Haploview [1] — это широко используемое программное обеспечение для биоинформатики , которое предназначено для анализа и визуализации моделей неравновесного сцепления (LD) в генетических данных. Haploview также может выполнять ассоциативные исследования, выбирая теги SNP [2] и оценивая частоты гаплотипов . Haploview разработан и поддерживается лабораторией доктора Марка Дейли в Массачусетском технологическом институте / Гарвардском институте Брода .
В настоящее время Haploview поддерживает следующие функции:
- LD и анализ гаплотипа
- Оценка частоты популяции гаплотипа
- Тесты ассоциации отдельных SNP и гаплотипов
- Тестирование перестановок на значимость ассоциации
- Реализация алгоритма выбора SNP тега Tagger Пола де Баккера.
- Автоматическая загрузка поэтапных данных генотипа из HapMap
- Визуализация и построение графиков результатов ассоциации всего генома PLINK, включая расширенные возможности фильтрации
Ссылки
- ^ Barrett JC; Fry B.; Maller J.; Daly MJ (2005). «Haploview: анализ и визуализация LD и карт гаплотипов». Биоинформатика . 21 (2): 263–5. doi : 10.1093/bioinformatics/bth457 . PMID 15297300.
- ^ de Bakker PI; Yelensky R.; Pe'er I.; Gabriel SB; Daly MJ; Altshuler D. (2005). «Эффективность и мощность в исследованиях генетических ассоциаций». Nature Genetics . 37 (11): 1217–23. doi :10.1038/ng1669. PMID 16244653.
Внешние ссылки
- Домашняя страница Haploview
