stringtranslate.com

Джулиан Гоф (ученый)

Джулиан Джон Терстан Гоф (родился в 1974 году) [2] был руководителем группы в Лаборатории молекулярной биологии (LMB) Медицинского исследовательского совета (MRC). [1] [7] [8] Ранее [ когда? ] он был профессором биоинформатики в Университете Бристоля . [9]

Образование

Гоф получил образование в Школе Персе [10] в Кембридже и в Университете Бристоля , где в 1998 году ему была присуждена совместная степень с отличием по математике и физике . [9] [10] Затем он завершил свою докторскую диссертацию в Лаборатории молекулярной биологии (ЛМБ) под руководством Сайруса Чотии по анализу генома и структуре белка в качестве аспиранта Колледжа Сиднея Сассекса в Кембридже , который окончил в 2001 году. [5]

Карьера и исследования

После получения степени доктора философии Гоф завершил постдокторское исследование в LMB и Стэнфордском университете вместе с Майклом Левиттом . Впоследствии он был ученым в RIKEN в Токио, прежде чем был назначен членом факультета в Университете Бристоля , где он работает с 2007 года. [10] Он также был приглашенным ученым в Институте Пастера в Париже и доцентом в Токийском медицинском и стоматологическом университете . [9]

Научные интересы Гофа лежат в области биоинформатики , вычислительной биологии , молекулярной биологии , геномики [1] , что привело к созданию базы данных Superfamily [11] [12] скрытых марковских моделей (HMMs), представляющих все белки известной структуры. Его исследования были опубликованы в ведущих рецензируемых научных журналах , включая Nature , [13] [14] Science , [15] [16] Cell , [17] Nucleic Acids Research , [18] [19] [20] [21] [22] PNAS , [23] [24] Biochemical Journal , [25] Journal of Molecular Biology , [26] [27] [28] Genome Research , [29] Bioinformatics , [30] PLOS Genetics , [31] Nature Genetics [32] и Journal of Bacteriology . [33]

Исследования Гофа финансировались Советом по исследованиям в области биотехнологии и биологических наук (BBSRC), Советом по исследованиям в области инженерии и физических наук (EPSRC), Советом по исследованиям в области окружающей среды (NERC), [34] Седьмой рамочной программой исследований (FP7) Европейского союза (ЕС) , Японским обществом содействия науке (JSPS) и Лондонским королевским обществом . [9]

Ссылки

  1. ^ abc Публикации Джулиана Гофа, проиндексированные Google Scholar
  2. ^ abcd "Julian GOUGH". Лондон: Companies House, Government of the United Kingdom. Архивировано из оригинала 18 июля 2016 года.
  3. ^ «Genetrainer (генетически управляемая фитнес-подготовка) в гонке за крупную технологическую награду». Университет Бристоля. 3 июня 2013 г. Архивировано из оригинала 11 ноября 2014 г.
  4. ^ Джулиан Гоф в проекте «Генеалогия математики»
  5. ^ ab Gough, Julian (2001). Скрытые марковские модели и их применение к анализу генома в контексте структуры белка (PDF) (диссертация). Кембриджский университет. OCLC  879396947. EThOS  599547. Архивировано из оригинала (PDF) 11 марта 2015 г.
  6. ^ "Каталог диссертаций библиотеки университета: Джулиан Джон Терстан Гоф". Кембриджский университет. Архивировано из оригинала 15 апреля 2015 г.
  7. ^ Джулиан Гоф на библиографическом сервере DBLP
  8. ^ Публикации Джулиана Гофа, проиндексированные в библиографической базе данных Scopus . (требуется подписка)
  9. ^ abcd "Computational Genomics Group: Professor Julian Gough". Университет Бристоля. Архивировано из оригинала 11 марта 2015 г.
  10. ^ abc "Julian Gough profile". LinkedIn . Архивировано из оригинала 15 апреля 2015 г.
  11. ^ Gough, J.; Chothia, C. (2002). «СУПЕРСЕМЕЙСТВО: HMM, представляющие все белки известной структуры. Поиски последовательностей SCOP, выравнивания и назначения генома». Nucleic Acids Research . 30 (1): 268–272. doi :10.1093/nar/30.1.268. PMC 99153. PMID  11752312. 
  12. ^ Де Лима Мораис, DA; Фанг, H.; Рэкхэм, OJL; Уилсон, D.; Петика, R.; Чотия, C .; Гоф, J. (2010). «SUPERFAMILY 1.75, включая метод онтологии генов, ориентированный на домен». Nucleic Acids Research . 39 (выпуск базы данных): D427–D434. doi :10.1093/nar/gkq1130. PMC 3013712. PMID  21062816. 
  13. ^ Консорциум FANTOM и RIKEN PMI и CLST (DGT); Форрест, Арканзас; Каваджи, Х; Рели, М; Бэйли, Дж. К.; Де Хун, MJ; Хаберле, В; Лассманн, Т; Кулаковский, ИВ; Лицио, М; Ито, М; Андерссон, Р; Мунгалл, CJ; Михан, Т.Ф.; Шмайер, С; Бертен, Н; Йоргенсен, М; Даймонт, Э; Арнер, Э; Шмидл, К; Шефер, Ю; Медведева Ю.А.; Плесси, К; Витезич, М; Северин, Дж; Семпл, С; Исидзу, Ю; Янг, РС; Франческатто, М; и др. (2014). «Атлас экспрессии млекопитающих на уровне промотора». Природа . 507 (7493): 462–70. Bibcode :2014Natur.507..462T. doi :10.1038 / nature13182. PMC 4529748. PMID  24670764. 
  14. ^ Оказаки, Ю.; Фуруно, М.; Касукава, Т.; Адачи, Дж.; Боно, Х.; Кондо, С.; Никайдо, И.; Осато, Н.; Сайто, Р.; Сузуки, Х.; Яманака, И.; Кийосава, Х.; Яги, К.; Томару, Ю.; Хасэгава, Ю.; Ногами, А.; Шенбах, К.; Годобори, Т. ; Бальдарелли, Р.; Хилл, ДП; Балт, К.; Хьюм, Д.А.; Квакенбуш, Дж .; Шримл, Л.М.; Канапин А.; Мацуда, Х.; Баталов С.; Бейзель, КВ; Блейк, Дж.А.; и др. (2002). «Анализ транскриптома мыши на основе функциональной аннотации 60 770 полноразмерных кДНК». Nature . 420 (6915): 563–573. Bibcode :2002Natur.420..563O. doi : 10.1038/nature01266 . hdl : 10161/11223 . PMID  12466851.
  15. ^ Chothia, C ; Gough, J; Vogel, C; Teichmann, SA (2003). «Эволюция белкового репертуара». Science . 300 (5626): 1701–3. Bibcode :2003Sci...300.1701C. doi :10.1126/science.1085371. PMID  12805536. S2CID  27681885.
  16. ^ Карнинчи, П; Касукава, Т; Катаяма, С; Гоф, Дж; Фрит, MC; Маэда, Н.; Ояма, Р; Раваси, Т; Ленхард, Б; Уэллс, К; Кодзиус, Р; Симокава, К; Баич, В.Б.; Бреннер, SE ; Баталов С; Форрест, Арканзас; Заволан, М; Дэвис, MJ; Уилминг, LG; Айдинис, В; Аллен, Дж. Э.; Амбези-Импиомбато, А; Апвейлер, Р .; Атуралия, РН; Бейли, ТЛ; Бансал, М; Бакстер, Л; Бейзель, КВ; Берсано, Т; и др. (2005). «Транскрипционный ландшафт генома млекопитающих». Наука . 309 (5740): 1559–63. Bibcode : 2005Sci...309.1559F. doi : 10.1126/science.1112014. PMID  16141072. S2CID  8712839.
  17. ^ Раваси, Т; Сузуки, Х; Каннистрачи, резюме; Катаяма, С; Баич, В.Б.; Тан, К; Акалин А; Шмайер, С; Канамори-Катаяма, М; Бертен, Н; Карнинчи, П; Дауб, Колорадо; Форрест, Арканзас; Гоф, Дж; Гриммонд, С; Хан, Дж. Х.; Хасимото, Т; Скрыть, W; Хофманн, О; Камбуров А; Каур, М; Каваджи, Х; Кубосаки, А; Лассманн, Т; Ван Нимвеген, Э; Макферсон, ЧР; Огава, К; Радованович, А; Шварц, А; Тисдейл, Род-Айленд; Тегнер, Дж; Ленхард, Б; Тайхманн, SA ; Аракава, Т; Ниномия, Н; Мураками, К; Тагами, М; Фукуда, С; Имамура, К; Кай, С; Исихара, Р; Китадзуме, Ю; Каваи, Дж; Хьюм, Д.А.; Идекер, Т ; Хаяшизаки, Ю (2010). «Атлас комбинаторной регуляции транскрипции у мыши и человека». Клетка . 140 (5): 744–52. doi :10.1016/j.cell.2010.01.044. ПМЦ 2836267 . ПМИД  20211142.  Значок открытого доступа
  18. ^ Льюис, TE; Силлитоу, I; Андреева, A; Бланделл, TL; Бьюкен, DW; Чотия, C ; Коццетто, D; Дана, JM; Филиппис, I; Гоф, J; Джонс, DT; Келли, LA; Клейвегт, GJ ; Миннечи, F; Мистри, J; Мурзин, AG; Очоа-Монтаньо, B; Оутс, ME; Пунта, M; Рэкхэм, OJ; Штальхаке, J; Стернберг, MJ ; Веланкар, S; Оренго, C (2015). "Genome3D: использование структуры для помощи пользователям в понимании их последовательностей". Nucleic Acids Research . 43 (выпуск базы данных): D382–6. doi :10.1093/nar/gku973. PMC 4384030 . PMID  25348407. 
  19. ^ Mitchell, A; Chang, HY; Daugherty, L; Fraser, M; Hunter, S; Lopez, R; McAnulla, C; McMenamin, C; Nuka, G; Pesseat, S; Sangrador-Vegas, A; Scheremetjew, M; Rato, C; Yong, SY; Bateman, A ; Punta, M; Attwood, TK ; Sigrist, CJ; Redaschi, N; Rivoire, C; Xenarios, I; Kahn, D; Guyot, D; Bork, P ; Letunic, I; Gough, J; Oates, M; Haft, D; Huang, H; Natale, DA (2015). «База данных семейств белков InterPro: ресурс классификации спустя 15 лет». Nucleic Acids Research . 43 (выпуск базы данных): D213–21. doi : 10.1093/nar/gku1243. PMC 4383996. PMID  25428371 .  Значок открытого доступа
  20. ^ Хантер, С.; Джонс, П.; Митчелл, А.; Апвайлер, Р.; Эттвуд, ТК; Бейтман, А.; Бернард, Т.; Биннс, Д.; Борк, П.; Бердж, С.; Де Кастро, Э.; Коггилл, П.; Корбетт, М.; Дас, У.; Догерти, Л.; Дюкенн, Л.; Финн, РД; Фрейзер, М.; Гоф, Дж.; Хафт, Д.; Хуло, Н.; Кан, Д.; Келли, Э.; Летуник, И.; Лонсдейл, Д.; Лопес, Р.; Мадера, М.; Маслен, Дж.; Маканулла, К.; Макдауолл, Дж. (2011). "InterPro в 2011 году: Новые разработки в базе данных предсказания семейств и доменов". Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Выпуск базы данных): D306 – D312. doi :10.1093/nar/gkr948. PMC 3245097. PMID  22096229. 
  21. ^ Хантер, С.; Апвайлер, Р .; Эттвуд, Т.; Байрох , А .; Бейтман, А .; Биннс, Д.; Борк, П .; Дас, У.; Догерти, Л.; Дюкенн, Л.; Финн, РД; Гоф, Дж.; Хафт, Д.; Хуло, Н.; Кан, Д.; Келли, Э.; Лаугро, А.; Летуник, И.; Лонсдейл, Д.; Лопес, Р.; Мадера, М.; Маслен, Дж.; Маканулла, К.; Макдауолл, Дж.; Мистри, Дж.; Митчелл, А.; Малдер, Н.; Натале, Д.; Оренго, К.; Куинн, А. Ф. (январь 2009 г.). «InterPro: интегративная база данных сигнатур белков». Nucleic Acids Research . 37 (Выпуск базы данных): D211–D215. doi :10.1093/nar/gkn785. ISSN  0305-1048. PMC 2686546. PMID 18940856  .  Значок открытого доступа
  22. ^ Малдер, Нью-Джерси; Апвейлер, Р .; Эттвуд, Теннесси ; Байрох, А ; Бейтман, А ; Биннс, Д; Брэдли, П; Борк, П ; Бухер, П; Черутти, Л; Копли, Р; Курсель, Э; Дас, У; Дурбин, Р ; Флейшманн, В; Гоф, Дж; Хафт, Д; Харт, Н.; Хуло, Н; Кан, Д; Канапин А; Крестьянинова М; Лонсдейл, Д; Лопес, Р; Летунич, я; Мадера, М; Маслен, Дж; Макдауэлл, Дж; Митчелл, А; и др. (2005). «ИнтерПро, прогресс и состояние в 2005 году». Исследования нуклеиновых кислот . 33 (Проблема с базой данных): D201–5. doi : 10.1093/nar/gki106. PMC 540060. PMID  15608177 .  Значок открытого доступа
  23. ^ Виноградов, SN; Хогевейс, D; Байи, X; Арредондо-Питер, R; Гертин, M; Гоф, J; Девильде, S; Моенс, L; Ванфлетерен, JR (2005). «Три линии глобина, принадлежащие к двум структурным классам в геномах из трех царств жизни». Труды Национальной академии наук . 102 (32): 11385–9. Bibcode : 2005PNAS..10211385V. doi : 10.1073/pnas.0502103102 . PMC 1183549. PMID  16061809 . 
  24. ^ Gherardi, E; Youles, ME; Miguel, RN; Blundell, TL; Iamele, L; Gough, J; Bandyopadhyay, A; Hartmann, G; Butler, PJ (2003). «Функциональная карта и структура домена MET, продукта протоонкогена c-met и рецептора фактора роста гепатоцитов/фактора рассеяния». Труды Национальной академии наук . 100 (21): 12039–44. Bibcode : 2003PNAS..10012039G . doi : 10.1073/pnas.2034936100 . PMC 218709. PMID  14528000. 
  25. ^ Chothia, C; Gough, J (2009). «Геномные и структурные аспекты эволюции белков». Biochemical Journal . 419 (1): 15–28. doi :10.1042/BJ20090122. PMID  19272021.
  26. ^ Апик, Г; Гоф, Дж; Тейхманн, СА (2001). «Комбинации доменов в архейных, эубактериальных и эукариотических протеомах». Журнал молекулярной биологии . 310 (2): 311–25. doi :10.1006/jmbi.2001.4776. PMID  11428892.
  27. ^ Gough, J.; Karplus, K.; Hughey, R.; Chothia, C. (2001). «Присвоение гомологии последовательностям генома с использованием библиотеки скрытых марковских моделей, которые представляют все белки известной структуры1». Журнал молекулярной биологии . 313 (4): 903–919. CiteSeerX 10.1.1.144.6577 . doi :10.1006/jmbi.2001.5080. PMID  11697912. 
  28. ^ Teichmann, SA ; Rison, SC; Thornton, JM ; Riley, M; Gough, J; Chothia, C (2001). «Эволюция и структурная анатомия метаболических путей малых молекул в Escherichia coli». Журнал молекулярной биологии . 311 (4): 693–708. CiteSeerX 10.1.1.121.1628 . doi :10.1006/jmbi.2001.4912. PMID  11518524. 
  29. ^ Касукава, Т.; Фуруно, М.; Никайдо, И.; Боно, Х.; Хьюм, ДА.; Булт, К.; Хилл, Д.П.; Балдарелли, Р.; Гоф, Дж.; Канапин, А.; Мацуда, Х.; Шримл, Л.М.; Хаяшизаки, И.; Оказаки, И.; Квакенбуш, Дж. (2003). «Разработка и оценка автоматизированного конвейера аннотаций и системы аннотаций кДНК». Genome Research . 13 (6B): 1542–51. doi :10.1101/gr.992803. PMC 403710 . PMID  12819153.  Значок открытого доступа
  30. ^ Шихаб, HA; Гоф, J; Купер, DN; Дэй, IN; Гонт, TR (2013). «Прогнозирование функциональных последствий замен аминокислот, связанных с раком». Биоинформатика . 29 (12): 1504–10. doi :10.1093/bioinformatics/btt182. PMC 3673218. PMID  23620363. 
  31. ^ Лю, Дж.; Гоф, Дж.; Рост, Б. (2006). «Различение кодирующих белок РНК от некодирующих с помощью машин опорных векторов». PLOS Genetics . 2 (4): e29. doi : 10.1371/journal.pgen.0020029 . PMC 1449884. PMID  16683024 . 
  32. ^ Фантом, Консорциум; Сузуки, Х; Форрест, Арканзас; Ван Нимвеген, Э; Дауб, Колорадо; Балвирц, П.Дж.; Ирвин, КМ; Лассманн, Т; Раваси, Т; Хасэгава, Ю; Де Хун, MJ; Катаяма, С; Шредер, К; Карнинчи, П; Томару, Ю; Канамори-Катаяма, М; Кубосаки, А; Акалин А; Андо, Ю; Арнер, Э; Асада, М; Асахара, Х; Бейли, Т; Баич, В.Б.; Бауэр, Д; Бекхаус, АГ; Бертен, Н; Бьёркегрен, Дж; Бромбахер, Ф; и др. (2009). «Транскрипционная сеть, которая контролирует остановку роста и дифференцировку в клеточной линии миелолейкоза человека». Природная генетика . 41 (5): 553–62. дои : 10.1038/ng.375. ПМК 6711855 . ПМИД  19377474. 
  33. ^ Babu, MM; Priya, ML; Selvan, AT; Madera, M; Gough, J; Aravind, L; Sankaran, K (2006). «База данных бактериальных липопротеинов (DOLOP) с функциональными назначениями для предсказанных липопротеинов». Журнал бактериологии . 188 (8): 2761–73. doi :10.1128/JB.188.8.2761-2773.2006. PMC 1446993. PMID  16585737 . 
  34. ^ "Гранты правительства Великобритании присуждены Джулиану Гофу". Research Councils UK . Архивировано из оригинала 15 марта 2015 г.