stringtranslate.com

Тим Хаббард

Тимоти Джон Филлип Хаббард — профессор биоинформатики в Королевском колледже Лондона , руководитель отдела анализа генома в Геномике Англии и почетный преподаватель Института Wellcome Trust Sanger в Кембридже, Великобритания . [2] [8] [9] [10] [11] [12] [13] С 1 марта 2024 года Хаббард стал директором европейской инфраструктуры данных медико-биологических данных ELIXIR . [14]

Образование

Хаббард получил образование в Кембриджском университете, где в 1985 году ему была присуждена степень бакалавра естественных наук (биохимии) . Он продолжил исследования в области дизайна белков на факультете кристаллографии Биркбек - колледжа в Лондоне, где ему была присуждена степень бакалавра естественных наук (биохимии). Доктор философии в 1988 году [15] за исследования под руководством Тома Бланделла .

Исследования и карьера

Научные интересы Хаббарда лежат в области биоинформатики , вычислительной биологии и геномной информатики . [1] Во время своего пребывания в WTSI он руководил несколькими успешными аспирантами в этих областях исследований. [16] [17] [18] [19] [20] [21]

После постдокторской стажировки в Научно-исследовательском институте белковой инженерии в Осаке в рамках программы научной подготовки ЕС в Японии (1989-90) он вернулся в Кембридж, став научным сотрудником Zeneca в Совете медицинских исследований (MRC) , Центре белковой инженерии . В 1997 году он присоединился к Институту Wellcome Trust Sanger и стал главой отдела анализа генома человека . Тим был главой отдела информатики с 2007 по 2013 год, когда он был прикомандирован на неполный рабочий день в качестве консультанта-специалиста в NHS England , занимаясь внедрением геномики в программы здравоохранения. [22]

Хаббард был назначен профессором биоинформатики в Королевском университете в октябре 2013 года. [23] Его исследования были опубликованы в ведущих рецензируемых научных журналах, включая Nature , [24] [25] [26] Журнал молекулярной биологии , [3] [27] Исследования нуклеиновых кислот , [5] [6] Биология генома , [4] Природные методы , [28] Обзоры природы, рак [29] и биоинформатика . [30] Его исследования финансировались Советом медицинских исследований (MRC) и Исследовательским советом по биотехнологиям и биологическим наукам (BBSRC) . [31]

Рекомендации

У Схолии есть авторский профиль Тима Хаббарда .
  1. ^ публикации Тима Хаббарда, индексируемые Google Scholar.
  2. ^ ab «Genomics England публикует результаты оценки аннотаций». Геномика Англии. 2014. Архивировано из оригинала 12 января 2015 г.
  3. ^ аб Мурзин, АГ; Бреннер, С .; Хаббард, Т.; Чотия, К. (1995). «SCOP: База данных структурной классификации белков для исследования последовательностей и структур» (PDF) . Журнал молекулярной биологии . 247 (4): 536–540. дои : 10.1016/S0022-2836(05)80134-2. PMID  7723011. Архивировано из оригинала (PDF) 26 апреля 2012 г.
  4. ^ AB Харроу, Дж; Деноэ, Ф; Франкиш, А; Реймонд, А; Чен, СК; Храст, Дж; Лагард, Дж; Гилберт, Дж. Г.; Стори, Р; Сварбрек, Д; Россье, К; Укла, К; Хаббард, Т; Антонаракис, SE; Гиго, Р. (2006). «GENCODE: создание справочной аннотации для ENCODE». Геномная биология . 7 (Приложение 1): С4.1–9. дои : 10.1186/gb-2006-7-s1-s4 . ПМК 1810553 . ПМИД  16925838. 
  5. ^ Аб Хаббард, Т.; Баркер, Д.; Бирни, Э .; Кэмерон, Г.; Чен, Ю.; Кларк, Л.; Кокс, Т.; Кафф, Дж.; Карвен, В.; Даун, Т.; Дурбин, Р.; Эйрас, Э.; Гилберт, Дж.; Хаммонд, М.; Гуминецкий, Л.; Каспшик, А.; Леваслайхо, Х.; Лейнзаад, П.; Мелсопп, К.; Монгин, Э.; Пететт, Р.; Покок, М.; Поттер, С.; Руст, А.; Шмидт, Э.; Сирл, С.; Слейтер, Г.; Смит, Дж.; Спунер, В.; Стабенау, А. (2002). «Проект базы данных генома Ensembl». Исследования нуклеиновых кислот . 30 (1): 38–41. дои : 10.1093/нар/30.1.38. ПМК 99161 . ПМИД  11752248. 
  6. ^ Аб Фаррелл, CM; О'Лири, Северная Каролина; Харт, РА; Лавленд, Дж. Э.; Уилминг, LG; Валлин, К.; Диканс, М.; Баррелл, Д.; Сирл, SMJ; Акен, Б.; Хиатт, С.М.; Франкиш, А.; Сунер, М.-М.; Раджпут, Б.; Стюард, Калифорния; Браун, Греция; Беннетт, Р.; Мерфи, М.; Ву, В.; Кей, член парламента; Харт, Дж.; Раджан, Дж.; Вебер, Дж.; Сноу, К.; Риддик, LD; Хант, Т.; Уэбб, Д.; Томас, М.; Тамез, П.; Рангвала, SH (2013). «Текущий статус и новые функции базы данных последовательностей консенсусного кодирования». Исследования нуклеиновых кислот . 42 (Проблема с базой данных): D865–D872. дои : 10.1093/нар/gkt1059. ПМЦ 3965069 . ПМИД  24217909. 
  7. ^ Моулт, Дж; Хаббард, Т; Фиделис, К; Педерсен, Дж.Т. (1999). «Критическая оценка методов прогнозирования структуры белков (CASP): Раунд III». Белки . Приложение 3 (S3): 2–6. doi :10.1002/(sici)1097-0134(1999)37:3+<2::aid-prot2>3.3.co;2-u. ПМИД  10526346.
  8. ^ Тим Хаббард на X
  9. ^ Хаббард, публикации Тима Дж. П., индексированные в библиографической базе данных Scopus . (требуется подписка)
  10. ^ Страница профиля автора Тима Дж. П. Хаббарда в цифровой библиотеке ACM.
  11. ^ Тим Дж. П. Хаббард на библиографическом сервере DBLP
  12. ^ Хопкин, Карен (1 октября 2009 г.). «Тим Хаббард: гуру генома». Ученый . Архивировано из оригинала 4 марта 2014 г.
  13. ^ Публикации Тима Хаббарда из Europe PubMed Central
  14. ^ «Тим Хаббард станет новым директором ЭЛИКСИРА» . 01.12.2023.
  15. ^ Хаббард, Тим (1988). Дизайн, экспрессия и характеристика нового белка (кандидатская диссертация). Лондонский университет. Архивировано из оригинала 19 мая 2015 г.
  16. ^ Брош, Маркус (2010). Разработка вычислительных методов анализа протеомных данных для аннотации генома (кандидатская диссертация). Кембриджский университет. ОСЛК  890149364.
  17. ^ Вниз, Томас Александр (2004). Вычислительная локализация промоторов и сайтов начала транскрипции в геномах млекопитающих (кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
  18. ^ Догрюэль, Мутлу (2008). Компьютерная идентификация субклеточной локализации белков на основе мотивов (кандидатская диссертация). Кембриджский университет. ОСЛК  890154619.
  19. ^ Мэттисон, Дженни (2009). Анализ полногеномных наборов данных о мутациях, связанных с раком, у мышей и человека (кандидатская диссертация). Кембриджский университет. ОСЛК  890152898.
  20. ^ Пийпари, Матиас (2011). Вывод и классификация эукариотических цис-регуляторных мотивов (кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
  21. ^ Покок, Мэтью Ричард (2004). Компьютерный анализ геномов (кандидатская диссертация). Кембриджский университет. ОСЛК  890159072.
  22. ^ "Почетный факультет Института Сэнгера Wellcome Trust - доктор Тим Хаббард" . Архивировано из оригинала 23 марта 2015 г.
  23. ^ «Профессор Тим Хаббард, Королевский колледж Лондона». Архивировано из оригинала 23 февраля 2014 г.
  24. ^ Консорциум проекта ENCODE, Бирни Э. , Стаматояннопулос Дж.А. , Дутта А., Гиго Р., Гингерас Т.Р., Маргулис Э.Х., Венг З., Снайдер М., Дермицакис Э.Т.; и другие. (2007). «Идентификация и анализ функциональных элементов в 1% генома человека в рамках пилотного проекта ENCODE». Природа . 447 (7146): 799–816. Бибкод : 2007Natur.447..799B. дои : 10.1038/nature05874. ПМК 2212820 . ПМИД  17571346. {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  25. ^ Ландер, ES ; Линтон, М.; Биррен, Б.; Нусбаум, К.; Зоди, К.; Болдуин, Дж.; Девон, К.; Дьюар, К.; Дойл, М.; Фицхью, В.; Функе, Р.; Гейдж, Д.; Харрис, К.; Хифорд, А.; Хауленд, Дж.; Канн, Л.; Лехочки, Дж.; Левин, Р.; Макьюэн, П.; МакКернан, К.; Мелдрим, Дж.; Месиров, Дж.П.; Миранда, К.; Моррис, В.; Нейлор, Дж.; Раймонд, К.; Розетти, М.; Сантос, Р.; Шеридан, А.; и другие. (февраль 2001 г.). «Первичное секвенирование и анализ генома человека» (PDF) . Природа . 409 (6822): 860–921. Бибкод : 2001Natur.409..860L. дои : 10.1038/35057062 . ISSN  0028-0836. ПМИД  11237011.
  26. ^ Бирни, Э ; Бейтман, А ; Зажим, МЭ; Хаббард, Ти Джей (2001). «Изучение проекта генома человека». Природа . 409 (6822): 827–8. Бибкод : 2001Natur.409..827B. дои : 10.1038/35057004. ПМЦ 2658632 . ПМИД  11236999. 
  27. ^ Парк, Дж; Тайхманн, SA ; Хаббард, Т; Чотия, К. (1997). «Промежуточные последовательности улучшают обнаружение гомологии между последовательностями». Журнал молекулярной биологии . 273 (1): 349–54. дои : 10.1006/jmbi.1997.1288. ПМИД  9367767.
  28. ^ Энгстрем, PRG; Стейгер, Т.; Сипос, Б.; Грант, Греция; Калес, А.; Алиото, Т.; Бер, Дж.; Бертоне, П.; Бонерт, Р.; Кампанья, Д.; Дэвис, Калифорния; Добин, А.; Энгстрем, PRG; Гингерас, ТР; Гольдман, Н.; Грант, Греция; Гиго, Р.; Харроу, Дж.; Хаббард, Ти Джей; Жан, гр; Калес, А.; Косарев П.; Ли, С.; Лю, Дж.; Мейсон, CE; Молодцов В.; Нин, З.; Понстингл, Х.; Принс, Дж. Ф.; Ретч, Г. (2013). «Систематическая оценка программ сплайсинга для данных секвенирования РНК». Природные методы . 10 (12): 1185–91. дои : 10.1038/nmeth.2722. ПМК 4018468 . ПМИД  24185836. 
  29. ^ Фуреал, Пенсильвания; Монета, л; Маршалл, М; Вниз, Т; Хаббард, Т; Вустер, Р.; Рахман, Н ; Страттон, MR (2004). «Перепись генов рака человека». Обзоры природы Рак . 4 (3): 177–83. дои : 10.1038/nrc1299. ПМЦ 2665285 . ПМИД  14993899. 
  30. ^ Ривз, Джорджия; Эйлбек, К.; Магран, М.; О'Донован, К.; Монтекки-Палацци, Л.; Харрис, Массачусетс; Орчард, С.; Хименес, Р.К.; Прлич, А.; Хаббард, TJP; Хермякоб, Х.; Торнтон, Дж. М. (2008). «Онтология свойств белков: инструмент для унификации аннотаций свойств белков». Биоинформатика . 24 (23): 2767–2772. doi : 10.1093/биоинформатика/btn528. ПМК 2912506 . ПМИД  18936051. 
  31. ^ «Гранты правительства Великобритании предоставлены Тиму Хаббарду» . Исследовательские советы Великобритании . Архивировано из оригинала 9 апреля 2015 г.