stringtranslate.com

Ресурс эукариотического линейного мотива

Ресурс Eukaryotic Linear Motif (ELM) — это ресурс вычислительной биологии (разработанный Европейской лабораторией молекулярной биологии (EMBL)) для исследования коротких линейных мотивов (SLiM) в эукариотических белках . [2] [3] В настоящее время это крупнейшая коллекция классов линейных мотивов с аннотированными и экспериментально подтвержденными примерами линейных мотивов.

Линейные мотивы определяются как шаблоны с использованием правил регулярных выражений . Эти выражения используются в конвейере предсказаний ELM, который обнаруживает предполагаемые экземпляры мотивов в последовательностях белков. Для улучшения предсказательной силы разрабатываются и применяются контекстно-ориентированные правила и логические фильтры, чтобы уменьшить количество ложных положительных совпадений.

По состоянию на 2010 год ELM содержал 146 различных мотивов, которые аннотируют более 1300 экспериментально определенных примеров в белках. [3] Текущая версия сервера ELM обеспечивает фильтрацию по клеточному отсеку, филогении, столкновению глобулярных доменов (с использованием баз данных SMART / Pfam ) и структуре. [4] Кроме того, идентифицируются и отображаются как известные примеры ELM, так и любые позиционно консервативные совпадения в последовательностях, похожих на последовательности примеров ELM.

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Динкель, Хольгер; Майкл Сушама; Уэзеритт Роберт Дж; Дэйви Норман Э; Ван Рой Ким; Альтенберг Бриджит; Тоедт Гриша; Уяр Бора; Зейлер Маркус; Бадд Эйдан; Йодике Лиза; Даммерт Марсель А; Шрётер Кристиан; Хаммер Мария; Шмидт Тобиас; Джел Питер; Макгиган Кэролайн; Дымецка Магдалена; Чика Клаудия; Удачи Катя; Виа Аллегра; Чатр-Арьямонтри Андрей; Хаслам Найл; Гребнев Глеб; Эдвардс Ричард Дж; Штайнмец Мишель О; Майзельбах Хайке; Диэлла Франческа; Гибсон Тоби Дж. (январь 2012 г.). «ELM - база данных линейных мотивов эукариот». Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Д1): Д242–Д251. doi : 10.1093/nar/gkr1064. PMC 3245074.  PMID 22110040  .
  2. ^ Puntervoll P, Linding R, Gemünd C, et al. (Июль 2003). "ELM server: A new resource for studyigating short functional sites in modular eukaryotic proteins". Nucleic Acids Res . 31 (13): 3625–30. doi :10.1093/nar/gkg545. PMC 168952. PMID  12824381 . 
  3. ^ ab Gould CM, Diella F, Via A, et al. (январь 2010 г.). "ELM: статус ресурса эукариотических линейных мотивов 2010 г.". Nucleic Acids Res . 38 (выпуск базы данных): D167–80. doi :10.1093/nar/gkp1016. PMC 2808914. PMID  19920119 . 
  4. ^ Через A, Gould CM, Gemünd C, Gibson TJ, Helmer-Citterich M (2009). "Структурный фильтр для ресурса эукариотических линейных мотивов". BMC Bioinformatics . 10 : 351. doi : 10.1186/1471-2105-10-351 . PMC 2774702. PMID  19852836 . 

Внешние ссылки