2008.00590.x. ПМК 2784085 . ПМИД  19120461. 
  9. ^ Аб Чен WX, Ян GH, Ли JL (1988). «Численное таксономическое исследование быстрорастущих ризобий сои и предложение отнести Rhizobium fredii к Sinorhizobium gen. nov». Int J Syst Bacteriol . 38 (4): 392–397. дои : 10.1099/00207713-38-4-392 .
  10. ^ ab Yan H, Yan J, Sui XH, Wang ET, Chen WX, Zhang XX, Chen WF (апрель 2016 г.). «Ensifer глицинис sp. nov., новый вид ризобий, связанный с Glycine spp». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 60 (Часть 3): 2910–6. дои : 10.1099/ijsem.0.001120 . ПМИД  27125987.
  11. ^ Мерабет С, Мартенс М, Махди М, Захия Ф, Си А, Ле Ру С, Домерг О, Купман Р, Бекки А, Марс М, Виллемс А, де Лажуди П (март 2010 г.). «Анализ мультилокусной последовательности изолятов корневых клубеньков Lotus arabicus (Сенегал), Lotus creticus, Argyrolobium uniflorum и Medicago sativa (Тунис) и описание Ensifer numidicus sp. nov. и Ensifer garamanticus sp. nov.». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 60 (Часть 3): 664–74. дои : 10.1099/ijs.0.012088-0 . hdl : 1854/LU-936490 . ПМИД  19656922.
  12. ^ Вэй GH, Ван ET, Тан ZY, Чжу МЭ, Чен WX (ноябрь 2002 г.). «Rhizobium indigoferae sp. nov. и Sinorhizobium kummerowiae sp. nov., выделенные из видов Indigofera и Kummerowia stipulacea соответственно». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 52 (Часть 6): 2231–9. дои : 10.1099/00207713-52-6-2231 . ПМИД  12508892.
  13. ^ Рим С., Фернандес член парламента, Брюнель Б., Норманд П., Клейет-Марел Дж.К. (октябрь 1996 г.). «Sinorhizobium medicae sp. nov., выделенный из однолетних видов Medicago». Международный журнал систематической бактериологии . 46 (4): 972–80. дои : 10.1099/00207713-46-4-972 . ПМИД  8863426.
  14. ^ abc de Lajudie P, Виллемс А, Пот Б, Деветтинк Д, Маэстрохуан Г, Нейра М, Коллинз МД, Дрейфус Б, Керстерс К, Гиллис М (1994). «Полифазная таксономия ризобий: исправление рода Sinorhizobium и описание Sinorhizobium meliloti comb. nov., Sinorhizobium saheli sp. nov. и Sinorhizobium teranga sp. nov.». Int J Syst Bacteriol . 44 (4): 715–733. дои : 10.1099/00207713-44-4-715 .
  15. ^ Льорет Л, Орменьо-Оррильо Э, Ринкон Р, Мартинес-Ромеро Дж, Рогель-Эрнандес М.А., Мартинес-Ромеро Э (июнь 2007 г.). « Ensifer mexicanus sp. nov., новый вид, образующий клубеньки Acacia angustissima (Mill.) Kuntze в Мексике». Систематическая и прикладная микробиология . 30 (4): 280–90. дои : 10.1016/j.syapm.2006.12.002. ПМИД  17293074.
  16. ^ abc Ван YC, Ван Ф, Хоу BC, Ван ET, Чен ВФ, Суй XH, Чен WX, Ли Ю, Чжан YB (октябрь 2013 г.). «Предложение Ensifer psoraleae sp. Nov., Ensifer sesbaniae sp. Nov., Ensifer morelense Comb. Nov. и Ensifer americanum Comb. Nov.». Систематическая и прикладная микробиология . 36 (7): 467–73. дои : 10.1016/j.syapm.2013.05.001. ПМИД  23759600.
  17. ^ Ли QQ, Ван ET, Чанг YL, Чжан YZ, Чжан ЮМ, Суй XH, Чен WF, Чен WX (август 2011 г.). « Ensifer sojae sp. nov., выделенный из корневых клубеньков Glycine max, выращенных на солончако-щелочных почвах». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 61 (Часть 8): 1981–8. дои : 10.1099/ijs.0.025049-0. ПМИД  20851917.
  18. ^ abc Эзеби JP. «Синоризобиум». Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 2 мая 2012 г.
  19. ^ abc Эзеби JP. «Энсифер». Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 2 мая 2012 г.
  20. ^ Balkwill DL (2005). «Энсифер Касида 1982, 343ВП». В Brenner DJ, Krieg NR, Garrity GM, Staley JT, Boone DR, De Vos P, Goodfellow M, Rainey FA, ​​Schleifer KH (ред.). Руководство Берджи по систематической бактериологии, том второй: протеобактерии, часть C: альфа-, бета-, дельта- и эпсилонпротеобактерии . Нью-Йорк, Нью-Йорк: Спрингер. стр. 354–361. дои : 10.1007/0-387-29298-5_87. ISBN 978-0-387-24145-6.
  21. ^ Куйкендалл Л.Д., Хашем FM, Ван ET (2005). «Sinorhizobium Chen, Yan and Li 1988b, 396VP, исправление. de Lajudie, Willems, Pot, Dewettinck, Maestrojuan, Neyra, Collins, Dreyfus, Kersters and Gillis 1994, 732». В Brenner DJ, Krieg NR, Garrity GM, Staley JT, Boone DR, De Vos P, Goodfellow M, Rainey FA, ​​Schleifer KH (ред.). Руководство Берджи по систематической бактериологии, том второй: протеобактерии, часть C: альфа-, бета-, дельта- и эпсилонпротеобактерии . Нью-Йорк, Нью-Йорк: Спрингер. стр. 358–361. дои : 10.1007/0-387-29298-5_88. ISBN 978-0-387-24145-6.
  22. ^ Галиберт Ф., Финан Т.М., Лонг С.Р., Пулер А., Абола П., Ампе Ф. и др. (июль 2001 г.). «Композитный геном симбионта бобовых Sinorhizobium meliloti ». Наука . 293 (5530): 668–72. дои : 10.1126/science.1060966. PMID  11474104. S2CID  18580010.
  23. ^ "Страница генома NCBI Sinorhizobium meliloti" . Национальный центр биотехнологической информации (NCBI).
  24. ^ "Страница генома NCBI Sinorhizobium medicae" . Национальный центр биотехнологической информации (NCBI).
  25. ^ Шмайссер С, Лизеганг Х, Крыщак Д, Бакку Н, Ле Кере А, Вольхерр А, Хайнемейер И, Моргенштерн Б, Поммеренинг-Рёзер А, Флорес М, Паласиос Р, Бреннер С, Готшалк Г, Шмитц Р.А., Бротон В.Дж., Перре X, Strittmatter AW, Streit WR (июнь 2009 г.). «Штамм Rhizobium sp. NGR234 обладает замечательным количеством систем секреции». Прикладная и экологическая микробиология . 75 (12): 4035–45. Бибкод : 2009ApEnM..75.4035S. дои : 10.1128/АЕМ.00515-09. ПМЦ 2698369 . ПМИД  19376903. 
  26. ^ "Страница генома NCBI Sinorhizobium fredii" . Национальный центр биотехнологической информации (NCBI).
  27. ^ ab Young JM (ноябрь 2003 г.). «Название рода Ensifer Casida 1982 имеет приоритет над Sinorhizobium Chen et al. 1988, а Sinorhizobium morelense Wang et al. 2002 является более поздним синонимом Ensifer adhaerens Casida 1982. Является ли комбинация «Sinorhizobium adhaerens» (Casida 1982) Willems et al. 2003 законный? Запрос на мнение». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 53 (Часть 6): 2107–10. дои : 10.1099/ijs.0.02665-0 . ПМИД  14657154.
  28. ^ Линдстрем К., Мартинес-Ромеро М.Э. (2002). «Подкомитет Международного комитета по систематике прокариот по таксономии Agrobacterium и Rhizobium. Протокол заседания, 4 июля 2001 г., Гамильтон, Канада». Int J Syst Bacteriol . 52 (6): 2337. doi : 10.1099/ijs.0.02524-0 .
  29. ^ Судебная комиссия Международного комитета по систематике прокариотов (август 2008 г.). «Название рода Sinorhizobium Chen et al. 1988 является более поздним синонимом Ensifer Casida 1982 и не сохраняется по сравнению с последним названием рода, а видовое название Sinorhizobium adhaerens не опубликовано. Мнение 84». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 58 (Часть 8): 1973. doi : 10.1099/ijs.0.2008/005991-0 . ПМИД  18676490.
  30. ^ Молодой JPW. (9 февраля 2013 г.). «Ризобиум: пишем о бактериях и их геномах». WordPress .
  31. ^ Ван Э.Т., Тан З.Ю., Виллемс А., Фернандес-Лопес М., Рейнхольд-Хурек Б., Мартинес-Ромеро Э. (сентябрь 2002 г.). « Sinorhizobium morelense sp. nov., бактерия, ассоциированная с Leucaena leucocephala , обладающая высокой устойчивостью к множеству антибиотиков». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 52 (Часть 5): 1687–93. дои : 10.1099/ijs.0.01954-0. hdl : 10261/109835 . ПМИД  12361275.
  32. ^ Пэн GX, Тан ZY, Ван ET, Рейнхольд-Хурек Б, Чен ВФ, Чен WX (март 2002 г.). «Идентификация изолятов из клубеньков сои в регионе Синьцзян как Sinorhizobium xinjiangense и генетическая дифференциация S. xinjiangense от Sinorhizobium fredii». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 52 (Часть 2): 457–62. дои : 10.1099/00207713-52-2-457 . ПМИД  11931157.
  33. ^ Мартенс М., Давиндт П., Купман Р., Гиллис М., Де Вос П., Виллемс А. (январь 2008 г.). «Преимущества анализа мультилокусных последовательностей для таксономических исследований: тематическое исследование с использованием 10 генов домашнего хозяйства рода Ensifer (включая бывший Sinorhizobium)». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 58 (Часть 1): 200–14. дои : 10.1099/ijs.0.65392-0 . ПМИД  18175710.
  34. ^ Мартенс М., Делар М., Купман Р., Де Вос П., Гиллис М., Виллемс А. (март 2007 г.). «Анализ мультилокусных последовательностей Ensifer и родственных таксонов». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 57 (Часть 3): 489–503. дои : 10.1099/ijs.0.64344-0 . ПМИД  17329774.
  35. ^ Аб Хёрдт, Антон; Лопес, Марина Гарсия; Мейер-Колтхофф, Ян П.; Шлейнинг, Марсель; Вайнхольд, Лиза-Мария; Тиндалл, Брайан Дж.; Гронов, Сабина; Кирпидес, Никос К.; Войке, Таня; Гёкер, Маркус (7 апреля 2020 г.). «Анализ более 1000 геномов типовых штаммов существенно улучшает таксономическую классификацию альфапротеобактерий». Границы микробиологии . 11 : 468. дои : 10.3389/fmicb.2020.00468 . ПМК 7179689 . ПМИД  32373076.